genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  75  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20085684--20085743	22	2.8	22	82	10	70	73	0	5	21	1.02
20085683--20085743	31	2.0	32	84	9	83	73	0	4	21	1.01
20087659--20087714	27	2.1	27	83	9	71	23	7	10	58	1.56
20087674--20087725	27	1.9	27	84	7	70	21	7	15	55	1.64
20089802--20089952	45	3.4	45	78	3	178	43	14	21	21	1.88
20090120--20090181	27	2.3	27	85	0	88	35	20	25	17	1.95
20099419--20099461	18	2.3	19	88	4	61	23	4	0	72	1.04
20099419--20099464	19	2.5	18	85	3	56	26	4	0	69	1.07
20100554--20100608	21	2.7	22	75	16	64	27	1	3	67	1.17
20101838--20101879	19	2.2	19	86	0	57	66	2	0	30	1.04
20102142--20102173	16	1.9	17	93	6	57	34	3	6	56	1.40
20102570--20102650	37	2.2	37	88	2	117	17	20	30	30	1.96
20106741--20106804	29	2.2	30	83	8	78	45	0	4	50	1.22
20106909--20106998	39	2.2	40	84	3	119	35	0	8	55	1.31
20109492--20109642	42	3.6	42	80	1	160	37	20	19	22	1.94
20110220--20110281	28	2.2	28	100	0	124	33	24	20	20	1.97
20110645--20110808	27	6.1	27	84	4	197	21	18	20	39	1.93
20111136--20111264	30	4.5	29	79	11	149	33	2	0	64	1.06
20111183--20111221	15	2.6	15	100	0	78	30	5	0	64	1.15
20111146--20111258	56	2.1	55	93	3	192	33	2	0	63	1.08
20113245--20113283	20	2.0	20	100	0	78	38	5	25	30	1.78
20114868--20115047	42	4.3	41	78	3	144	41	20	16	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20115960--20116082	52	2.4	52	100	0	246	40	8	9	40	1.69
20116672--20116710	18	2.2	18	90	9	62	74	2	0	23	0.94
20117326--20117365	20	2.1	19	85	4	53	60	5	0	35	1.19
20123171--20123231	25	2.5	24	84	5	70	50	14	13	21	1.76
20125248--20125313	34	1.9	35	87	3	98	34	10	9	45	1.70
20125839--20126060	111	2.0	111	98	0	426	39	15	11	33	1.83
20132747--20132818	18	4.3	18	66	15	55	36	2	0	61	1.11
20133222--20133260	19	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
20134283--20134543	104	2.5	102	83	7	292	40	15	17	26	1.89
20134345--20134543	104	1.9	106	92	2	339	45	13	16	24	1.83
20136844--20137699	109	8.1	107	85	7	1075	30	16	13	39	1.87
20137514--20137697	90	2.0	94	84	8	243	28	16	16	38	1.90
20146683--20147033	146	2.4	147	80	2	384	37	13	10	37	1.80
20157392--20157426	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
20161360--20161403	21	2.1	21	83	8	54	18	4	0	77	0.94
20161377--20161418	17	2.5	17	84	0	57	16	7	0	76	1.00
20161367--20161430	27	2.3	26	82	10	67	20	6	0	73	1.04
20162442--20162474	17	1.9	17	93	0	57	87	0	9	3	0.63
20167096--20167271	50	3.5	50	76	0	190	23	19	23	33	1.97
20167089--20167304	100	2.2	100	87	0	324	25	19	23	31	1.98
20167092--20167304	50	4.3	50	75	0	147	24	20	23	31	1.98
20167322--20167555	85	2.8	85	83	1	236	29	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20167368--20167514	41	3.5	41	69	12	118	31	21	19	27	1.97
20167763--20168095	131	2.6	131	92	1	546	24	22	21	31	1.98
20179307--20179341	18	2.0	18	88	5	54	22	0	8	68	1.16
20179589--20179650	3	21.0	3	90	9	101	67	0	32	0	0.91
20181172--20181235	28	2.2	29	81	8	78	48	14	0	37	1.44
20181278--20181432	41	3.7	42	79	9	158	50	12	5	30	1.62
20184803--20185098	151	2.0	152	95	0	531	27	14	17	41	1.87
20187914--20187964	26	2.0	26	84	7	68	41	9	17	31	1.82
20188346--20188400	9	5.6	9	78	19	56	30	20	1	47	1.60
20192136--20192620	57	8.6	55	71	12	220	36	14	17	32	1.90
20200694--20200732	20	2.0	20	85	10	53	58	5	5	30	1.41
20203118--20203607	57	8.6	57	75	7	343	36	13	17	32	1.88
20217670--20217721	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20219640--20219691	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20225405--20225471	26	2.6	27	76	9	68	52	1	0	46	1.09
20225415--20225456	16	2.6	16	85	7	50	45	0	0	54	0.99
20225361--20225500	61	2.3	58	86	4	181	50	1	3	45	1.28
