genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  201  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59295828--59295870	6	7.2	6	86	0	50	39	0	9	51	1.34
59296021--59296084	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
59300141--59300319	56	3.2	55	96	1	322	56	2	6	34	1.38
59302142--59302214	39	1.9	37	81	10	85	52	2	0	45	1.15
59302194--59302245	26	2.0	26	85	7	70	50	3	1	44	1.31
59302272--59302386	50	2.4	48	80	17	125	44	4	0	50	1.27
59302293--59302386	50	1.9	48	85	12	129	45	4	1	48	1.28
59302330--59302392	34	1.9	32	90	6	99	49	3	0	47	1.17
59303159--59303230	30	2.4	30	90	0	117	38	6	16	37	1.76
59316373--59316529	60	2.6	60	81	7	181	16	15	18	49	1.80
59319510--59319828	161	2.0	161	96	0	593	30	12	19	38	1.88
59324661--59324743	25	3.3	25	94	0	139	22	22	15	38	1.92
59327052--59327211	85	1.9	85	80	0	185	26	15	20	38	1.92
59328389--59328440	21	2.5	21	96	0	95	32	17	21	28	1.96
59332250--59332429	70	2.6	69	86	6	244	41	5	8	43	1.59
59335040--59335080	20	2.2	19	86	8	57	51	2	0	46	1.14
59335082--59335151	35	2.0	35	82	2	86	51	7	2	38	1.44
59338166--59338254	23	4.0	22	72	17	69	19	7	21	51	1.71
59339667--59339692	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59343117--59343256	47	3.0	47	71	17	157	45	2	3	48	1.34
59343100--59343227	44	2.8	44	71	16	118	46	3	3	46	1.40
59343181--59343321	65	2.2	65	98	0	273	47	3	4	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59343242--59343405	47	3.5	46	72	19	126	46	3	3	46	1.35
59343387--59343676	120	2.4	120	95	0	526	43	2	4	50	1.34
59343509--59343544	18	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
59343447--59343634	61	3.1	61	69	22	187	41	2	6	49	1.41
59343632--59343673	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
59348941--59348971	14	2.2	14	94	0	53	48	0	6	45	1.28
59363567--59363624	29	2.0	30	86	6	84	44	13	10	31	1.78
59363705--59363738	16	2.1	16	88	0	50	70	2	0	26	1.01
59373031--59373076	18	2.4	18	82	7	56	39	4	30	26	1.75
59375591--59375656	31	2.1	32	85	2	89	37	18	24	19	1.93
59385384--59385417	4	8.5	4	86	0	50	73	2	2	20	1.09
59385382--59385413	16	2.0	16	100	0	64	68	6	6	18	1.32
59385720--59385759	3	13.3	3	89	0	53	60	0	7	32	1.25
59387133--59387391	128	2.0	128	93	0	446	25	21	21	31	1.98
59387322--59387480	44	3.7	44	71	9	146	23	24	21	30	1.99
59387337--59387480	43	3.3	43	73	5	155	23	22	22	31	1.99
59387583--59387791	44	4.8	44	70	5	127	26	26	18	28	1.98
59387487--59387800	131	2.4	131	91	1	513	25	24	21	28	1.99
59388072--59388129	24	2.4	24	88	0	89	31	25	8	34	1.86
59389083--59389125	6	6.7	6	89	10	59	0	16	0	83	0.64
59389083--59389126	7	6.6	7	89	7	65	0	15	0	84	0.63
59394913--59394952	3	13.3	3	89	0	62	62	0	5	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59395776--59395813	20	1.9	20	88	0	58	78	0	7	13	0.94
59397701--59397938	126	1.9	126	89	4	374	30	18	11	39	1.86
59397658--59398011	125	2.8	125	76	12	367	30	16	10	42	1.82
59398967--59398992	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
59403695--59403773	36	2.2	36	88	0	122	21	18	10	49	1.77
59416296--59416330	17	2.1	17	89	5	54	48	5	14	31	1.67
59416982--59417184	41	5.0	41	84	8	236	20	18	28	33	1.96
59418959--59419088	35	3.7	35	84	4	172	36	16	20	26	1.93
59420730--59420783	27	2.0	27	96	0	99	33	14	5	46	1.68
59424726--59424759	17	2.0	17	88	0	50	44	0	11	44	1.40
59431026--59431096	31	2.3	31	90	0	106	23	14	18	43	1.86
59431474--59431556	43	1.9	43	97	0	157	21	31	26	20	1.98
59432744--59432781	19	2.0	20	84	5	51	39	13	15	31	1.86
59435719--59435743	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
59436936--59437074	53	2.6	53	91	0	224	23	28	29	18	1.98
59438047--59438140	25	3.8	25	85	4	136	22	27	7	42	1.80
