genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7759154--7759225	37	1.9	38	88	2	110	36	44	1	18	1.58
7760532--7760569	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
7760652--7760715	24	2.7	24	77	15	69	50	3	3	43	1.33
7760668--7760723	25	2.2	26	78	18	64	50	1	5	42	1.35
7761066--7761450	41	9.4	40	81	4	227	36	24	23	15	1.94
7761049--7761450	82	4.9	81	81	4	342	35	24	24	15	1.94
7761150--7761450	123	2.4	122	84	4	372	35	25	23	14	1.93
7761507--7761605	40	2.5	40	80	6	112	20	29	21	29	1.98
7763099--7763136	16	2.4	16	90	0	58	55	26	13	5	1.59
7763108--7763140	16	2.1	16	100	0	66	48	33	12	6	1.65
7763166--7763280	42	2.7	42	89	2	169	33	23	20	22	1.97
7763255--7763419	43	3.8	43	88	2	242	20	20	24	35	1.96
7763255--7763419	87	1.9	85	92	2	276	20	20	24	35	1.96
7763729--7763799	21	3.4	21	88	0	106	4	46	18	30	1.68
7769269--7769577	9	35.1	9	77	8	314	32	1	19	46	1.59
7769611--7769701	37	2.5	37	90	0	137	36	6	10	46	1.65
7769566--7769767	94	2.1	94	100	0	404	37	5	10	46	1.64
7769648--7769947	57	5.3	57	82	3	392	38	5	10	46	1.61
7769543--7770134	206	2.9	205	85	6	707	38	5	10	45	1.62
7769660--7769947	112	2.6	112	98	0	549	38	4	10	46	1.60
7769912--7769967	19	2.8	20	81	5	69	48	3	8	39	1.52
7769854--7770099	76	3.2	76	83	2	282	40	4	10	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7769907--7770033	20	6.6	20	76	10	111	44	5	7	42	1.54
7770064--7770534	20	24.9	19	64	18	101	39	4	9	46	1.58
7770003--7770370	56	6.5	56	85	2	493	39	5	10	45	1.61
7770003--7770370	115	3.2	113	88	3	519	39	5	10	45	1.61
7770310--7770428	37	3.2	37	89	0	184	35	5	10	48	1.60
7770388--7770515	57	2.3	56	86	4	168	39	3	10	46	1.56
7770257--7770501	131	1.9	131	93	3	422	38	4	10	46	1.58
7770422--7770534	37	2.9	39	73	10	124	41	3	7	46	1.50
7772553--7772594	19	2.2	19	86	0	57	23	2	45	28	1.66
7772924--7773432	230	2.2	231	88	2	747	34	20	17	27	1.95
7774212--7774242	15	2.0	16	93	6	55	38	45	0	16	1.47
7774508--7774556	18	2.5	21	80	9	59	26	2	10	61	1.39
7775109--7775203	39	2.4	39	79	10	95	14	20	22	43	1.88
7781359--7781441	31	2.7	31	88	0	112	40	8	14	36	1.76
7788557--7788684	64	2.0	64	93	0	220	32	25	15	26	1.95
7790705--7790746	13	3.2	13	80	16	50	21	0	2	76	0.90
7790704--7790746	18	2.4	18	81	11	54	23	0	2	74	0.93
7793296--7793329	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7797104--7797155	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
7802832--7802871	21	1.9	21	84	0	53	20	2	12	65	1.38
7803481--7803770	106	2.7	106	89	1	427	27	15	21	35	1.94
7804583--7804658	23	3.3	23	94	0	134	25	21	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7808857--7808895	19	2.1	18	85	9	51	5	25	2	66	1.25
7811601--7811644	22	2.0	22	100	0	88	27	36	13	22	1.92
7811603--7811650	22	2.2	22	92	0	78	31	33	10	25	1.89
7811943--7811994	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
7819672--7819709	17	2.2	18	86	13	53	65	2	2	28	1.19
7827826--7827892	28	2.3	31	75	15	70	46	8	13	31	1.74
7833303--7833328	6	4.3	6	100	0	52	50	34	0	15	1.45
7838022--7838068	24	2.0	24	82	0	58	68	4	8	19	1.33
7838615--7838651	19	1.9	19	88	0	56	32	2	2	62	1.23
7841220--7841252	17	1.9	17	93	0	57	63	0	27	9	1.24
7853232--7853307	6	12.7	6	77	13	50	19	1	5	73	1.09
7856639--7856664	13	2.0	13	100	0	52	15	7	23	53	1.67
7857515--7857560	22	2.1	22	91	0	74	50	8	4	36	1.53
7881293--7881369	41	1.9	40	83	2	100	49	25	0	24	1.51
7882237--7882309	29	2.5	28	86	8	94	63	1	2	32	1.17
7882551--7882603	26	2.0	28	85	7	74	39	0	1	58	1.09
