genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  49  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13127605--13128171	125	4.5	125	87	3	791	29	17	23	29	1.97
13127605--13128171	252	2.3	249	89	2	843	29	17	23	29	1.97
13129342--13129795	22	21.0	22	82	5	525	24	0	29	45	1.58
13129342--13129795	43	10.5	43	83	5	531	24	0	29	45	1.58
13129342--13129795	65	7.0	64	83	5	531	24	0	29	45	1.58
13130381--13130415	18	1.9	18	88	0	52	42	8	28	20	1.81
13131036--13131061	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
13131230--13131267	20	1.9	20	84	10	51	55	10	2	31	1.48
13132265--13132319	11	4.9	11	73	20	51	43	1	27	27	1.65
13132265--13132319	22	2.5	22	80	16	60	43	1	27	27	1.65
13144608--13144747	42	3.2	44	78	10	130	27	18	24	30	1.98
13148923--13149002	40	2.0	41	85	2	108	31	26	18	23	1.98
13156008--13156821	264	3.1	262	89	3	1206	29	14	12	42	1.83
13158116--13158158	18	2.4	18	88	3	61	51	2	0	46	1.13
13163003--13163119	43	2.7	45	86	5	159	26	26	22	24	2.00
13163006--13163135	43	3.0	43	81	4	145	26	25	23	25	2.00
13163389--13163857	45	10.4	45	81	4	518	30	24	15	28	1.96
13166736--13166766	13	2.5	13	94	5	55	12	12	0	74	1.08
13167578--13167611	18	1.9	17	88	5	50	23	0	8	67	1.18
13171832--13171874	21	2.1	20	82	4	50	62	13	13	9	1.53
13180011--13180256	131	1.9	131	88	0	375	31	24	22	21	1.98
13181689--13181722	18	1.9	17	88	5	50	23	0	8	67	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13186384--13186417	17	1.9	18	88	5	52	50	0	8	41	1.34
13186435--13186479	14	3.1	14	78	12	54	51	6	4	37	1.49
13188505--13188669	50	3.3	50	68	3	136	26	26	18	28	1.98
13188489--13188677	99	1.9	99	86	2	272	26	24	19	29	1.98
13188741--13188844	50	2.1	50	87	0	145	24	23	24	28	1.99
13188749--13188858	50	2.2	50	80	0	121	26	20	24	29	1.99
13204439--13204475	19	1.9	19	88	0	56	72	8	10	8	1.27
13207164--13207207	5	8.8	5	100	0	88	38	0	0	61	0.96
13208125--13208162	15	2.6	14	88	8	58	63	0	0	36	0.95
13210993--13211060	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
13211296--13211330	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13211183--13211467	157	1.8	157	96	0	525	43	2	5	48	1.40
13211433--13211467	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
13214684--13214738	28	2.0	28	92	0	92	63	5	29	1	1.27
13217630--13217690	29	2.2	28	85	11	81	77	3	13	6	1.09
13218359--13218397	20	2.0	21	90	10	64	35	0	2	61	1.10
13224705--13224744	20	2.0	20	100	0	80	30	5	15	50	1.65
13226110--13226170	32	1.9	32	96	0	113	49	18	3	29	1.63
13226110--13226183	32	2.5	30	87	10	100	50	18	2	28	1.61
13226111--13226196	27	3.0	27	83	11	75	51	18	3	26	1.62
13231196--13231434	30	8.0	30	79	7	220	28	14	17	38	1.89
13231205--13231434	60	3.8	60	80	4	275	29	14	18	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13232224--13232264	19	2.1	20	90	4	66	48	2	2	46	1.28
13232773--13232916	71	2.0	71	93	0	243	52	6	11	29	1.62
13235235--13235294	22	2.7	22	73	0	57	28	11	21	38	1.89
13237197--13237227	15	2.1	15	100	0	62	48	6	6	38	1.55
13248175--13248206	15	2.1	15	94	0	55	34	18	3	43	1.66
13248612--13248648	16	2.2	17	90	4	58	27	0	2	70	1.01
13251814--13252190	125	3.0	125	85	1	522	38	14	16	29	1.89
13255718--13255760	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
13260291--13260322	16	2.0	16	100	0	64	43	18	12	25	1.85
13264060--13264116	20	2.8	21	78	7	64	73	3	8	14	1.20
13264938--13265195	132	2.0	132	88	0	390	23	24	21	30	1.99
13265306--13266183	44	20.4	43	70	13	391	28	21	19	30	1.97
13265275--13265618	129	2.7	128	91	1	546	29	21	18	30	1.97
13265286--13266133	85	9.9	84	73	11	454	28	21	19	31	1.97
13265528--13265662	41	3.2	41	70	17	132	30	20	20	28	1.98
13265288--13266183	129	6.9	128	75	9	492	28	21	19	31	1.97
