genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9917304--9917499	104	1.9	103	82	4	243	45	8	13	32	1.74
9918132--9918199	23	3.0	23	88	0	100	23	27	4	44	1.72
9918491--9918558	23	3.1	22	82	4	84	23	27	4	44	1.72
9922951--9923018	23	3.0	23	88	0	100	23	27	4	44	1.72
9926480--9926528	9	5.4	9	80	7	55	85	8	4	2	0.79
9927412--9928406	77	13.0	79	82	6	1094	26	16	20	36	1.93
9927412--9928387	305	3.2	304	84	4	1227	26	16	21	36	1.93
9928563--9928627	29	2.2	30	88	2	96	33	18	7	40	1.79
9928870--9928916	23	2.0	24	83	4	60	61	0	38	0	0.96
9928975--9929042	3	23.0	3	88	5	95	67	0	30	1	0.99
9928980--9929095	6	18.8	6	79	11	74	73	0	24	1	0.98
9928976--9929101	19	6.1	19	77	14	76	73	0	23	2	0.99
9929036--9929103	26	2.6	26	79	11	68	79	1	16	2	0.93
9929364--9929417	9	5.4	9	79	16	54	79	1	18	0	0.82
9929364--9929417	11	5.4	10	84	8	58	79	1	18	0	0.82
9929575--9929612	16	2.4	16	90	0	58	31	0	0	68	0.90
9929739--9930157	18	23.3	18	70	16	230	33	12	10	44	1.76
9929740--9930087	35	9.7	34	75	14	231	33	12	10	43	1.77
9929780--9930084	108	2.8	106	85	4	385	32	12	11	43	1.78
9929776--9930184	35	11.4	35	75	12	296	32	11	11	44	1.76
9929776--9930156	17	21.2	17	71	15	198	32	11	11	44	1.76
9932174--9932236	32	2.0	32	83	0	81	33	11	22	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9933559--9933677	35	3.4	35	88	4	154	32	12	14	40	1.83
9933559--9933823	17	14.9	17	68	16	112	32	12	11	43	1.77
9933650--9933695	18	2.4	18	85	10	56	43	10	6	39	1.66
9933579--9933822	37	6.8	37	73	11	136	33	11	10	43	1.76
9943608--9943649	17	2.4	17	77	18	50	35	4	2	57	1.33
9943615--9943656	17	2.5	17	80	7	50	40	2	4	52	1.35
9943648--9943699	21	2.5	21	83	0	59	25	7	13	53	1.65
9951572--9951613	20	2.1	20	86	8	59	52	0	0	47	1.00
9954964--9955012	22	2.2	22	81	0	62	40	12	14	32	1.83
9957050--9957187	25	5.5	25	68	9	77	34	21	26	18	1.96
9956997--9957162	73	2.3	73	77	5	165	34	22	25	16	1.95
9957272--9957328	25	2.3	24	78	3	60	45	19	22	12	1.83
9957646--9957696	21	2.4	21	83	6	59	41	19	1	37	1.63
9959017--9959045	14	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
9959617--9959760	63	2.3	62	80	4	164	23	22	29	23	1.99
9961461--9961672	102	2.1	102	91	0	352	51	16	15	16	1.76
9962026--9962166	71	2.0	71	100	0	282	25	24	21	28	1.99
9963430--9963531	4	24.0	4	81	16	109	73	1	22	1	1.03
9963430--9963531	53	1.9	53	86	11	147	73	1	22	1	1.03
9964426--9964563	40	3.5	40	77	6	156	27	15	24	31	1.96
9964667--9964706	19	2.1	19	86	9	55	37	0	30	32	1.58
9977292--9977362	30	2.3	31	80	2	90	45	0	18	36	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9982807--9982842	17	2.1	17	89	0	54	33	22	19	25	1.97
9983910--9984000	46	2.0	46	86	4	130	12	16	43	27	1.83
9984146--9984189	10	4.5	10	94	2	72	0	9	6	84	0.79
9984146--9984197	20	2.6	19	85	8	77	0	11	5	82	0.82
9985199--9985268	28	2.4	29	92	2	115	45	8	22	22	1.79
9985824--9986196	75	5.0	75	87	1	487	34	20	17	27	1.95
9998534--9998627	28	3.3	28	72	10	91	8	18	39	34	1.81
9998546--9998668	58	2.1	58	83	3	149	12	18	38	30	1.88
9998760--9998803	9	4.6	10	88	8	65	2	18	0	79	0.83
9998745--9998803	19	3.0	19	83	14	75	3	15	1	79	0.94
9999150--9999202	27	1.9	27	88	3	79	11	9	22	56	1.63
9999776--9999841	29	2.3	30	89	7	102	48	9	21	21	1.77
10004248--10004289	17	2.3	19	88	8	61	35	23	19	21	1.96
10005250--10005275	12	2.2	12	100	0	52	15	26	19	38	1.91
10007938--10007975	19	2.0	19	94	0	67	28	10	2	57	1.45
10008173--10008414	43	5.7	43	79	3	238	25	17	28	28	1.98
10008344--10008443	42	2.4	42	98	0	191	31	22	21	26	1.98
