genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8254104--8254142	3	13.0	3	84	10	53	66	0	30	2	1.05
8256519--8256578	22	2.9	20	76	13	68	26	1	1	70	1.07
8256582--8256651	20	3.7	20	76	20	87	38	4	0	57	1.19
8256585--8256651	21	3.5	21	73	26	85	38	4	0	56	1.19
8262336--8262380	22	2.1	21	83	4	54	44	0	33	22	1.53
8275529--8275597	31	2.2	31	87	5	95	39	14	10	36	1.80
8276906--8276944	19	2.1	19	85	4	53	61	2	0	35	1.10
8277676--8277700	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8282333--8282383	11	4.5	11	79	13	59	45	0	27	27	1.54
8288293--8288423	57	2.3	58	81	9	160	51	4	16	27	1.64
8292947--8292994	3	16.3	3	95	4	89	64	0	35	0	0.94
8302857--8302885	14	2.0	15	93	6	51	55	13	3	27	1.55
8306259--8306881	23	26.7	23	69	15	277	42	18	12	25	1.86
8306251--8306912	93	7.1	93	92	1	1092	42	18	12	26	1.86
8306259--8306912	187	3.5	187	96	0	1150	42	18	12	26	1.86
8307651--8307773	28	4.4	28	89	0	174	30	27	10	30	1.90
8307651--8307773	56	2.2	56	91	0	192	30	27	10	30	1.90
8308386--8308450	9	7.1	9	81	10	78	38	27	10	23	1.88
8308592--8308621	13	2.3	13	94	0	51	20	0	40	40	1.52
8311130--8311656	230	2.3	230	82	7	549	30	18	21	29	1.97
8311298--8311656	115	3.1	115	89	0	574	28	18	22	30	1.97
8312023--8312073	22	2.4	21	80	3	66	13	1	47	37	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8313248--8313338	45	2.0	45	91	0	146	23	31	8	36	1.85
8313816--8313900	37	2.3	37	93	0	143	11	17	18	51	1.75
8313972--8314030	23	2.6	23	100	0	118	47	11	13	27	1.78
8315101--8315135	15	2.3	15	100	0	70	48	0	5	45	1.26
8315215--8315295	9	9.0	9	75	10	76	40	19	1	38	1.60
8315313--8315350	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
8315355--8315555	22	9.3	22	66	22	65	47	19	1	30	1.61
8315372--8315481	31	3.4	32	79	10	109	45	20	2	31	1.65
8315472--8315548	24	3.6	21	73	14	68	51	19	1	27	1.54
8315486--8315647	12	13.8	12	68	13	79	51	19	1	28	1.54
8315479--8315547	24	3.0	24	87	8	92	53	17	1	27	1.52
8315632--8315682	19	2.7	19	88	11	86	50	17	0	31	1.46
8315632--8315761	9	14.9	9	71	18	71	46	20	3	30	1.65
8315632--8315761	16	7.5	17	76	12	81	46	20	3	30	1.65
8321203--8321277	21	3.4	21	80	10	78	37	18	41	2	1.65
8321214--8321274	12	5.3	12	78	11	74	37	19	40	1	1.62
8321682--8321773	42	2.2	42	84	5	114	28	19	23	28	1.98
8321739--8321978	85	2.8	84	87	4	329	25	20	20	32	1.97
8321695--8322008	43	7.4	42	83	6	316	26	21	21	31	1.98
8326476--8326518	3	14.3	3	85	0	59	32	30	0	37	1.58
8331165--8331334	43	4.0	42	81	11	186	21	18	28	31	1.97
8331495--8331526	16	1.9	17	93	6	57	40	0	21	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8340863--8340891	12	2.4	12	100	0	58	34	6	13	44	1.71
8348960--8348991	6	5.3	6	100	0	64	18	34	15	31	1.93
8354439--8354513	29	2.5	28	74	8	69	50	13	8	28	1.69
8354831--8355181	126	2.8	125	90	3	564	28	15	22	32	1.95
8358210--8358542	115	2.9	116	96	0	623	43	8	9	38	1.68
8358573--8358795	23	9.0	24	77	19	203	29	0	22	47	1.52
8358539--8358863	51	6.5	50	80	14	325	28	0	24	46	1.59
8358596--8358853	74	3.4	74	84	6	372	28	0	24	46	1.58
8358573--8358863	154	1.9	148	92	4	483	28	0	24	46	1.57
8370706--8370738	8	4.2	8	84	7	50	57	0	0	42	0.98
8370707--8370737	15	2.1	15	93	0	53	61	0	0	38	0.96
8371010--8371047	18	2.1	19	85	14	53	36	2	0	60	1.11
8373261--8373311	14	3.5	14	80	19	52	3	21	0	74	0.98
8374130--8374176	18	2.6	18	77	12	51	42	4	4	48	1.42
8379088--8379177	37	2.4	37	85	5	110	18	14	37	28	1.91
8380097--8380135	12	2.9	13	85	14	53	76	0	12	10	1.01
8380420--8380455	18	1.9	19	88	5	56	25	0	8	66	1.19
8380591--8380675	30	2.9	28	73	11	73	38	3	7	50	1.47
