genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  102  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28263001--28263202	108	1.9	108	92	2	343	22	18	13	45	1.84
28264423--28264637	108	2.0	108	90	3	344	22	18	13	44	1.85
28265136--28265337	108	1.9	108	92	2	343	21	18	13	45	1.84
28265851--28266052	108	1.9	108	92	2	343	22	18	13	45	1.84
28266564--28266778	108	2.0	108	89	1	333	22	18	13	45	1.85
28267277--28267491	108	2.0	107	88	5	317	23	17	13	44	1.85
28267990--28268191	108	1.9	108	92	2	343	22	18	13	45	1.84
28268703--28268917	108	2.0	107	90	3	342	23	19	13	44	1.86
28270128--28270330	108	1.9	108	90	3	327	22	18	13	45	1.84
28270843--28271043	107	1.9	107	87	3	296	21	18	13	46	1.83
28273131--28273179	24	2.0	24	100	0	98	30	12	4	53	1.57
28277798--28277916	42	2.7	44	80	8	118	31	24	15	29	1.95
28277838--28277940	47	2.2	47	85	3	136	31	26	15	27	1.96
28281021--28281216	44	4.6	43	82	4	216	27	30	17	23	1.97
28281014--28281216	87	2.3	86	84	4	248	29	30	17	23	1.97
28282407--28282433	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
28283000--28283026	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28285556--28285611	27	2.1	27	83	6	69	41	19	1	37	1.62
28285871--28285905	7	5.0	7	85	0	52	28	51	0	20	1.47
28286018--28286055	14	2.7	14	88	8	51	34	42	0	23	1.55
28286136--28286182	14	3.3	15	79	8	53	38	36	0	25	1.56
28286187--28286219	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28287014--28287045	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
28292081--28292112	17	1.9	17	93	6	57	0	12	6	81	0.87
28292398--28292851	147	3.1	146	84	6	620	42	4	11	42	1.59
28307784--28307862	39	2.0	39	100	0	158	24	15	15	45	1.84
28308955--28309002	23	2.1	23	96	0	87	37	8	20	33	1.83
28310209--28310260	20	2.6	20	93	0	86	50	0	28	21	1.49
28314652--28314714	33	1.9	33	83	6	83	7	25	0	66	1.18
28315796--28315856	20	3.0	20	79	9	70	21	21	19	37	1.94
28319850--28320013	87	1.8	89	93	6	287	30	7	23	39	1.82
28321150--28321225	22	3.3	22	64	10	62	28	10	30	30	1.90
28321131--28321584	47	9.6	47	95	1	782	32	8	29	29	1.86
28321131--28321584	190	2.4	190	95	0	804	32	8	29	29	1.86
28332314--28332403	43	2.1	43	95	0	162	51	2	20	26	1.59
28336301--28336347	22	2.1	22	84	7	60	2	21	2	74	1.03
28340895--28341042	27	5.6	26	80	5	127	44	16	16	22	1.86
28340895--28341052	53	3.0	51	77	7	147	43	17	15	24	1.86
28345333--28345473	50	2.8	50	82	2	176	21	27	22	28	1.99
28352806--28353091	27	10.6	27	82	2	297	39	12	21	25	1.89
28361361--28361398	20	1.9	19	89	5	58	39	5	7	47	1.55
28364617--28364649	17	2.0	17	88	5	50	33	0	15	51	1.43
28369340--28369373	13	2.8	12	91	8	52	0	17	0	82	0.67
28369340--28369373	6	5.7	6	86	13	52	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28375919--28375972	23	2.5	20	78	21	56	44	0	20	35	1.52
28395799--28395857	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
28401860--28401932	23	3.2	23	90	0	119	30	26	20	23	1.99
28402161--28402199	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
28407420--28407611	50	3.7	51	83	5	208	26	19	29	25	1.98
28407862--28407900	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
28417149--28417180	16	1.9	17	93	6	57	0	25	0	75	0.81
28417262--28417325	19	3.4	19	80	4	58	43	3	0	53	1.16
28417544--28417604	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
28417552--28417631	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
28418049--28418079	16	1.9	16	93	0	53	58	3	25	12	1.50
28421209--28421235	12	2.2	12	100	0	54	51	14	7	25	1.68
28439506--28439811	45	6.8	45	83	5	228	47	16	16	19	1.82
28439505--28439811	90	3.4	90	82	5	309	47	16	16	19	1.82
28439601--28439815	45	4.8	45	85	3	263	48	17	14	19	1.81
28440197--28440338	73	1.9	74	86	1	205	35	4	16	42	1.68
