genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  90  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24520682--24520707	12	2.2	12	100	0	52	76	0	15	7	0.99
24524684--24525010	105	3.2	104	93	3	545	18	19	30	31	1.96
24524865--24524917	27	2.0	27	96	0	97	13	24	33	28	1.93
24525044--24525091	25	2.0	25	87	4	71	12	22	33	31	1.91
24532244--24532608	102	3.6	104	92	4	591	19	19	30	30	1.96
24534771--24534799	14	2.1	14	93	6	51	48	10	6	34	1.64
24534927--24535410	241	2.0	241	97	0	914	22	23	13	39	1.90
24538745--24538799	9	6.5	8	77	22	51	69	1	1	27	1.09
24539729--24539766	9	4.3	9	81	18	53	76	0	0	23	0.79
24539731--24539777	22	2.1	22	84	7	60	74	4	2	19	1.09
24540124--24540169	24	2.0	23	86	4	65	10	2	13	73	1.17
24541351--24541394	16	2.8	15	80	10	52	27	0	25	47	1.52
24562243--24562280	19	2.0	20	89	5	60	60	15	15	7	1.57
24568330--24568386	24	2.4	24	90	0	87	31	28	17	22	1.97
24568279--24568449	87	2.0	87	90	0	270	32	26	19	21	1.97
24569481--24569517	11	3.4	11	92	0	65	13	2	56	27	1.50
24577887--24577913	13	2.1	13	100	0	54	44	7	22	25	1.79
24582893--24583196	137	2.2	135	87	2	430	43	21	16	18	1.87
24582893--24583196	27	11.2	27	83	1	347	43	21	16	18	1.87
24598369--24598438	23	3.0	24	81	4	74	35	17	25	21	1.95
24603286--24603371	26	3.3	25	80	3	91	36	25	15	23	1.94
24603298--24603382	26	3.3	25	77	12	91	32	25	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24603202--24603400	107	1.9	108	83	7	262	32	24	15	28	1.95
24606868--24606931	23	2.6	25	87	9	96	1	40	17	40	1.59
24606823--24606905	30	2.7	30	76	10	87	2	39	15	42	1.60
24614329--24614388	30	2.0	30	93	0	102	41	20	6	31	1.78
24619665--24619708	18	2.4	18	88	0	61	4	59	0	36	1.18
24622368--24622564	98	2.0	98	97	0	376	37	24	10	28	1.88
24625021--24625060	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
24624827--24625336	251	2.0	252	95	0	923	48	12	7	31	1.70
24627135--24627165	16	1.9	16	100	0	62	6	22	6	64	1.40
24630622--24630666	23	2.0	23	100	0	90	42	8	22	26	1.83
24645952--24646050	40	2.5	39	81	6	119	35	24	24	16	1.95
24646125--24646344	41	5.4	41	87	2	318	14	23	26	35	1.93
24646125--24646343	82	2.7	82	92	3	354	14	23	26	35	1.93
24649708--24649759	25	2.1	25	100	0	104	23	17	15	44	1.86
24651252--24651297	9	5.6	9	75	19	55	43	23	2	30	1.66
24651252--24651296	16	2.8	16	96	0	81	44	24	2	28	1.66
24651305--24651771	65	7.4	65	76	16	457	45	11	1	40	1.52
24651405--24651608	22	9.8	22	65	25	88	47	11	1	39	1.51
24651430--24651610	9	19.8	9	68	20	58	48	11	2	38	1.51
24651436--24651495	17	3.3	17	67	24	50	50	8	0	41	1.33
24651420--24651497	38	2.1	38	100	0	156	50	7	0	42	1.31
24651468--24651950	9	55.3	9	66	21	106	44	14	2	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24651647--24651846	34	5.6	35	71	16	124	43	13	1	42	1.50
24651751--24651880	16	7.8	16	71	17	79	43	18	0	36	1.56
24651918--24651950	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
24652968--24653139	66	2.6	65	82	4	202	41	18	27	12	1.87
24653110--24653182	21	3.5	21	80	0	65	34	16	42	6	1.75
24653130--24653222	21	4.4	21	81	0	114	34	16	44	5	1.70
24653529--24653797	43	6.2	43	77	5	231	23	18	31	27	1.97
24653529--24653758	86	2.7	87	82	6	288	23	17	30	27	1.97
24653548--24653797	129	1.9	130	80	7	285	24	18	31	25	1.98
24653529--24653797	86	3.1	84	76	7	272	23	18	31	27	1.97
24658200--24658273	17	4.3	18	70	16	59	45	2	10	40	1.53
24659209--24659246	20	1.9	20	88	0	58	65	2	0	31	1.06
24659247--24659331	19	4.6	17	71	22	57	58	3	2	35	1.28
24659816--24659842	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
24659961--24660003	19	2.3	19	92	4	70	34	2	0	62	1.08
24662209--24662252	7	6.3	7	89	0	70	31	13	0	54	1.39
24667764--24667828	19	3.3	19	70	21	53	16	20	6	56	1.61
