genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  28  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7552937--7553227	128	2.3	129	86	3	390	28	20	19	30	1.97
7554421--7554465	7	6.9	7	82	12	60	11	17	0	71	1.14
7554421--7554465	13	3.4	14	82	11	60	11	17	0	71	1.14
7554421--7554465	20	2.3	20	88	3	65	11	17	0	71	1.14
7555451--7555513	6	10.7	6	83	10	58	14	6	7	71	1.29
7555447--7555522	23	3.3	23	75	12	66	11	6	6	75	1.19
7558922--7558994	26	2.9	27	76	12	73	34	10	1	53	1.45
7558924--7558987	24	2.6	24	80	9	67	37	10	0	51	1.37
7562870--7562907	20	1.9	20	100	0	76	28	28	15	26	1.96
7571012--7571186	50	3.5	50	71	3	172	31	20	23	25	1.98
7570965--7571270	50	6.1	50	67	6	161	30	21	23	24	1.99
7570957--7571254	100	3.0	100	92	0	479	30	21	23	24	1.99
7572999--7573070	25	2.9	27	76	14	73	33	11	1	54	1.45
7573101--7573125	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7575198--7575313	49	2.4	49	79	0	124	28	25	20	25	1.99
7575236--7575337	49	2.1	49	81	0	114	28	22	20	28	1.99
7577457--7577568	41	2.9	38	78	6	100	31	23	18	26	1.98
7578436--7578475	9	4.6	9	84	6	55	0	27	0	72	0.85
7580230--7580305	23	3.3	23	86	0	116	22	22	25	30	1.99
7601539--7601576	11	3.5	11	85	0	58	52	0	0	47	1.00
7601866--7601935	8	9.0	8	77	17	76	38	0	2	58	1.13
7601881--7601946	29	2.3	29	87	10	100	45	0	3	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7602004--7602076	34	2.2	32	81	13	87	39	0	8	52	1.32
7602378--7602426	10	4.9	10	82	5	55	73	8	14	4	1.21
7602374--7602432	16	3.9	16	77	14	56	72	8	13	5	1.24
7602437--7602476	21	2.0	20	85	14	55	72	2	25	0	0.97
7602439--7602477	9	4.4	9	80	6	53	74	2	23	0	0.94
7602624--7602681	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
7603347--7603454	38	2.8	39	78	7	112	21	20	25	32	1.97
7605339--7605381	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
7605535--7605643	38	2.8	39	80	6	123	32	25	20	22	1.98
7605535--7605643	41	2.8	38	81	6	121	32	25	20	22	1.98
7606308--7606365	29	2.0	29	80	12	66	41	25	1	31	1.66
7606505--7606570	26	2.9	20	71	26	51	0	31	3	65	1.08
7606558--7606601	16	2.8	16	83	13	56	4	20	9	65	1.38
7606561--7606603	10	4.3	10	85	8	61	4	18	6	69	1.29
7606628--7606994	192	1.9	192	96	0	671	41	8	4	44	1.55
7606968--7607016	24	2.0	24	88	7	73	61	4	0	34	1.15
7607092--7607164	34	2.3	31	76	17	76	53	6	0	39	1.28
7607233--7607293	8	8.0	8	74	20	51	57	3	0	39	1.15
7610501--7610526	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
7610591--7610630	15	2.5	17	88	12	66	60	0	2	37	1.11
7610497--7610662	80	2.0	81	80	4	183	50	3	1	45	1.25
7613009--7613046	19	2.0	20	84	5	51	23	2	7	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7624943--7625659	358	2.0	357	96	0	1310	37	19	16	26	1.93
7625462--7626255	394	2.0	394	99	0	1570	37	15	14	32	1.88
7640347--7640386	21	1.9	21	84	0	53	37	2	7	52	1.43
7642481--7642514	17	2.1	17	89	10	54	70	2	5	20	1.21
7643042--7643311	130	2.1	131	92	2	445	52	7	10	29	1.63
7643174--7643621	155	2.9	154	87	4	661	52	6	9	31	1.61
7648900--7648946	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
7648815--7649022	40	5.2	40	69	17	116	50	11	4	34	1.58
7649278--7649311	3	11.3	3	93	0	59	0	38	0	61	0.96
7651181--7651261	42	1.9	42	82	0	99	22	34	19	23	1.96
7656037--7656337	160	1.9	161	82	4	385	37	13	10	37	1.80
7663011--7663072	30	2.1	30	96	0	115	27	3	11	58	1.48
7663191--7663225	11	3.2	11	87	0	52	62	0	0	37	0.95
7663683--7663749	27	2.5	27	87	4	91	38	29	5	25	1.80
7663675--7663788	34	3.3	35	77	14	96	42	26	4	27	1.74
7665006--7665035	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
