genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  64  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17104739--17104799	20	3.3	19	84	8	74	39	0	0	60	0.97
17104848--17104911	29	2.2	30	82	2	76	35	0	0	64	0.94
17104939--17104979	21	1.9	22	90	5	66	46	0	0	53	1.00
17107574--17107622	24	2.0	25	84	4	64	32	18	24	24	1.97
17112293--17112353	22	2.9	22	83	16	85	60	0	0	39	0.97
17112296--17112389	19	4.8	20	73	21	76	59	0	0	40	0.97
17112344--17112389	22	2.1	23	88	8	69	56	0	0	43	0.99
17112426--17112515	8	11.2	8	73	12	53	77	2	4	15	1.02
17112431--17112489	23	2.5	23	86	10	75	76	1	5	16	1.05
17122036--17122095	20	2.9	21	78	16	72	40	1	3	55	1.27
17125558--17126058	113	4.5	111	91	5	818	44	15	17	23	1.86
17125557--17126116	113	5.0	112	89	6	813	44	14	16	24	1.85
17127321--17128132	113	7.2	113	86	7	1008	29	16	14	39	1.88
17134205--17134248	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
17138957--17139005	23	2.1	23	81	7	55	57	16	12	14	1.66
17153136--17153180	17	2.8	17	83	12	51	51	6	6	35	1.55
17155026--17155277	43	5.9	43	82	1	290	26	28	19	25	1.99
17155026--17155257	85	2.7	85	83	2	295	27	28	19	25	1.99
17155366--17155399	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
17155640--17155669	15	2.0	15	93	0	51	16	33	0	50	1.46
17155630--17155665	18	2.0	18	88	0	54	16	33	0	50	1.46
17155630--17155656	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17159982--17160083	47	2.1	47	89	5	152	46	0	7	46	1.32
17160078--17160118	15	2.6	17	77	18	52	14	7	0	78	0.96
17160583--17160609	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
17160818--17160883	22	3.1	21	74	8	55	31	45	3	19	1.66
17160887--17160929	17	2.6	17	89	7	63	41	27	0	30	1.56
17160920--17160956	19	1.9	19	94	0	65	40	27	0	32	1.57
17161309--17161846	114	4.7	114	93	0	889	26	24	20	28	1.99
17161309--17161841	227	2.3	227	93	0	904	26	24	20	27	1.99
17162097--17162170	35	2.0	35	87	7	103	28	13	8	50	1.70
17162250--17162313	27	2.4	27	92	2	103	51	4	3	40	1.38
17162706--17162746	21	1.9	22	85	5	57	36	0	4	58	1.20
17167547--17167575	15	1.9	15	100	0	58	6	34	0	58	1.25
17172882--17172977	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
17173524--17173603	21	3.9	21	79	7	85	68	13	16	1	1.27
17176634--17176729	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
17187031--17187067	14	2.5	16	83	16	53	72	0	5	21	1.04
17187752--17187794	20	2.2	19	83	8	50	67	6	0	25	1.15
17187887--17187934	9	5.3	9	84	0	60	22	8	29	39	1.83
17188247--17188310	32	2.0	32	93	6	112	53	4	12	29	1.59
17189103--17189141	20	2.0	21	90	10	64	43	0	0	56	0.99
17189009--17189283	110	2.6	108	80	6	283	33	10	10	46	1.72
17189085--17189319	110	2.2	106	81	8	242	35	8	8	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17190978--17191107	42	3.1	42	83	4	129	42	16	22	19	1.89
17191008--17191075	21	3.2	21	68	0	64	41	13	25	20	1.88
17198588--17198687	3	33.3	3	81	4	121	61	0	8	31	1.25
17198914--17198951	20	1.9	19	89	5	58	68	0	7	23	1.16
17198883--17198952	24	2.9	25	70	18	67	67	0	8	24	1.19
17199648--17199684	5	7.6	5	88	11	51	81	0	0	18	0.70
17200259--17200588	50	6.7	49	74	12	221	27	17	20	35	1.94
17200314--17200488	92	1.9	92	83	4	228	26	16	22	34	1.95
17200689--17200867	46	3.9	46	85	2	243	29	24	17	27	1.98
17200662--17200887	92	2.4	92	75	8	231	28	26	16	27	1.97
17203441--17203478	8	4.6	8	96	3	67	86	0	2	10	0.66
17203439--17203484	16	3.0	16	76	17	53	84	0	4	10	0.75
17204076--17204120	20	2.3	20	85	7	58	11	11	31	46	1.74
17204833--17205414	99	5.9	99	95	0	961	24	24	21	29	1.99
17210462--17210557	50	1.9	50	100	0	192	26	28	21	23	1.99
17214374--17214417	8	5.6	8	89	5	72	88	0	0	11	0.51
17215008--17215052	20	2.3	20	85	7	58	11	11	31	46	1.74
