genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  47  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12530776--12530806	14	2.1	15	94	5	55	77	6	0	16	0.97
12538201--12538360	17	9.4	17	70	13	87	20	21	26	30	1.98
12538302--12538341	18	2.3	17	86	4	53	22	20	27	30	1.98
12541816--12541920	51	2.1	51	94	0	183	40	6	20	32	1.78
12541826--12541907	26	3.2	26	65	16	71	43	6	18	31	1.74
12549306--12549336	14	2.2	14	94	0	53	12	9	0	77	0.99
12549976--12550005	16	1.9	15	93	6	51	43	0	3	53	1.17
12562872--12562909	17	2.1	19	90	9	62	23	5	2	68	1.23
12562867--12562911	19	2.3	21	75	25	53	20	6	2	71	1.20
12569448--12569481	14	2.4	14	90	5	50	0	8	2	88	0.62
12570448--12570499	19	2.9	17	78	10	50	40	9	15	34	1.80
12583162--12583361	44	4.6	44	79	7	189	32	26	19	22	1.97
12588170--12588246	41	1.9	41	86	2	111	27	23	16	32	1.96
12606723--12606834	42	2.7	43	77	4	129	42	16	21	19	1.89
12606818--12606871	21	2.7	20	79	2	54	42	16	16	24	1.88
12611909--12611960	16	3.3	16	81	5	61	25	1	1	71	1.07
12611931--12611992	3	20.3	3	77	9	63	27	3	1	67	1.15
12611930--12611975	22	2.1	22	87	0	65	23	4	0	71	1.03
12611931--12611992	15	4.5	13	84	9	72	27	3	1	67	1.15
12612816--12612846	10	3.0	10	95	4	53	22	0	0	77	0.77
12614123--12614149	14	1.9	14	100	0	54	29	37	7	25	1.83
12614615--12614667	16	3.2	16	75	2	52	33	1	3	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12621788--12621854	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
12625227--12625287	22	2.7	23	85	7	81	36	1	0	62	1.05
12636406--12636456	22	2.2	23	89	6	77	39	5	0	54	1.24
12641689--12641728	21	1.9	21	84	0	53	82	7	5	5	0.94
12641689--12641749	27	2.3	26	86	5	86	80	8	6	4	1.02
12641697--12641769	34	2.2	33	90	7	112	72	10	8	8	1.28
12641689--12641775	28	3.1	27	75	23	74	75	9	6	8	1.18
12643963--12644187	87	2.6	87	82	1	263	25	24	28	21	1.99
12644190--12644900	131	5.4	131	80	8	762	30	21	23	25	1.99
12644097--12644901	399	2.0	400	93	1	1373	29	21	23	24	1.99
12644690--12645096	132	3.1	132	78	5	391	28	20	23	26	1.99
12645288--12645546	50	5.2	49	72	9	209	36	22	17	23	1.95
12645276--12645546	100	2.7	100	87	1	382	36	22	18	23	1.95
12647059--12647117	22	2.6	22	86	7	75	35	6	1	55	1.36
12649940--12650168	43	5.3	43	83	1	262	18	18	23	39	1.92
12649940--12650192	86	2.9	86	80	1	292	19	18	22	39	1.92
12657543--12657641	28	3.6	27	81	9	119	31	12	28	28	1.92
12658516--12658788	25	11.5	24	72	18	193	27	13	15	43	1.84
12658544--12658788	47	5.2	47	90	2	341	27	13	15	43	1.84
12658507--12658768	72	3.7	70	76	15	270	27	12	15	45	1.82
12679955--12680005	15	3.3	15	75	5	57	60	3	1	33	1.26
12684248--12684403	44	3.4	43	66	17	109	25	23	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12684187--12684453	94	2.8	94	84	2	347	26	22	17	32	1.96
12691284--12691321	20	1.9	20	94	0	67	15	36	0	47	1.46
12694090--12694116	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
12695354--12695383	15	2.0	15	93	0	51	3	13	43	40	1.60
12695577--12695614	19	2.0	20	84	5	51	63	10	2	23	1.39
12697148--12697207	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
12713627--12714069	132	3.4	132	83	4	531	32	21	22	23	1.98
12716444--12716876	216	2.0	215	99	0	857	35	17	14	32	1.90
12717498--12717841	43	8.0	43	75	9	310	28	31	16	23	1.96
12717494--12717821	171	1.9	171	88	2	489	27	31	16	25	1.97
12717591--12717841	128	2.0	128	78	7	267	29	30	16	23	1.96
12717464--12717821	85	4.2	85	85	3	452	26	30	16	26	1.97
12717696--12717865	85	2.0	85	79	2	180	30	28	15	25	1.96
12718207--12718276	21	3.3	21	73	0	68	8	40	17	34	1.80
12718246--12718388	65	2.2	67	85	6	195	14	27	17	39	1.89
12723763--12723854	16	5.8	16	70	13	64	33	0	20	45	1.52
