genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  61  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16406176--16406422	82	3.0	82	92	2	415	28	21	13	35	1.92
16406222--16406458	128	1.9	122	85	10	331	28	22	12	36	1.91
16409108--16409189	27	3.1	27	77	3	78	29	19	15	35	1.93
16410162--16410296	36	3.8	36	74	3	128	25	25	17	31	1.97
16410199--16410391	36	5.4	36	70	4	120	23	21	19	35	1.96
16410162--16410405	72	3.4	72	80	2	283	24	22	18	34	1.97
16416657--16416777	47	2.7	44	81	10	122	19	19	16	43	1.88
16419155--16419202	25	1.9	25	86	0	69	54	14	25	6	1.63
16420236--16420395	42	3.8	41	80	3	167	16	35	26	21	1.94
16421282--16421342	16	3.4	17	73	15	52	50	0	26	22	1.49
16422575--16422658	39	2.2	37	89	4	123	39	4	3	52	1.40
16422575--16422634	17	3.2	17	70	20	57	41	6	1	50	1.39
16422578--16422641	19	3.3	19	70	12	67	40	6	1	51	1.36
16435497--16435550	14	4.1	14	79	15	62	79	7	1	11	1.00
16435500--16435595	38	2.5	39	75	12	101	78	6	7	8	1.10
16435520--16435588	13	5.2	13	70	13	50	82	4	8	4	0.93
16437800--16437885	44	2.0	44	86	4	120	33	19	19	26	1.96
16438058--16438354	88	3.4	88	87	0	416	27	24	24	22	2.00
16438036--16438354	175	1.8	176	86	0	469	27	25	23	23	2.00
16438303--16438398	44	2.2	44	84	3	122	25	28	21	25	1.99
16438058--16438403	175	2.0	175	80	5	394	27	25	24	22	2.00
16438664--16439042	99	3.8	99	82	1	456	33	21	20	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16438664--16439038	199	1.9	198	90	0	606	33	21	20	24	1.97
16438670--16439038	50	7.4	50	70	2	231	33	21	20	24	1.97
16440534--16440576	23	2.0	22	81	9	52	34	4	9	51	1.55
16441185--16441535	122	2.8	125	87	3	485	29	15	20	34	1.93
16444567--16444804	116	2.1	116	94	0	413	42	9	9	37	1.71
16444801--16444915	23	4.8	23	74	17	108	27	0	24	46	1.58
16444856--16444901	22	2.2	20	88	11	67	26	0	28	45	1.54
16444832--16445038	51	3.8	52	83	12	213	26	0	29	44	1.55
16444880--16445038	29	5.4	29	90	4	248	25	0	30	44	1.55
16444801--16445058	29	10.0	23	71	20	99	27	0	27	45	1.57
16444880--16445038	59	2.7	59	91	5	252	25	0	30	44	1.55
16444823--16445054	29	8.7	26	77	18	166	27	0	28	43	1.55
16445054--16445166	25	4.7	25	68	18	96	42	13	0	43	1.49
16445054--16445210	70	2.3	69	93	1	260	44	12	0	42	1.47
16445063--16445173	35	3.2	35	64	19	95	45	13	0	40	1.50
16445134--16445220	44	2.0	45	90	2	140	49	12	0	37	1.41
16446324--16446348	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
16451972--16452190	111	2.0	112	84	2	289	36	6	17	40	1.75
16455512--16455552	17	2.4	16	84	11	55	26	0	2	70	0.99
16460113--16460315	42	4.7	43	88	3	268	28	33	18	19	1.95
16460590--16460680	43	2.1	43	87	2	130	45	9	9	35	1.71
16464455--16464517	19	3.3	18	74	10	63	52	0	6	41	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16464645--16464677	13	2.5	13	95	0	57	30	9	6	54	1.56
16465177--16465215	14	2.8	14	96	0	69	35	48	0	15	1.45
16465169--16465228	21	2.9	21	85	5	77	35	45	0	20	1.51
16465177--16465228	14	3.7	14	89	0	59	36	46	0	17	1.48
16465513--16465549	14	2.6	14	82	0	56	45	27	0	27	1.54
16465914--16466118	82	2.5	82	84	1	268	31	26	22	19	1.97
16465915--16466119	41	5.0	41	84	1	241	32	26	21	19	1.97
16466142--16466294	40	3.8	41	76	6	136	21	20	21	35	1.96
16467209--16467242	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
16484096--16484134	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
16484269--16484320	22	2.4	22	96	0	95	25	1	21	51	1.57
16484616--16484673	26	2.2	26	84	6	73	17	22	22	37	1.93
16484666--16484731	23	2.8	24	77	13	73	21	24	19	34	1.96
16484726--16484809	24	3.5	24	68	9	64	16	23	21	38	1.93
16495612--16495656	22	2.0	22	95	0	81	57	4	8	28	1.48
