genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  68  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18110277--18110393	54	2.2	54	81	3	128	20	14	23	41	1.89
18110291--18110403	54	2.1	54	84	0	145	17	16	22	43	1.88
18120292--18120377	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
18124493--18124546	28	2.0	27	82	17	67	51	1	11	35	1.48
18124578--18124644	28	2.4	27	80	7	80	56	1	4	37	1.29
18124595--18124630	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
18125408--18125436	6	5.0	6	91	8	51	68	0	31	0	0.89
18125832--18125882	26	1.9	27	92	4	86	13	3	41	41	1.63
18126253--18126378	50	2.5	50	70	3	119	26	19	23	30	1.98
18126418--18126524	46	2.3	46	82	7	153	27	17	20	34	1.95
18126430--18126520	46	2.0	47	93	2	157	27	18	17	36	1.94
18126444--18127023	175	3.3	175	91	0	937	28	20	17	33	1.95
18139443--18139497	28	2.0	28	86	13	78	54	0	10	34	1.36
18139545--18139580	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
18140529--18140553	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
18140809--18140859	26	1.9	27	88	4	77	15	3	39	41	1.66
18143168--18143201	13	2.6	13	85	0	50	26	0	0	73	0.83
18143531--18143616	33	2.6	31	74	16	84	47	11	4	36	1.61
18143719--18143805	34	2.6	34	75	18	92	0	33	0	66	0.92
18143719--18143823	33	3.2	33	74	16	108	0	34	0	65	0.93
18143782--18143860	10	8.1	10	78	10	65	3	26	0	69	1.05
18143757--18143842	38	2.2	40	83	6	115	2	30	0	67	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18143914--18143980	27	2.5	27	80	2	73	22	28	28	20	1.99
18144011--18144048	20	1.9	20	88	0	58	10	2	7	78	1.04
18147998--18148036	14	2.7	15	76	15	55	20	10	33	35	1.86
18149558--18149753	50	3.9	50	71	8	139	23	18	23	33	1.97
18149527--18149762	51	4.7	50	72	7	163	22	20	22	33	1.97
18149530--18149769	101	2.4	101	88	2	349	22	21	22	33	1.97
18149887--18150044	44	3.6	44	88	0	217	27	21	20	30	1.98
18151479--18151537	7	8.0	7	78	19	59	15	13	0	71	1.15
18151504--18151540	17	2.4	16	86	13	51	13	13	0	72	1.11
18151479--18151532	21	2.5	22	90	6	83	14	14	0	70	1.17
18151479--18151538	30	2.0	30	83	6	77	15	13	0	71	1.14
18161581--18161605	12	2.1	12	100	0	50	28	16	8	48	1.74
18162354--18162386	17	1.9	17	88	11	50	27	9	0	63	1.24
18171275--18171310	16	2.2	16	95	0	63	25	22	13	38	1.91
18175853--18175927	39	1.9	39	100	0	150	25	10	33	30	1.90
18177680--18177757	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
18177710--18178036	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
18183488--18183575	37	2.3	39	80	3	108	29	25	1	44	1.61
18184132--18184182	22	2.3	22	86	6	68	50	17	0	31	1.46
18184401--18184476	32	2.4	32	84	6	102	31	5	1	61	1.26
18191819--18191857	7	5.7	7	90	3	62	17	0	35	46	1.49
18191892--18192284	125	3.1	124	86	4	515	36	16	16	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18194603--18194651	25	1.9	25	84	12	64	59	4	0	36	1.17
18194599--18194655	24	2.3	23	78	18	62	54	3	0	42	1.17
18195051--18195088	18	2.1	18	90	0	58	42	10	21	26	1.85
18195674--18195698	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18196845--18196909	30	2.2	30	94	0	112	40	3	29	27	1.71
18199343--18199374	15	2.1	15	100	0	64	43	6	6	43	1.54
18204957--18205014	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
18205895--18205950	28	2.0	27	82	3	67	26	30	21	21	1.98
18210498--18210541	19	2.2	20	88	4	63	36	2	2	59	1.23
18210220--18210544	9	33.7	9	64	19	61	36	5	1	56	1.33
18210487--18210541	20	2.9	19	82	12	62	34	3	1	60	1.25
18212639--18212664	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18216190--18216241	23	2.3	23	96	0	95	36	0	13	50	1.42
18216199--18216250	13	4.2	13	78	14	65	36	0	15	48	1.45
18222070--18222190	10	11.7	10	69	19	70	48	4	8	38	1.52
