genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  91  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24810375--24810416	18	2.3	18	87	0	66	40	0	42	16	1.48
24811933--24811987	24	2.3	24	83	0	65	1	50	18	29	1.57
24811947--24812002	12	4.7	12	97	0	94	0	48	23	28	1.51
24811933--24812002	36	1.9	36	85	5	97	1	50	20	28	1.57
24822545--24822593	25	2.0	25	87	0	71	36	12	16	34	1.86
24827000--24827053	22	2.5	22	87	0	81	11	27	5	55	1.57
24829484--24829509	9	2.9	9	100	0	52	53	0	23	23	1.46
24839586--24839629	21	2.1	21	84	16	56	72	13	6	6	1.25
24840174--24840224	23	2.3	23	79	3	59	5	21	1	70	1.18
24843812--24843886	37	2.0	37	89	0	114	37	22	9	30	1.86
24845171--24845325	27	5.7	27	86	3	222	43	20	17	18	1.88
24852958--24853186	84	2.6	88	84	6	306	38	24	13	23	1.91
24864127--24864928	131	6.1	131	92	0	1291	30	22	23	22	1.99
24865047--24865140	44	2.1	44	86	0	125	29	19	23	27	1.98
24865111--24865360	44	5.5	44	67	16	118	32	18	21	28	1.96
24865045--24865333	142	2.0	142	94	1	508	33	17	21	27	1.96
24865732--24865773	9	4.8	9	88	2	59	71	2	0	26	0.98
24865727--24865773	18	2.6	18	86	6	60	70	4	0	25	1.05
24873596--24873632	17	2.1	18	95	5	67	24	16	21	37	1.93
24879351--24879452	50	2.0	50	88	7	154	32	17	9	40	1.83
24881381--24881437	15	3.9	15	86	4	80	49	0	17	33	1.47
24881381--24881430	14	3.4	14	86	8	64	52	0	18	30	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24884433--24884457	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
24897372--24897502	66	2.0	66	92	0	217	30	26	22	20	1.98
24898488--24898535	17	2.9	17	78	3	53	47	12	16	22	1.80
24898985--24899019	18	1.9	18	88	0	52	25	34	5	34	1.80
24905378--24905422	19	2.4	19	96	0	81	22	15	26	35	1.94
24917881--24917910	6	5.0	6	91	0	51	13	0	36	50	1.42
24919011--24919131	27	4.6	26	79	10	129	34	12	24	28	1.92
24919011--24919146	51	2.5	54	81	11	163	38	12	23	25	1.90
24919435--24919465	12	2.6	12	94	0	53	22	9	9	58	1.59
24919773--24919834	32	1.9	32	93	0	106	33	9	20	35	1.86
24925241--24925265	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
24927003--24927045	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
24927054--24927125	38	1.9	37	86	8	101	48	0	5	45	1.25
24927262--24927351	44	2.0	46	89	4	139	36	24	6	32	1.81
24932361--24932398	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
24946703--24946811	47	2.3	47	93	0	182	46	22	10	20	1.80
24956507--24956654	29	5.2	28	73	8	95	29	25	15	29	1.96
24956464--24956666	28	7.1	28	75	9	169	28	24	16	31	1.96
24956441--24956666	114	2.0	114	85	5	305	29	22	16	31	1.96
24956364--24956689	57	5.7	57	77	12	269	28	22	16	31	1.96
24956826--24956905	38	2.1	39	90	2	126	38	23	8	28	1.85
24961743--24961767	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24975856--24975947	25	3.7	24	76	4	76	35	18	27	18	1.94
24976181--24976228	24	2.0	24	84	8	62	29	20	20	29	1.98
24980211--24980252	20	2.1	20	100	0	84	38	19	14	28	1.90
24980864--24981041	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24980885--24981040	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24988989--24989166	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24989010--24989165	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24991609--24991676	25	2.7	24	79	6	73	35	22	23	19	1.96
24991661--24991724	23	2.7	23	73	7	58	35	21	28	14	1.92
25011627--25011671	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25017383--25017426	12	3.6	12	77	17	54	81	6	11	0	0.86
25017384--25017428	18	2.5	17	83	16	56	80	6	13	0	0.91
25018705--25018758	10	5.6	9	77	16	54	9	29	3	57	1.47
25018715--25018759	10	4.5	10	81	18	58	8	28	4	57	1.48
25018705--25018759	20	2.8	20	94	0	92	9	30	3	56	1.48
