genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  69  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18275732--18277296	120	13.1	118	91	4	2255	52	4	1	42	1.28
18278664--18278767	49	2.1	49	92	0	172	50	10	8	30	1.67
18281077--18281116	16	2.6	16	96	4	73	75	0	0	25	0.81
18281049--18281472	115	3.5	115	84	10	363	47	2	4	44	1.38
18281323--18281353	16	1.9	16	100	0	62	74	0	0	25	0.82
18281208--18281476	131	2.0	132	94	2	479	47	2	4	44	1.38
18282320--18282346	12	2.2	12	100	0	54	59	25	7	7	1.51
18282326--18282437	23	4.9	22	74	12	102	56	20	8	15	1.64
18282302--18282363	17	3.6	17	72	20	56	56	22	8	12	1.62
18282301--18282449	80	1.9	74	85	8	199	56	20	6	16	1.62
18282325--18282437	45	2.5	46	83	8	133	56	20	7	15	1.63
18283683--18283718	17	2.1	17	89	5	54	69	16	11	2	1.29
18283683--18283718	6	6.2	6	93	6	56	69	16	11	2	1.29
18284524--18284574	21	2.4	22	77	9	61	49	1	5	43	1.38
18284524--18284569	22	2.1	23	84	8	60	50	2	6	41	1.40
18284999--18285097	35	2.9	34	77	15	91	53	1	1	44	1.14
18285027--18285080	16	3.3	15	78	21	56	59	0	0	40	0.98
18285025--18285097	5	15.2	5	78	18	84	58	0	0	41	0.98
18285397--18285457	31	2.0	31	83	6	79	29	8	6	55	1.54
18286212--18286252	20	2.2	19	86	8	57	17	19	7	56	1.64
18286549--18286596	2	24.0	2	91	0	78	45	0	54	0	0.99
18295420--18295472	26	2.0	26	85	7	72	22	5	9	62	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18301099--18301143	22	2.0	22	95	0	81	24	15	8	51	1.72
18305379--18305425	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
18305357--18305590	121	1.9	122	97	0	443	50	4	0	44	1.27
18305648--18305681	18	1.9	18	88	5	52	38	11	0	50	1.39
18307385--18307488	49	2.1	49	89	0	154	50	10	8	29	1.66
18310170--18310222	9	5.8	9	84	8	63	39	0	0	60	0.97
18310180--18310235	17	3.2	17	82	7	60	39	0	3	57	1.16
18310950--18310987	13	3.0	13	81	18	53	44	15	0	39	1.47
18311609--18311651	20	2.0	20	86	8	59	62	4	13	18	1.48
18313761--18313812	20	2.6	20	75	6	52	25	3	1	69	1.16
18316757--18316802	21	2.2	21	88	0	65	15	34	26	23	1.94
18320224--18320373	21	7.1	21	68	8	72	46	17	19	17	1.85
18320224--18320373	42	3.6	42	80	3	167	46	17	19	17	1.85
18320453--18320517	24	2.7	24	92	0	103	23	29	6	41	1.78
18329101--18329165	30	2.2	29	84	15	80	56	3	0	40	1.15
18338328--18338398	29	2.5	29	83	2	90	56	15	5	22	1.60
18341417--18341470	27	2.0	26	85	3	72	11	11	7	70	1.34
18342302--18342356	22	2.4	22	78	9	56	32	5	7	54	1.51
18354500--18355056	44	12.7	44	75	6	411	27	16	25	29	1.97
18354495--18354985	132	3.7	132	95	0	847	27	16	25	30	1.97
18355930--18355983	27	2.0	26	85	3	72	11	11	7	70	1.34
18356815--18356869	22	2.4	22	78	9	56	32	5	7	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18360794--18360851	16	3.7	15	77	11	53	43	3	0	53	1.17
18362552--18362585	16	2.1	17	88	5	52	50	2	11	35	1.54
18364995--18365035	19	2.2	19	86	0	55	43	14	0	41	1.45
18366404--18366517	57	2.0	57	83	8	142	48	6	20	25	1.72
18368723--18368772	18	2.7	19	81	9	59	64	2	2	32	1.16
18368723--18368779	19	3.1	19	80	7	55	64	3	1	29	1.20
18374676--18374719	14	3.4	14	70	23	51	29	11	22	36	1.89
18374676--18374723	24	2.0	24	100	0	96	33	12	20	33	1.90
18378514--18378558	11	4.4	11	78	13	51	31	6	0	62	1.21
18380875--18380926	26	1.9	28	84	7	72	50	5	1	42	1.37
18380874--18380933	26	2.2	26	79	5	66	50	5	1	43	1.34
18381204--18381249	18	2.6	18	86	6	58	36	0	0	63	0.95
18381221--18381272	9	6.0	9	84	15	74	32	1	0	65	1.04
18382952--18382986	18	2.0	17	94	5	61	45	22	0	31	1.53
18384262--18384426	53	3.1	54	83	10	205	23	14	20	41	1.89
18384247--18384455	80	2.6	81	82	11	225	23	15	20	40	1.90
18384247--18384455	27	7.8	27	82	5	201	23	15	20	40	1.90
18388675--18388758	37	2.3	37	82	0	105	28	23	23	23	2.00
18395241--18395322	4	19.8	4	81	16	89	23	2	0	74	0.94