59439758--59439854	28	3.5	28	88	0	140	32	12	23	30	1.92
59440308--59440998	70	9.8	70	92	2	1082	28	10	17	43	1.82
59442620--59443175	278	2.0	278	91	0	907	33	17	19	29	1.95
59443838--59443870	6	5.7	6	89	3	50	69	0	15	15	1.19
59444012--59444085	26	2.9	25	82	7	87	43	8	16	32	1.77
59451886--59451913	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59458367--59459711	671	2.0	670	94	2	2338	20	17	20	40	1.91
59461231--59461425	27	7.2	27	82	0	210	37	21	19	21	1.94
59461240--59461425	54	3.4	54	84	0	255	37	22	19	20	1.95
59461600--59461653	26	2.1	26	89	0	81	16	16	25	40	1.89
59461610--59461665	26	2.2	26	83	0	67	12	17	32	37	1.88
59461654--59461826	32	5.4	32	86	0	222	21	20	20	38	1.94
59462361--59462393	14	2.3	15	84	10	50	30	6	15	48	1.69
59463946--59463992	24	2.0	24	87	8	69	38	6	8	46	1.60
59467647--59467678	16	1.9	17	93	6	57	9	34	6	50	1.60
59469788--59469818	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
59470921--59470951	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
59480457--59480481	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
59485636--59485692	28	2.0	28	100	0	114	56	10	10	22	1.64
59487366--59487390	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
59495299--59495340	21	2.0	21	86	4	59	66	0	0	33	0.92
59495729--59495767	20	2.1	18	85	9	51	53	2	0	43	1.14
59495725--59495770	11	4.3	11	78	13	51	52	2	0	45	1.13
59500546--59500588	18	2.2	18	84	12	50	34	0	16	48	1.46
59502702--59502752	22	2.3	23	80	19	63	29	3	1	64	1.22
59503820--59503863	13	3.4	13	75	12	54	38	11	18	31	1.86
59505278--59505349	25	2.8	26	76	15	71	31	18	27	22	1.97
59505279--59505375	50	1.9	50	81	4	115	30	18	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59505362--59505499	25	5.5	25	75	5	127	36	18	26	18	1.94
59505336--59505507	50	3.4	50	87	3	213	35	19	26	18	1.95
59505368--59505508	75	1.9	75	81	0	174	36	18	26	17	1.93
59505654--59505700	22	2.1	23	84	11	62	48	23	0	27	1.51
59509335--59509393	22	2.9	21	85	7	68	32	1	1	64	1.13
59509335--59509376	21	2.0	22	85	4	59	35	0	2	61	1.09
59509942--59509968	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
59518821--59518920	28	3.4	27	82	14	103	69	3	3	25	1.17
59518932--59518969	20	1.9	20	89	10	60	68	5	2	23	1.23
59519189--59519245	24	2.4	25	77	11	66	19	1	3	75	1.04
59521659--59521683	9	2.8	9	100	0	50	48	0	12	40	1.40
59521780--59521822	21	2.0	22	86	4	61	48	4	0	46	1.22
59521783--59521831	20	2.4	20	80	10	55	53	4	0	42	1.20
59523382--59523437	11	5.2	11	73	2	51	23	5	3	67	1.27
59526373--59526436	4	16.0	4	96	0	119	50	23	0	26	1.50
59536652--59536705	27	2.0	28	85	3	74	55	0	18	25	1.43
59546295--59546345	22	2.3	22	82	0	66	66	11	7	13	1.43
59549064--59549124	28	2.1	29	84	3	79	57	4	4	32	1.41
59549088--59549187	18	5.7	18	67	17	59	58	5	5	32	1.41
59549180--59549220	18	2.3	18	82	0	55	70	4	4	19	1.24
59549200--59549261	29	2.1	29	85	5	81	66	1	1	30	1.11
59555705--59556200	245	2.0	245	93	0	850	35	20	15	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59558627--59558685	27	2.1	28	87	9	86	52	1	3	42	1.28
59558761--59558793	9	3.7	9	92	8	50	48	0	9	42	1.35
59558759--59558800	18	2.3	19	80	19	54	47	4	7	40	1.52
59567428--59567510	5	17.0	5	73	18	59	63	1	33	1	1.10
59567409--59567510	36	2.8	36	77	11	100	62	0	34	1	1.13
59568348--59568539	18	10.9	18	68	17	100	30	15	10	43	1.80
59568344--59568413	34	2.1	32	89	10	106	32	12	12	41	1.82
59568392--59568433	20	2.1	20	86	8	59	38	11	9	40	1.75
59568369--59568472	54	1.9	54	84	0	136	31	14	10	43	1.79
59568447--59568541	35	2.7	36	81	6	122	35	13	7	43	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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