genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19489870--19489898	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
19489952--19489998	19	2.5	19	75	3	51	31	4	6	57	1.43
19490271--19490341	20	3.7	20	70	24	53	40	2	1	54	1.23
19490276--19490360	38	2.2	38	77	6	91	36	4	2	56	1.33
19490797--19490874	20	4.1	19	78	6	77	41	2	0	56	1.13
19490797--19490842	19	2.3	20	85	3	58	50	2	0	47	1.13
19494914--19494944	10	3.1	10	95	0	53	25	0	0	74	0.82
19494918--19494952	10	3.5	10	92	0	52	25	0	0	74	0.82
19494968--19495033	31	2.1	31	88	0	96	24	25	18	31	1.97
19495580--19495656	27	2.9	26	71	22	63	50	2	0	46	1.15
19495655--19495727	31	2.4	30	80	10	78	52	1	4	42	1.29
19506191--19506218	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
19519854--19519882	14	2.0	15	93	6	51	68	0	17	13	1.20
19521479--19521556	30	2.6	30	100	0	156	20	24	32	23	1.98
19536059--19536097	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41
19550174--19550212	20	1.9	21	85	15	55	33	7	2	56	1.41
19561861--19561964	52	2.0	52	92	0	172	24	22	16	37	1.93
19572233--19572271	21	1.9	21	89	5	62	69	2	2	25	1.14
19572255--19572290	9	4.0	9	89	10	56	66	0	0	33	0.92
19575668--19575710	3	14.3	3	100	0	86	0	32	0	67	0.91
19575825--19575876	22	2.4	22	80	6	61	48	1	3	46	1.31
19581099--19581205	55	1.9	56	83	7	137	58	3	0	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19583571--19583600	13	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
19583684--19583740	15	3.5	15	71	17	51	52	1	0	45	1.11
19586403--19586452	21	2.5	20	80	3	55	46	14	10	30	1.77
19589410--19589463	20	2.7	19	81	13	56	27	7	14	50	1.70
19595528--19595580	21	2.6	21	81	3	63	47	13	11	28	1.77
19596414--19596488	31	2.5	31	88	2	107	50	1	5	42	1.33
19603368--19603426	20	3.0	20	83	11	77	55	0	3	40	1.16
19603363--19603414	25	2.1	25	82	7	61	57	0	1	40	1.10
19624085--19624182	51	1.9	51	89	4	153	25	25	2	46	1.63
19626510--19626731	64	3.5	64	85	3	304	43	29	1	26	1.63
19626510--19626733	85	2.6	85	84	0	304	42	29	1	26	1.63
19626510--19626732	21	10.5	21	87	2	284	43	29	1	26	1.63
19626954--19626999	22	2.1	21	88	4	65	50	36	0	13	1.41
19629635--19629716	43	1.9	43	83	14	107	23	20	26	29	1.99
19638164--19638207	18	2.5	18	92	3	72	50	0	2	47	1.13
19638926--19638971	23	2.0	23	83	8	58	41	6	0	52	1.27
19646504--19646557	19	2.8	20	73	18	51	64	0	0	35	0.94
19647516--19647772	22	11.0	23	65	21	117	40	15	10	32	1.82
19647516--19647769	47	5.4	45	85	4	292	40	15	10	32	1.82
19647516--19647772	94	2.7	94	90	2	383	40	15	10	32	1.82
19647516--19647772	141	1.8	140	85	3	363	40	15	10	32	1.82
19647613--19647734	23	5.2	23	67	21	74	40	17	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19648008--19648056	15	3.2	15	85	8	55	48	20	0	30	1.50
19649750--19649780	12	2.6	12	89	0	53	54	3	0	41	1.16
19652573--19652663	32	2.8	32	79	17	125	35	8	12	43	1.73
19653441--19653466	7	3.7	7	100	0	52	0	26	11	61	1.30
19659927--19659958	14	2.3	14	100	0	64	43	6	0	50	1.27
19660788--19660862	35	2.1	35	87	0	105	57	8	18	16	1.63
19674059--19674208	45	3.3	45	66	8	124	32	20	21	25	1.97
19674061--19674233	92	1.9	91	92	3	296	32	19	21	25	1.97
19676009--19676038	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
19679842--19679899	19	3.0	19	75	5	62	27	25	25	20	1.99
19679830--19680305	243	2.0	243	87	0	684	34	23	14	27	1.94
19681239--19681278	20	2.0	20	90	0	62	37	12	0	50	1.41
19687662--19687889	118	1.9	118	90	1	368	30	21	16	31	1.95
19687658--19687886	79	2.9	78	85	5	309	30	21	16	31	1.95
19687658--19687893	39	6.0	40	83	7	290	30	22	16	31	1.96
19689804--19689859	24	2.3	24	90	0	85	32	14	7	46	1.71
19694526--19694569	19	2.4	18	81	7	54	52	0	0	47	1.00
