genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  93  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25621647--25621751	26	4.2	25	79	13	92	28	20	24	26	1.99
25623991--25624027	19	1.9	19	94	0	65	21	27	18	32	1.97
25625460--25625521	19	3.3	19	95	0	115	37	8	16	38	1.78
25625509--25625533	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
25625523--25625567	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
25625753--25625797	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
25626020--25626051	16	2.0	16	100	0	64	31	0	0	68	0.90
25626020--25626044	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25627965--25628198	50	4.6	50	78	6	204	23	26	21	28	1.99
25635398--25635446	20	2.5	20	75	15	57	12	22	6	59	1.55
25635647--25635889	50	4.8	50	76	7	168	24	27	19	27	1.99
25639597--25639638	13	2.9	15	86	10	61	0	28	0	71	0.86
25660434--25660543	26	4.2	26	90	0	175	30	23	15	30	1.95
25660424--25660543	52	2.3	52	92	1	195	29	21	15	33	1.95
25661888--25661981	46	2.0	46	97	0	179	20	26	22	30	1.98
25667249--25667357	38	2.9	38	86	6	134	29	17	14	38	1.89
25667359--25667612	40	6.4	40	80	3	262	32	16	21	29	1.95
25675774--25676115	27	12.9	27	81	7	335	19	17	19	43	1.88
25675774--25676087	53	5.9	52	79	8	321	19	16	19	43	1.88
25675778--25676121	80	4.3	81	82	4	351	19	17	19	43	1.89
25681742--25681908	68	2.5	68	83	2	183	35	16	20	26	1.94
25685165--25685190	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25699923--25700074	39	3.9	38	84	4	162	31	2	19	46	1.63
25705620--25705650	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
25719702--25719741	19	2.2	18	90	4	62	42	12	2	42	1.56
25724275--25724363	41	2.1	44	89	6	139	49	10	5	34	1.60
25724385--25724432	19	2.6	19	96	3	89	50	12	0	37	1.41
25728579--25728625	25	1.9	24	82	4	58	55	2	0	42	1.12
25736622--25736651	15	2.0	15	93	0	51	6	16	23	53	1.66
25740366--25740428	24	2.7	25	73	11	71	41	0	11	47	1.39
25740379--25740416	12	3.2	12	78	14	51	39	0	10	50	1.37
25742178--25742315	37	3.7	37	72	1	107	31	13	14	39	1.85
25749228--25749295	25	2.7	25	90	0	109	33	17	27	20	1.95
25750786--25751026	50	4.8	50	80	1	234	28	21	27	21	1.99
25751957--25752049	31	3.0	31	93	0	168	41	15	8	34	1.77
25756925--25756985	27	2.3	27	80	5	72	50	19	8	21	1.73
25762214--25762293	40	2.0	40	90	0	124	43	13	13	28	1.83
25764339--25764384	23	2.0	22	83	4	56	26	2	26	45	1.65
25765184--25765282	36	2.7	36	77	16	114	24	5	26	44	1.74
25765196--25765249	22	2.5	22	77	17	58	29	1	25	42	1.66
25767318--25767619	150	2.0	150	100	0	604	30	7	18	43	1.77
25769154--25769265	57	2.0	57	90	0	179	40	25	12	21	1.88
25778498--25778573	26	2.9	25	83	11	82	28	17	11	42	1.84
25780720--25780755	18	2.0	18	88	0	54	50	5	8	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25814404--25814459	24	2.3	24	93	0	94	32	12	26	28	1.93
25814044--25814735	384	1.8	383	93	2	1171	35	16	19	29	1.93
25814771--25814964	41	4.6	41	74	13	167	29	22	19	28	1.98
25814729--25814932	45	4.6	45	74	6	193	30	21	21	27	1.98
25814715--25814968	130	2.0	130	96	0	472	30	21	20	26	1.98
25814859--25815024	85	1.9	86	86	3	237	29	20	21	28	1.98
25824446--25824481	10	3.5	10	92	7	63	30	8	0	61	1.26
25824444--25824479	11	3.4	11	92	7	65	25	11	0	63	1.27
25829970--25830026	21	2.7	21	75	5	53	43	29	12	14	1.81
25833050--25833088	15	2.6	15	87	0	60	43	12	25	17	1.85
25833469--25833501	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
25836690--25836874	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
25836671--25836874	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
25844603--25844787	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
25844584--25844787	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
25858327--25858365	10	3.9	10	93	0	60	38	25	0	35	1.56
