genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5653534--5653577	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
5653644--5653759	59	2.0	59	93	1	180	45	9	5	39	1.59
5653765--5653798	16	2.1	16	94	0	59	47	8	0	44	1.34
5653998--5654276	109	2.5	110	92	2	472	41	16	17	24	1.90
5654294--5654709	115	3.7	113	89	4	610	24	16	15	43	1.87
5660834--5660958	59	2.1	62	82	7	150	44	6	10	39	1.64
5684502--5684540	16	2.6	16	88	8	55	82	5	12	0	0.83
5684500--5684540	21	2.0	20	85	4	55	80	4	14	0	0.87
5685262--5685312	15	3.8	14	82	12	54	45	1	1	50	1.24
5689325--5689378	26	2.1	25	86	10	74	18	25	18	37	1.94
5693421--5693572	73	2.1	74	90	3	236	42	2	11	43	1.55
5706367--5706407	2	20.5	2	85	9	57	48	2	2	46	1.28
5716829--5716932	54	1.9	54	88	3	156	27	28	4	38	1.77
5720315--5720352	10	3.9	10	86	3	51	63	0	2	34	1.09
5720416--5720449	17	2.1	17	94	5	61	64	5	0	29	1.17
5721168--5721212	23	2.0	22	91	4	72	40	17	4	37	1.70
5721168--5721244	19	3.8	19	89	6	91	38	16	7	36	1.78
5721549--5721847	44	6.9	44	72	15	196	28	23	20	28	1.98
5721880--5722592	44	16.2	44	64	10	159	25	22	20	31	1.98
5721830--5722701	132	6.6	131	92	1	1375	25	22	20	31	1.98
5729934--5729967	14	2.4	14	90	0	50	64	2	0	32	1.08
5730118--5730155	10	3.9	10	86	3	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5730221--5730252	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
5730491--5730530	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
5730493--5730544	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
5730955--5731012	22	2.7	21	76	10	53	43	15	1	39	1.57
5731659--5731689	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
5732056--5732109	23	2.3	23	80	0	63	72	9	7	11	1.29
5734196--5734240	21	2.1	22	84	12	58	4	15	6	73	1.21
5734724--5734781	19	3.2	19	80	9	68	34	3	3	58	1.32
5744843--5744905	24	2.5	25	85	12	76	17	15	3	63	1.44
5744865--5744918	24	2.3	23	81	12	65	24	16	0	59	1.37
5749873--5750059	100	1.9	100	86	3	270	27	22	25	24	2.00
5750976--5751020	21	2.1	22	84	12	58	4	15	6	73	1.21
5751504--5751561	19	3.2	19	80	9	68	34	3	3	58	1.32
5754704--5754860	43	3.7	43	81	6	185	22	19	28	29	1.98
5757956--5757995	21	2.0	21	90	5	64	30	17	5	47	1.69
5761248--5762139	453	2.0	451	89	3	1389	30	17	17	34	1.93
5762580--5762614	18	1.9	18	88	0	52	57	8	5	28	1.52
5766566--5766596	12	2.6	12	94	0	53	19	9	0	70	1.14
5766928--5767068	72	2.0	72	91	2	230	27	18	19	34	1.95
5770296--5770347	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5774216--5774272	19	2.9	19	78	21	57	33	1	1	63	1.15
5774555--5774586	15	2.1	16	88	11	50	40	3	0	56	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5774752--5774784	18	1.9	18	88	11	52	51	6	0	42	1.26
5775483--5775523	21	1.9	22	85	5	57	46	12	2	39	1.54
5776202--5776584	50	7.6	50	83	5	353	22	28	21	27	1.99
5777623--5777681	30	1.9	31	89	3	93	27	23	1	47	1.61
5780696--5780751	28	2.2	26	84	12	71	28	5	5	60	1.41
5787820--5787844	10	2.5	10	100	0	50	28	0	0	72	0.86
5789044--5789114	35	2.0	35	94	0	124	8	42	23	25	1.82
5799280--5799314	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5799424--5799458	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
5799620--5799714	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
5799693--5799725	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
5799706--5799748	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
5806892--5806922	6	5.2	6	96	0	53	48	0	32	19	1.49
5817005--5817063	18	3.3	18	65	21	52	33	23	10	32	1.88
5816995--5817065	35	2.0	35	97	0	133	33	21	11	33	1.89
5827843--5827905	26	2.4	26	94	2	108	41	12	0	46	1.42
5828764--5828798	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
