genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  32  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8504798--8504856	24	2.5	24	85	0	82	20	28	5	45	1.72
8506232--8506287	18	3.1	17	75	14	58	26	1	5	66	1.23
8512448--8512531	28	3.0	28	82	1	107	30	21	22	25	1.98
8512870--8512928	27	2.2	27	87	0	82	25	16	20	37	1.93
8512877--8512932	27	2.1	27	93	0	94	23	19	17	39	1.92
8513340--8513425	43	2.0	43	100	0	172	48	13	20	16	1.80
8519582--8519624	23	1.9	22	95	4	77	32	16	18	32	1.93
8521212--8521254	21	2.0	21	86	0	59	32	20	11	34	1.89
8523269--8523418	39	3.8	39	80	6	142	36	22	20	22	1.96
8523388--8523714	113	2.9	114	84	1	415	25	21	23	29	1.99
8523614--8523751	73	1.9	72	85	4	188	28	21	19	31	1.97
8523614--8523775	73	2.2	73	80	4	175	25	19	22	33	1.97
8524183--8524356	7	25.1	7	66	15	51	17	4	39	39	1.68
8524206--8524258	21	2.6	21	84	3	72	13	3	43	39	1.62
8524221--8524277	27	2.1	27	100	0	114	10	3	47	38	1.55
8524804--8524949	75	1.9	74	82	5	177	30	13	21	34	1.92
8524889--8525134	115	2.1	116	78	5	259	29	19	22	28	1.98
8524889--8525146	114	2.2	116	78	5	265	28	18	22	30	1.97
8525169--8525521	189	1.9	190	90	0	573	26	14	18	40	1.89
8525235--8525406	75	2.3	75	95	2	310	27	13	18	39	1.89
8525310--8525626	115	2.8	114	92	1	544	27	15	18	38	1.91
8528283--8528357	21	3.6	21	68	8	55	37	17	41	4	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8528577--8528610	14	2.4	14	95	0	59	17	8	20	52	1.71
8528678--8528967	42	7.0	42	88	2	397	25	20	20	33	1.97
8528678--8528967	126	2.3	126	90	1	458	25	20	20	33	1.97
8529124--8529179	26	2.2	26	100	0	112	25	25	14	35	1.93
8530882--8530906	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
8532009--8532060	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
8532195--8532240	20	2.3	20	81	7	58	52	4	4	39	1.41
8532272--8532320	20	2.5	20	86	0	71	55	0	8	36	1.30
8532307--8532360	24	2.2	25	80	12	67	61	1	3	33	1.25
8533406--8533441	14	2.5	15	91	8	58	11	16	25	47	1.79
8533721--8533947	44	5.3	44	72	9	173	27	21	20	30	1.98
8533721--8533994	127	2.1	127	83	3	336	28	21	20	29	1.98
8533752--8534009	44	6.1	43	67	13	124	27	21	20	30	1.98
8534005--8535059	132	8.0	132	94	0	1786	26	24	19	29	1.98
8536295--8536333	6	6.8	6	88	5	55	0	17	0	82	0.68
8542201--8542252	16	3.4	16	81	5	54	76	9	1	11	1.09
8542525--8542570	18	2.4	20	82	7	60	52	4	6	36	1.47
8542472--8542554	2	42.5	2	72	9	55	51	2	6	39	1.39
8543914--8543946	3	11.0	3	93	0	57	0	30	0	69	0.88
8547705--8547845	44	3.2	44	85	4	187	25	23	21	29	1.99
8548414--8548652	51	4.7	51	75	4	198	23	20	23	31	1.98
8548181--8548528	173	2.0	173	80	7	395	25	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8548352--8548652	101	3.0	101	87	4	412	23	20	23	31	1.98
8560529--8560684	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
8567373--8567531	42	3.7	43	77	13	136	30	26	18	24	1.98
8572477--8572542	31	2.1	31	100	0	132	25	3	25	45	1.68
8573128--8573197	23	3.0	23	79	8	70	20	11	22	45	1.82
8573130--8573237	46	2.3	46	83	0	135	19	14	24	41	1.89
8573141--8573237	23	4.2	23	85	0	122	18	15	24	41	1.89
8592774--8592829	29	2.0	28	86	10	78	44	1	5	48	1.36
8593057--8593124	27	2.5	27	95	0	118	14	35	32	17	1.91
8593177--8593325	10	15.1	10	69	14	78	69	0	30	0	0.88
8593176--8593325	38	3.9	38	78	14	146	69	0	30	0	0.89
8593168--8593325	44	3.6	44	75	22	140	68	0	31	0	0.90
8593254--8593321	21	3.2	20	69	19	57	72	0	27	0	0.85
8593248--8593328	24	3.5	24	69	16	73	70	0	29	0	0.88
8593200--8593335	68	2.0	67	81	8	159	69	0	30	0	0.89
8593683--8601454	318	24.4	319	92	2	12722	49	8	11	30	1.68
8593683--8601454	637	12.2	638	94	1	12849	49	8	11	30	1.68
