genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  63  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16857084--16857335	53	4.8	53	74	8	194	41	10	17	30	1.83
16857200--16857335	35	3.9	35	85	0	173	38	11	19	30	1.87
16857606--16857655	26	1.9	26	88	8	75	60	0	4	36	1.16
16857813--16857885	4	19.2	4	76	18	68	0	19	0	80	0.71
16857811--16857893	9	9.6	8	80	17	87	0	18	0	81	0.68
16857810--16857896	10	8.8	10	80	13	92	0	19	0	80	0.71
16857810--16857896	19	4.4	19	77	16	88	0	19	0	80	0.71
16858165--16858297	6	21.2	6	78	15	110	0	23	0	75	0.84
16858179--16858289	16	6.8	16	71	22	63	0	22	0	76	0.84
16858171--16858253	16	4.9	17	75	19	77	1	20	0	78	0.82
16858234--16858292	4	16.5	4	87	7	51	0	27	0	72	0.84
16858239--16858297	3	18.3	3	85	13	57	0	28	0	71	0.87
16858823--16858915	30	3.1	30	80	10	102	41	4	22	31	1.73
16859770--16859835	31	2.2	30	88	2	96	62	0	0	37	0.96
16859779--16859817	20	2.0	20	85	10	53	61	0	0	38	0.96
16859770--16859835	30	2.2	31	86	8	91	62	0	0	37	0.96
16859859--16859942	29	3.1	29	62	22	74	41	0	28	29	1.56
16859836--16859950	51	2.3	51	93	0	194	43	0	28	27	1.55
16860234--16860301	29	2.3	29	82	0	82	42	19	16	22	1.89
16860490--16860527	19	1.9	19	89	5	58	44	2	5	47	1.39
16861564--16861945	191	2.0	191	92	2	633	31	19	18	30	1.96
16863224--16863365	71	2.0	71	95	0	257	38	17	16	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16863605--16863723	57	2.1	57	84	4	150	47	7	17	26	1.74
16866555--16866600	12	4.0	12	77	11	51	34	0	2	63	1.07
16868641--16868681	16	2.5	17	84	4	57	60	4	0	34	1.18
16870448--16870510	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
16880615--16880705	44	2.1	44	91	4	148	49	10	10	28	1.72
16890046--16890329	154	1.8	154	85	1	399	29	16	26	27	1.97
16894854--16894936	38	2.2	37	79	8	96	37	15	18	28	1.91
16896392--16896420	15	1.9	15	100	0	58	34	27	0	37	1.57
16899281--16899335	26	2.1	26	89	0	83	25	30	9	34	1.87
16907577--16907625	24	2.0	24	100	0	98	30	16	8	44	1.76
16908521--16908580	21	2.8	22	80	7	61	35	20	20	25	1.96
16909972--16910032	28	2.1	31	84	9	83	52	4	3	39	1.39
16912338--16912370	15	2.2	15	94	0	57	57	6	0	36	1.23
16916986--16917029	15	2.9	15	77	12	54	22	13	38	25	1.91
16918157--16918187	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
16918685--16918783	40	2.6	39	79	4	112	26	26	19	28	1.99
16919738--16919807	22	3.0	22	80	14	70	30	5	0	64	1.17
16919758--16919803	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
16919752--16919806	26	2.1	27	86	10	78	29	5	0	65	1.15
16919761--16919814	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
16919771--16919828	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
16924693--16924955	131	2.0	131	95	1	474	30	9	30	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16928563--16928604	16	2.6	16	84	0	57	42	2	21	33	1.66
16950939--16950981	18	2.4	18	88	11	63	41	0	2	55	1.12
16950940--16950985	19	2.4	19	82	14	58	41	0	2	56	1.11
16953267--16953299	14	2.4	14	94	0	57	15	45	0	39	1.46
16954239--16954265	13	2.1	13	100	0	54	62	14	0	22	1.31
16954645--16954707	31	2.0	31	84	0	81	33	26	15	23	1.95
16954750--16954832	27	3.1	27	76	0	94	25	25	26	22	2.00
16954894--16954943	14	3.4	14	86	13	66	70	2	28	0	0.99
16958075--16958154	27	3.2	26	66	20	71	33	7	8	50	1.62
16958008--16958132	62	2.0	62	93	0	214	38	6	7	48	1.57
16958094--16958170	21	3.2	24	64	20	61	33	3	9	53	1.51
16958070--16958178	48	2.3	48	98	0	209	34	6	8	50	1.58
16958165--16958192	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
16958007--16958231	110	2.1	109	90	0	351	34	6	9	49	1.61
16960169--16960241	16	4.5	16	67	21	53	64	13	0	21	1.28
16960758--16960841	31	2.7	31	83	1	98	16	32	29	21	1.95