13265505--13266208	174	4.1	174	80	5	675	27	21	19	31	1.98
13267572--13267605	13	2.5	14	90	4	52	11	14	2	70	1.27
13267572--13267605	7	5.0	7	85	7	52	11	14	2	70	1.27
13268440--13268473	14	2.3	15	90	5	52	0	23	0	76	0.79
13268461--13268528	35	2.0	34	88	2	100	4	8	5	80	1.00
13274375--13274430	20	2.8	20	76	15	53	73	3	8	14	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13275048--13275104	22	2.6	22	85	0	69	47	10	19	22	1.80
13284582--13284641	21	2.9	21	87	9	79	51	15	5	28	1.63
13284724--13284819	49	2.0	49	89	0	147	27	26	5	41	1.76
13304494--13304518	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
13310951--13310988	20	1.9	20	84	10	51	57	5	5	31	1.43
13311054--13311087	10	3.2	10	84	15	50	38	0	11	50	1.39
13311050--13311078	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
13311186--13311233	3	16.3	3	89	4	62	62	2	4	31	1.26
13313025--13313130	44	2.5	44	81	6	128	27	29	15	28	1.96
13331851--13331886	15	2.4	15	95	0	63	61	13	0	25	1.33
13335145--13335169	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
13335306--13335347	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
13339635--13339735	49	2.1	49	80	0	112	30	26	15	26	1.96
13340539--13341127	51	11.7	49	80	9	510	29	25	15	29	1.96
13345012--13345112	49	2.1	49	80	0	112	30	26	15	26	1.96
13345917--13346100	100	1.8	99	90	1	296	29	26	17	27	1.97
13345911--13346400	51	9.7	51	79	5	333	28	26	16	28	1.97
13345915--13346404	102	4.9	102	84	5	568	28	26	16	28	1.97
13353572--13353620	25	2.0	25	87	0	71	30	14	14	40	1.85
13358823--13359078	54	4.7	54	72	10	191	32	15	25	27	1.95
13358871--13359087	27	8.0	27	76	9	167	31	15	24	27	1.96
13358823--13359094	81	3.3	81	75	9	255	31	15	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13360174--13360250	27	2.9	27	82	3	102	28	7	18	45	1.77
13360174--13360249	9	8.4	9	82	5	82	28	7	18	44	1.78
13360312--13360370	28	2.1	28	80	0	64	38	10	16	33	1.83
13360975--13361066	46	2.0	46	91	4	152	26	5	30	38	1.79
13360975--13361086	39	2.6	42	84	9	131	28	5	30	35	1.80
13361226--13361260	16	2.2	16	100	0	70	65	0	0	34	0.93
13361209--13361472	110	2.3	110	81	10	302	51	4	1	42	1.32
13361324--13361378	18	3.4	17	82	14	55	54	0	0	45	0.99
13361321--13361384	28	2.4	28	89	5	96	57	0	0	42	0.98
13362805--13362901	49	2.0	49	85	4	133	50	12	8	28	1.69
13364262--13364321	23	2.5	24	91	5	95	41	18	8	31	1.80
13364263--13364323	25	2.6	22	80	14	68	44	18	6	31	1.75
13373917--13374116	44	4.5	45	76	5	151	26	23	20	29	1.99
13374209--13374474	87	3.1	87	89	0	390	24	22	22	30	1.99
13375699--13375746	20	2.3	21	79	10	55	12	16	2	68	1.29
13376139--13376198	26	2.3	26	85	5	77	6	8	11	73	1.25
13392073--13392124	23	2.2	25	86	6	72	51	5	1	40	1.37
13392934--13392999	33	2.0	33	93	0	114	43	10	16	28	1.81
13394646--13394688	22	2.0	22	90	0	68	34	6	25	32	1.83
13397156--13397370	113	1.9	113	89	1	333	28	19	8	43	1.79
13397156--13397383	56	4.0	56	87	1	312	28	19	7	44	1.78
13398726--13398931	103	2.0	103	91	0	333	33	16	18	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13404845--13404915	25	2.8	25	78	2	70	23	21	18	36	1.95
13405056--13405123	30	2.4	28	83	9	91	39	2	20	36	1.68
13405058--13405115	30	1.9	30	92	0	98	39	3	18	37	1.68
13420992--13421042	24	2.1	25	82	10	61	7	31	1	58	1.37
13425111--13425190	39	2.0	40	83	11	103	63	0	1	35	1.02
13425688--13425728	17	2.5	17	84	11	50	41	0	0	58	0.98
13430447--13430479	13	2.6	13	90	4	50	54	9	6	30	1.56
13431760--13431797	10	4.0	10	90	6	53	71	10	0	18	1.14
13431966--13432001	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
13432611--13432689	42	1.9	40	82	10	97	30	13	22	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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