genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  78  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21008438--21008809	125	3.0	125	85	2	442	27	20	20	30	1.98
21011011--21011109	52	1.9	52	100	0	198	24	20	20	35	1.96
21013592--21013706	26	4.3	26	73	8	104	53	2	0	43	1.20
21013612--21013652	18	2.4	17	84	11	57	53	2	2	41	1.27
21013645--21013700	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
21024169--21024223	27	2.0	27	86	6	76	30	9	10	49	1.69
21025982--21026020	20	2.0	20	84	0	51	20	28	28	23	1.99
21038758--21038802	22	2.0	22	83	8	56	53	2	4	40	1.33
21040034--21040143	51	2.2	51	78	3	114	30	20	7	42	1.78
21044504--21044577	32	2.3	32	85	0	94	18	22	36	21	1.95
21060431--21060469	19	2.0	20	85	5	53	12	38	2	46	1.56
21060648--21060683	18	2.0	18	88	0	54	8	11	8	72	1.29
21062701--21062728	10	2.8	10	100	0	56	17	17	0	64	1.30
21064695--21064856	23	7.0	23	73	8	91	22	14	20	41	1.88
21064728--21064830	46	2.2	46	83	6	120	21	16	20	41	1.90
21064763--21064853	46	2.0	46	80	4	103	24	15	18	41	1.89
21068191--21068220	13	2.3	13	100	0	60	36	6	26	30	1.82
21071189--21071213	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
21071350--21071601	24	10.8	24	70	15	152	55	4	5	34	1.45
21071347--21071635	69	4.1	67	74	10	190	54	5	6	34	1.48
21071439--21071619	70	2.6	69	75	7	177	56	4	6	32	1.45
21072739--21072897	41	3.9	41	97	0	291	20	22	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21073627--21073667	7	5.9	7	91	0	64	17	2	53	26	1.56
21073675--21073706	15	2.1	16	94	5	57	21	0	31	46	1.52
21073824--21073864	21	1.9	22	90	5	66	29	0	34	36	1.58
21073828--21073895	30	2.3	30	80	10	77	29	0	36	33	1.58
21074155--21074195	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
21079620--21079797	43	4.2	43	91	0	259	21	16	29	32	1.96
21082965--21083005	21	2.0	21	95	0	73	12	26	4	56	1.56
21086471--21086531	24	2.6	24	92	2	97	62	0	19	18	1.33
21088009--21088129	35	3.4	35	70	15	122	46	5	7	40	1.56
21088036--21088148	36	3.2	36	68	20	110	52	7	5	35	1.52
21088812--21088919	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
21088806--21088929	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
21093498--21093620	30	4.1	30	91	2	185	44	6	22	26	1.77
21093504--21093610	15	7.2	15	66	13	60	45	7	20	26	1.77
21098355--21098397	14	3.0	14	79	3	50	34	6	37	20	1.80
21103792--21103866	35	2.1	35	82	4	89	29	8	32	30	1.86
21118720--21118772	17	3.1	17	91	0	88	49	5	22	22	1.71
21121830--21121862	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
21123759--21124173	138	3.0	134	89	4	609	45	5	8	40	1.57
21124579--21124617	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
21127359--21127437	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21127637--21127911	47	5.9	47	97	0	514	29	29	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21127555--21127911	94	3.8	94	92	3	566	29	30	8	31	1.87
21137121--21137175	20	2.5	22	77	17	60	67	12	3	16	1.36
21138787--21138828	17	2.3	19	80	8	52	47	7	4	40	1.52
21141638--21141690	25	2.1	26	85	3	72	3	18	9	67	1.33
21142268--21142650	41	9.4	41	84	0	480	20	16	26	36	1.94
21143404--21143458	22	2.5	22	88	2	76	23	0	38	38	1.55
21143028--21143883	324	2.7	317	83	7	1050	29	2	25	42	1.67
21144180--21144218	19	2.1	18	85	4	51	76	2	2	17	1.01
21144213--21144311	47	2.1	48	86	1	137	45	8	3	43	1.49
21144674--21144714	16	2.7	15	85	7	57	21	34	0	43	1.53
21145952--21145976	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
21147625--21147794	66	2.6	66	85	1	207	39	16	28	15	1.89
21148145--21148298	43	3.6	43	82	4	186	27	18	29	24	1.98
21148165--21148349	43	4.3	43	83	1	210	27	17	29	24	1.98
21151378--21151444	34	2.0	34	87	0	98	28	20	22	28	1.99