25869374--25869408	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
25876458--25876540	40	2.1	40	86	4	114	50	22	12	14	1.76
25879133--25879174	18	2.3	19	80	12	52	78	0	11	9	0.96
25881632--25881687	25	2.2	27	81	12	73	53	5	0	41	1.24
25881585--25881716	68	1.9	69	90	1	212	50	5	3	40	1.40
25883666--25883746	28	2.9	28	94	0	135	23	17	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25888285--25888474	76	2.6	73	89	5	285	38	10	5	46	1.60
25888285--25888496	76	2.8	72	82	11	252	41	10	5	43	1.61
25901986--25902023	19	2.1	19	85	5	51	55	5	0	39	1.23
25902829--25902905	40	1.9	40	82	10	95	18	22	33	25	1.96
25904924--25904966	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
25905376--25905643	49	5.5	49	97	0	473	42	2	8	45	1.48
25905418--25905550	29	5.2	29	60	29	86	42	2	9	45	1.49
25907786--25907946	43	3.7	43	79	6	191	22	19	27	31	1.98
25907786--25908137	43	8.2	43	76	1	186	26	25	22	25	2.00
25907887--25908137	129	1.9	129	79	1	279	28	29	19	23	1.98
25907930--25908117	86	2.2	86	83	0	223	27	30	18	23	1.98
25908489--25908598	21	5.2	21	82	0	121	5	41	17	35	1.72
25908634--25908762	66	2.0	66	85	0	177	13	23	18	44	1.86
25914181--25914214	16	2.1	16	94	0	59	32	0	14	52	1.42
25914195--25914250	25	2.2	25	83	0	67	35	5	14	44	1.68
25914252--25914462	9	24.3	9	69	16	90	39	1	16	42	1.59
25914252--25914462	25	8.5	25	66	21	72	39	1	16	42	1.59
25914428--25914460	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
25914354--25914592	72	3.2	72	79	11	318	41	2	13	43	1.56
25914274--25914592	152	2.1	154	97	2	597	41	1	14	42	1.56
25914557--25914602	22	2.1	22	91	0	74	43	0	10	45	1.39
25914524--25915002	56	8.2	56	81	10	550	40	1	11	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25914579--25914726	31	4.5	34	83	12	186	40	0	11	47	1.45
25914611--25915011	9	41.8	9	65	24	80	39	0	12	47	1.48
25914611--25914713	22	4.7	22	70	24	76	37	0	11	50	1.39
25914595--25915025	31	14.5	31	68	22	193	40	1	11	46	1.48
25914735--25914767	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
25914855--25914905	22	2.4	22	86	3	77	41	1	9	47	1.48
25915170--25915287	22	5.6	22	69	18	65	42	1	11	44	1.51
25915146--25915328	31	6.2	30	76	13	175	42	1	11	45	1.47
25915344--25915416	9	8.6	9	77	19	68	35	0	16	47	1.47
25915345--25915377	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
25915641--25915673	17	1.9	17	93	0	57	36	36	0	27	1.57
25915951--25916042	22	4.4	20	69	14	62	32	43	2	21	1.65
25916536--25917230	114	6.1	114	87	3	1001	27	22	19	30	1.98
25918326--25918737	125	3.3	124	94	0	680	29	19	18	31	1.96
25919259--25919284	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
25921035--25921086	24	2.2	24	82	6	61	57	1	1	38	1.21
25921067--25921119	10	5.2	9	79	18	52	60	1	3	33	1.26
25921067--25921119	21	2.6	18	76	23	52	60	1	3	33	1.26
25921644--25921673	15	2.0	15	93	0	51	60	0	3	36	1.14
25922399--25922453	19	2.8	20	78	13	60	63	1	9	25	1.34
25922469--25922493	13	1.9	13	100	0	50	72	0	28	0	0.86
25926224--25926313	26	3.5	27	82	7	107	33	24	26	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25926369--25926436	25	2.7	25	82	8	68	29	22	29	19	1.98
25926386--25926452	25	2.7	25	81	2	82	28	20	26	23	1.99
25934539--25934590	16	3.3	15	78	5	50	48	1	32	17	1.58
25935293--25935322	15	2.0	15	100	0	60	20	13	13	53	1.72
25936170--25936223	18	2.9	18	83	2	63	44	9	46	0	1.35
25939960--25940018	29	2.0	29	83	0	73	16	25	18	38	1.92
25939989--25940085	49	2.0	48	88	6	142	23	25	17	32	1.96
25941664--25941758	27	3.5	27	92	1	136	21	20	16	42	1.90
25941682--25941783	27	3.8	27	88	2	125	20	18	17	43	1.89
25952272--25952307	15	2.5	14	86	8	54	2	0	11	86	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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