genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  59  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15923919--15923961	19	2.3	19	84	8	61	55	0	0	44	0.99
15925938--15925972	14	2.5	14	85	0	52	22	57	2	17	1.53
15927681--15927728	24	2.0	24	95	0	87	33	6	8	52	1.57
15929343--15929368	12	2.2	12	100	0	52	23	0	26	50	1.50
15934731--15934790	30	2.0	30	83	3	75	45	0	33	21	1.52
15935635--15935686	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
15937798--15937844	6	8.2	6	97	2	80	48	34	0	17	1.47
15941702--15941726	5	5.0	5	100	0	50	60	20	0	20	1.37
15948232--15948361	42	3.1	42	86	1	170	33	28	15	22	1.94
15951261--15951504	108	2.3	107	81	7	253	32	11	13	42	1.81
15951290--15951504	108	2.0	108	82	5	265	32	11	13	41	1.81
15951400--15951638	132	1.8	133	87	4	358	30	12	12	43	1.81
15952219--15952257	15	2.7	15	84	4	53	43	35	0	20	1.52
15952214--15952305	22	4.3	21	71	13	62	45	29	2	22	1.64
15952488--15952566	41	1.9	41	92	5	133	29	27	21	21	1.99
15952498--15953176	114	6.1	114	85	4	936	27	25	22	24	2.00
15952812--15953176	113	3.2	113	88	1	545	25	25	23	25	2.00
15952498--15953135	331	1.9	330	90	0	1017	27	25	21	24	1.99
15955674--15955729	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
15955838--15955872	9	3.8	9	88	7	52	48	0	0	51	1.00
15962179--15962264	26	2.9	32	80	20	130	38	13	10	37	1.80
15969936--15969976	18	2.3	18	91	0	64	34	26	17	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15972029--15972199	43	4.0	43	69	15	129	23	18	27	30	1.97
15974496--15974610	54	2.1	53	95	3	203	41	17	20	20	1.90
15977483--15977567	25	3.4	25	70	10	68	56	0	7	36	1.27
15977489--15977531	23	1.9	22	90	4	68	55	0	6	37	1.27
15978194--15978238	22	2.0	22	86	4	63	37	17	6	37	1.76
15978217--15978270	19	2.8	19	100	0	108	35	16	11	37	1.84
15979029--15979455	50	8.5	49	69	8	225	27	22	21	29	1.99
15979061--15980061	100	9.6	99	70	11	519	26	23	20	29	1.99
15979362--15979772	168	2.4	168	87	1	601	26	25	18	29	1.98
15979732--15980091	50	7.2	50	73	3	249	26	23	20	29	1.99
15981625--15981669	12	3.8	12	81	0	54	2	13	2	82	0.86
15981627--15981669	19	2.3	19	84	4	52	2	13	2	81	0.89
15987164--15987263	45	2.2	45	80	5	114	27	25	16	32	1.96
15987377--15987577	44	4.6	44	69	9	124	25	24	21	28	1.99
15987367--15987713	130	2.6	132	92	1	572	23	24	22	29	1.99
15987756--15987931	50	3.5	50	73	0	172	26	21	19	32	1.97
15987727--15987945	100	2.2	100	89	0	330	28	20	19	31	1.97
15988178--15988277	50	2.0	50	90	0	155	29	23	20	28	1.98
15987918--15988545	310	2.0	312	86	3	884	27	24	18	29	1.98
15988711--15988796	44	2.0	44	86	4	120	26	25	15	32	1.95
15990863--15990893	9	3.4	9	100	0	62	9	0	0	90	0.46
15995166--15995241	36	2.1	36	80	11	84	50	1	10	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15995795--15995848	19	2.8	19	91	0	90	35	16	11	37	1.84
15999404--15999471	25	2.7	25	81	6	75	23	26	23	26	2.00
16010222--16010304	43	1.9	43	90	4	132	48	0	26	25	1.52
16010301--16010334	7	4.7	7	96	3	59	55	0	17	26	1.42
16010752--16010786	14	2.5	14	95	0	61	20	2	25	51	1.61
16016681--16016722	20	2.1	20	100	0	84	76	9	9	4	1.15
16019771--16019813	16	2.7	16	77	0	50	51	4	0	44	1.22
16022524--16022563	12	3.3	12	82	0	53	35	2	15	47	1.58
16033518--16033569	25	2.0	27	92	7	90	17	9	7	65	1.45
16042134--16042189	27	2.1	27	100	0	112	37	30	10	21	1.87
16046650--16046680	9	3.4	9	100	0	62	9	0	32	58	1.31
16046893--16046930	20	1.9	20	94	0	67	44	2	0	52	1.14
16050859--16050897	14	2.8	14	96	0	69	35	2	0	61	1.10
16050859--16050898	17	2.4	17	87	8	55	35	2	0	62	1.09
16057517--16057567	26	2.0	26	100	0	102	15	47	0	37	1.46
16065497--16065532	9	3.9	9	88	3	54	83	0	2	13	0.76
