genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5888208--5888422	88	2.4	87	88	3	261	27	23	19	29	1.98
5888483--5888623	45	3.2	45	70	13	121	22	24	22	29	1.99
5889456--5889480	13	1.9	13	100	0	50	56	0	24	20	1.43
5890804--5890846	22	2.0	22	85	0	59	65	6	13	13	1.46
5892735--5892778	19	2.3	20	84	7	56	40	9	20	29	1.83
5893796--5893849	28	1.9	28	81	7	65	40	11	14	33	1.82
5894726--5894785	22	2.6	23	84	5	77	46	5	11	36	1.62
5894735--5894794	22	2.7	24	82	10	74	43	6	16	33	1.74
5898132--5898162	12	2.7	11	90	9	53	32	3	0	64	1.09
5899796--5899853	24	2.4	24	76	0	62	56	5	3	34	1.38
5901039--5901075	10	3.2	12	81	18	51	16	0	29	54	1.43
5901271--5901305	12	2.9	12	86	0	52	14	2	14	68	1.32
5903801--5903855	28	2.0	28	81	0	65	20	25	40	14	1.90
5907263--5907305	18	2.4	17	85	11	59	65	2	0	32	1.06
5915456--5915501	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
5915647--5915693	3	15.7	3	82	8	60	61	0	4	34	1.15
5924755--5924797	21	2.0	21	82	8	52	23	20	4	51	1.66
5926116--5926161	23	2.0	24	82	4	58	32	26	0	41	1.56
5926307--5926353	3	15.7	3	82	8	60	61	0	4	34	1.15
5927040--5927081	20	2.1	20	82	8	50	4	16	4	73	1.17
5927053--5927091	20	2.0	20	84	0	51	2	17	5	74	1.12
5928063--5928091	15	1.9	15	100	0	58	37	13	13	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5934416--5934524	36	3.0	36	97	0	200	37	13	20	28	1.91
5940793--5941413	312	2.0	312	96	0	1152	31	18	18	31	1.95
5941459--5941869	204	2.0	204	94	0	716	26	22	14	36	1.93
5942226--5942303	30	2.6	30	86	8	113	47	23	3	25	1.68
5946778--5946853	30	2.5	30	87	8	102	48	21	3	26	1.67
5948219--5948262	19	2.3	20	80	11	56	36	4	4	54	1.41
5950123--5950169	25	1.9	24	91	4	76	42	42	8	6	1.60
5953030--5953203	3	58.0	3	72	11	106	58	2	6	32	1.38
5953014--5953070	27	2.1	27	81	12	64	56	0	10	33	1.34
5957514--5958079	89	6.4	89	89	2	735	26	23	18	31	1.98
5957515--5958149	134	4.8	133	78	3	616	27	22	18	30	1.98
5957489--5958151	89	7.5	89	86	4	725	27	23	18	30	1.98
5966101--5966139	19	2.0	20	90	5	62	33	15	23	28	1.95
5983599--5983641	22	2.0	22	86	9	61	65	2	4	27	1.25
5991713--5991761	23	2.0	25	92	7	84	28	4	8	59	1.45
5993924--5993958	15	2.3	15	95	0	61	37	14	0	48	1.44
5997912--5997942	15	2.0	16	93	6	55	64	0	12	22	1.27
5998158--5998189	15	2.0	17	88	11	50	59	0	3	37	1.13
5998335--5998396	3	20.7	3	86	6	90	62	3	1	32	1.20
5999396--5999545	80	1.9	80	92	0	255	21	20	40	18	1.91
6001665--6001783	62	1.9	61	82	1	148	27	26	28	16	1.97
6002615--6002676	5	12.4	5	81	6	63	3	14	20	61	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6002615--6002682	20	3.2	20	75	18	73	2	14	20	61	1.46
6002620--6002691	15	4.8	15	76	10	67	2	15	20	61	1.46
6002615--6002691	25	3.1	24	83	3	82	2	15	20	61	1.46
6007640--6007699	30	2.0	30	90	0	93	33	1	6	58	1.34
6016554--6016582	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
6019367--6019420	6	8.5	6	81	6	54	77	1	5	14	1.03
6019445--6019471	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
6021299--6021336	10	3.8	10	82	10	51	76	0	23	0	0.79
6023823--6023864	18	2.3	18	84	8	50	47	2	0	50	1.14
6024196--6024289	2	47.5	2	93	2	163	46	0	53	0	1.00
6025043--6025084	22	1.9	22	90	9	68	50	0	11	38	1.40
6025273--6025303	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
6025558--6025597	21	2.0	21	85	5	55	65	2	2	30	1.19
6029121--6029216	48	2.0	48	100	0	192	41	14	22	20	1.89
6031051--6031192	72	2.0	72	91	0	230	32	13	17	36	1.89
6033830--6033877	20	2.5	20	86	3	62	33	16	0	50	1.46
6040510--6040552	18	2.4	18	80	7	52	48	4	11	34	1.60
