genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  65  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17306014--17306052	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
17306049--17306249	88	2.3	88	95	0	357	30	0	21	46	1.58
17306368--17306405	16	2.4	16	95	0	67	31	0	21	47	1.51
17306609--17306760	13	11.5	13	73	8	119	46	3	9	39	1.56
17306635--17306722	27	3.3	27	75	9	99	47	4	9	38	1.56
17306600--17306770	53	3.2	53	92	1	272	46	4	9	39	1.56
17306828--17306909	18	4.8	17	79	5	69	40	1	18	40	1.58
17306828--17306912	16	5.1	16	78	5	62	38	1	18	41	1.59
17308099--17308123	6	4.2	6	100	0	50	20	16	48	16	1.82
17310128--17311023	114	7.9	114	86	2	1039	25	23	17	32	1.97
17314691--17314724	14	2.4	14	90	0	50	41	0	5	52	1.25
17315100--17315223	59	2.1	59	80	6	133	41	16	8	33	1.79
17317252--17317315	28	2.3	28	83	0	74	4	10	4	79	1.02
17317283--17317329	21	2.2	22	85	11	62	8	10	4	76	1.13
17318162--17318251	40	2.3	39	83	12	112	38	1	5	54	1.31
17323455--17323488	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17324198--17324593	10	40.6	10	67	16	129	59	2	1	36	1.21
17324201--17324600	19	21.2	19	66	23	97	59	2	1	36	1.21
17324231--17324527	156	1.9	156	86	6	422	57	2	1	37	1.23
17324211--17324600	29	13.5	28	68	18	137	59	2	1	36	1.20
17324455--17324599	17	7.7	18	69	22	77	63	2	0	33	1.09
17324210--17324600	156	2.5	153	78	11	420	59	2	1	36	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17330882--17331127	134	1.8	134	78	3	280	31	18	13	37	1.89
17331056--17335531	572	7.9	570	80	4	4372	32	16	16	34	1.91
17335534--17337432	572	3.3	566	80	5	2043	32	16	15	35	1.90
17338035--17338073	20	2.0	20	89	0	60	35	12	7	43	1.72
17338603--17338646	20	2.2	20	92	4	72	59	6	11	22	1.55
17338915--17338958	20	2.2	20	95	0	79	56	6	13	22	1.61
17338434--17339216	312	2.5	311	94	0	1361	34	14	18	31	1.91
17339020--17341284	571	4.0	569	79	4	2165	33	17	15	34	1.91
17345542--17345848	134	2.3	135	75	6	304	31	17	13	37	1.89
17348248--17348313	29	2.3	29	86	5	89	33	9	30	27	1.88
17348302--17348374	29	2.5	30	88	2	103	38	10	32	17	1.85
17348301--17348402	30	3.4	30	84	6	111	36	11	29	22	1.90
17348275--17348408	30	4.5	29	74	10	94	34	11	29	24	1.91
17348359--17348432	30	2.5	30	84	4	87	36	12	22	28	1.90
17348413--17348490	30	2.6	30	77	0	84	46	12	20	20	1.83
17348275--17348528	120	2.1	118	85	1	328	37	12	25	24	1.91
17349528--17349557	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
17357835--17357885	27	1.9	26	84	4	66	31	13	11	43	1.80
17363367--17363669	134	2.3	134	79	5	326	33	20	10	35	1.86
17364843--17368232	570	6.1	571	72	10	2144	33	16	16	33	1.91
17368699--17368765	27	2.5	27	77	0	71	28	13	17	40	1.88
17369456--17369522	35	1.9	36	84	6	93	32	19	11	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17370009--17370258	134	1.9	134	84	5	335	31	17	12	38	1.88
17370817--17371118	134	2.3	133	78	3	329	33	19	9	37	1.84
17371468--17371822	134	2.6	134	83	2	428	30	20	12	36	1.90
17370551--17371891	704	1.9	702	82	3	1665	32	18	14	34	1.91
17374194--17374232	19	2.0	21	85	10	55	35	2	2	58	1.25
17379670--17379753	36	2.4	36	82	6	100	34	17	8	39	1.80
17379589--17379921	134	2.5	134	77	7	361	32	18	10	38	1.85
17380293--17380568	134	2.1	133	84	2	356	30	21	11	35	1.90
17380475--17380655	97	1.9	98	89	3	285	30	22	11	35	1.89
17380332--17380788	231	2.0	231	85	3	616	30	22	12	35	1.90
17382928--17383013	8	10.8	8	71	13	52	32	1	0	66	1.00
17384603--17384654	16	3.2	16	94	0	95	26	0	34	38	1.57
17384668--17384764	39	2.3	43	84	15	157	26	4	30	38	1.75
17384683--17384781	39	2.5	39	98	0	189	31	4	31	33	1.76
17384910--17384951	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17384919--17384960	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