5829274--5829335	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
5829277--5829338	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
5829272--5829346	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
5829733--5829792	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
5829671--5829802	64	2.1	64	81	11	155	37	5	2	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5830151--5830245	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
5842204--5843505	131	9.9	131	85	5	1189	29	16	25	29	1.96
5842201--5843132	348	2.7	346	91	3	1482	28	15	25	29	1.96
5842205--5843511	44	29.9	44	71	8	905	29	15	25	29	1.96
5842606--5843524	395	2.3	392	88	2	1382	29	16	24	29	1.96
5844812--5844846	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
5845321--5845382	3	20.0	3	77	6	61	32	1	6	59	1.32
5845324--5845385	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
5845319--5845393	23	3.2	23	80	10	64	32	2	9	56	1.45
5845483--5845518	3	12.0	3	87	0	54	30	2	0	66	1.06
5845785--5845844	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
5845723--5845854	64	2.1	64	81	11	155	37	5	2	55	1.35
5846202--5846296	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
5847383--5847434	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
5847988--5848080	19	5.0	19	77	5	109	36	13	0	49	1.43
5847988--5848080	37	2.5	37	98	0	177	36	13	0	49	1.43
5848249--5848309	27	2.3	28	88	8	92	50	0	6	42	1.28
5851000--5851033	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
5852665--5852723	18	3.3	18	78	4	66	33	16	22	27	1.95
5857035--5857087	16	3.3	16	86	0	70	43	3	28	24	1.71
5857318--5857353	17	2.1	17	100	0	72	66	0	0	33	0.92
5857300--5857656	119	3.0	119	94	1	619	52	5	0	42	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5857296--5857633	56	5.8	57	70	17	239	51	5	0	42	1.30
5857726--5857794	19	3.8	19	69	19	67	46	8	2	42	1.49
5859034--5859137	49	2.1	49	94	0	181	50	10	7	31	1.65
5865617--5865687	37	1.9	36	88	2	106	74	9	8	7	1.22
5867449--5868226	44	17.8	44	69	16	336	28	18	24	28	1.98
5867433--5868239	219	3.7	219	90	1	1246	28	18	24	28	1.98
5868985--5869047	24	2.6	25	75	10	67	3	23	11	61	1.43
5871514--5871551	18	2.1	18	85	9	51	36	2	0	60	1.11
5872683--5872715	14	2.3	15	89	5	50	66	0	0	33	0.92
5872800--5872840	16	2.6	16	82	17	50	70	12	0	17	1.16
5873925--5873966	15	2.9	15	82	6	52	52	7	9	30	1.61
5873926--5874072	12	11.4	12	73	18	109	53	8	12	25	1.67
5873954--5874072	25	4.7	24	73	13	96	52	8	14	24	1.68
5875621--5875672	21	2.5	21	93	0	95	13	7	23	55	1.63
5876520--5876642	61	2.0	62	87	1	176	30	19	25	25	1.98
5876582--5876862	43	6.6	43	91	1	440	28	19	26	25	1.99
5876489--5876685	104	1.9	103	85	4	270	28	19	26	25	1.99
5882551--5883171	312	2.0	312	98	0	1197	31	18	19	31	1.95
5885021--5885071	19	2.6	19	80	20	61	37	1	7	52	1.42
5886128--5886192	22	2.8	23	83	6	78	47	4	10	36	1.59
5886142--5886201	22	2.7	24	82	10	74	43	6	16	33	1.74
5887549--5887777	44	5.2	44	72	6	176	26	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5887507--5888500	132	7.5	131	82	6	936	27	24	19	28	1.98
5887518--5887805	44	6.5	44	68	10	106	26	25	19	29	1.98
5887866--5888218	175	2.0	175	89	2	539	28	24	18	28	1.98
5887725--5888302	307	1.9	308	88	3	878	27	24	19	28	1.98
5887981--5888214	43	5.3	43	70	10	143	27	24	19	28	1.99
5888208--5888345	44	3.1	44	68	12	129	28	23	21	26	1.99
5888182--5888379	88	2.2	88	89	0	297	26	25	17	29	1.98
5887637--5888503	220	3.9	220	74	10	838	27	24	19	28	1.98
5887725--5888390	307	2.2	306	84	5	853	27	24	19	28	1.98
5888208--5888390	88	2.1	88	94	0	321	27	23	20	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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