genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  85  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23030165--23030208	18	2.4	18	78	10	54	40	15	2	40	1.60
23033231--23033293	28	2.2	28	88	8	92	22	12	19	46	1.83
23034174--23034221	20	2.4	20	100	0	96	37	16	4	41	1.68
23037954--23037988	13	2.6	14	95	4	63	34	0	0	65	0.93
23039556--23039658	47	2.2	45	83	6	118	33	6	3	55	1.45
23039659--23039716	24	2.4	23	83	11	64	39	12	5	43	1.64
23044116--23044149	17	1.9	18	94	5	61	70	14	0	14	1.17
23044139--23044191	9	6.4	9	78	12	53	77	7	3	11	1.10
23044141--23044197	15	3.7	15	75	13	62	75	8	3	12	1.16
23044141--23044182	22	1.9	22	100	0	84	76	7	4	11	1.15
23044125--23044207	31	2.6	31	84	5	105	74	9	3	12	1.18
23044138--23044207	22	3.4	19	81	18	79	77	7	4	11	1.11
23045005--23045101	51	1.9	49	87	4	140	47	18	19	14	1.83
23046523--23046639	44	2.7	43	78	5	110	29	17	20	31	1.96
23046897--23046994	50	2.0	49	83	2	124	34	20	19	25	1.96
23048541--23048643	47	2.2	45	83	6	118	33	6	4	54	1.48
23062465--23062511	24	2.0	24	91	0	76	29	19	2	48	1.60
23080590--23080629	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
23090233--23090263	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
23114816--23114858	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
23116834--23116868	14	2.4	14	95	4	61	8	25	0	65	1.21
23116814--23116858	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23119577--23119785	61	3.4	63	67	20	179	40	2	7	49	1.43
23119535--23119824	120	2.4	119	89	2	456	42	2	5	50	1.36
23119612--23119790	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	48	1.44
23119656--23119690	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
23119608--23119795	61	3.1	61	67	17	183	41	2	7	48	1.43
23119776--23119810	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23119639--23119824	54	3.2	54	66	19	140	43	1	5	50	1.35
23119764--23120038	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
23119923--23119957	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23120119--23120213	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
23120194--23120261	16	4.2	16	94	0	109	36	35	0	27	1.58
23123459--23123505	16	2.9	16	83	0	67	21	31	4	42	1.72
23125070--23125120	11	4.5	11	78	11	59	25	27	1	45	1.64
23125053--23125128	22	3.4	23	82	10	86	25	30	1	43	1.63
23125052--23125128	33	2.3	34	80	10	95	24	29	1	44	1.62
23125052--23125128	11	6.9	11	69	20	54	24	29	1	44	1.62
23125088--23125187	51	2.0	51	88	4	148	26	27	2	45	1.65
23126994--23127033	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
23127548--23127596	14	3.6	14	71	17	50	42	34	0	22	1.54
23127576--23127702	21	6.0	21	78	1	137	46	25	1	26	1.62
23127555--23127608	27	2.0	27	88	0	81	40	35	1	22	1.65
23127580--23127702	43	2.9	42	79	10	142	46	24	1	27	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23127581--23127699	64	1.9	63	85	1	166	45	24	1	28	1.63
23130869--23131437	127	4.5	125	87	3	761	30	22	17	30	1.96
23130869--23131420	251	2.2	250	87	2	768	30	22	17	30	1.96
23140547--23140588	18	2.3	18	95	0	75	7	45	26	21	1.77
23144707--23144731	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
23144756--23144819	6	10.2	6	85	9	83	78	3	1	17	0.96
23144755--23144819	26	2.6	25	90	2	94	76	4	1	16	1.02
23149138--23149183	6	7.5	6	92	2	56	76	0	8	15	1.02
23149138--23149183	12	3.8	12	88	2	65	76	0	8	15	1.02
23149138--23149183	18	2.6	18	89	0	65	76	0	8	15	1.02
23149920--23149978	29	2.0	29	100	0	118	33	6	20	38	1.79
23150650--23150896	81	3.1	77	81	10	254	44	12	8	34	1.71
23159120--23159210	20	4.6	20	69	21	66	65	2	2	29	1.16
23159125--23159174	21	2.4	22	83	12	61	66	4	0	30	1.10
23161656--23161730	35	2.2	32	83	6	87	33	1	1	64	1.11
23169168--23169331	87	1.9	86	85	1	229	28	12	21	37	1.89