17385126--17385186	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
17399265--17399296	16	1.9	17	93	6	57	31	0	0	68	0.90
17399393--17399440	2	24.0	2	78	0	51	45	6	0	47	1.27
17404662--17404709	6	7.8	6	86	13	55	83	0	16	0	0.65
17404663--17404708	5	8.8	5	88	11	58	82	0	17	0	0.67
17405828--17406336	252	2.0	252	96	0	946	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17406534--17406672	44	3.2	43	76	8	129	30	20	23	26	1.98
17406567--17406680	44	2.6	44	77	5	131	32	18	21	27	1.97
17408190--17408226	15	2.5	15	90	0	56	37	0	2	59	1.12
17408491--17408535	18	2.5	19	82	10	58	33	6	0	60	1.23
17410720--17410783	32	2.1	30	85	5	83	28	3	10	57	1.48
17417252--17417297	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
17425286--17425875	44	13.6	42	72	14	251	27	18	24	28	1.98
17425500--17425662	89	1.8	88	84	8	224	27	20	25	25	1.99
17425286--17425969	216	3.2	216	92	0	1100	28	18	24	28	1.98
17434055--17434109	2	28.5	2	89	7	87	47	0	0	52	1.00
17434430--17434498	10	7.1	9	71	19	50	60	0	0	39	0.97
17434429--17434613	43	4.4	41	86	10	243	61	0	2	36	1.08
17434430--17434562	11	12.9	10	72	21	73	59	0	1	39	1.07
17434442--17434613	83	2.1	81	89	4	256	62	0	2	35	1.08
17434546--17434578	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
17438377--17438419	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
17438827--17438920	47	2.0	46	91	2	152	45	4	3	46	1.38
17441921--17442314	126	3.1	126	89	1	601	28	19	15	36	1.93
17442359--17442497	41	3.4	41	81	4	181	17	19	30	33	1.95
17442431--17442563	66	2.0	66	86	2	187	18	17	30	33	1.94
17442497--17442664	41	4.1	41	87	0	228	22	17	30	30	1.96
17442390--17442604	107	2.0	107	85	1	288	19	18	29	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17442362--17442645	148	1.9	148	86	0	406	19	17	30	32	1.95
17442758--17442814	26	2.2	26	81	9	64	57	1	10	29	1.42
17443050--17443082	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
17443182--17443228	7	6.9	7	85	2	51	19	2	48	29	1.60
17443176--17443240	27	2.4	28	76	2	69	21	1	43	33	1.62
17448353--17448405	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
17453213--17453326	43	2.7	43	83	2	133	23	14	28	33	1.94
17453251--17453339	43	2.1	43	91	0	142	21	19	31	28	1.97
17457553--17457585	13	2.5	13	90	9	50	45	0	0	54	0.99
17457700--17457815	52	2.2	53	81	6	130	49	6	5	38	1.52
17458066--17458108	22	2.0	22	95	0	77	55	11	2	30	1.48
17458759--17458801	22	2.0	22	86	8	63	34	4	0	60	1.17
17458756--17459010	9	27.0	9	68	17	92	35	1	4	58	1.29
17458912--17458972	29	2.1	29	84	6	79	27	1	6	63	1.28
17458908--17458999	10	9.8	9	73	10	51	30	2	4	63	1.26
17458921--17458994	29	2.6	29	82	4	87	31	1	4	63	1.21
17458978--17459034	16	3.1	18	83	14	64	36	1	5	56	1.32
17459352--17459385	16	2.2	16	94	5	61	52	0	17	29	1.45
17466215--17466255	17	2.3	18	83	8	57	75	2	19	2	1.03
17467143--17467195	15	3.4	15	78	5	61	66	1	15	16	1.35
17468423--17468848	87	4.9	87	89	0	618	29	22	23	24	1.99
17468999--17469337	44	7.8	43	74	7	265	27	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17471945--17472079	40	3.4	40	81	8	134	37	22	21	19	1.95
17471927--17472059	40	3.3	39	80	7	126	32	21	24	21	1.98
17472116--17472368	41	6.1	41	91	1	391	23	20	24	30	1.99
17472724--17472755	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
17472842--17473003	82	2.0	82	88	2	245	25	1	27	45	1.64
17473379--17473412	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
17473706--17473738	11	2.8	12	86	9	50	78	0	0	21	0.75
17478366--17478570	43	4.8	43	80	5	191	20	17	31	30	1.96
17478336--17478568	86	2.7	86	76	10	217	22	17	29	30	1.97
17478319--17478570	129	2.0	126	82	4	308	21	16	29	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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