19695424--19695471	24	2.0	24	100	0	96	12	33	0	54	1.38
19705847--19705880	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
19706051--19706089	20	1.9	21	89	5	62	25	0	28	46	1.53
19708877--19708915	3	13.0	3	83	0	51	35	2	0	61	1.10
19711510--19711561	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19718735--19718768	16	2.1	16	88	0	50	67	8	11	11	1.42
19724650--19724698	25	2.0	25	91	0	80	36	14	16	32	1.89
19736270--19736294	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
19737006--19737057	6	8.7	6	97	0	95	71	15	0	13	1.15
19737030--19737109	40	2.0	40	82	4	99	68	8	11	11	1.39
19737088--19737136	22	2.3	20	76	10	53	71	0	24	4	1.03
19737094--19737133	15	2.7	15	84	0	53	75	0	22	2	0.93
19738103--19738198	42	2.3	42	85	0	129	31	11	28	29	1.92
19739291--19739917	88	7.2	88	88	2	759	26	23	26	22	2.00
19739563--19739877	44	7.2	44	62	9	122	25	26	26	21	1.99
19747182--19747287	52	2.0	53	98	1	205	24	7	16	50	1.71
19751733--19751838	52	2.0	53	98	1	205	24	7	16	50	1.71
19752772--19752902	70	1.9	70	83	3	174	25	21	21	32	1.98
19752780--19752933	70	2.2	70	81	2	166	25	22	20	30	1.98
19753323--19753360	12	3.2	12	92	0	58	39	5	10	44	1.61
19759970--19760018	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
19768594--19768621	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
19769977--19770051	34	2.2	33	79	13	82	49	4	0	46	1.20
19773257--19773284	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
19774466--19774699	62	3.7	62	91	2	342	48	8	7	35	1.62
19786905--19786957	21	2.5	21	78	0	52	26	32	13	28	1.93
19787057--19787145	45	2.0	45	91	4	144	32	22	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19787152--19787342	51	3.8	51	83	3	242	32	28	15	23	1.95
19787152--19787341	101	1.9	101	87	3	265	32	28	15	23	1.95
19788921--19789213	62	4.7	62	92	2	421	36	5	9	48	1.60
19790468--19790502	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
19792892--19792988	50	1.9	50	91	4	158	43	10	13	32	1.78
19794509--19794561	24	2.2	24	82	3	61	52	7	3	35	1.48
19794524--19794576	24	2.2	24	86	6	72	47	7	5	39	1.56
19795222--19795258	12	3.0	12	88	4	56	21	27	0	51	1.48
19805126--19805193	29	2.3	30	78	12	79	44	14	0	41	1.45
19805205--19805263	27	2.1	29	87	6	86	44	22	0	33	1.53
19805119--19805263	78	1.9	78	85	2	202	42	21	0	35	1.53
19805440--19805496	29	2.1	27	80	9	62	31	14	10	43	1.79
19805631--19805660	14	2.1	14	100	0	60	40	13	6	40	1.71
19805753--19805785	16	2.1	16	94	0	57	12	33	0	54	1.37
19810208--19810267	31	1.9	32	83	6	79	35	15	5	45	1.68
19819333--19819389	29	2.0	29	86	6	80	19	33	26	21	1.97
19819876--19819906	6	5.3	6	96	3	55	87	0	12	0	0.55
19821302--19821365	17	3.8	17	80	0	74	71	6	3	18	1.20
19825429--19825502	35	2.1	35	94	0	130	40	27	13	18	1.88
19833821--19833860	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
19833809--19833875	34	1.9	35	87	3	100	47	10	7	34	1.66
19833844--19833883	14	2.9	14	88	0	62	45	17	5	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19840612--19840637	11	2.4	11	100	0	52	15	11	26	46	1.80
19841369--19841484	43	2.7	43	80	12	130	22	19	29	28	1.98
19850058--19850086	6	4.8	6	100	0	58	31	17	34	17	1.93
19850865--19850894	13	2.4	13	94	5	53	86	13	0	0	0.57
19850945--19851011	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
19851055--19851186	4	33.0	4	74	19	75	69	0	30	0	0.88
19851063--19851200	18	7.3	18	70	21	70	68	0	31	0	0.90
19851046--19851184	36	4.3	32	75	19	96	67	0	32	0	0.91
19851056--19851215	39	4.1	37	80	11	162	70	0	30	0	0.88
19851146--19851219	22	3.3	22	75	9	78	67	0	32	0	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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