8607049--8607117	27	2.6	27	83	2	86	15	27	34	21	1.94
8609015--8609074	27	2.2	28	86	13	83	26	1	3	68	1.15
8609007--8609050	23	2.0	22	82	13	54	31	2	4	61	1.28
8609111--8609157	22	2.1	23	84	7	62	29	0	2	68	1.02
8609233--8609282	21	2.3	22	86	13	68	62	6	0	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613106--8613136	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8613514--8613587	33	2.3	32	81	6	87	54	4	4	37	1.39
8619194--8619262	25	2.7	25	88	4	93	30	20	27	21	1.98
8619216--8619273	26	2.3	25	84	3	71	29	22	32	15	1.95
8622422--8622459	19	2.0	19	85	10	51	42	0	13	44	1.43
8625929--8626015	42	2.1	42	93	2	149	20	28	13	36	1.91
8626123--8626155	2	16.5	2	93	0	57	54	45	0	0	0.99
8626155--8626180	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8630100--8630146	2	24.0	2	78	4	51	42	2	6	48	1.40
8634431--8634473	23	1.9	22	85	4	59	34	9	0	55	1.32
8646769--8646855	42	2.1	41	87	6	131	25	25	10	39	1.87
8646978--8647005	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8649836--8649875	20	2.0	20	90	5	62	35	2	0	62	1.09
8650116--8650149	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
8650607--8650649	22	1.9	23	85	4	61	55	11	4	27	1.55
8653634--8653829	109	1.8	107	87	3	295	33	17	16	31	1.93
8661989--8662126	4	33.2	4	72	21	65	71	0	27	0	0.91
8661996--8662164	10	16.4	10	65	15	76	70	0	28	0	0.92
8661980--8662129	38	3.8	39	83	14	193	70	0	29	0	0.93
8661980--8662164	41	4.7	39	82	13	213	69	0	30	0	0.93
8662946--8663410	156	3.0	154	78	12	527	52	6	11	30	1.62
8665585--8665620	18	2.0	18	100	0	72	27	33	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8665806--8665835	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8676982--8677041	27	2.2	27	90	0	93	18	40	28	13	1.88
8677098--8677275	4	43.0	4	71	20	77	70	0	28	1	0.97
8677104--8677272	10	16.2	10	67	16	85	70	0	27	1	0.97
8677095--8677251	41	3.9	42	85	8	200	69	0	28	1	0.99
8677149--8677274	41	3.0	40	80	13	135	71	0	26	1	0.95
8677813--8677842	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
8677622--8678391	157	4.9	156	80	11	819	51	6	10	31	1.61
8677604--8678391	312	2.5	312	89	4	1149	51	6	10	31	1.61
8683276--8683322	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
8713341--8713373	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
8724787--8724832	19	2.4	19	85	0	56	13	21	15	50	1.78
8734634--8734699	30	2.2	30	83	5	80	43	21	10	24	1.83
8736979--8737022	19	2.3	19	92	0	70	36	18	0	45	1.49
8738062--8738133	21	3.4	21	74	0	81	48	18	19	13	1.81
8738036--8738154	42	2.9	42	84	1	150	47	17	21	13	1.82
8739884--8739957	20	4.0	20	73	20	79	28	9	13	48	1.73
8739869--8739969	34	2.9	34	95	1	175	30	8	13	46	1.74
8739863--8739973	14	7.0	15	69	23	59	31	9	15	44	1.77
8740295--8740352	26	2.2	26	96	0	107	43	10	12	34	1.76
8742427--8742525	27	3.6	27	70	20	96	51	21	14	13	1.75
8742936--8742966	14	2.2	14	94	0	53	32	19	9	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8743932--8743979	20	2.4	20	86	6	62	75	2	16	6	1.11
8746732--8746793	6	10.3	6	98	0	115	51	14	16	17	1.76
8747623--8748071	242	1.9	240	89	3	697	41	22	16	19	1.90
8756328--8756354	6	4.5	6	100	0	54	48	33	0	18	1.49
8759160--8759192	7	4.7	7	100	0	66	15	12	0	72	1.12
8760555--8760607	6	8.8	6	89	8	81	33	49	15	1	1.55
8768506--8768711	108	1.9	108	87	2	306	32	14	24	29	1.94
8768507--8768745	108	2.2	108	83	4	286	34	13	23	28	1.93
8768828--8768873	23	2.0	22	83	4	56	21	6	23	47	1.74
8774228--8774280	24	2.2	25	83	16	67	75	0	3	20	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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