18395240--18395324	25	3.4	25	84	12	113	23	2	0	74	0.94
18397003--18397027	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
18405817--18405911	46	2.1	46	95	0	172	42	20	3	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18409221--18409335	34	3.4	34	86	4	144	36	34	11	17	1.86
18410173--18410204	16	2.0	16	93	0	55	46	18	12	21	1.82
18413555--18413739	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
18413556--18413739	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
18413608--18413772	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
18421463--18421662	38	5.1	40	77	11	173	25	23	26	25	2.00
18447472--18447527	25	2.3	25	81	9	62	46	28	12	12	1.78
18447925--18448203	30	9.4	29	76	6	136	22	24	12	39	1.90
18447955--18448204	90	2.8	88	82	3	288	22	25	13	39	1.90
18448134--18448203	29	2.4	30	80	7	90	24	27	10	38	1.87
18451256--18451299	23	1.9	23	90	9	72	38	0	2	59	1.10
18459067--18459099	17	2.0	17	88	5	50	18	3	27	51	1.60
18465154--18465209	12	4.7	12	74	14	53	64	0	23	12	1.27
18465890--18466756	432	2.0	432	99	0	1725	26	15	19	39	1.91
18471870--18471929	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
18471879--18471912	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
18478337--18478396	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
18478346--18478379	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
18482217--18482259	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
18486117--18486160	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
18486894--18486948	21	2.7	21	88	5	87	36	12	10	40	1.79
18487388--18487490	44	2.3	45	78	8	113	25	24	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18487636--18487924	88	3.3	88	71	10	275	26	25	19	28	1.99
18487582--18488025	44	10.1	44	72	9	149	27	25	17	29	1.98
18487713--18488338	44	14.5	44	80	9	168	27	26	17	27	1.98
18487630--18488008	175	2.2	177	89	5	601	27	26	18	27	1.98
18487933--18488394	44	10.7	44	87	6	653	29	27	17	25	1.98
18488069--18488133	34	1.9	34	90	0	103	27	24	24	23	2.00
18489706--18489750	21	2.2	20	88	11	65	2	0	17	80	0.82
18494906--18494949	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
18495642--18495699	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
18502179--18502226	26	2.0	24	84	12	62	31	8	31	29	1.87
18508104--18508159	28	2.0	28	96	0	103	46	0	16	37	1.47
18509918--18509965	21	2.2	21	96	3	87	25	4	37	33	1.75
18523887--18524940	132	8.0	132	89	1	1535	30	24	16	28	1.97
18524964--18525078	55	2.3	46	73	23	117	30	20	19	29	1.97
18524829--18525038	112	1.9	112	96	0	393	31	24	14	29	1.95
18524982--18525093	55	2.0	55	100	0	224	31	21	14	33	1.93
18526509--18526559	7	6.8	8	80	15	56	11	15	0	72	1.12
18526509--18526559	15	3.4	15	84	13	61	11	15	0	72	1.12
18526510--18526552	21	2.0	21	95	0	77	11	16	0	72	1.13
18527410--18527488	9	8.4	9	78	15	56	5	10	2	82	0.92
18527408--18527452	15	3.0	15	90	0	72	4	4	0	91	0.52
18527408--18527452	1	45.0	1	81	0	54	4	4	0	91	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18532689--18532720	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
18537647--18537671	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
18548390--18548431	23	1.9	23	85	9	61	50	19	2	28	1.60
18551126--18551160	18	1.9	18	88	11	54	42	2	0	54	1.15
18555505--18555571	25	2.6	26	83	9	84	29	17	23	28	1.97
18561824--18561866	14	2.9	14	86	6	50	37	6	23	32	1.82
18562039--18562107	28	2.4	28	85	2	93	27	7	5	59	1.47
18562093--18562192	19	5.4	18	69	23	57	34	0	4	62	1.14
18562104--18562167	25	2.5	25	82	10	76	35	0	3	60	1.12
18579225--18579276	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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