genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  56  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15008884--15009493	100	6.1	100	88	1	839	30	22	22	25	1.99
15011167--15011222	22	2.5	22	77	11	60	39	1	5	53	1.34
15011666--15012092	109	3.9	109	91	2	655	30	16	18	34	1.93
15032546--15032578	16	2.1	16	100	0	66	15	24	30	30	1.95
15059414--15059538	64	2.0	64	80	0	142	33	20	20	25	1.97
15065407--15065447	17	2.4	18	84	15	52	39	0	0	60	0.96
15069722--15069754	17	2.0	17	88	5	50	54	30	0	15	1.41
15070436--15070551	35	3.2	36	77	9	128	35	21	20	22	1.96
15073640--15073680	19	2.2	19	86	0	55	36	2	4	56	1.34
15076814--15076839	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
15077230--15077380	80	1.9	80	87	0	221	32	7	19	39	1.81
15079633--15079684	16	3.1	16	86	5	59	51	17	0	30	1.45
15079653--15079693	18	2.3	18	100	0	82	58	12	0	29	1.34
15086845--15086879	4	8.5	4	96	3	61	25	2	45	25	1.67
15093582--15093626	24	1.9	23	86	4	63	60	8	13	17	1.58
15094243--15094274	13	2.5	13	100	0	64	46	0	0	53	1.00
15097372--15097405	16	2.1	16	94	0	59	47	17	2	32	1.63
15105835--15105941	43	2.5	43	79	8	119	33	28	15	22	1.95
15108806--15109570	92	8.3	92	93	0	1244	33	7	15	42	1.75
15109713--15109829	43	2.8	41	84	2	144	28	18	29	23	1.98
15112169--15112205	15	2.5	15	100	0	74	5	13	13	67	1.39
15116130--15116228	23	4.3	23	88	0	144	29	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15116130--15116227	46	2.1	46	92	0	160	29	25	21	23	1.99
15120096--15120142	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
15122830--15122863	11	2.8	13	91	8	54	44	11	8	35	1.72
15122818--15122863	24	1.9	24	86	0	65	45	10	8	34	1.70
15124067--15124410	102	3.4	101	85	3	424	29	15	25	29	1.96
15124067--15124404	51	6.7	50	79	6	322	29	15	25	29	1.96
15125048--15126393	669	2.0	670	94	1	2380	34	8	17	38	1.81
15126639--15126672	16	2.1	16	88	0	50	52	14	2	29	1.56
15126937--15127009	36	2.0	36	89	0	110	28	23	9	38	1.86
15128657--15128779	41	2.9	42	79	7	122	25	18	26	30	1.98
15133032--15133072	20	2.0	20	86	9	57	53	0	0	46	1.00
15134088--15134137	20	2.5	20	84	12	59	42	6	4	48	1.46
15134124--15134180	28	1.9	31	86	10	84	36	0	5	57	1.21
15137594--15137638	23	2.0	23	86	0	63	33	17	2	46	1.61
15141322--15141352	13	2.4	13	100	0	62	25	16	0	58	1.38
15146203--15146293	45	2.0	45	82	4	112	19	15	6	58	1.59
15146507--15146842	126	2.7	126	92	3	525	38	14	12	34	1.84
15150252--15150308	19	3.1	18	82	9	62	82	1	12	3	0.87
15150262--15150308	18	2.6	18	81	18	53	82	2	12	2	0.84
15150269--15150307	12	3.3	12	85	7	53	84	2	10	2	0.81
15150262--15150307	23	2.0	23	86	0	65	82	2	13	2	0.85
15150251--15150300	11	4.5	11	82	5	55	82	2	14	2	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15150647--15150842	108	1.8	108	86	2	286	24	18	11	45	1.83
15151266--15151669	88	4.6	88	87	2	526	29	24	21	24	1.99
15151264--15151669	174	2.3	174	86	1	553	30	23	21	24	1.99
15151669--15152662	84	11.8	84	88	5	1179	34	22	20	22	1.97
15151669--15152662	338	2.9	335	85	7	1209	34	22	20	22	1.97
15152267--15152534	86	3.1	85	92	3	432	34	23	19	23	1.97
15152515--15152619	44	2.5	42	80	8	117	31	22	15	30	1.95
15152460--15152697	128	1.8	128	86	2	341	34	22	19	23	1.96
15152460--15152726	128	2.1	130	84	2	340	33	22	20	23	1.97
15154293--15154383	45	2.0	45	82	4	112	19	15	6	58	1.59
15154597--15154932	126	2.7	126	92	3	525	38	14	12	34	1.84
15156303--15156348	23	2.0	23	87	8	67	47	2	4	45	1.34
15157964--15158443	153	3.2	151	84	8	587	50	8	11	29	1.67
15165134--15165169	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
15175728--15175763	15	2.4	15	100	0	72	44	0	19	36	1.51
15175926--15175973	21	2.3	21	75	7	53	58	0	10	31	1.32
15181871--15181947	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