12723774--12723838	25	2.7	24	85	4	87	35	0	18	46	1.50
12723763--12724299	9	62.3	9	67	21	110	38	1	13	46	1.52
12723776--12723858	25	3.4	24	80	12	73	33	0	20	45	1.51
12723826--12723866	16	2.6	16	100	0	82	31	0	24	43	1.54
12723864--12724344	31	15.3	31	75	17	406	39	1	11	47	1.49
12723906--12723951	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12723913--12723966	22	2.3	22	87	9	72	40	1	11	46	1.50
12724113--12724213	22	4.8	22	71	20	81	38	0	10	49	1.45
12724175--12724228	22	2.3	22	87	9	72	40	1	11	46	1.50
12724222--12724322	22	4.8	21	71	25	79	37	0	11	50	1.39
12723842--12724322	118	4.1	118	83	11	568	39	1	12	46	1.51
12729459--12729496	15	2.5	15	86	0	58	36	42	0	21	1.53
12729963--12730316	41	8.8	40	78	8	186	34	24	24	16	1.95
12730191--12730259	35	2.0	35	91	5	113	26	23	30	20	1.98
12730003--12730291	82	3.6	76	79	11	251	34	23	24	16	1.96
12730379--12730471	40	2.3	40	78	5	100	16	31	21	31	1.95
12730819--12730857	20	1.9	21	94	5	71	41	5	2	51	1.38
12731162--12731362	108	1.9	108	92	0	339	32	19	17	30	1.95
12732356--12732392	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
12732606--12732666	30	2.0	32	83	6	81	21	37	0	40	1.53
12737556--12737598	20	2.1	21	87	12	63	74	0	0	25	0.82
12737572--12737680	50	2.2	50	81	3	121	62	3	1	32	1.23
12738147--12738424	144	2.0	141	92	3	468	29	11	8	50	1.68
12745566--12745603	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
12748161--12748203	20	2.2	20	100	0	86	18	9	20	51	1.74
12751686--12751719	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
12753192--12753298	9	11.4	9	86	7	151	35	32	9	22	1.86
12753191--12753298	38	2.9	37	86	9	155	36	32	9	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12753193--12753296	29	3.7	28	91	3	156	35	33	9	21	1.86
12753306--12753403	17	5.4	17	64	13	52	51	12	3	33	1.55
12753297--12753412	37	3.2	37	95	1	198	47	12	5	34	1.64
12753453--12753511	24	2.5	24	91	0	91	30	25	0	44	1.55
12757782--12757828	19	2.5	19	80	13	53	14	4	6	74	1.17
12769845--12770140	87	3.4	87	73	9	305	32	20	20	27	1.97
12769844--12770180	174	1.9	174	92	1	559	32	20	20	26	1.97
12769806--12770141	87	3.9	86	74	9	304	31	20	21	26	1.98
12772237--12772283	19	2.5	19	80	13	53	14	4	6	74	1.17
12773212--12773237	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
12773342--12773394	27	2.0	27	100	0	106	60	7	11	20	1.55
12780570--12780619	24	2.2	23	89	7	75	34	4	6	56	1.43
12784555--12784584	16	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
12784610--12784634	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
12785521--12785556	18	2.0	18	94	0	63	41	0	5	52	1.24
12790309--12790346	20	1.9	20	94	0	67	60	0	0	39	0.97
12791034--12791068	15	2.2	16	90	5	54	77	0	8	14	0.99
12794676--12794730	27	2.0	27	96	0	101	43	12	29	14	1.82
12801261--12801522	91	2.9	91	82	3	305	30	24	16	28	1.97
12813804--12813828	5	5.0	5	100	0	50	40	60	0	0	0.97
12815072--12815098	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
12818079--12818136	30	1.9	30	89	0	89	17	32	29	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12821930--12821957	12	2.3	12	100	0	56	0	17	0	82	0.68
12822250--12822332	5	16.2	5	84	13	107	21	0	1	77	0.84
12824345--12824389	6	7.3	6	85	5	63	15	0	4	80	0.87
12824345--12824382	19	2.0	19	94	0	67	15	0	2	81	0.80
12832806--12832844	20	2.0	20	94	0	69	25	20	23	30	1.98
12834384--12834571	61	3.1	61	74	12	215	43	0	2	53	1.18
12834479--12834551	18	3.9	19	75	12	64	43	1	1	53	1.17
12834785--12834838	16	3.4	16	89	0	54	35	31	0	33	1.58
12838515--12838701	41	4.6	41	85	3	216	29	20	28	20	1.98
12845293--12845317	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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