10008368--10008456	42	2.1	42	87	0	124	30	24	16	28	1.97
10021190--10021241	23	2.2	25	82	6	63	0	1	46	51	1.12
10029786--10029838	21	2.5	21	81	3	61	54	13	7	24	1.64
10029829--10029877	17	2.8	17	76	14	55	55	4	4	36	1.38
10032709--10032761	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10035552--10035614	32	2.0	32	87	6	92	38	9	17	34	1.82
10038829--10038870	6	7.0	6	91	8	68	0	16	0	83	0.65
10041143--10041180	19	2.0	19	89	0	58	28	7	0	63	1.23
10045801--10045861	26	2.4	24	78	13	59	62	1	1	34	1.15
10049540--10049608	30	2.3	30	82	2	84	40	1	7	50	1.39
10049541--10049585	22	2.0	22	83	12	56	35	2	4	57	1.31
10056068--10056121	11	4.8	12	76	19	62	29	29	0	40	1.57
10056062--10056121	23	2.6	22	80	19	70	30	28	0	41	1.56
10056083--10056180	51	1.9	51	85	4	135	28	23	2	45	1.64
10056178--10056211	10	3.4	10	91	0	50	23	0	0	76	0.79
10057995--10058034	18	2.2	18	90	0	62	20	32	7	40	1.80
10058498--10058633	60	2.3	60	98	0	263	35	4	11	48	1.60
10061782--10061836	25	2.2	24	81	12	58	45	5	10	38	1.63
10064550--10064971	125	3.4	125	87	2	650	30	22	18	28	1.97
10077416--10077451	15	2.3	16	85	9	56	25	41	8	25	1.83
10080474--10080534	31	2.0	31	96	0	113	27	4	26	40	1.76
10083928--10083957	15	2.0	15	100	0	60	20	20	46	13	1.83
10093098--10093122	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
10094324--10094470	49	3.0	49	89	4	215	31	29	14	24	1.95
10096084--10096214	67	2.0	67	92	3	219	25	32	19	22	1.97
10099136--10099373	41	5.8	41	80	3	255	21	21	26	30	1.98
10099151--10099373	123	1.8	123	84	3	306	22	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10100140--10100388	43	5.8	43	78	3	225	19	19	31	29	1.96
10100135--10100388	86	2.9	85	79	4	258	21	18	30	29	1.97
10100145--10100388	129	1.9	130	84	4	332	19	18	31	30	1.96
10102295--10102487	98	2.0	98	89	0	296	36	23	10	28	1.89
10104387--10104554	66	2.5	66	95	0	291	25	24	20	30	1.99
10104521--10104839	45	7.3	45	71	13	168	25	23	20	30	1.99
10115579--10115773	98	2.0	98	92	0	327	36	24	11	27	1.90
10124215--10124288	30	2.4	31	80	8	89	17	31	0	51	1.46
10124214--10124288	29	2.5	31	80	14	93	17	30	0	52	1.45
10128550--10128648	41	2.4	41	84	3	128	29	23	20	27	1.99
10131867--10131939	34	2.2	34	87	4	105	13	28	0	57	1.37
10138813--10138905	25	3.7	25	74	9	82	27	21	27	22	1.99
10138815--10138913	50	2.0	49	86	5	137	28	20	28	23	1.99
10138949--10139029	25	3.2	24	74	6	72	37	17	24	20	1.94
10138900--10139029	50	2.6	49	81	10	131	38	16	23	20	1.93
10147713--10147752	12	3.3	12	85	0	53	25	30	27	17	1.97
10147719--10147753	18	1.9	18	94	0	61	25	28	28	17	1.97
10150952--10151019	28	2.4	28	85	0	91	36	22	25	16	1.94
10156074--10156200	60	2.1	61	82	10	154	40	4	9	44	1.58
10156868--10156921	14	3.9	14	79	16	58	38	37	9	14	1.79
10156880--10156921	13	3.0	15	83	13	54	35	40	9	14	1.78
10156881--10156933	13	4.0	12	83	11	52	39	37	9	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10171559--10171645	11	8.2	11	72	23	62	70	0	0	29	0.88
10171559--10171608	25	2.0	26	92	7	86	74	0	0	26	0.83
10171586--10171657	20	3.8	17	79	17	72	63	0	0	36	0.94
10171586--10171657	19	3.8	18	77	20	76	63	0	0	36	0.94
10171560--10171663	9	11.3	9	70	13	70	67	0	0	32	0.91
10171634--10171675	18	2.3	18	87	4	57	59	4	2	33	1.31
10171947--10171983	12	3.2	12	77	14	51	24	5	0	70	1.08
10171940--10171983	22	2.0	22	95	0	79	25	4	0	70	1.06
10171921--10172002	41	2.0	41	81	13	98	26	6	0	67	1.14
10171936--10172039	30	3.6	28	70	5	66	27	3	0	67	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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