28442382--28442497	62	1.9	62	87	5	175	47	4	5	43	1.45
28444138--28444165	11	2.5	11	100	0	56	25	7	39	28	1.82
28446831--28446880	25	2.0	25	96	0	91	38	20	22	20	1.94
28446832--28446973	25	5.8	25	72	12	82	38	21	22	17	1.94
28458309--28458345	18	2.1	18	89	0	56	51	16	5	27	1.66
28459118--28459185	5	13.4	5	77	14	68	23	20	14	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28466105--28466325	40	5.5	40	81	0	217	28	14	24	33	1.94
28468820--28468866	19	2.5	19	75	6	51	48	0	4	46	1.21
28468965--28469028	33	1.9	33	84	6	85	28	3	1	67	1.15
28468977--28469025	25	2.0	25	87	0	71	26	0	2	71	0.97
28468976--28469009	16	2.0	16	88	11	50	29	0	0	70	0.87
28468976--28469028	9	6.2	9	85	12	60	32	0	1	66	1.03
28470790--28470839	9	5.4	9	81	13	50	70	2	0	28	0.99
28470798--28470846	17	2.8	17	78	6	53	67	2	0	30	1.02
28475681--28475788	17	6.4	17	71	0	90	46	18	8	26	1.77
28475670--28475746	34	2.3	34	77	8	84	46	19	6	27	1.74
28475681--28475788	51	2.1	51	85	0	144	46	18	8	26	1.77
28476980--28477068	34	2.8	34	81	8	107	50	16	1	31	1.53
28485647--28485672	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
28487566--28487817	45	5.8	45	78	7	259	30	18	16	33	1.94
28487626--28487699	38	2.0	37	83	2	94	36	17	13	32	1.89
28487581--28487747	82	2.0	83	83	1	210	34	19	13	32	1.90
28496164--28496212	18	2.7	18	77	3	53	4	22	6	67	1.30
28496752--28496781	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
28499610--28499714	51	2.1	51	87	3	149	42	18	12	26	1.85
28504738--28504767	14	2.1	14	93	0	51	56	0	3	40	1.16
28505359--28505420	20	3.0	20	86	9	81	51	0	9	38	1.35
28505358--28505401	21	2.1	21	95	0	79	52	0	9	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28505364--28505428	27	2.4	26	82	10	78	56	0	12	30	1.36
28505364--28505440	26	3.2	26	80	12	67	54	2	11	31	1.50
28505684--28505725	14	3.1	14	80	13	52	42	2	0	54	1.13
28509549--28509612	8	7.8	8	77	6	65	70	9	4	15	1.30
28509549--28509613	12	5.2	12	74	7	67	69	9	4	16	1.32
28511013--28511067	21	2.7	19	81	10	56	0	18	10	70	1.15
28512353--28512381	10	2.7	11	94	5	51	68	0	10	20	1.18
28524098--28524167	27	2.6	27	79	0	68	24	20	12	42	1.86
28535629--28535683	17	3.2	17	86	0	83	18	16	40	25	1.91
28535619--28535683	34	1.9	34	90	0	103	20	21	35	23	1.96
28536412--28536477	11	5.8	11	80	5	60	25	3	6	65	1.30
28543750--28543792	18	2.3	18	88	4	59	53	0	2	44	1.13
28543807--28543854	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
28544409--28544451	19	2.3	18	84	4	50	9	39	0	51	1.34
28544593--28544714	57	2.1	58	86	7	169	30	17	6	45	1.73
28548799--28548839	15	2.6	16	85	14	59	65	7	2	24	1.30
28550387--28550658	29	9.4	29	78	5	169	35	11	27	25	1.90
28550413--28550629	115	1.9	117	90	3	350	35	10	28	25	1.89
28551440--28551625	29	6.4	29	79	7	173	36	11	27	25	1.90
28551440--28551683	58	4.2	58	77	5	199	35	12	27	23	1.92
28551462--28551697	29	8.1	28	77	5	166	35	13	27	23	1.93
28553619--28555091	377	3.9	377	97	0	2790	25	20	22	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28556073--28556263	51	3.8	52	77	7	196	23	16	29	30	1.96
28556085--28556273	102	1.9	101	84	3	254	22	17	29	30	1.97
28556269--28556367	46	2.2	43	81	12	110	24	17	25	33	1.96
28568151--28568311	43	3.8	42	79	6	128	28	27	19	24	1.98
28568156--28568266	42	2.6	43	81	4	127	28	26	18	26	1.98
28573644--28573979	124	2.7	124	89	3	507	32	16	19	31	1.94
28577076--28577100	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28577139--28577165	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
28577187--28577221	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
28577084--28577397	121	2.6	120	90	4	524	46	5	9	38	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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