7882646--7882866	88	2.6	85	84	6	282	29	8	20	41	1.81
7882961--7882999	19	2.0	20	85	14	55	53	2	5	38	1.37
7884440--7884520	36	2.2	36	91	0	126	33	6	7	53	1.54
7891119--7891161	4	10.8	4	94	0	77	48	23	0	27	1.51
7893179--7893204	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
7905135--7905159	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7905329--7905394	33	2.0	33	87	0	96	46	25	16	10	1.79
7905666--7905715	24	2.1	24	100	0	100	34	38	8	20	1.82
7907126--7907155	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7908171--7908236	28	2.4	28	94	0	114	39	10	0	50	1.37
7908278--7908345	27	2.5	27	87	0	91	30	22	30	16	1.95
7908287--7908346	27	2.2	27	90	0	93	30	20	33	16	1.94
7909527--7909653	28	4.5	28	89	0	182	30	11	26	30	1.92
7909835--7909873	17	2.3	17	95	0	69	33	10	7	48	1.66
7910390--7910790	46	8.6	45	73	12	231	27	12	18	42	1.86
7910439--7910780	23	14.6	23	71	17	199	26	12	18	42	1.86
7910424--7910780	47	7.6	47	75	13	326	27	12	18	42	1.85
7910415--7910782	70	5.3	66	70	16	224	26	12	18	42	1.86
7910408--7910790	93	4.1	93	93	3	624	27	12	18	42	1.85
7911242--7911300	19	3.2	18	80	4	73	38	10	0	50	1.36
7911250--7911300	18	2.7	19	81	3	68	37	9	0	52	1.34
7911376--7911506	19	7.1	18	75	5	118	37	9	1	51	1.45
7911392--7911492	18	5.5	18	79	9	123	40	10	0	47	1.45
7911376--7911506	37	3.5	37	94	0	217	37	9	1	51	1.45
7911560--7911623	18	3.5	18	81	12	85	48	0	10	40	1.38
7911546--7911639	37	2.5	37	98	0	179	51	0	11	37	1.39
7911546--7911639	19	5.1	19	79	10	122	51	0	11	37	1.39
7912196--7912254	27	2.2	27	87	0	82	15	28	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7912305--7912365	26	2.2	28	94	5	108	50	0	8	40	1.32
7914249--7914388	43	3.3	43	86	2	183	20	30	29	19	1.97
7919711--7919771	31	2.0	31	90	0	95	27	14	21	36	1.93
7941168--7941207	21	1.9	21	90	10	64	22	60	0	17	1.37
7944435--7944507	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
7945307--7945331	8	3.1	8	100	0	50	0	16	24	60	1.36
7947514--7947553	14	2.9	15	85	10	50	47	15	2	35	1.58
7952237--7952262	7	3.7	7	100	0	52	11	26	0	61	1.30
7952762--7952791	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
7952900--7952950	21	2.3	22	80	6	59	70	0	1	27	0.98
7954955--7955006	22	2.3	23	80	12	63	53	1	0	44	1.11
7960383--7960431	25	2.0	24	88	8	71	28	2	0	69	1.00
7961254--7961287	15	2.3	15	89	0	50	26	14	0	58	1.36
7962058--7962113	27	2.1	28	83	12	73	58	0	3	37	1.15
7967832--7967872	21	1.9	21	85	14	57	48	4	4	41	1.46
7969086--7969124	20	1.9	21	89	5	62	30	0	2	66	1.05
7969086--7969128	21	2.0	21	86	8	61	30	0	2	67	1.03
7969091--7969135	20	2.2	20	84	0	54	28	2	4	64	1.25
7989633--7989664	16	1.9	17	93	6	57	46	6	9	37	1.61
8002860--8002922	29	2.2	29	83	11	76	55	1	3	39	1.25
8002946--8003003	22	2.7	21	78	19	57	60	0	0	39	0.97
8002946--8003001	23	2.5	21	77	11	58	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8007738--8007787	26	1.9	26	83	0	64	42	18	18	22	1.90
8018547--8018612	33	2.0	33	100	0	132	27	12	9	51	1.69
8022224--8022300	18	4.3	17	73	14	57	62	2	1	33	1.17
8022237--8022286	16	3.1	16	82	2	55	70	0	0	30	0.88
8022425--8022451	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8033156--8033181	6	4.3	6	100	0	52	0	0	30	69	0.89
8033798--8033861	30	2.1	30	88	0	92	15	28	34	21	1.94
8035562--8035601	19	2.1	19	85	0	53	42	2	0	55	1.13
8037528--8037588	3	21.3	3	86	9	92	32	1	0	65	1.02
8041712--8041806	34	2.8	34	75	9	104	74	6	12	6	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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