15181887--15181926	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
15181875--15181941	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
15186234--15186391	83	1.9	83	86	2	228	34	21	20	24	1.97
15186352--15186572	27	8.3	27	78	3	187	42	22	14	19	1.88
15186352--15186572	54	4.1	53	81	1	226	42	22	14	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15186352--15186558	107	1.9	107	83	3	265	42	23	14	19	1.87
15186779--15186859	26	3.1	26	83	3	101	20	23	23	32	1.98
15186934--15186987	28	2.0	27	92	3	90	22	24	25	27	2.00
15189257--15189305	25	2.0	25	84	8	64	28	20	22	28	1.98
15204439--15204486	11	4.4	11	81	0	60	66	10	2	20	1.32
15204402--15204464	31	2.0	32	84	12	85	60	11	3	25	1.45
15204440--15204496	22	2.6	22	80	5	62	63	12	5	19	1.47
15204907--15204957	25	2.0	25	81	7	59	47	11	23	17	1.81
15205222--15205272	25	2.1	23	85	7	66	62	1	5	29	1.29
15209194--15209723	22	22.4	23	70	15	227	43	18	12	24	1.85
15209194--15209297	46	2.2	47	81	8	122	43	18	14	24	1.87
15209268--15209325	28	2.1	28	93	0	98	41	22	13	22	1.89
15209214--15209654	69	6.2	71	74	14	255	44	19	12	24	1.84
15209303--15209744	47	9.4	47	93	0	706	44	19	12	23	1.84
15210731--15210828	28	3.5	28	80	5	110	28	28	13	29	1.94
15218966--15219057	22	4.2	21	74	19	73	56	2	1	40	1.18
15219007--15219047	11	3.6	11	96	3	73	58	0	2	39	1.11
15219032--15219073	16	2.7	16	81	3	59	64	0	0	35	0.94
15220603--15220904	107	2.8	107	86	0	433	35	17	15	30	1.92
15221300--15221360	22	2.7	23	75	9	63	54	0	11	34	1.37
15225702--15225727	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
15227893--15227933	20	2.0	20	95	0	73	48	14	17	19	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15228534--15228655	65	1.9	65	96	0	226	39	12	18	30	1.87
15230963--15231033	23	3.1	23	63	25	60	19	22	14	43	1.87
15230905--15231033	45	2.9	45	84	4	163	23	21	13	41	1.89
15233199--15233273	20	3.7	20	75	10	64	25	12	10	52	1.70
15241636--15241722	44	2.0	44	86	6	124	20	8	16	55	1.66
15243909--15243943	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
15245282--15245318	2	19.0	2	94	5	67	48	0	51	0	1.00
15267077--15267127	14	3.6	14	76	7	50	54	3	7	33	1.47
15272727--15272765	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
15272991--15273088	23	4.3	23	86	2	144	22	21	24	31	1.98
15272993--15273081	45	2.0	45	95	0	160	21	22	24	31	1.98
15278309--15278508	82	2.4	82	85	8	257	24	27	19	30	1.98
15278310--15278459	41	3.7	41	94	1	248	23	28	19	28	1.98
15283795--15283823	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
15285465--15285501	18	2.1	18	100	0	74	48	21	16	13	1.80
15288607--15288649	18	2.3	19	80	4	52	41	2	48	6	1.43
15294587--15294618	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
15294798--15294949	43	3.6	41	72	13	105	33	24	17	24	1.96
15294779--15294891	41	2.7	42	75	8	113	30	26	17	25	1.98
15298074--15298100	14	1.9	14	100	0	54	44	11	14	29	1.80
15300064--15300137	35	2.1	35	100	0	148	41	5	17	35	1.72
15300851--15300927	22	3.5	22	81	0	91	19	14	25	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15301175--15301337	43	3.8	43	81	4	186	30	25	19	25	1.98
15302650--15302718	7	9.6	7	76	6	57	49	28	0	21	1.50
15302669--15302713	15	3.0	15	93	0	72	44	37	0	17	1.49
15302737--15302781	14	3.2	14	80	0	54	51	31	0	17	1.46
15302936--15302969	15	2.3	15	89	0	50	41	44	0	14	1.45
15303359--15303554	41	4.8	41	83	1	223	27	27	19	25	1.99
15320964--15321171	91	2.3	91	91	0	326	45	2	3	48	1.35
15320964--15321102	47	3.0	44	68	18	122	45	2	5	46	1.39
15321075--15321146	26	2.6	28	84	8	85	41	0	4	54	1.20
15320996--15321139	47	3.1	47	69	16	138	43	1	4	51	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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