7666952--7667053	51	2.0	52	92	1	170	59	2	7	29	1.40
7669594--7669628	18	1.9	18	88	0	52	45	2	2	48	1.32
7669922--7669971	21	2.4	21	86	0	64	52	10	32	6	1.59
7669893--7669966	33	2.2	33	80	4	78	45	12	31	10	1.76
7669919--7669962	15	2.9	15	86	0	61	52	9	34	4	1.54
7672334--7672388	28	2.0	28	96	0	101	25	10	30	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684545--7684577	12	2.7	13	86	13	52	72	0	18	9	1.10
7688452--7688485	12	2.8	12	90	0	59	67	0	2	29	1.05
7689814--7689843	15	1.9	16	93	6	53	20	0	6	73	1.05
7689812--7689849	15	2.6	14	77	22	51	23	0	7	68	1.16
7709851--7709898	25	1.9	25	83	8	62	47	2	27	22	1.62
7712582--7712638	25	2.3	24	82	11	62	36	1	1	59	1.18
7715424--7716228	401	2.0	400	93	0	1385	30	19	23	27	1.98
7719420--7719448	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
7723480--7723507	4	7.0	4	100	0	56	75	25	0	0	0.81
7734385--7734632	43	5.8	42	73	16	172	27	30	16	25	1.96
7734384--7734632	127	2.0	127	84	4	331	27	30	16	25	1.97
7734450--7734632	42	4.3	42	78	13	178	28	32	15	23	1.95
7734988--7735079	21	4.4	21	84	0	85	5	42	16	35	1.71
7735050--7735215	66	2.5	66	83	3	201	12	28	18	40	1.87
7740632--7740746	9	13.9	9	69	19	72	37	0	17	44	1.55
7740633--7740671	16	2.4	16	82	0	51	35	0	12	51	1.40
7740633--7740718	34	2.6	34	81	3	95	39	1	13	45	1.52
7740702--7740746	16	2.8	16	100	0	90	31	0	24	44	1.54
7740734--7741156	56	7.2	56	77	15	360	40	2	10	46	1.51
7740822--7740866	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
7740788--7741158	31	12.2	31	78	11	362	40	2	11	46	1.51
7740971--7741015	22	2.0	22	91	0	72	40	0	11	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7740905--7741125	119	1.9	119	85	7	315	39	2	10	47	1.53
7740804--7741156	150	2.4	149	97	0	661	40	2	10	46	1.51
7748140--7748254	9	13.9	9	69	19	72	37	0	17	44	1.55
7748141--7748179	16	2.4	16	82	0	51	35	0	12	51	1.40
7748141--7748226	34	2.6	34	81	3	95	39	1	13	45	1.52
7748210--7748254	16	2.8	16	100	0	90	31	0	24	44	1.54
7748257--7748415	59	2.9	52	83	14	141	42	2	8	46	1.48
7748242--7748424	56	3.2	57	90	6	291	39	2	10	47	1.50
7748242--7748461	114	1.9	114	83	7	286	40	2	10	47	1.50
7748312--7748673	31	11.8	31	72	14	252	39	2	10	46	1.53
7748459--7748568	58	1.9	56	85	8	152	40	3	10	45	1.57
7748312--7748671	152	2.4	152	89	6	550	39	2	10	46	1.53
7748514--7748654	65	2.2	66	83	7	173	39	2	10	46	1.53
7749928--7750016	20	4.4	21	84	7	94	4	42	16	35	1.69
7749987--7750153	65	2.6	63	84	6	203	11	28	19	40	1.87
7755548--7755662	9	13.9	9	69	19	72	37	0	17	44	1.55
7755549--7755587	16	2.4	16	82	0	51	35	0	12	51	1.40
7755549--7755634	34	2.6	34	81	3	95	39	1	13	45	1.52
7755618--7755662	16	2.8	16	100	0	90	31	0	24	44	1.54
7755642--7756071	31	14.5	31	75	14	367	40	2	11	46	1.52
7755650--7756069	56	7.2	56	77	13	349	40	2	10	46	1.52
7755739--7755798	22	2.6	22	86	5	75	43	1	11	43	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7755721--7756069	148	2.4	149	95	1	632	39	2	10	46	1.53
7755887--7755946	22	2.6	22	86	5	75	40	1	11	46	1.50
7755854--7756040	55	3.3	55	81	11	186	39	2	10	47	1.52
7755940--7756071	9	14.0	9	69	23	51	37	2	11	49	1.51
7755909--7756071	63	2.6	64	82	11	196	38	2	11	47	1.53
7756036--7756073	20	1.9	20	94	0	67	39	0	13	47	1.42
7758918--7758987	35	2.0	36	86	8	99	37	0	5	57	1.23
7759133--7759201	14	4.7	15	74	13	63	37	44	1	15	1.56
7759133--7759220	30	2.9	30	75	12	92	35	47	1	15	1.53
7759150--7759224	7	10.0	7	69	13	51	33	48	1	17	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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