20225534--20225582	24	2.0	24	85	14	66	46	2	0	51	1.12
20234419--20234457	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
20234576--20234604	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
20234691--20234763	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
20235733--20235774	19	2.2	20	95	4	77	33	9	21	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20241784--20241822	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
20241941--20241969	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
20242056--20242132	23	3.3	23	90	5	129	20	20	27	31	1.98
20245449--20245488	21	1.9	21	94	0	71	60	12	12	15	1.60
20247737--20247982	47	5.2	47	93	0	402	28	30	8	32	1.87
20247962--20248001	19	2.1	19	95	0	71	32	22	7	37	1.82
20247915--20248048	66	2.0	66	97	0	250	30	26	8	33	1.87
20247821--20248144	160	2.0	161	95	1	587	29	28	8	33	1.88
20247868--20248095	113	2.0	113	96	0	420	29	28	8	33	1.87
20247981--20248157	47	3.7	47	94	3	309	29	28	9	33	1.88
20247981--20248157	96	1.9	94	95	2	318	29	28	9	33	1.88
20252332--20252369	20	1.9	20	94	0	67	50	7	5	36	1.54
20252749--20252790	17	2.5	17	92	0	66	23	19	0	57	1.41
20253060--20253252	43	4.5	43	84	7	216	27	27	16	27	1.97
20255782--20255823	21	2.0	21	90	9	68	59	0	9	30	1.29
20257964--20257989	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
20258914--20258954	21	2.0	21	85	4	57	48	4	0	46	1.23
20258946--20259051	12	8.8	12	69	22	71	44	2	0	52	1.15
20258946--20259115	35	4.8	35	71	21	138	42	3	0	53	1.18
20258937--20259022	12	6.6	14	70	25	57	44	1	0	54	1.07
20258958--20259163	50	4.0	50	86	10	288	42	3	0	53	1.19
20259043--20259163	25	4.9	23	68	24	77	41	4	0	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20258991--20259161	58	3.1	58	84	13	259	42	4	0	53	1.20
20258958--20259161	108	1.9	108	93	2	356	42	3	0	53	1.19
20259449--20259505	21	2.7	21	81	13	64	38	35	1	24	1.66
20259452--20259524	29	2.5	30	71	6	69	38	35	1	24	1.64
20259519--20259580	27	2.3	27	84	13	76	37	40	3	19	1.68
20260222--20260662	41	10.8	41	87	1	564	31	26	20	21	1.98
20264907--20264967	9	6.6	9	74	18	54	36	0	3	60	1.13
20264911--20264966	20	2.9	19	82	10	69	35	0	3	60	1.14
20264930--20265017	35	2.4	36	80	12	92	29	1	2	67	1.10
20264938--20265016	19	4.4	19	72	15	60	29	1	1	68	1.05
20264976--20265026	15	3.3	15	86	5	57	25	0	1	72	0.95
20264956--20265032	37	2.1	36	80	7	84	29	1	2	66	1.13
20286550--20286579	10	3.0	10	95	0	51	50	3	26	20	1.64
20291228--20291298	35	2.0	35	89	5	108	49	18	19	12	1.79
20291782--20291844	27	2.3	26	78	5	63	22	15	22	39	1.92
20291814--20292021	27	7.7	27	82	2	222	18	17	20	43	1.88
20291798--20292044	54	4.6	53	79	7	212	18	16	20	44	1.87
20291814--20292044	81	2.9	81	80	2	268	18	16	21	44	1.87
20298201--20298285	30	2.9	29	79	8	82	36	9	9	44	1.69
20302768--20302825	30	1.9	30	89	0	89	12	27	36	24	1.91
20317672--20317720	25	2.0	25	84	8	64	12	18	20	48	1.79
20318695--20318967	67	4.0	67	90	3	424	50	6	9	32	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20318750--20318779	12	2.5	12	100	0	60	60	10	6	23	1.52
20318819--20318848	12	2.5	12	100	0	60	60	10	0	30	1.30
20318695--20318941	136	1.8	136	94	1	442	50	6	9	33	1.62
20321008--20321089	26	2.9	28	80	10	87	42	0	1	56	1.07
20320921--20321183	120	2.3	114	89	7	385	43	1	4	50	1.30
20321328--20321415	44	2.0	46	86	4	126	39	28	3	28	1.73
20324707--20324795	37	2.4	37	94	0	160	43	14	7	33	1.74
20324987--20325052	33	2.0	33	100	0	132	42	15	6	36	1.71
20328056--20328263	91	2.3	91	94	0	353	46	3	3	46	1.37
20328088--20328231	47	3.1	46	67	20	120	45	2	3	49	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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