8386602--8386627	6	4.3	6	100	0	52	0	0	84	15	0.62
8390205--8390268	14	4.7	14	76	5	60	23	21	21	32	1.98
8390274--8390383	23	4.7	23	65	10	69	39	16	18	26	1.91
8390366--8390486	45	2.7	44	73	14	113	33	12	23	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8390530--8390600	29	2.5	28	79	4	81	23	16	26	32	1.96
8390627--8390658	15	2.1	15	100	0	64	25	18	31	25	1.98
8391637--8391666	14	2.1	14	93	0	51	23	0	10	66	1.21
8392295--8392346	27	1.9	27	92	0	86	30	21	32	15	1.94
8392918--8393013	19	5.2	19	79	5	115	36	13	1	48	1.49
8392918--8393013	37	2.6	37	96	0	174	36	13	1	48	1.49
8393199--8393263	29	2.3	27	77	12	76	49	0	4	46	1.22
8393241--8393304	19	3.4	19	78	4	85	51	1	10	35	1.47
8393607--8393662	27	2.1	26	90	3	85	16	30	21	32	1.95
8393718--8393782	27	2.4	28	89	7	98	52	0	6	41	1.26
8395378--8395402	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
8400629--8400870	91	2.7	90	77	7	256	31	26	10	31	1.90
8407421--8407446	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
8409803--8409850	25	1.9	25	83	8	62	45	4	4	45	1.41
8411806--8411882	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
8416314--8416390	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
8419091--8419183	26	3.8	24	81	13	109	30	20	25	23	1.99
8419677--8419713	6	6.2	6	100	0	74	83	0	0	16	0.64
8438816--8438931	36	3.2	36	70	13	112	18	18	22	41	1.90
8438779--8438967	72	2.6	73	84	4	258	16	19	21	42	1.89
8440490--8440539	22	2.3	21	86	6	73	52	6	14	28	1.65
8446362--8446897	114	4.7	113	86	3	743	24	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8447227--8447277	15	3.5	15	81	2	59	23	0	43	33	1.54
8447463--8447509	14	3.3	15	82	8	62	27	0	31	40	1.57
8447528--8447568	14	2.9	14	82	13	57	19	0	48	31	1.49
8448222--8448651	105	3.8	105	72	16	328	47	12	11	27	1.76
8448228--8448936	261	2.9	243	83	9	836	46	12	12	29	1.78
8448696--8448912	109	2.0	107	87	4	312	48	11	10	29	1.73
8453074--8453172	43	2.3	43	85	0	126	23	12	34	30	1.91
8453093--8453250	85	1.9	85	82	5	203	22	20	28	28	1.98
8453093--8453250	43	3.7	43	79	5	151	22	20	28	28	1.98
8455450--8455483	11	3.1	11	86	0	50	41	8	2	47	1.50
8461799--8461836	17	2.2	18	85	4	51	63	2	23	10	1.39
8461818--8461872	12	4.6	12	73	15	51	63	0	23	12	1.29
8465722--8465785	18	3.4	18	79	14	67	54	4	0	40	1.21
8465801--8465834	15	2.2	16	94	5	61	70	5	0	23	1.09
8466979--8467038	29	2.1	29	87	0	84	28	8	16	46	1.76
8471924--8471977	18	2.9	18	81	15	65	57	3	0	38	1.17
8471998--8472031	16	2.2	16	94	5	61	70	2	0	26	1.01
8473323--8473399	29	2.5	30	85	6	93	31	9	15	44	1.78
8477297--8477482	73	2.5	73	96	0	345	40	25	6	27	1.81
8477483--8477514	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8480718--8480749	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8482532--8482572	5	8.2	5	100	0	82	41	19	19	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8483664--8483694	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8484173--8484211	21	2.0	21	85	10	55	41	38	10	10	1.73
8485830--8485854	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
8485744--8485932	86	2.2	85	80	9	206	36	8	1	53	1.41
8487359--8487446	43	2.0	43	100	0	176	47	23	4	23	1.70
8491253--8491314	32	1.9	32	86	0	88	24	19	12	43	1.86
8501736--8501783	5	9.6	5	86	0	69	43	0	4	52	1.20
8502729--8502834	25	4.2	25	93	0	185	19	24	19	35	1.95
8502742--8502881	25	6.0	22	79	9	95	17	25	20	36	1.94
8504670--8504720	21	2.4	21	87	6	68	45	17	17	19	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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