genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732842--732925	43	2.0	43	88	4	125	30	1	28	39	1.65
732906--733680	23	35.9	23	80	14	913	27	0	24	47	1.54
733022--733092	17	3.9	17	75	21	72	26	0	28	45	1.54
733170--733232	18	3.2	18	78	20	72	25	0	23	50	1.49
733713--733749	9	4.2	9	89	3	58	59	8	2	29	1.40
733748--733799	25	2.1	25	100	0	104	42	11	0	46	1.40
734639--734678	7	5.7	7	100	0	80	57	15	0	27	1.38
734848--734885	20	1.9	20	89	10	60	57	5	2	34	1.35
735823--735909	29	3.2	29	64	26	82	42	2	25	29	1.67
735819--735939	51	2.4	51	97	0	224	42	2	26	28	1.68
735919--735965	11	4.2	11	88	2	67	46	2	34	17	1.59
738457--738776	171	1.9	172	90	0	516	40	17	15	26	1.90
742389--742461	36	2.0	36	97	0	137	39	5	10	43	1.63
746973--747031	24	2.5	23	74	15	59	44	0	0	55	0.99
752052--752107	29	1.9	29	85	7	78	19	32	33	14	1.92
753448--753773	46	7.6	45	82	14	395	28	22	14	34	1.93
753537--753737	36	5.0	36	73	21	168	28	21	13	36	1.92
753491--753737	82	3.0	82	94	0	431	28	21	14	35	1.93
753537--753773	128	1.9	123	87	8	349	28	22	12	36	1.91
782280--782581	120	2.5	121	88	0	444	26	17	21	34	1.96
782280--782624	120	2.9	119	84	3	440	26	17	21	34	1.95
810862--810908	16	2.8	18	81	15	64	59	0	4	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814950--814992	19	2.2	19	84	12	52	72	4	2	20	1.14
818103--818137	18	2.0	17	88	5	52	45	5	0	48	1.26
821263--821308	23	2.0	23	91	4	74	52	2	0	45	1.13
830709--830740	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
844808--844879	29	2.4	29	81	4	81	26	12	13	47	1.79
845443--845510	29	2.3	29	84	5	82	47	16	14	22	1.82
849783--849828	22	2.0	23	83	4	58	36	8	23	30	1.85
857336--857488	82	1.9	76	85	7	207	35	15	13	35	1.87
858579--858645	33	2.0	33	85	0	89	20	25	29	23	1.99
858783--859017	78	3.0	78	92	0	380	29	24	23	22	1.99
862021--862117	41	2.4	41	91	0	158	34	11	13	41	1.80
867916--867964	24	2.0	24	84	0	62	32	2	4	61	1.26
868032--868085	20	2.7	20	77	13	56	61	1	1	35	1.18
869688--869801	60	1.9	60	88	0	174	28	13	24	33	1.93
873560--873598	9	4.3	9	80	0	51	33	0	46	20	1.51
873570--873613	6	7.3	6	97	0	70	34	4	50	11	1.59
879297--879358	31	2.0	31	87	0	88	48	12	9	29	1.73
886647--886713	29	2.3	29	84	5	100	46	22	10	20	1.81
893207--893249	18	2.4	18	80	7	52	51	2	2	44	1.27
897766--897796	6	5.2	6	100	0	62	32	0	16	51	1.44
898095--898131	3	12.3	3	88	0	56	0	5	27	67	1.12
898090--898131	9	4.8	9	88	2	59	0	7	23	69	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904600--904916	90	3.5	88	79	9	318	39	17	17	25	1.91
907830--907862	2	17.5	2	87	12	52	45	0	0	54	0.99
908597--908622	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
911456--911494	11	3.5	11	82	0	51	20	2	10	66	1.33
914322--914350	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
917128--917226	28	3.6	27	80	11	103	28	27	12	32	1.92
918985--919048	31	2.1	31	91	5	103	43	10	9	35	1.72
921384--921674	123	2.3	125	92	2	489	28	16	22	31	1.96
923786--923898	23	4.7	23	82	14	138	31	0	23	45	1.53
923813--923903	29	3.3	29	77	17	122	29	0	26	43	1.55
923790--923916	52	2.5	51	87	5	184	33	0	23	42	1.55
926228--926294	31	2.2	31	91	5	109	65	0	1	32	1.02
926328--926378	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
926331--926429	52	1.9	52	93	0	171	39	0	31	29	1.57
926383--926429	22	2.1	22	92	0	76	42	0	31	25	1.55
932066--932160	31	3.1	30	76	13	95	43	11	11	33	1.77
932224--932280	30	1.9	30	92	0	96	35	3	24	36	1.73
933780--933962	10	18.2	10	65	21	55	59	0	2	37	1.14
933779--933962	39	4.5	40	81	13	189	59	0	2	38	1.14