6040531--6040794	108	2.4	108	91	3	424	31	17	18	32	1.94
6043490--6043549	30	2.0	30	100	0	120	30	10	20	40	1.85
6044399--6044446	21	2.2	22	79	20	57	81	8	2	8	0.96
6044428--6044497	34	2.1	33	87	10	99	75	8	1	14	1.10
6044499--6044533	10	3.2	11	88	12	54	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6045367--6045415	8	6.6	8	82	17	70	75	0	12	12	1.05
6045371--6045396	12	2.2	12	100	0	52	69	0	15	15	1.20
6045367--6045404	20	1.9	20	100	0	76	73	0	13	13	1.09
6045366--6045422	16	3.3	16	79	13	60	75	0	12	12	1.05
6046730--6047224	86	5.7	88	85	7	509	30	22	23	24	1.99
6046753--6046891	44	3.2	44	68	19	135	26	23	23	26	2.00
6046929--6047153	43	5.2	43	65	12	138	28	22	23	26	1.99
6046885--6047195	43	7.2	43	62	20	112	29	23	22	24	1.99
6047218--6048131	175	5.2	175	90	1	1320	31	19	21	28	1.97
6047927--6048374	129	3.5	129	91	0	682	30	18	20	29	1.97
6050143--6050176	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
6050335--6050365	10	3.1	10	95	0	53	38	12	0	48	1.42
6050879--6050921	18	2.4	18	80	7	52	51	4	9	34	1.55
6050900--6051296	109	3.7	109	90	3	640	30	16	19	33	1.94
6050895--6051296	217	1.8	218	94	0	716	30	16	19	33	1.94
6057492--6057961	44	10.8	44	72	9	248	30	18	22	28	1.98
6057671--6057832	87	1.9	87	83	5	211	30	20	22	25	1.98
6057489--6057963	218	2.2	218	94	0	817	30	18	23	27	1.98
6062175--6062472	149	2.0	149	90	4	467	29	14	19	35	1.92
6073184--6073377	104	1.9	104	85	4	275	26	18	9	45	1.80
6074328--6074883	44	12.5	44	71	11	201	31	18	21	28	1.97
6074423--6074588	89	1.9	89	83	1	217	33	17	19	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6074150--6074768	312	2.0	312	93	0	1058	33	18	20	28	1.96
6074645--6074883	89	2.7	89	85	3	306	30	16	24	28	1.97
6074932--6075268	115	2.9	115	95	0	593	33	20	23	21	1.97
6076484--6076516	17	1.9	17	93	0	57	3	18	12	66	1.36
6076862--6076911	26	1.9	26	84	8	66	36	38	12	14	1.83
6078094--6078141	3	16.0	3	82	0	60	35	4	2	58	1.29
6078396--6078428	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
6078757--6078897	70	2.0	71	92	1	239	27	18	19	34	1.95
6080031--6080329	149	2.0	151	92	1	494	29	13	20	36	1.91
6082255--6082285	13	2.5	13	94	5	55	45	0	12	41	1.42
6083735--6083779	18	2.6	17	83	10	65	22	11	13	53	1.71
6083821--6083882	21	3.0	19	75	13	52	29	3	6	61	1.37
6085950--6085986	6	6.0	6	90	3	56	0	16	48	35	1.46
6092651--6092806	84	1.9	84	81	8	192	30	28	18	23	1.98
6092651--6092815	43	3.9	42	80	7	156	32	27	18	21	1.97
6095763--6095875	30	3.8	30	87	0	154	30	23	24	21	1.98
6095960--6096040	26	3.1	26	80	0	108	33	22	23	20	1.97
6095960--6096065	52	2.0	52	80	3	115	33	22	22	20	1.97
6096217--6096377	27	6.0	27	80	5	123	21	21	17	39	1.93
6096248--6096458	80	2.6	79	85	4	273	19	17	18	44	1.87
6096280--6096480	53	3.8	54	82	5	230	20	14	17	46	1.84
6096249--6096480	27	8.7	27	80	4	220	20	16	17	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6111853--6111955	43	2.4	43	91	0	170	28	17	23	31	1.97
6111853--6111974	43	2.8	43	87	2	138	27	18	24	30	1.98
6119186--6119213	12	2.3	12	100	0	56	50	7	17	25	1.72
6120499--6120664	44	3.6	44	82	10	206	31	15	23	30	1.95
6120549--6120665	51	2.3	51	93	0	198	34	13	23	29	1.93
6123191--6123232	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
6125344--6125515	45	3.7	47	79	12	187	21	21	29	27	1.99
6128442--6128510	15	4.6	15	87	0	93	13	17	11	57	1.64
6128433--6128520	30	3.0	30	83	8	108	11	17	14	56	1.66
6130894--6131067	46	3.8	46	77	11	185	20	21	29	28	1.98

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