genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  103  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28577261--28577287	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28577308--28577342	18	1.9	18	94	0	61	51	5	8	34	1.56
28577271--28577451	55	3.3	55	89	4	260	48	5	10	35	1.61
28577459--28577500	18	2.3	18	100	0	84	26	0	26	47	1.52
28577477--28577636	29	5.3	29	90	4	239	26	0	30	43	1.55
28577452--28577654	58	3.5	58	75	17	199	26	0	28	44	1.58
28577696--28577730	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
28577659--28577839	55	3.3	56	90	6	205	47	4	11	35	1.62
28577847--28577960	18	6.7	18	76	13	125	28	0	22	48	1.51
28577834--28577960	65	2.0	65	95	0	227	29	0	23	46	1.53
28577956--28578019	25	2.5	26	84	2	94	35	12	1	50	1.50
28578428--28578462	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
28579114--28579138	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
28580219--28580283	30	2.2	30	91	8	114	63	1	0	35	1.04
28580284--28580398	51	2.3	51	93	0	203	40	0	31	27	1.57
28581898--28581931	7	4.9	7	96	0	59	38	0	17	44	1.49
28588023--28588133	50	2.2	49	83	1	141	23	22	21	32	1.98
28588023--28588126	25	4.2	25	77	10	106	22	24	21	32	1.98
28606820--28606892	29	2.6	29	84	6	96	27	28	16	27	1.97
28616189--28616254	20	3.3	20	72	8	71	36	13	34	15	1.87
28616190--28616316	40	3.2	40	88	0	182	37	15	31	15	1.90
28616189--28616330	20	7.1	20	65	7	65	37	16	30	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28616201--28616330	40	3.2	40	77	10	140	37	16	29	16	1.91
28622364--28622402	20	2.0	20	85	10	53	56	20	0	23	1.42
28627393--28627627	39	6.1	39	83	4	296	17	34	17	30	1.94
28627393--28627627	77	3.0	78	83	3	305	17	34	17	30	1.94
28627409--28627627	116	1.9	117	85	4	309	16	34	17	31	1.93
28627448--28627646	19	10.3	19	66	11	91	15	33	18	32	1.92
28631723--28631760	19	2.1	19	85	5	51	5	10	2	81	0.94
28634435--28634547	51	2.2	52	81	6	142	25	8	29	36	1.86
28645645--28645674	14	2.2	14	94	5	53	43	6	0	50	1.28
28653959--28654225	133	2.0	133	100	0	534	21	27	28	22	1.99
28655450--28655524	39	1.9	37	84	12	98	48	2	4	45	1.35
28664026--28664201	45	4.0	45	83	1	221	27	15	23	32	1.95
28670004--28670909	457	2.0	457	97	0	1731	35	11	17	34	1.86
28673778--28673828	20	2.5	20	79	17	61	43	21	7	27	1.80
28683219--28683411	50	3.7	50	80	8	165	26	21	28	23	1.99
28689694--28689800	50	2.1	50	85	0	142	28	19	30	21	1.98
28689707--28689881	50	3.5	50	77	3	140	30	20	26	21	1.98
28691900--28692000	20	5.1	19	75	13	69	42	18	25	12	1.86
28695996--28696048	16	3.1	16	86	10	61	24	32	0	43	1.55
28696006--28696048	20	2.2	20	95	0	77	23	27	0	48	1.51
28706470--28706530	28	2.2	28	96	0	113	22	24	22	29	1.99
28706465--28706549	28	2.8	31	76	20	97	23	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28712143--28712243	20	5.1	20	67	17	66	12	26	21	38	1.90
28713268--28713322	28	2.0	28	92	0	92	47	25	3	23	1.68
28719198--28719249	17	3.1	17	73	13	54	59	1	0	38	1.08
28719907--28719942	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
28723474--28723518	16	2.8	16	86	3	63	57	2	0	40	1.11
28723474--28723511	8	4.6	8	90	3	58	55	2	0	42	1.14
28728943--28728986	18	2.4	18	92	0	70	34	29	2	34	1.70
28730449--28730491	22	2.0	22	86	9	61	41	16	4	37	1.69
28737772--28737824	19	2.7	20	77	14	56	56	3	7	32	1.45
28738195--28738271	38	2.0	38	82	5	93	45	1	3	49	1.28
28738242--28738278	19	1.9	19	88	0	56	32	0	0	67	0.91
28738831--28739075	120	2.0	121	95	0	438	54	9	10	24	1.65
28743546--28743589	3	14.7	3	95	0	79	65	2	0	31	1.05
28753579--28753673	48	2.0	48	95	0	172	44	10	27	17	1.82
28754040--28754078	13	2.9	13	88	7	60	43	5	12	38	1.65
28754042--28754116	29	2.6	27	76	12	69	46	5	10	37	1.61