17215267--17215291	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
17225438--17225471	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
17226958--17227033	3	25.3	3	73	5	64	59	1	9	30	1.37
17229852--17230392	47	11.5	47	77	5	434	40	17	12	28	1.87
17229852--17230392	70	7.7	70	78	2	508	40	17	12	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17229898--17230395	141	3.5	141	90	2	736	40	17	12	29	1.87
17231178--17231290	43	2.6	44	78	12	110	25	30	18	25	1.98
17232092--17232168	38	2.0	38	100	0	154	33	12	10	42	1.77
17237645--17238197	24	23.3	24	75	8	447	41	17	12	28	1.86
17237656--17238189	47	11.3	47	77	7	440	41	17	11	28	1.85
17237659--17238189	71	7.5	69	78	5	487	41	18	12	28	1.86
17237645--17238197	190	2.9	190	81	6	548	41	17	12	28	1.86
17237667--17238197	119	4.5	117	82	6	434	41	17	12	28	1.86
17238996--17239089	43	2.2	44	79	9	104	25	26	19	28	1.98
17242645--17242748	55	1.9	54	90	2	163	42	0	2	53	1.22
17246156--17246187	15	2.1	16	94	5	57	9	56	34	0	1.32
17246409--17246851	219	2.0	219	100	0	886	45	20	9	25	1.80
17255294--17255324	11	2.8	11	95	0	53	70	0	0	29	0.87
17259259--17259500	50	4.8	50	90	3	371	21	30	21	26	1.98
17259595--17259624	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
17259838--17259894	30	1.9	29	85	3	78	28	24	5	42	1.76
17266775--17266799	12	2.1	12	100	0	50	44	32	0	24	1.54
17268396--17268501	44	2.4	44	91	0	176	45	20	19	14	1.85
17269293--17269338	22	2.1	22	84	8	58	45	4	17	32	1.68
17270926--17270993	7	9.7	7	93	0	118	72	0	14	13	1.13
17271008--17271041	15	2.1	17	89	10	54	61	5	0	32	1.20
17271276--17271314	21	1.9	20	89	5	60	33	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17274905--17274950	15	2.9	15	90	6	65	23	8	2	65	1.32
17280481--17280530	24	2.1	23	88	3	73	44	6	0	50	1.26
17280468--17280555	31	2.8	32	84	8	110	44	5	0	50	1.26
17280477--17280572	30	3.1	31	86	7	124	42	4	0	53	1.20
17280500--17280627	30	4.5	30	80	11	119	42	3	0	53	1.22
17280578--17280637	27	2.2	29	77	17	74	51	1	0	46	1.10
17281962--17282132	94	1.8	94	100	0	342	22	13	19	45	1.85
17282131--17282159	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
17282834--17282908	23	3.4	22	75	15	75	68	2	0	29	1.04
17282834--17282906	22	3.3	22	74	14	69	68	2	0	28	1.03
17283075--17283121	21	2.2	22	88	3	69	27	2	0	70	0.99
17283419--17283464	21	2.1	21	84	11	58	63	0	2	34	1.07
17283792--17283829	10	3.9	10	80	19	53	18	0	7	73	1.06
17287841--17287887	19	2.3	20	82	10	60	55	0	0	44	0.99
17288605--17288652	14	3.5	14	78	16	64	20	8	37	33	1.83
17291589--17291629	13	3.1	13	85	3	55	14	2	39	43	1.59
17291592--17291635	13	3.3	13	81	12	54	13	2	40	43	1.57
17293521--17293550	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
17297444--17297748	163	1.9	164	88	0	468	27	23	19	30	1.98
17297715--17298039	29	11.3	29	80	5	329	35	21	15	27	1.93
17297711--17298039	143	2.3	143	83	5	414	36	20	15	27	1.93
17297715--17298059	57	6.0	57	77	7	281	36	21	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17297693--17298059	143	2.6	141	78	7	400	35	21	15	26	1.94
17299644--17299732	41	2.2	41	89	4	144	37	20	17	24	1.94
17299644--17299751	41	2.6	41	86	2	135	37	21	18	23	1.95
17299727--17299776	25	2.0	25	96	0	91	50	20	18	12	1.78
17299685--17299816	68	2.0	66	89	3	201	40	20	18	20	1.91
17299752--17299882	42	3.0	42	81	14	165	34	19	19	25	1.96
17299768--17299864	48	2.0	48	90	4	151	37	18	18	25	1.94
17299816--17299937	43	2.9	43	86	3	140	30	21	20	27	1.98
17300346--17300438	21	4.4	21	83	0	96	5	41	15	37	1.69
17305938--17306260	9	37.0	9	71	14	248	31	1	21	45	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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