18222070--18222104	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
18222026--18222359	66	5.2	65	78	20	389	50	4	7	36	1.52
18222088--18222246	76	2.1	76	95	0	291	49	4	7	38	1.51
18222267--18222303	10	3.7	10	96	0	65	51	0	10	37	1.37
18222174--18222423	55	4.5	56	89	6	357	49	6	8	36	1.58
18222154--18222363	113	1.9	113	95	2	386	51	4	8	35	1.53
18222325--18222359	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18222154--18222423	113	2.4	112	88	6	379	48	5	8	36	1.58
18222219--18222450	55	4.2	55	82	10	226	46	6	9	37	1.62
18222446--18222522	18	4.7	18	68	21	69	28	0	24	46	1.53
18222446--18222530	23	3.7	22	76	16	91	27	0	25	47	1.53
18222452--18223636	29	42.8	29	70	20	280	27	0	26	46	1.56
18222691--18222732	18	2.3	18	91	0	66	26	0	23	50	1.50
18222499--18222713	35	6.7	33	81	15	256	26	0	27	45	1.54
18222742--18222779	18	2.1	18	95	0	67	28	0	23	47	1.52
18222606--18222973	151	2.4	154	90	5	573	27	0	26	45	1.56
18222842--18223012	18	10.4	18	64	22	81	27	0	26	45	1.58
18223104--18223193	18	5.4	18	72	22	88	30	0	24	45	1.53
18222760--18223636	263	3.3	262	90	4	1226	27	0	26	45	1.56
18223234--18223275	18	2.3	18	91	0	66	26	0	23	50	1.50
18222989--18223726	292	2.5	299	90	6	1134	27	0	25	46	1.55
18223396--18223485	18	5.4	18	72	22	88	30	0	24	45	1.53
18223234--18223701	216	2.2	210	90	2	729	27	0	25	46	1.55
18223584--18223701	47	2.5	47	94	0	200	27	0	24	47	1.52
18223612--18223726	18	6.8	18	75	13	127	27	0	22	49	1.50
18223722--18223785	25	2.5	26	84	2	94	37	14	1	46	1.53
18225986--18226049	29	2.2	30	91	2	103	67	0	0	32	0.91
18241927--18241966	21	1.9	21	89	0	62	15	35	25	25	1.94
18241928--18241974	21	2.2	21	84	0	58	19	38	23	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18255352--18255399	17	3.1	14	78	21	51	68	6	2	22	1.23
18262724--18262748	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18268110--18268833	369	2.0	369	94	0	1259	27	20	15	35	1.94
18273377--18273567	61	3.1	61	94	1	330	41	1	7	49	1.40
18274582--18274668	28	3.0	29	81	8	97	58	0	2	39	1.11
18274584--18274685	29	3.5	29	84	6	109	57	0	1	40	1.10
18274653--18274696	19	2.3	19	84	4	52	54	0	2	43	1.12
18274673--18274715	10	4.3	10	75	0	50	65	2	2	30	1.18
18274747--18274803	20	3.1	18	75	14	53	57	1	12	28	1.44
18274746--18274802	18	3.0	20	75	15	57	57	3	10	28	1.48
18274988--18275067	10	8.4	10	72	12	62	26	1	2	70	1.08
18274977--18275057	18	4.2	21	74	14	61	25	1	4	67	1.18
18274988--18275066	18	4.2	19	73	11	65	26	1	2	69	1.09
18275200--18275383	88	2.1	89	79	6	203	35	8	18	36	1.82
18275458--18275505	16	3.0	16	87	0	78	39	4	31	25	1.74
18275461--18275513	16	3.3	15	82	10	61	39	3	30	26	1.74
18275492--18275587	45	2.2	44	84	5	122	32	4	25	38	1.75
18275745--18276377	17	37.0	17	62	23	88	54	3	1	41	1.23
18275818--18275996	14	12.3	15	65	25	59	56	1	0	41	1.13
18275862--18276173	18	15.9	18	66	22	107	53	2	0	42	1.21
18276056--18276367	30	10.4	30	62	19	100	55	2	0	40	1.20
18276072--18276111	13	3.2	12	80	13	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18275725--18277278	239	6.5	238	96	1	2642	52	3	1	42	1.28
18276324--18276368	16	2.8	16	80	16	56	60	0	2	37	1.09
18276339--18276376	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
18276551--18276615	18	4.2	16	72	18	57	60	0	1	38	1.07
18276578--18276615	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
18276703--18276743	18	2.3	19	79	12	50	56	2	0	41	1.13
18276815--18276852	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
18275725--18277278	476	3.3	478	94	2	2698	52	3	1	42	1.28
18276823--18277246	56	7.2	54	66	23	207	51	4	1	42	1.31
18275731--18277278	715	2.2	717	93	2	2654	52	3	1	42	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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