genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8041722--8041831	29	3.6	29	71	20	80	75	4	14	5	1.14
8041790--8041832	6	7.3	6	80	15	54	79	0	20	0	0.74
8041781--8041832	18	3.0	17	83	8	61	78	0	19	1	0.84
8041790--8041834	18	2.6	17	86	13	65	77	0	22	0	0.76
8043925--8044096	49	3.5	49	71	6	159	31	25	23	19	1.98
8043913--8045147	399	3.1	397	85	1	1604	32	24	20	22	1.97
8043913--8045151	50	24.9	50	69	7	644	32	25	20	22	1.98
8043913--8045151	100	12.5	100	85	1	1506	32	25	20	22	1.98
8046802--8046861	3	19.3	3	73	13	50	28	6	1	63	1.29
8049576--8049621	16	2.9	16	75	15	51	56	0	8	34	1.30
8053505--8053657	40	3.8	40	82	6	159	33	21	24	20	1.97
8053690--8054068	41	9.2	41	90	2	584	25	21	23	29	1.99
8054345--8054393	21	2.4	21	83	10	57	30	2	18	48	1.59
8054447--8054478	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
8054509--8054555	14	3.4	14	81	0	58	25	0	42	31	1.55
8054511--8054573	29	2.2	28	82	2	72	26	0	36	36	1.57
8054572--8054733	82	2.0	82	87	4	238	24	1	28	45	1.61
8054706--8054760	21	2.6	21	76	2	65	25	0	36	38	1.56
8059625--8059936	43	7.3	43	88	1	414	18	16	33	32	1.93
8063273--8063335	30	2.1	29	82	8	74	19	28	31	20	1.97
8065625--8065688	3	22.0	3	72	12	53	67	3	1	28	1.15
8065652--8065684	16	2.1	16	88	11	50	78	3	0	18	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8068016--8068045	13	2.2	14	94	5	53	43	0	6	50	1.28
8068681--8068716	17	2.1	17	94	0	63	22	25	5	47	1.73
8070363--8070408	21	2.2	21	84	3	58	56	2	2	39	1.24
8070371--8070418	21	2.3	21	85	0	60	64	4	0	31	1.12
8070501--8070543	20	2.1	21	86	4	61	53	2	2	41	1.26
8073806--8073844	19	2.1	19	95	0	69	35	10	0	53	1.35
8082970--8082996	6	4.5	6	100	0	54	48	0	51	0	1.00
8083885--8083932	23	2.1	23	100	0	96	33	20	18	27	1.96
8096130--8096169	21	2.0	20	85	5	53	42	5	20	32	1.73
8097096--8097120	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
8097736--8097797	24	2.6	24	82	10	81	14	27	24	33	1.94
8101525--8101561	20	1.9	18	89	10	56	8	13	5	72	1.24
8102718--8102749	4	7.8	4	96	3	55	21	0	3	75	0.95
8102801--8102834	15	2.3	15	89	0	50	17	11	5	64	1.45
8112639--8112897	51	5.0	52	93	3	434	28	24	18	28	1.98
8112639--8112897	104	2.5	102	92	2	428	28	24	18	28	1.98
8115219--8115469	127	2.0	126	90	0	394	39	18	11	30	1.86
8117436--8117463	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
8118096--8118134	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
8118133--8118164	3	10.7	3	100	0	64	34	31	34	0	1.58
8118174--8118199	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
8125099--8125787	87	7.9	87	90	1	1035	36	19	16	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8125100--8125787	346	2.0	348	90	1	1096	36	19	16	27	1.93
8127152--8127193	16	2.6	16	88	0	66	45	4	21	28	1.72
8127641--8127675	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
8129642--8129706	28	2.3	30	76	15	84	60	1	29	9	1.37
8134291--8134361	34	2.1	34	91	0	115	39	23	11	25	1.88
8135858--8135903	24	1.9	24	81	0	56	30	10	15	43	1.81
8138310--8138380	28	2.5	29	90	4	110	39	8	1	50	1.41
8138428--8138505	27	2.9	27	73	3	86	20	25	34	19	1.96
8138539--8138577	18	2.1	19	85	4	53	74	5	17	2	1.12
8139541--8139585	18	2.5	18	85	0	63	28	4	46	20	1.69
8141901--8141939	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
8141913--8141941	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
8144220--8144247	11	2.5	11	100	0	56	7	7	0	85	0.73
8144231--8144266	18	1.9	18	88	5	54	5	5	8	80	1.01
8144267--8144334	27	2.5	28	90	4	113	47	0	10	42	1.37
8144338--8144363	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8144372--8144421	19	2.7	18	84	6	55	68	6	2	24	1.23