25021707--25021921	50	4.3	49	83	4	157	22	29	20	28	1.98
25021694--25021980	49	5.7	50	80	5	240	22	28	19	28	1.98
25031872--25032338	27	17.3	27	81	2	411	44	17	17	20	1.87
25031872--25032338	81	5.8	81	80	2	456	44	17	17	20	1.87
25032500--25032585	26	3.3	26	81	4	84	22	25	18	33	1.96
25039678--25040063	27	14.3	27	82	8	410	44	18	19	17	1.87
25048247--25048315	27	2.6	27	81	4	86	34	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25059999--25060030	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
25063598--25063835	84	2.8	84	94	0	413	36	26	16	21	1.94
25063606--25063872	41	6.4	40	78	9	241	36	26	15	22	1.93
25081079--25081202	66	1.9	66	84	3	169	25	21	22	29	1.99
25086887--25086969	40	2.1	40	95	0	148	32	16	15	34	1.91
25104961--25105025	3	21.7	3	96	0	121	0	32	0	67	0.91
25108153--25108599	228	2.0	226	91	2	727	35	16	20	27	1.94
25110571--25110699	27	4.8	27	74	15	72	40	18	9	31	1.82
25110779--25110847	34	2.0	35	88	2	104	30	11	18	39	1.87
25111029--25111090	22	2.8	22	82	0	79	17	22	22	37	1.94
25114753--25114787	15	2.3	15	90	9	54	37	11	14	37	1.82
25120777--25120878	42	2.4	42	81	0	123	22	36	21	19	1.95
25125288--25125322	18	1.9	18	94	0	61	37	8	8	45	1.65
25130606--25130742	40	3.4	40	77	4	125	37	18	22	21	1.94
25130780--25131075	41	7.2	41	82	2	344	22	21	24	31	1.98
25130780--25131075	123	2.4	122	85	4	382	22	21	24	31	1.98
25133964--25134267	114	2.7	115	80	8	284	30	6	23	40	1.79
25134078--25134586	160	3.2	159	87	3	668	30	6	23	40	1.79
25133937--25134689	137	5.5	135	88	2	716	30	5	23	40	1.77
25133941--25134689	23	32.8	23	74	11	488	30	5	23	40	1.78
25135616--25135910	43	6.9	43	87	3	398	21	18	30	29	1.97
25135615--25135910	129	2.3	129	89	1	450	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25139566--25139622	27	2.1	28	87	9	82	56	12	12	19	1.67
25146936--25146980	24	1.9	24	90	4	74	8	44	6	40	1.62
25154704--25154737	16	2.1	17	94	5	61	67	5	2	23	1.26
25154730--25154865	30	4.6	28	74	10	103	33	23	5	37	1.77
25155553--25155649	11	8.8	11	70	18	69	74	1	23	1	0.95
25155560--25155617	4	15.8	4	76	20	56	75	0	24	0	0.80
25155551--25155643	24	3.9	24	79	13	77	72	1	25	1	0.99
25155556--25155649	7	12.3	7	70	19	55	74	1	23	1	0.95
25155914--25155966	9	5.8	9	76	10	54	81	0	18	0	0.70
25155910--25155965	15	3.5	16	87	4	69	80	0	19	0	0.71
25156455--25156726	17	15.7	18	65	20	89	26	15	10	48	1.77
25156457--25156501	19	2.4	20	89	10	69	20	13	13	53	1.72
25156470--25156532	29	2.2	29	88	5	92	15	12	11	60	1.59
25156544--25156674	35	3.8	34	85	7	165	29	16	11	43	1.82
25156544--25156675	18	7.6	16	73	13	102	29	15	11	43	1.82
25156545--25156774	17	12.8	17	70	21	132	30	16	9	43	1.79
25156691--25156770	39	2.1	39	83	9	101	38	12	7	41	1.71
25156674--25156843	75	2.3	73	82	9	195	32	15	9	42	1.79
25156868--25156909	21	2.0	22	90	4	68	38	2	9	50	1.48
25156868--25156910	22	2.0	22	86	9	61	39	2	9	48	1.48
25156890--25156948	18	3.3	18	77	17	61	35	5	10	49	1.59
25156889--25156944	17	3.3	16	77	18	51	33	5	10	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25165252--25165290	17	2.2	18	86	4	53	12	15	0	71	1.14
25167873--25167906	10	3.3	10	92	8	59	0	20	0	79	0.73
25167870--25167906	11	3.2	12	85	14	51	0	24	0	75	0.80
25167875--25167907	11	3.1	11	95	4	59	0	18	0	81	0.68
25170355--25170407	19	2.8	19	85	0	79	7	18	41	32	1.79
25170755--25170797	22	2.1	19	87	12	59	51	0	2	46	1.13
25170851--25170908	29	2.0	29	83	6	73	50	10	6	32	1.63
25198256--25198284	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25214362--25214412	25	2.0	25	100	0	102	23	15	15	45	1.85
25216752--25216819	29	2.3	28	82	9	82	23	16	17	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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