genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  66  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17479845--17479884	19	2.2	19	86	4	55	30	30	0	40	1.57
17486628--17486676	24	2.0	24	96	0	89	38	0	18	42	1.50
17489744--17489855	38	2.9	38	97	0	215	43	8	19	28	1.79
17494868--17494901	16	2.2	16	89	5	52	0	14	2	82	0.79
17496098--17496144	23	2.1	22	84	4	58	76	0	2	21	0.89
17503459--17503572	9	12.0	9	69	16	61	33	0	4	62	1.15
17503441--17503574	48	2.8	49	84	6	175	35	0	3	60	1.15
17504385--17504464	31	2.6	32	86	11	112	38	7	16	37	1.77
17508447--17508571	32	4.1	32	74	20	122	27	18	10	44	1.82
17508447--17508630	92	2.0	90	83	7	228	26	19	12	42	1.86
17508787--17508844	24	2.6	21	84	10	71	36	1	3	58	1.25
17509020--17509214	61	3.2	61	81	5	223	45	11	20	22	1.83
17509261--17509307	20	2.3	21	92	3	78	68	4	0	27	1.08
17509262--17509315	20	2.7	20	85	0	72	62	7	0	29	1.22
17512352--17512407	27	2.1	27	83	6	69	39	10	7	42	1.67
17514171--17514202	15	2.0	17	88	11	50	50	6	6	37	1.53
17521653--17521733	31	2.6	31	94	0	144	43	6	25	24	1.77
17523177--17523208	7	4.6	7	96	0	55	15	0	15	68	1.21
17526306--17526351	20	2.4	19	82	7	56	39	4	6	50	1.48
17532988--17533043	30	1.9	30	89	7	89	35	8	3	51	1.51
17540655--17540693	13	2.8	14	84	7	53	43	0	2	53	1.14
17541107--17541159	25	2.1	26	85	3	72	30	7	16	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17555582--17555640	30	2.0	30	96	0	109	57	11	5	25	1.54
17555673--17555715	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
17559535--17559590	17	3.2	16	80	14	51	3	35	3	57	1.34
17560859--17560983	43	3.0	42	89	2	187	28	17	17	36	1.93
17561042--17561075	14	2.4	14	100	0	68	55	23	8	11	1.63
17561296--17561362	21	3.2	21	86	0	89	2	47	19	29	1.64
17563965--17564045	25	3.2	25	74	22	87	37	1	18	43	1.58
17563976--17564364	9	44.4	9	68	22	190	33	0	20	44	1.54
17563965--17564109	25	6.3	24	69	21	82	36	0	19	43	1.56
17564094--17564300	25	8.3	25	86	10	291	33	0	19	46	1.50
17564103--17564300	70	2.7	70	88	9	283	33	0	19	46	1.50
17564171--17564300	51	2.5	53	89	6	219	32	0	19	48	1.49
17566817--17566983	83	2.0	83	94	0	289	29	18	11	39	1.87
17567373--17567453	39	2.0	40	88	2	119	38	39	2	19	1.65
17568481--17568523	22	2.0	22	90	0	68	37	44	0	18	1.50
17568826--17569257	114	3.8	111	78	12	418	27	25	22	25	2.00
17574406--17574487	41	2.0	42	87	2	121	42	12	31	13	1.81
17576250--17576289	17	2.4	17	91	0	62	27	5	10	57	1.52
17576262--17576374	23	4.8	23	82	2	127	31	6	4	57	1.43
17582674--17582735	18	3.4	18	68	18	56	59	4	24	11	1.51
17582680--17582743	20	3.3	20	69	20	55	57	6	25	10	1.56
17584833--17584880	16	3.0	16	84	0	60	39	6	31	22	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17584836--17584888	16	3.3	15	79	10	52	39	5	30	24	1.78
17585069--17585303	55	4.1	54	72	17	161	52	4	0	42	1.28
17585178--17585221	21	2.1	21	83	8	54	56	6	0	36	1.26
17585188--17585261	26	2.6	30	77	20	86	58	1	0	40	1.07
17585205--17585243	13	3.1	12	79	13	51	58	0	0	41	0.98
17585094--17585331	119	2.0	118	94	0	413	52	5	0	41	1.29
17585100--17585334	118	2.0	119	94	0	409	53	4	0	41	1.28
17586722--17586825	49	2.1	49	90	0	163	50	9	8	31	1.66
17589072--17589110	16	2.4	17	95	4	71	71	0	0	28	0.86
17590099--17590128	12	2.5	12	94	0	51	43	20	3	33	1.68
17591871--17591917	20	2.4	19	82	7	58	46	8	10	34	1.69
17592236--17592280	22	2.0	22	100	0	90	24	4	22	48	1.68
17595876--17595966	30	3.0	31	85	3	130	42	7	20	28	1.80
17599549--17599596	24	2.0	25	83	4	62	33	2	20	43	1.64
17599854--17599898	19	2.4	20	82	14	60	37	0	4	57	1.19
17599858--17599897	18	2.2	18	86	8	55	37	0	2	60	1.11
17603602--17603626	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