8144979--8145013	16	2.1	18	89	10	56	54	8	0	37	1.31
8145121--8145272	22	7.4	22	69	18	57	0	31	0	67	0.95
8145135--8145251	10	11.9	10	70	16	75	0	30	0	68	0.96
8145126--8145268	18	7.7	18	72	16	89	0	30	0	68	0.95
8145151--8145259	38	2.9	38	91	0	164	0	33	0	66	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8145189--8145268	34	2.8	28	73	24	76	0	31	0	68	0.90
8145141--8145271	33	4.2	31	72	18	85	0	32	0	67	0.97
8145124--8145271	10	15.1	10	63	24	57	0	30	0	68	0.94
8145320--8145396	27	2.9	27	84	3	102	18	31	24	25	1.97
8145424--8145493	27	2.5	29	88	6	101	47	1	10	41	1.46
8147016--8147078	7	9.1	7	98	1	119	57	14	0	28	1.38
8147205--8147235	16	1.9	16	93	0	53	29	9	22	38	1.86
8148711--8149055	87	4.0	87	88	0	494	36	17	16	29	1.92
8154015--8154050	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
8155774--8155798	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8155823--8155853	15	2.1	15	93	0	53	38	0	0	61	0.96
8156941--8157596	170	3.9	170	88	1	877	34	18	7	39	1.79
8158131--8158194	30	2.2	30	86	8	87	56	10	4	28	1.54
8159352--8159385	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
8159516--8159562	23	2.0	24	83	4	60	57	0	0	42	0.98
8174070--8174130	29	2.1	29	100	0	122	36	9	14	39	1.80
8177182--8177210	6	4.8	6	100	0	58	0	51	13	34	1.42
8180993--8181041	15	3.2	15	77	11	55	65	0	6	28	1.16
8181441--8181524	3	27.3	3	71	13	55	61	3	4	29	1.33
8182365--8182403	20	2.0	20	89	0	60	12	15	48	23	1.79
8196334--8196384	5	10.6	5	76	16	54	19	1	1	76	0.98
8201328--8201550	83	2.7	83	86	5	317	28	13	16	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8201697--8201724	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8202153--8202210	21	2.8	21	76	5	55	36	39	0	24	1.55
8202181--8202226	21	2.2	21	84	0	56	34	41	0	23	1.55
8202229--8202266	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
8202559--8202606	22	2.2	21	81	3	60	47	29	0	22	1.51
8202626--8202664	14	2.8	14	84	0	51	51	33	0	15	1.44
8202839--8203254	41	10.2	41	82	2	435	30	27	19	21	1.98
8202892--8203254	163	2.2	164	84	1	487	29	29	19	21	1.98
8203611--8203679	14	5.0	14	72	10	52	49	2	0	47	1.16
8203674--8203720	23	2.1	22	88	4	67	46	0	2	51	1.13
8203669--8203736	11	6.7	10	76	15	68	42	0	1	55	1.08
8208737--8208779	19	2.3	21	74	25	51	67	0	4	27	1.10
8245189--8245369	40	4.5	40	95	0	317	28	23	19	28	1.98
8249826--8249872	18	2.5	18	86	13	60	46	6	10	36	1.64
8250664--8250700	16	2.4	16	90	4	58	59	5	2	32	1.34
8250818--8250939	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.44
8250932--8251775	19	41.3	19	67	23	176	55	13	0	29	1.42
8250933--8251108	23	7.8	23	85	12	233	53	16	0	30	1.43
8250933--8251088	65	2.4	65	97	0	303	52	17	0	30	1.45
8250933--8251080	42	3.4	45	86	11	220	52	17	0	30	1.45
8251090--8251244	79	2.0	79	96	0	283	56	12	0	30	1.36
8251093--8251216	27	4.7	26	66	13	74	58	12	0	29	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8251229--8251282	27	2.0	27	96	0	99	53	14	1	29	1.52
8250914--8251588	186	3.3	211	74	19	604	56	13	0	29	1.41
8251084--8251772	186	3.6	186	78	13	675	56	12	0	29	1.41
8251429--8251495	8	7.6	8	75	18	62	56	14	0	28	1.39
8251415--8251495	27	3.0	27	100	0	162	55	14	0	29	1.40
8251437--8251538	46	2.2	45	83	10	118	56	13	0	28	1.44
8251552--8251609	21	2.9	21	89	5	84	56	15	1	25	1.49
8251467--8251689	101	2.2	101	91	1	360	57	12	0	29	1.41
8251256--8251772	80	6.5	80	76	14	525	56	12	0	29	1.42
8251887--8251924	20	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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