21151721--21151921	27	7.5	27	81	1	217	36	13	15	34	1.87
21153189--21153220	16	2.0	16	93	0	55	34	18	9	37	1.83
21155427--21155486	31	1.9	31	100	0	120	43	16	10	30	1.81
21157791--21157823	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
21158040--21158302	145	1.8	143	85	1	373	38	13	4	43	1.65
21165158--21165225	27	2.5	27	85	0	91	35	8	22	33	1.85
21169966--21170143	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21169966--21170143	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
21176965--21177011	23	2.0	23	88	8	69	34	2	6	57	1.36
21182381--21182592	107	2.0	107	92	0	352	28	18	19	33	1.96
21194072--21194432	88	4.1	89	75	6	340	27	16	26	29	1.97
21194045--21194438	44	9.0	43	75	5	299	27	16	26	29	1.97
21194042--21194438	132	3.0	132	95	0	704	27	16	26	29	1.97
21196723--21196934	107	2.0	107	93	1	363	28	19	19	33	1.96
21197999--21198088	26	3.2	26	65	24	65	40	18	4	36	1.71
21197999--21198124	59	2.1	59	97	0	234	38	19	4	37	1.73
21201733--21201932	45	4.5	45	81	1	188	25	15	26	34	1.95
21201713--21201894	90	2.0	90	84	0	238	26	16	24	32	1.96
21209417--21209467	28	1.9	28	84	11	72	37	9	17	35	1.83
21210644--21210726	37	2.2	38	81	10	100	39	12	4	43	1.63
21212753--21212902	41	3.7	41	90	0	219	26	19	24	30	1.98
21217514--21217566	24	2.1	25	89	6	81	49	24	0	26	1.51
21221819--21221906	43	2.0	43	95	0	158	39	17	12	30	1.86
21223133--21223380	50	4.9	50	75	7	187	28	20	25	25	1.99
21226102--21226175	37	2.0	37	97	0	139	28	21	20	29	1.98
21228938--21229077	50	2.8	50	82	0	172	28	22	28	20	1.98
21241219--21241264	24	2.0	23	86	4	65	21	13	15	50	1.78
21244029--21244085	27	2.2	26	83	3	69	61	7	3	28	1.39
21247997--21248023	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254756--21254791	7	5.0	7	86	6	54	44	0	16	38	1.48
21254756--21254798	22	2.0	22	95	0	77	44	2	16	37	1.60
21255777--21255865	44	2.0	44	91	0	142	34	16	19	29	1.94
21255801--21256197	44	8.6	44	66	19	134	33	18	19	28	1.96
21255801--21256214	142	2.9	142	93	0	711	33	18	19	28	1.96
21255831--21256015	98	1.9	97	81	6	221	33	17	20	28	1.95
21258639--21258694	28	2.0	28	96	0	103	21	28	12	37	1.90
21264522--21264546	9	2.8	9	100	0	50	0	52	0	48	1.00
21269378--21269475	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
21277380--21277477	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
21287664--21287732	26	2.7	26	73	10	70	18	20	18	42	1.90
21293425--21293540	35	3.2	35	69	11	97	23	22	21	32	1.98
21293420--21293667	75	3.3	75	85	2	311	23	22	22	31	1.98
21301452--21301483	4	7.8	4	93	6	55	46	0	0	53	1.00
21301460--21301515	16	3.5	15	78	11	51	44	3	0	51	1.18
21301667--21301717	26	2.0	26	88	7	77	64	0	1	33	1.05
21307532--21307591	32	1.9	31	83	16	79	43	0	3	53	1.17
21309821--21309864	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
21309825--21309867	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
21314050--21314220	50	3.4	50	86	0	234	18	29	23	28	1.98
21317081--21317178	37	2.6	37	85	3	135	25	16	15	42	1.87
21317737--21317795	25	2.3	25	94	2	100	16	8	30	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21317737--21317795	19	3.1	19	80	4	66	16	8	30	44	1.78
21319827--21319998	75	2.3	74	82	6	204	39	18	19	22	1.92
21321339--21321415	38	2.0	38	94	0	136	24	19	14	41	1.89
21326398--21326434	18	2.1	18	94	0	65	51	13	5	29	1.63
21326713--21326848	40	3.5	39	72	9	127	36	19	22	21	1.96
21326664--21326907	75	3.3	75	82	0	272	37	17	21	23	1.94
21328484--21328553	16	4.4	16	90	0	86	32	0	32	34	1.58
21328484--21328553	32	2.2	32	86	0	95	32	0	32	34	1.58
21328532--21328641	45	2.6	43	80	9	129	33	5	29	31	1.80
21328787--21328821	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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