28754340--28754531	35	5.7	33	85	5	235	20	21	17	40	1.91
28754335--28754531	67	2.9	68	84	6	258	19	21	16	41	1.90
28754343--28754531	102	1.9	102	91	0	315	20	22	16	40	1.91
28757443--28757478	3	11.7	3	88	5	54	30	2	0	66	1.06
28757442--28757475	16	2.1	16	94	0	59	29	2	0	67	1.05
28757443--28757479	19	1.9	19	94	0	65	29	2	0	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28761885--28762142	45	5.7	46	80	9	259	40	17	22	20	1.91
28761882--28762142	135	1.9	135	81	9	318	40	17	21	19	1.91
28771859--28771962	22	5.0	21	73	18	60	64	0	35	0	0.94
28771874--28772021	10	15.3	10	70	20	77	70	0	29	0	0.88
28771874--28771988	4	28.0	4	75	19	80	69	0	30	0	0.89
28771899--28771997	5	20.2	5	75	8	80	67	0	32	0	0.91
28771874--28772022	46	3.3	47	84	11	172	69	0	30	0	0.88
28771882--28772021	42	3.3	41	84	11	169	70	0	29	0	0.87
28771874--28772022	47	3.3	46	84	10	175	69	0	30	0	0.88
28771879--28772054	46	4.0	44	78	15	148	69	0	30	0	0.93
28772397--28772870	157	3.0	153	76	13	505	50	6	11	31	1.64
28772848--28772890	21	2.0	21	90	0	68	53	2	2	41	1.26
28772985--28773031	13	3.8	13	83	5	62	61	4	4	29	1.34
28778252--28778376	39	3.1	37	76	15	115	48	12	4	34	1.61
28778527--28778563	10	3.6	10	88	3	56	2	27	0	70	1.01
28778952--28778985	11	3.0	11	83	8	50	55	0	0	44	0.99
28778951--28778985	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
28778987--28779075	46	2.0	45	84	10	119	43	2	5	48	1.39
28778991--28779091	46	2.2	45	79	12	107	42	1	4	50	1.35
28779991--28780029	18	2.2	18	90	9	62	79	0	0	20	0.73
28779991--28780031	9	4.8	8	88	11	55	75	0	0	24	0.80
28781925--28781956	15	2.0	17	88	11	50	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28782058--28782103	16	2.8	17	87	6	69	73	0	2	23	0.94
28782059--28782103	8	5.5	8	78	5	54	73	0	2	24	0.95
28782307--28782331	12	2.1	12	100	0	50	0	44	56	0	0.99
28782477--28782549	38	1.9	39	88	5	114	38	1	0	60	1.06
28783242--28783284	20	2.0	22	86	8	63	27	9	0	62	1.25
28789390--28789515	35	3.6	35	88	2	173	15	7	32	43	1.76
28794006--28794066	20	3.0	20	78	7	70	62	0	0	37	0.96
28798830--28798858	12	2.4	12	100	0	58	31	0	13	55	1.39
28804625--28804711	43	2.0	43	90	0	138	25	22	1	50	1.56
28813537--28813755	37	5.9	37	85	4	255	28	14	15	41	1.87
28815599--28815651	26	2.0	26	85	0	70	30	0	5	64	1.17
28818447--28818664	100	2.2	101	87	1	296	36	11	20	31	1.88
28825035--28825064	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
28825051--28825220	56	3.0	56	90	0	259	45	11	12	30	1.76
28831315--28831539	84	2.7	84	77	4	206	43	11	14	31	1.80
28831404--28831678	140	2.0	139	86	0	388	44	10	12	32	1.76
28831538--28831847	83	3.7	84	82	4	331	44	11	10	33	1.74
28831538--28831882	87	4.0	87	82	7	338	44	11	9	34	1.74
28831886--28832091	79	2.6	78	83	4	252	42	12	13	32	1.81
28832021--28832189	88	2.0	86	87	5	243	42	11	13	32	1.80
28834426--28834485	18	3.5	16	77	15	50	35	1	1	61	1.16
28834426--28834492	19	3.8	17	75	16	57	34	1	4	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28834462--28834525	28	2.3	27	84	5	83	34	0	3	62	1.11
28835144--28835269	62	2.0	62	100	0	252	30	6	23	39	1.80
28835874--28835961	25	3.5	26	79	10	96	20	23	21	34	1.97
28837769--28837816	25	1.9	25	82	0	60	58	4	10	27	1.49
28839400--28839458	31	2.0	30	86	6	84	42	10	10	37	1.73
28839395--28839461	31	2.3	27	80	14	80	40	8	10	40	1.71
28849708--28849749	17	2.4	18	80	4	50	11	14	2	71	1.24
28865701--28865738	20	1.9	20	84	10	51	42	2	0	55	1.14
28866750--28866801	27	2.0	27	84	3	70	75	11	0	13	1.06
28867114--28867155	23	1.9	22	85	9	59	16	50	19	14	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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