17605984--17606030	11	4.2	11	76	15	51	65	21	2	10	1.33
17613274--17613321	25	2.0	24	88	8	71	16	6	33	43	1.73
17615742--17615773	12	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
17618140--17618168	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
17638862--17638956	49	1.9	49	85	4	129	32	9	5	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17642197--17642241	21	2.1	22	83	4	56	31	24	0	44	1.54
17650698--17650890	50	3.8	50	90	0	287	24	22	31	21	1.98
17652466--17652512	24	2.0	24	100	0	94	63	12	4	19	1.44
17656735--17656781	18	2.7	18	80	9	53	48	4	0	46	1.21
17662729--17662847	19	6.2	18	72	19	73	33	2	2	61	1.23
17662737--17662855	9	12.4	9	71	20	66	31	3	2	62	1.25
17662783--17662855	17	4.0	18	75	16	62	30	2	2	64	1.21
17662843--17662903	23	2.5	25	84	7	72	26	6	6	60	1.46
17664125--17664399	111	2.4	111	82	7	297	16	19	15	48	1.81
17668366--17668466	40	2.4	42	85	9	136	36	7	14	40	1.76
17668366--17668443	21	3.8	21	89	6	124	37	8	14	39	1.77
17668369--17668466	21	4.7	21	85	10	121	35	8	15	40	1.77
17668742--17668833	3	30.0	3	71	16	55	29	3	3	64	1.25
17668738--17668774	7	5.4	7	87	6	58	27	2	0	70	1.01
17668933--17668986	27	2.1	27	86	6	76	37	11	1	50	1.49
17668949--17668992	17	2.6	17	82	3	54	38	11	0	50	1.39
17669177--17669236	26	2.2	27	79	8	68	33	3	5	58	1.36
17669158--17669215	30	1.9	31	82	10	75	37	3	3	55	1.34
17669359--17669402	18	2.5	18	85	10	56	22	0	6	70	1.11
17673805--17673847	22	2.0	22	95	0	77	46	18	6	27	1.75
17674936--17674966	16	1.9	16	100	0	62	41	32	0	25	1.56
17680277--17680316	20	2.0	20	95	0	71	32	50	7	10	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17685971--17686132	79	2.1	79	97	0	306	39	13	12	34	1.82
17694453--17694510	24	2.4	24	94	0	107	50	29	6	13	1.68
17695584--17695631	25	1.9	25	82	0	60	27	16	31	25	1.97
17696736--17696762	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
17697586--17697612	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
17697580--17697623	22	2.0	22	82	8	54	22	0	0	77	0.77
17697981--17698018	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
17712080--17712210	50	2.6	50	85	0	163	26	23	29	20	1.99
17712451--17712489	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
17715989--17716029	17	2.4	17	91	4	64	31	4	24	39	1.76
17719543--17719581	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
17722013--17722049	16	2.4	16	86	8	51	10	18	5	64	1.43
17722321--17722391	36	2.0	36	85	0	97	28	21	30	19	1.97
17723692--17723746	22	2.5	20	83	13	65	67	3	0	29	1.08
17723690--17723746	21	2.7	22	79	15	66	64	3	0	31	1.10
17724193--17724233	15	2.7	15	92	0	64	46	34	0	19	1.50
17728220--17728475	124	2.1	123	87	3	361	29	15	23	31	1.95
17731660--17732270	151	4.0	151	97	0	1150	27	0	24	47	1.54
17732200--17732299	23	4.1	23	84	8	103	30	0	25	45	1.54
17731642--17732267	28	21.0	28	82	12	704	28	0	24	47	1.54
17734561--17734615	28	1.9	29	92	3	94	60	1	0	38	1.08
17734649--17734751	52	2.0	51	83	9	129	35	0	32	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17734701--17734768	22	3.1	21	85	8	91	39	0	29	30	1.57
17747591--17747642	25	2.1	25	92	0	86	23	19	3	53	1.61
17748188--17748247	14	4.5	13	78	14	52	66	1	5	26	1.21
17748186--17748247	19	3.4	18	80	6	72	66	1	4	27	1.21
17748186--17748247	22	2.8	22	80	9	65	66	1	4	27	1.21
17748981--17749035	24	2.2	26	78	18	64	40	0	16	43	1.48
17749481--17749528	22	2.2	22	81	7	53	47	2	20	29	1.61
17754500--17754526	6	4.5	6	100	0	54	37	0	44	18	1.50
17761941--17761984	15	2.8	16	89	6	63	45	0	0	54	0.99
17766064--17766097	18	1.9	17	88	5	50	76	0	11	11	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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