genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  82  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22297007--22297044	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
22298614--22298730	9	12.9	9	72	8	76	38	0	13	47	1.43
22298614--22298730	18	6.4	18	73	8	112	38	0	13	47	1.43
22298884--22299042	72	2.2	72	90	2	248	51	6	6	35	1.54
22299048--22299106	3	19.3	3	89	3	91	64	0	3	32	1.10
22299280--22299311	15	2.1	16	94	5	57	53	0	15	31	1.43
22299330--22299374	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
22299578--22299631	19	2.8	19	100	0	108	40	16	5	37	1.72
22301308--22301370	33	2.0	32	84	6	83	58	7	22	11	1.58
22301847--22301893	21	2.2	21	88	7	69	31	2	0	65	1.04
22302043--22302190	7	20.9	7	68	10	77	41	37	0	20	1.57
22302332--22302388	21	2.7	21	78	10	55	40	38	0	21	1.53
22302352--22302395	14	3.1	14	87	6	54	40	40	0	18	1.50
22302362--22302399	7	5.4	7	90	0	58	44	36	0	18	1.50
22302170--22302472	142	2.2	135	84	5	383	41	32	1	23	1.66
22302456--22302493	14	2.7	15	84	8	53	42	42	0	15	1.47
22302504--22302537	15	2.4	14	85	9	50	44	35	0	20	1.52
22310658--22310692	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
22313325--22313462	68	2.0	71	85	5	192	49	5	4	40	1.47
22323438--22323553	40	2.9	41	79	5	139	32	23	22	21	1.98
22323437--22323574	40	3.5	39	75	10	127	36	22	21	19	1.95
22323610--22323688	40	2.0	41	92	2	133	27	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22324094--22324138	21	2.1	21	87	4	63	31	0	26	42	1.56
22328311--22328474	43	3.8	43	78	4	132	23	17	26	32	1.96
22331406--22331466	31	1.9	32	87	9	90	27	1	4	65	1.22
22331397--22331486	33	2.8	33	77	6	96	26	2	5	65	1.26
22331656--22331729	19	4.0	17	70	23	60	31	4	1	63	1.21
22332211--22332268	29	2.0	29	82	0	71	18	27	29	24	1.98
22332364--22332440	29	2.7	28	83	4	82	42	3	18	35	1.68
22334032--22334114	38	2.2	36	83	8	96	33	12	12	42	1.79
22341715--22342188	157	3.0	157	93	0	786	30	14	16	37	1.89
22343430--22343467	20	1.9	20	89	10	60	63	7	5	23	1.42
22343887--22343964	30	2.7	30	80	7	90	48	34	1	15	1.53
22355554--22355592	17	2.4	16	88	12	62	20	5	17	56	1.60
22355561--22355596	17	2.1	17	100	0	72	25	8	16	50	1.73
22355671--22355790	58	2.1	58	96	0	222	39	10	17	33	1.83
22355892--22355939	23	2.1	23	84	7	62	75	4	2	18	1.07
22357861--22357904	21	2.1	21	82	0	52	36	18	20	25	1.95
22358327--22358565	119	2.0	119	93	1	408	33	15	21	29	1.94
22358367--22358573	58	3.5	59	71	9	197	32	12	23	31	1.92
22360420--22360667	50	4.9	50	78	7	225	27	19	28	24	1.99
22373451--22373544	41	2.3	41	83	5	109	36	20	14	28	1.92
22373402--22373558	42	3.8	41	74	5	127	38	20	13	27	1.90
22374352--22374646	148	2.0	148	91	1	484	30	13	21	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22380940--22381123	92	2.0	92	97	0	350	31	14	22	31	1.94
22384324--22384375	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22384272--22384459	61	3.1	61	69	17	201	43	1	6	48	1.38
22384453--22384494	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22384444--22384485	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22384270--22384491	120	1.9	120	100	0	444	42	1	5	49	1.37
22384709--22384762	16	3.4	16	92	0	81	33	33	0	33	1.58
22386481--22386546	13	5.5	13	76	20	72	48	13	0	37	1.43
22386479--22386534	10	4.9	11	76	22	53	46	16	0	37	1.47
22386481--22386555	23	3.3	23	94	0	123	49	13	0	37	1.42
22389034--22389293	59	4.5	58	72	9	208	22	26	13	36	1.92
22389034--22389296	29	9.0	28	77	8	181	22	26	13	36	1.92
22401933--22401975	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
22401933--22401977	23	2.0	23	100	0	90	48	15	0	35	1.45
22401935--22401984	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
22403063--22403106	23	1.9	23	90	0	70	18	20	22	38	1.93