16495928--16495988	24	2.7	22	83	14	72	55	1	6	36	1.36
16495871--16495988	59	2.0	59	82	9	143	52	5	7	34	1.52
16495999--16496063	24	2.8	23	76	4	76	61	3	4	30	1.31
16495946--16496060	23	4.9	24	72	10	94	57	3	7	31	1.44
16496886--16496933	22	2.2	21	78	10	51	33	16	6	43	1.73
16496907--16496975	19	3.8	17	78	14	75	31	14	11	42	1.82
16496914--16496965	19	2.7	19	96	0	95	34	15	11	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16497656--16497776	51	2.4	51	88	2	172	30	28	18	23	1.97
16510246--16510373	63	2.0	63	100	0	256	17	21	23	37	1.94
16522744--16522850	23	5.0	21	76	10	92	36	20	20	22	1.95
16522783--16522850	23	2.9	24	86	6	104	36	17	19	26	1.94
16523900--16523935	16	2.2	16	90	0	54	2	36	0	61	1.11
16524161--16524232	24	3.0	24	71	20	60	51	1	0	47	1.09
16524174--16524212	12	3.4	11	80	13	51	46	2	0	51	1.14
16524186--16524235	21	2.5	20	76	3	55	52	2	0	46	1.12
16536006--16536054	18	2.7	18	96	0	89	34	0	0	65	0.93
16542416--16542460	19	2.3	19	84	3	63	42	4	4	48	1.43
16544496--16544787	50	5.7	49	84	5	273	27	22	28	22	1.99
16544496--16544738	100	2.4	103	84	5	305	26	22	28	22	1.99
16548318--16548342	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
16553673--16553722	20	2.7	19	80	20	61	42	2	2	54	1.23
16553764--16553810	12	4.1	12	74	20	55	46	2	0	51	1.13
16553767--16553810	17	2.6	18	78	10	56	47	2	0	50	1.13
16556929--16556976	17	2.6	19	83	6	64	60	2	2	35	1.20
16556929--16556977	13	3.9	12	75	19	55	59	2	2	36	1.21
16557011--16557039	12	2.3	13	94	5	51	55	0	13	31	1.39
16565178--16565205	13	2.2	13	100	0	56	32	0	39	28	1.57
16571896--16572005	30	3.7	30	84	7	143	30	22	4	41	1.74
16571885--16572005	60	2.0	60	85	3	163	29	23	4	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16583057--16583895	75	11.2	75	93	2	1364	25	18	21	33	1.96
16584180--16584278	29	3.4	29	81	5	110	32	22	2	43	1.65
16584180--16584256	30	2.6	30	86	10	113	32	19	1	46	1.58
16584773--16584838	25	2.5	27	83	11	84	71	0	28	0	0.87
16584773--16584839	21	3.2	21	78	4	55	71	0	28	0	0.86
16584949--16585003	6	8.8	6	79	16	51	81	0	18	0	0.68
16584955--16585005	10	5.5	10	76	23	58	82	0	17	0	0.67
16584951--16584995	11	4.3	11	88	11	67	80	0	20	0	0.72
16584949--16585005	17	3.2	18	81	16	73	82	0	17	0	0.67
16584949--16585005	26	2.2	26	87	6	80	82	0	17	0	0.67
16584949--16585017	7	10.6	7	75	20	51	82	1	14	1	0.81
16584950--16585004	20	2.5	24	80	17	73	81	0	18	0	0.68
16584962--16585017	27	2.1	27	86	6	78	83	1	12	1	0.79
16585145--16585197	26	2.0	26	85	0	70	33	28	28	9	1.88
16585225--16585254	10	2.8	11	95	5	53	86	0	13	0	0.57
16590567--16590684	61	1.9	61	84	3	157	44	12	8	34	1.73
16593478--16593583	45	2.4	45	88	4	162	50	11	21	16	1.77
16599450--16599491	20	2.1	20	90	0	66	76	0	23	0	0.79
16603771--16603975	45	4.6	44	78	7	191	43	14	19	22	1.86
16603771--16603975	90	2.3	89	82	5	234	43	14	19	22	1.86
16604965--16605032	34	2.0	34	94	0	118	42	19	10	27	1.83
16606227--16606447	45	4.9	44	76	6	156	43	14	18	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16606258--16606447	90	2.1	90	82	1	220	42	15	18	24	1.88
16611210--16611297	45	2.0	45	93	0	149	34	20	18	27	1.96
16611297--16611494	51	3.9	50	78	6	229	29	27	18	25	1.98
16611306--16611490	101	1.8	101	89	3	291	30	27	18	24	1.98
16611301--16611513	101	2.1	101	81	4	259	29	27	16	25	1.97
16617767--16617830	22	3.0	21	78	14	62	29	0	6	64	1.18
16622561--16622597	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
16622615--16622701	31	2.8	31	74	8	88	51	11	1	35	1.46
16623797--16623846	21	2.4	21	83	6	57	64	12	4	20	1.43
16633343--16633385	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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