933883--933963	11	7.6	11	69	17	55	60	0	3	35	1.15
933895--933966	22	3.4	21	74	14	67	62	0	2	34	1.10
933828--933966	42	3.1	44	82	13	144	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939665--939725	29	2.1	29	81	6	70	24	3	13	59	1.49
939875--939900	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
940231--940268	10	3.8	10	89	0	58	7	21	2	68	1.28
950344--950389	18	2.6	17	87	12	67	67	0	2	30	1.03
950347--950382	19	1.9	18	94	5	63	66	0	2	30	1.06
956628--956652	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
957105--957154	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
961744--961793	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
970838--970933	31	3.1	31	90	0	147	37	15	21	25	1.93
973928--973964	18	2.1	19	85	10	51	45	0	16	37	1.47
1005472--1005618	75	2.0	75	84	2	197	27	20	22	29	1.98
1007842--1007990	78	1.9	78	88	2	228	28	21	24	25	1.99
1010066--1010222	78	2.0	78	90	2	244	26	19	24	29	1.98
1012440--1012596	78	2.0	78	91	2	253	26	21	24	27	1.99
1014028--1014090	30	2.1	30	100	0	126	30	9	14	46	1.76
1014846--1015002	78	2.0	78	92	2	262	25	20	25	28	1.99
1017209--1017362	78	2.0	78	89	5	240	26	19	24	29	1.98
1021084--1021237	78	2.0	78	96	2	283	27	20	24	27	1.99
1021999--1022035	18	2.1	18	89	0	56	45	10	0	43	1.39
1026067--1026113	23	2.1	22	96	4	85	21	12	17	48	1.79
1026304--1026341	19	2.0	19	100	0	76	26	15	5	52	1.64
1028348--1028375	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1029972--1030005	16	2.1	16	94	0	59	38	8	32	20	1.84
1038396--1038430	18	1.9	18	88	11	54	11	17	37	34	1.85
1048588--1048626	18	2.2	18	85	0	51	69	0	5	25	1.09
1054857--1055195	184	1.9	182	90	1	543	40	16	14	29	1.87
1057969--1058071	51	2.0	52	83	12	133	24	27	8	39	1.84
1057978--1058082	51	2.1	51	81	13	119	22	31	8	37	1.85
1064004--1064055	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
1064300--1064409	45	2.7	40	81	8	114	33	29	3	33	1.75
1064388--1064441	16	3.4	16	86	0	81	31	35	1	31	1.69
1066442--1066505	26	2.5	26	82	10	85	37	6	25	31	1.81
1074390--1074419	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1081618--1081678	31	2.0	31	83	6	79	37	4	0	57	1.20
1082373--1083205	204	4.0	204	81	9	1102	31	27	17	23	1.97
1085911--1086147	118	2.0	118	97	0	447	30	18	22	28	1.97
1086293--1086337	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
1089842--1089891	20	2.5	18	79	20	55	58	18	2	22	1.49
1090577--1090637	24	2.4	26	78	10	65	59	8	4	27	1.47
1092982--1093015	17	2.0	17	88	0	50	52	0	29	17	1.45
1094362--1094409	23	2.0	24	84	4	62	66	4	6	22	1.32
1095191--1095289	40	2.6	38	85	4	119	54	0	8	37	1.30
1095230--1095289	19	3.2	19	75	11	61	60	0	6	33	1.23
1095208--1095289	37	2.1	40	86	6	116	58	0	7	34	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1095226--1095293	19	3.6	19	69	13	59	58	0	7	33	1.26
1095249--1095317	20	3.5	19	73	9	57	62	0	7	30	1.22
1095564--1095594	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
1096119--1096145	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1096144--1096170	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
1097116--1097143	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
1097147--1097184	19	2.0	19	85	10	51	60	2	0	36	1.11
1101447--1101555	55	2.0	55	94	0	191	31	14	19	34	1.92
1103213--1103245	16	2.1	16	94	0	57	36	15	6	42	1.71
1111524--1111616	38	2.4	39	81	7	107	43	9	6	40	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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