22406220--22406589	44	8.5	44	74	12	174	28	21	19	30	1.97
22406010--22406326	129	2.5	128	87	4	370	27	20	21	29	1.98
22406938--22407273	44	7.8	43	86	6	414	28	24	18	28	1.98
22406938--22407273	126	2.6	131	87	3	459	28	24	18	28	1.98
22407273--22407678	88	4.6	87	86	0	470	20	23	27	28	1.99
22407287--22407678	176	2.2	176	88	0	579	20	23	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22415072--22415110	19	2.0	21	85	10	55	5	17	12	64	1.46
22419416--22419453	14	2.8	14	84	4	51	57	0	2	39	1.12
22420225--22420312	43	2.0	43	91	0	140	25	13	27	34	1.93
22423425--22423467	20	2.2	20	83	8	52	37	13	11	37	1.82
22425642--22425732	25	3.6	25	79	5	96	29	24	21	24	1.99
22426922--22426966	23	2.0	22	86	4	63	57	4	6	31	1.44
22432529--22432555	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
22433365--22433412	20	2.5	20	86	10	64	35	12	8	43	1.73
22434632--22434662	12	2.6	12	94	0	53	58	0	16	25	1.38
22435339--22435631	42	6.9	42	85	2	302	30	20	23	26	1.98
22436066--22436092	12	2.2	12	100	0	54	0	40	18	40	1.51
22436078--22436143	21	3.1	21	86	0	87	3	43	19	33	1.66
22441588--22441732	9	17.2	9	71	13	94	36	1	17	44	1.57
22441597--22441627	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
22441607--22441698	25	3.7	25	88	0	121	35	1	17	45	1.56
22441658--22441732	34	2.2	34	85	0	96	34	1	18	45	1.58
22441742--22441788	18	2.5	18	89	6	67	53	0	4	42	1.20
22441873--22441902	13	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
22441887--22441931	21	2.1	21	92	8	74	60	0	0	40	0.97
22441885--22442021	24	5.9	22	74	18	93	51	2	2	42	1.31
22441891--22442016	23	5.2	25	77	20	101	50	3	3	42	1.34
22441863--22441994	52	2.5	51	80	12	146	53	3	1	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22441895--22442015	47	2.5	49	82	12	135	51	3	3	42	1.34
22442000--22442032	15	2.1	16	94	5	59	48	0	3	48	1.17
22442082--22442508	9	47.2	9	71	20	206	38	0	14	46	1.49
22442165--22442277	16	7.0	16	70	23	69	36	0	17	46	1.49
22442188--22442307	25	4.5	26	74	21	115	39	0	14	46	1.44
22442180--22442530	65	5.2	65	79	15	383	39	0	13	47	1.43
22442261--22442530	96	2.8	96	99	0	531	39	0	13	47	1.43
22442187--22442522	31	11.0	29	84	10	228	39	0	13	47	1.42
22442559--22442596	18	2.1	18	100	0	76	26	15	5	52	1.64
22443800--22443839	12	3.3	12	89	0	62	57	12	5	25	1.55
22443789--22443850	24	2.7	24	78	14	76	53	14	6	25	1.65
22444687--22444742	16	3.5	16	80	7	69	23	7	3	66	1.33
22445933--22445993	21	2.9	21	74	13	54	47	31	0	21	1.51
22446059--22446110	25	2.0	26	85	10	72	51	21	1	25	1.57
22446169--22446209	13	3.1	14	86	6	50	48	21	7	21	1.74
22446544--22446955	228	1.8	228	83	4	553	29	20	22	28	1.98
22447873--22447929	23	2.5	23	85	5	80	47	3	0	49	1.18
22448029--22448075	18	2.6	18	80	13	51	51	0	0	48	1.00
22449750--22449786	3	12.3	3	94	0	65	0	29	0	70	0.88
22454803--22454844	21	2.0	21	85	0	57	50	2	38	9	1.48
22474673--22474714	18	2.4	18	88	4	68	16	42	26	14	1.86
22478265--22478299	18	1.9	18	88	0	52	37	5	22	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22481516--22481639	62	2.0	62	100	0	248	40	9	20	29	1.84
22482269--22482304	18	2.0	18	88	0	54	30	5	11	52	1.59
22485730--22485823	49	1.9	49	88	0	143	30	20	12	36	1.90
22485789--22486145	67	5.3	67	83	3	373	25	25	14	34	1.94
22485789--22486145	134	2.7	134	83	1	421	25	25	14	34	1.94
22489059--22489084	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
22490157--22490209	21	2.5	21	84	0	70	26	9	33	30	1.88
22490617--22490965	30	12.1	30	79	13	369	37	10	0	51	1.40
22490877--22490922	21	2.2	21	88	7	67	43	10	2	43	1.51
22490845--22490951	50	2.1	50	87	1	151	37	11	1	49	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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