16068386--16068681	87	3.4	85	81	6	344	38	22	9	29	1.86
16068349--16068687	87	3.9	87	78	7	296	38	22	9	29	1.86
16068373--16068687	172	1.8	175	85	4	449	36	23	9	30	1.87
16068816--16068863	20	2.4	20	86	6	62	54	0	2	43	1.12
16068869--16068939	9	7.4	9	76	10	61	67	1	1	29	1.07
16068869--16068950	37	2.1	39	84	6	105	65	1	2	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16068876--16068959	9	9.0	9	71	13	55	66	1	3	28	1.15
16068838--16068999	59	2.8	57	82	9	166	62	1	3	31	1.23
16068984--16069040	20	2.8	21	79	12	66	66	1	8	22	1.29
16068987--16069042	28	2.0	28	83	13	71	66	1	7	25	1.27
16069437--16069614	91	2.0	90	85	6	243	36	9	16	37	1.82
16073579--16073677	43	2.3	43	89	1	144	29	25	17	28	1.97
16074043--16074156	57	2.0	57	100	0	228	43	8	7	40	1.63
16077069--16077284	26	8.3	26	81	0	207	19	12	26	40	1.88
16083811--16083889	29	2.8	30	71	9	76	55	3	11	29	1.52
16085806--16086271	44	10.2	43	67	15	150	26	21	18	33	1.96
16085833--16086262	142	3.0	142	94	1	736	26	20	18	34	1.96
16086179--16086271	45	2.1	44	91	2	150	24	22	20	32	1.98
16101441--16101499	32	1.9	29	83	10	73	52	11	8	27	1.66
16101721--16101758	19	2.0	20	85	10	53	57	2	2	36	1.26
16102375--16102435	29	2.1	29	81	6	70	37	8	11	42	1.71
16110255--16110321	32	2.1	31	83	8	82	38	2	0	58	1.14
16110251--16110307	15	3.8	15	76	13	55	36	3	0	59	1.14
16117801--16117840	4	9.8	4	89	5	62	75	2	0	22	0.93
16118091--16118139	23	2.1	24	85	11	66	63	0	8	28	1.23
16118215--16118258	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
16118211--16118262	27	1.9	27	84	0	68	53	0	9	36	1.34
16118458--16118507	26	2.0	26	84	4	66	38	0	4	58	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16123728--16124618	44	20.2	43	73	11	666	27	15	26	30	1.96
16123713--16124616	132	6.8	132	91	0	1441	27	15	26	30	1.96
16123712--16124616	265	3.4	264	93	1	1474	27	15	26	30	1.96
16124601--16124914	88	3.6	88	92	0	506	27	30	24	17	1.97
16124916--16125042	68	1.9	68	83	6	168	25	19	24	30	1.98
16124984--16125102	44	2.7	44	84	7	152	26	16	27	28	1.97
16125769--16125845	19	3.7	21	82	14	88	35	7	15	41	1.76
16125780--16125845	21	3.0	24	85	12	81	36	7	16	39	1.77
16126162--16126203	3	14.0	3	89	0	57	30	4	2	61	1.29
16126120--16126179	20	2.9	20	76	14	59	26	1	6	65	1.27
16126337--16126372	17	2.1	18	89	5	56	38	11	0	50	1.38
16128650--16128684	17	2.1	17	88	0	52	54	0	8	37	1.31
16128808--16128869	3	20.0	3	80	6	70	61	4	3	30	1.33
16129172--16129218	23	2.0	24	91	4	78	40	17	6	36	1.75
16129172--16129237	21	3.0	24	79	18	81	39	16	7	36	1.77
16129172--16129248	19	3.7	21	84	11	88	41	15	7	35	1.76
16129965--16130050	40	2.2	40	95	0	154	12	26	18	41	1.87
16129987--16130052	20	3.3	20	70	8	71	13	25	18	42	1.87
16132937--16133044	41	2.6	41	85	2	137	21	20	26	31	1.98
16132965--16133104	41	3.4	41	84	0	181	22	20	25	30	1.98
16136499--16136571	5	13.8	5	72	16	58	38	5	17	38	1.73
16136499--16136540	22	1.9	22	85	0	57	35	4	21	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16136510--16136578	27	2.6	27	76	17	79	42	4	17	36	1.69
16138531--16138586	25	2.2	25	80	0	67	35	19	21	23	1.96
16138791--16138843	24	2.2	24	83	6	63	30	18	35	15	1.92
16139165--16139205	21	2.0	21	90	0	64	39	14	2	43	1.59
16142723--16142759	18	2.1	18	95	5	67	35	21	16	27	1.94
16142763--16143047	53	5.4	52	82	7	213	24	16	28	30	1.97
16142814--16143087	35	7.8	35	83	2	282	24	14	30	31	1.95
16142817--16143078	88	3.0	88	81	3	321	24	14	29	30	1.95
16143089--16143193	33	3.2	33	83	5	140	40	24	13	20	1.89
16143104--16143195	17	5.6	16	68	29	61	40	25	13	21	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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