genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  6  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1831598--1831638	10	4.1	10	83	0	55	48	29	2	19	1.61
1841647--1841698	25	2.0	26	82	10	63	75	5	7	11	1.19
1845463--1845537	32	2.4	30	76	10	78	41	9	21	28	1.84
1845923--1846680	314	2.4	310	81	5	913	36	20	13	29	1.91
1857520--1857544	3	8.3	3	100	0	50	36	64	0	0	0.94
1857669--1857694	3	8.7	3	100	0	52	30	0	34	34	1.58
1863870--1863912	20	2.1	21	82	4	52	55	2	16	25	1.53
1870829--1870889	31	2.0	31	86	0	86	29	11	6	52	1.62
1871366--1871405	9	4.3	9	83	3	53	20	0	2	77	0.88
1871455--1871502	23	2.0	24	84	4	62	33	0	0	66	0.92
1871814--1871882	31	2.2	31	89	0	102	44	15	17	21	1.86
1873404--1873443	18	2.2	19	90	4	64	60	10	2	27	1.42
1876629--1876664	5	6.8	5	93	6	54	38	0	0	61	0.96
1877114--1877160	22	2.0	22	84	15	60	65	2	0	31	1.04
1877127--1877164	16	2.3	17	81	9	51	68	2	0	28	1.03
1877934--1877985	18	2.8	18	72	13	52	53	7	0	38	1.30
1877983--1878025	22	2.0	22	86	4	61	37	4	2	55	1.33
1884549--1884665	61	1.9	60	79	8	130	46	13	3	36	1.60
1894200--1894256	22	2.6	22	77	0	60	63	10	10	15	1.52
1895295--1895340	19	2.4	20	85	10	69	67	0	10	21	1.21
1895941--1895976	14	2.6	13	87	12	54	44	2	2	50	1.31
1902344--1902404	31	2.0	31	87	3	88	55	6	1	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1905910--1905958	24	2.0	24	100	0	98	63	20	8	8	1.48
1908346--1908385	9	4.4	9	90	0	62	40	25	10	25	1.86
1908346--1908385	18	2.2	18	100	0	80	40	25	10	25	1.86
1909573--1909658	26	3.2	26	88	3	109	65	1	0	33	1.01
1914612--1914650	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
1917677--1917871	93	2.1	93	85	1	257	44	11	31	13	1.79
1917901--1917929	14	2.1	14	100	0	58	37	13	34	13	1.85
1918767--1918810	15	3.0	15	83	3	54	65	0	0	34	0.93
1924345--1924369	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1926776--1926827	26	2.0	26	92	0	86	30	11	7	50	1.67
1934946--1934979	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
1934932--1934988	26	2.2	26	81	9	62	29	3	8	57	1.45
1937648--1937696	20	2.4	20	80	10	55	36	6	22	34	1.79
1944505--1944558	26	2.1	26	100	0	108	31	24	7	37	1.83
1951688--1951740	20	2.6	19	74	11	52	45	15	20	18	1.85
1956870--1956906	6	6.2	6	93	0	65	81	0	2	16	0.81
1965578--1965684	11	10.4	11	69	23	63	58	0	3	37	1.16
1965550--1965701	40	3.7	40	87	4	214	61	0	2	34	1.14
1965679--1965709	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
1977769--1977798	13	2.2	14	94	5	53	16	0	13	70	1.18
1988147--1988197	4	13.2	4	85	8	70	25	0	21	52	1.47
1989798--1989842	18	2.3	18	81	11	54	33	2	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1989798--1989846	19	2.5	20	77	12	57	34	2	0	63	1.06
1989848--1989898	26	2.0	24	85	11	66	52	0	7	39	1.30
1991994--1992023	15	2.0	15	100	0	60	40	0	26	33	1.57
1995322--1995762	220	2.0	220	100	0	882	34	27	12	25	1.92
1998240--1998277	19	2.0	19	100	0	76	31	21	5	42	1.75
1998243--1998285	19	2.3	19	87	0	59	41	18	6	32	1.77
2006498--2006550	28	1.9	27	88	3	79	64	0	5	30	1.17
2006498--2006548	27	1.9	27	92	4	86	62	0	5	31	1.19
2018503--2018538	15	2.4	15	85	0	54	58	0	8	33	1.28
2023105--2023163	21	2.8	20	80	14	57	54	3	1	40	1.27
2023145--2023263	40	2.9	41	93	3	204	61	0	3	35	1.13
2023194--2023283	18	4.8	18	70	18	58	60	0	1	38	1.04
2031293--2031535	105	2.3	105	88	3	373	28	20	13	36	1.91
2034421--2034492	29	2.4	30	83	4	83	38	19	4	37	1.71
2039965--2039997	16	2.0	17	94	5	59	63	0	0	36	0.95
2040714--2040816	46	2.2	48	87	5	156	28	10	18	42	1.83
2041071--2041132	33	1.9	32	83	9	81	32	6	16	45	1.72