16963543--16963619	9	8.4	9	83	8	84	22	9	25	42	1.82
16964271--16964322	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
16970157--16970187	11	2.8	11	95	0	53	25	19	19	35	1.95
16971275--16971329	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
16976062--16976323	102	2.5	102	89	3	389	20	18	28	32	1.96
16976192--16976404	75	2.8	76	90	4	331	22	18	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16976196--16976404	77	2.8	75	91	1	328	22	18	26	32	1.97
16977809--16977876	29	2.3	31	87	10	97	39	0	2	57	1.14
16978325--16978360	18	2.0	18	88	0	54	16	0	27	55	1.42
16986696--16986975	41	6.8	41	90	5	381	28	24	20	27	1.99
16994363--16994641	41	6.8	41	90	5	372	28	24	19	27	1.99
16998647--16998705	31	1.9	30	83	10	75	37	15	6	40	1.74
16998862--16998929	25	2.7	25	81	4	75	29	19	23	27	1.98
17002350--17002604	82	3.2	81	85	6	349	50	12	10	27	1.72
17002306--17002604	158	1.9	159	85	2	413	49	12	11	27	1.74
17002306--17002604	82	3.8	77	82	8	323	49	12	11	27	1.74
17009836--17009896	22	2.8	22	79	0	68	18	24	22	34	1.96
17018117--17018199	43	1.9	43	90	4	132	22	14	27	34	1.93
17018117--17018210	43	2.2	43	86	3	127	25	14	26	32	1.95
17018117--17018222	43	2.5	43	77	11	119	24	15	27	33	1.95
17026993--17027054	3	20.3	3	96	3	115	32	0	1	66	1.02
17031319--17031348	15	1.9	16	93	6	53	23	26	20	30	1.98
17047292--17047337	22	2.1	22	100	0	92	39	0	4	56	1.19
17055466--17055550	26	3.3	25	75	6	80	49	3	2	44	1.32
17055555--17055638	39	2.2	38	81	10	98	53	4	2	39	1.35
17063615--17063714	42	2.4	42	89	3	148	21	29	12	38	1.89
17081683--17081732	19	2.7	18	81	6	55	46	4	12	38	1.60
17082439--17082582	72	2.0	72	100	0	288	43	11	26	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17084765--17085032	43	6.2	43	85	5	335	21	20	27	30	1.98
17084765--17085032	129	2.1	129	89	0	401	21	20	27	30	1.98
17084985--17085104	43	2.8	42	76	13	136	30	30	19	20	1.97
17085255--17085284	9	3.2	9	90	9	51	66	3	0	30	1.07
17085448--17085538	21	4.4	21	76	2	78	7	42	14	35	1.74
17085486--17085550	21	3.1	21	81	0	67	4	43	18	33	1.71
17085568--17085697	66	2.0	65	87	4	190	15	25	19	40	1.90
17091102--17091145	16	2.8	16	82	0	52	34	0	15	50	1.45
17091170--17091469	9	35.3	9	65	20	69	39	2	15	43	1.58
17091172--17091303	16	7.8	16	72	11	70	37	1	18	42	1.59
17091206--17091435	69	3.2	68	72	19	184	41	2	13	42	1.56
17091348--17091713	31	11.8	31	72	19	252	38	2	11	48	1.52
17091418--17091469	16	3.1	16	88	5	77	32	0	21	46	1.52
17091525--17091703	53	3.3	54	77	10	179	37	2	9	49	1.50
17091495--17091703	84	2.5	82	89	6	316	37	2	10	49	1.51
17091495--17091690	22	9.3	22	68	19	82	37	2	9	50	1.49
17091757--17091827	29	2.4	29	95	0	133	38	7	12	42	1.70
17094359--17094410	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
17094478--17094514	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
17095414--17095590	82	2.2	82	96	0	327	35	19	15	29	1.93
17095730--17095923	41	4.7	41	77	5	178	38	22	21	17	1.93
17095734--17095925	82	2.3	82	93	1	323	39	22	21	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17097199--17097365	89	1.9	86	85	6	228	31	13	12	42	1.82
17097429--17097585	86	1.8	85	91	4	262	36	10	12	40	1.77
17097544--17097755	84	2.7	74	74	13	217	32	12	10	43	1.77
17097595--17097776	84	2.2	84	84	4	233	32	12	10	45	1.75
17104591--17104655	32	2.0	33	87	6	96	36	0	0	63	0.95
17104616--17104654	19	2.1	19	90	4	62	41	0	0	58	0.98
17104599--17104636	13	2.7	14	88	12	60	36	0	0	63	0.95
17104736--17104789	17	3.2	16	80	12	63	35	0	0	64	0.94
17104740--17104794	9	6.2	9	79	10	60	36	0	0	63	0.95
17104736--17104791	19	3.2	18	90	7	80	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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