24667772--24667829	19	3.0	19	70	22	57	17	20	5	56	1.59
24670165--24670334	84	2.0	86	82	4	211	40	14	16	28	1.88
24670680--24670732	3	17.7	3	76	7	54	62	3	28	5	1.35
24670687--24670729	18	2.4	18	88	7	61	62	2	27	6	1.33
24671723--24671768	19	2.5	18	83	13	58	50	15	8	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24671788--24671834	22	2.1	23	84	4	60	51	17	8	23	1.72
24674038--24674137	42	2.4	42	86	3	139	27	21	27	25	1.99
24690890--24691025	68	2.0	68	92	0	227	44	12	12	30	1.79
24693726--24693758	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
24698100--24698131	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24698269--24698353	46	1.9	43	83	7	107	34	25	16	23	1.95
24698362--24698549	51	3.7	51	77	9	222	30	27	17	25	1.97
24698357--24698541	101	1.8	102	90	3	302	31	26	17	24	1.97
24698353--24698579	101	2.2	102	80	9	268	30	27	15	26	1.96
24701323--24701404	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
24701364--24701456	47	2.0	48	82	2	116	33	27	15	23	1.95
24704184--24704215	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24704446--24704631	51	3.7	51	78	10	222	29	26	18	25	1.98
24708849--24709023	89	2.0	89	96	1	323	39	5	16	38	1.72
24711610--24711669	30	2.0	31	86	3	86	41	0	38	20	1.52
24714991--24715026	18	2.0	18	100	0	72	38	22	5	33	1.77
24725694--24725747	25	2.1	26	83	10	67	61	3	3	31	1.31
24726487--24726520	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
24733473--24733528	16	3.6	15	83	7	58	66	1	0	32	1.03
24733469--24733533	15	4.0	16	78	9	78	67	1	0	30	1.00
24737503--24737532	11	2.7	11	94	0	51	16	23	0	60	1.36
24737657--24737756	19	5.7	18	70	19	61	60	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24737657--24737742	19	4.8	19	74	14	67	58	1	0	40	1.06
24737657--24737723	36	1.9	34	81	6	80	59	1	0	38	1.06
24738734--24738786	18	2.9	18	83	8	54	62	3	1	32	1.24
24739099--24739153	27	2.0	27	92	0	92	23	27	16	32	1.96
24750241--24750350	55	2.0	55	96	0	202	26	18	9	46	1.78
24754187--24754253	27	2.5	27	85	0	89	29	20	22	26	1.99
24762842--24762890	19	2.6	19	80	0	71	12	4	28	55	1.55
24771912--24771980	31	2.2	31	78	0	75	30	26	17	26	1.97
24772931--24772982	25	2.1	25	92	0	86	42	7	19	30	1.79
24772908--24773036	69	1.9	69	88	0	195	50	10	11	27	1.72
24775476--24775546	29	2.4	29	83	4	88	49	11	4	35	1.58
24778583--24778626	21	2.1	21	91	8	72	52	0	4	43	1.22
24780451--24781338	89	10.1	89	75	10	581	26	24	19	29	1.98
24780452--24780600	44	3.4	44	82	1	190	29	22	18	29	1.97
24780815--24781304	44	11.0	44	69	8	321	26	24	18	30	1.98
24780844--24781093	45	5.6	45	74	4	238	26	24	18	30	1.98
24782702--24782790	47	1.9	46	86	6	126	12	25	17	43	1.84
24782702--24782801	47	2.1	47	81	7	114	12	27	16	45	1.82
24783569--24783607	18	2.2	18	86	4	53	69	5	12	12	1.35
24785491--24785530	19	2.0	20	85	4	55	47	10	20	22	1.79
24787919--24787962	21	2.1	21	91	8	72	52	0	4	43	1.22
24790787--24790817	14	2.2	14	94	0	53	61	0	9	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24796654--24796809	80	1.9	81	97	2	296	29	6	33	30	1.82
24796930--24796999	30	2.3	30	100	0	140	48	8	17	25	1.75
24799549--24799592	22	2.0	22	95	0	79	31	15	18	34	1.92
24804482--24804543	20	3.1	20	92	0	106	50	25	4	19	1.67
24805251--24805460	43	4.9	43	78	6	196	33	25	13	27	1.93
24805261--24805499	85	2.8	86	79	11	229	32	25	14	28	1.94
24805261--24805511	43	5.8	45	75	10	195	33	25	13	27	1.93
24808881--24808910	15	1.9	16	93	6	53	56	20	6	16	1.62
24810371--24810416	6	7.7	6	90	0	56	43	0	41	15	1.46
24810375--24810416	12	3.5	12	93	0	75	40	0	42	16	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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