2042680--2042724	18	2.3	18	85	14	54	62	4	2	31	1.27
2043980--2044369	196	2.0	197	88	1	586	26	13	19	40	1.89
2054886--2054944	24	2.4	25	78	13	70	66	0	1	32	1.02
2056925--2056990	28	2.4	26	77	22	64	53	1	1	43	1.19
2056926--2056980	28	2.0	28	86	13	78	52	1	1	43	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065203--2065269	27	2.5	28	85	7	93	22	31	28	17	1.97
2065306--2065334	12	2.5	12	94	5	51	79	0	13	6	0.93
2066742--2066802	17	3.4	17	72	12	59	34	4	0	60	1.18
2066739--2066835	37	2.5	39	90	5	153	35	4	0	60	1.16
2068815--2068841	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2071063--2071687	282	2.2	283	93	2	1076	30	12	7	49	1.67
2072129--2072259	44	3.0	44	89	4	149	0	32	0	67	0.91
2072142--2072259	24	5.5	21	75	16	91	0	28	0	71	0.87
2072161--2072260	10	9.2	11	75	16	84	0	30	0	70	0.88
2072178--2072257	14	5.5	14	80	12	90	0	27	0	72	0.85
2072179--2072254	4	19.5	4	75	22	56	0	27	0	72	0.85
2072144--2072259	44	2.6	44	94	2	198	0	29	0	70	0.87
2072182--2072262	34	2.5	34	79	16	91	0	30	0	69	0.89
2072141--2072276	48	3.0	47	84	10	174	0	32	0	67	0.91
2072145--2072257	14	7.8	14	72	17	79	0	28	0	71	0.86
2072813--2072873	19	3.2	20	68	17	65	44	0	0	55	0.99
2072804--2072892	38	2.3	38	88	5	124	43	1	2	52	1.20
2073856--2073913	25	2.3	24	79	5	62	50	0	1	48	1.11
2074761--2074804	20	2.1	21	84	12	56	34	6	6	52	1.55
2075404--2075458	25	2.4	22	84	9	74	30	0	1	67	1.01
2075522--2075580	31	1.9	31	82	0	73	35	13	18	32	1.90
2081934--2081971	6	6.3	6	96	0	58	36	42	0	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084917--2084950	15	2.3	15	90	5	52	32	2	20	44	1.67
2085834--2085926	37	2.5	37	91	0	159	27	20	15	36	1.92
2085906--2086203	52	5.9	52	87	6	413	29	22	14	33	1.94
2085991--2086209	46	4.7	46	83	8	262	29	22	13	33	1.93
2085888--2086209	98	3.3	97	83	10	438	28	22	13	34	1.93
2089460--2089549	45	2.0	45	95	0	162	45	7	16	30	1.76
2089586--2089613	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
2096996--2097581	23	23.2	23	79	16	535	33	0	19	46	1.55
2096996--2097581	75	7.7	75	82	12	543	33	0	19	46	1.55
2097022--2097581	52	10.9	51	79	16	574	33	0	19	46	1.55
2097045--2097536	28	18.8	31	71	26	188	33	0	19	46	1.51
2098747--2098771	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
2099839--2099896	29	2.0	29	90	9	93	58	1	0	39	1.08
2099930--2099980	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
2099981--2100024	22	2.0	22	95	0	79	40	0	25	34	1.56
2099933--2100031	52	1.9	52	85	0	135	38	0	29	32	1.58
2118098--2118144	24	2.0	24	87	8	69	29	8	29	31	1.87
2120740--2120796	29	2.0	29	82	6	71	36	1	3	57	1.26
2120739--2120803	30	2.2	29	78	8	69	38	1	3	56	1.24
2126281--2126314	17	1.9	18	94	5	61	38	14	5	41	1.70
2128855--2128889	17	2.1	17	100	0	70	28	5	34	31	1.81
2132332--2132516	46	4.0	46	91	0	300	30	25	7	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133740--2133784	17	2.6	17	89	0	63	60	15	0	24	1.36
2135405--2135594	23	8.3	23	89	1	283	32	25	20	21	1.97
2135405--2135593	91	2.1	92	88	1	281	32	25	20	21	1.97
2138210--2138252	22	2.0	23	86	9	63	37	11	30	20	1.89
2155342--2155558	96	2.2	98	80	8	257	42	11	3	41	1.59
2167036--2167081	22	2.1	22	91	0	74	34	2	15	47	1.57
2176482--2176532	26	1.9	27	84	11	70	50	11	13	23	1.74
2177020--2177068	25	2.0	25	81	18	59	38	2	6	53	1.38
2178856--2179002	33	4.4	32	67	9	96	29	23	14	32	1.94
2178830--2179069	101	2.4	101	90	1	374	28	24	15	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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