23183272--23183738	132	3.5	132	91	1	706	29	17	23	28	1.97
23187219--23187269	26	2.0	26	84	0	66	45	5	1	47	1.38
23187229--23187259	16	1.9	16	93	0	53	48	3	3	45	1.34
23195132--23195163	8	4.2	8	84	15	50	78	0	0	21	0.76
23195131--23195171	17	2.5	17	80	11	50	80	0	0	19	0.71
23195131--23195173	11	3.9	11	84	9	61	79	0	0	20	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23195132--23195200	11	6.1	11	75	12	59	69	2	0	27	1.02
23197350--23197447	51	1.9	51	89	4	153	30	30	19	19	1.96
23198639--23198668	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
23207212--23207287	23	3.3	23	92	0	134	30	26	21	22	1.99
23207889--23207931	18	2.4	17	85	11	59	30	23	0	46	1.52
23231949--23231991	9	4.4	9	85	8	50	76	2	2	18	1.00
23231949--23231990	14	2.9	15	82	7	50	78	2	2	16	0.96
23234802--23234968	85	2.0	83	86	2	235	26	35	19	18	1.95
23235692--23235795	51	2.0	51	100	0	208	58	17	8	15	1.61
23236978--23237015	15	2.5	16	83	12	53	18	5	2	73	1.14
23236989--23237024	5	7.2	5	93	0	54	22	2	0	75	0.94
23250410--23250446	11	3.0	13	84	15	60	67	0	8	24	1.17
23253768--23253808	17	2.2	19	83	12	50	19	7	2	70	1.22
23254181--23254282	48	2.1	48	96	1	188	29	4	9	55	1.53
23268195--23268356	57	2.8	57	85	1	191	32	11	6	49	1.66
23273674--23273757	26	3.2	26	88	6	116	26	13	9	51	1.71
23274864--23275483	208	3.0	207	89	2	965	35	17	7	39	1.77
23275666--23275827	84	1.9	84	94	0	288	45	13	4	37	1.64
23276236--23276292	28	2.0	28	100	0	114	54	3	14	28	1.56
23280327--23280438	35	3.2	35	79	0	134	18	15	30	35	1.92
23281294--23281323	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
23282217--23282269	19	2.6	19	80	14	54	30	1	9	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23286191--23286227	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
23286441--23286500	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
23287145--23287175	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
23297123--23297289	45	3.7	45	94	0	298	20	18	16	44	1.87
23297135--23297249	21	5.2	21	61	19	54	20	18	14	46	1.83
23302485--23302635	35	4.3	35	80	0	185	21	14	27	37	1.92
23308496--23308534	19	2.1	19	100	0	78	41	15	10	33	1.81
23309944--23310139	35	5.6	35	79	2	196	19	14	28	36	1.92
23312748--23312779	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
23312805--23312838	17	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
23313593--23313956	183	2.0	183	93	1	622	45	9	15	30	1.77
23344698--23344750	28	1.9	28	85	11	74	39	0	5	54	1.24
23359665--23359697	15	2.1	16	88	5	50	63	15	3	18	1.43
23363825--23363951	66	1.9	66	85	0	173	23	26	20	29	1.99
23364727--23365236	255	2.0	255	96	0	939	27	23	12	36	1.91
23367061--23367126	25	2.7	24	81	9	80	22	21	22	33	1.97
23367069--23367126	25	2.3	25	90	0	98	22	20	24	32	1.98
23367069--23367135	25	2.7	25	85	0	71	25	20	22	31	1.98
23369884--23369952	3	23.3	3	72	8	52	30	2	1	65	1.16
23369880--23369929	12	4.2	12	82	5	66	36	2	2	60	1.20
23371916--23372007	47	2.0	47	91	0	148	48	13	7	30	1.69
23376184--23376215	15	2.1	15	100	0	64	21	31	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23380905--23381020	35	3.3	35	69	11	85	36	12	12	39	1.80
23380930--23381011	17	4.8	17	72	14	69	34	10	14	40	1.81
23381252--23381512	124	2.1	124	85	0	342	29	18	22	29	1.97
23385152--23385186	16	2.2	16	89	0	52	28	40	8	22	1.84
23387177--23387206	5	6.0	5	100	0	60	60	20	20	0	1.37
23387182--23387215	15	2.3	15	89	0	50	67	14	17	0	1.23
23388128--23388261	39	3.4	40	73	13	116	26	15	23	34	1.95
23392022--23392080	5	11.8	5	92	0	73	38	1	11	47	1.50
23395609--23395667	27	2.2	27	90	0	91	30	27	23	18	1.98
23402383--23402470	40	2.2	41	81	4	106	29	2	10	57	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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