genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  51  of  211  ( 25234 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13693726--13693798	23	3.2	23	78	12	71	43	0	1	54	1.08
13693760--13693798	21	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
13693728--13693798	24	3.1	24	76	13	69	42	0	1	56	1.08
13694233--13694279	15	3.2	15	78	3	51	42	31	0	25	1.55
13694304--13694348	14	3.2	14	83	0	63	48	26	0	24	1.51
13694695--13694748	21	2.6	21	81	0	63	46	25	1	25	1.63
13694766--13695096	152	2.1	155	83	6	406	28	21	19	30	1.97
13694984--13695108	40	3.1	39	78	6	108	25	23	20	30	1.99
13695044--13695123	40	2.0	40	90	0	124	23	21	20	35	1.96
13694834--13695290	195	2.4	192	82	4	515	26	21	19	31	1.98
13695078--13695437	156	2.3	156	80	4	390	26	22	20	30	1.98
13695186--13695269	40	2.1	40	86	0	114	21	22	23	32	1.98
13695375--13695473	39	2.5	39	78	15	96	25	18	21	35	1.95
13695181--13695659	195	2.5	196	81	4	522	25	21	21	31	1.98
13695530--13695661	40	3.3	39	71	7	122	20	18	24	36	1.95
13697928--13697984	29	2.0	29	86	6	80	43	0	3	52	1.18
13698043--13698112	31	2.2	32	87	12	101	42	0	7	50	1.30
13698198--13698233	18	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
13701240--13701297	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
13703902--13703993	39	2.3	39	86	3	121	34	19	21	23	1.96
13703920--13704015	39	2.5	39	85	10	133	38	21	18	20	1.93
13704049--13704414	41	8.9	41	86	0	480	19	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13704050--13704414	165	2.2	163	85	2	496	20	23	28	27	1.99
13704523--13704573	22	2.3	20	78	18	57	47	5	3	43	1.46
13705091--13705131	15	2.8	15	75	17	50	21	0	34	43	1.53
13705251--13705312	21	2.9	21	77	13	65	24	0	37	38	1.56
13706477--13706505	14	2.1	14	100	0	58	20	20	27	31	1.98
13710506--13710750	43	5.7	43	79	8	162	25	18	28	27	1.98
13710544--13710760	43	5.1	44	82	7	250	25	20	27	26	1.99
13710564--13710793	86	2.7	85	84	2	280	28	21	24	25	1.99
13710530--13710794	129	2.1	128	83	7	324	26	20	26	27	1.99
13710866--13710908	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
13719345--13719525	43	4.2	43	86	2	245	28	27	17	25	1.98
13719320--13719577	87	3.0	87	80	4	265	32	25	16	26	1.96
13719345--13719582	43	5.5	43	82	4	239	32	26	15	25	1.96
13719932--13720022	43	2.1	42	86	4	128	45	9	9	35	1.71
13720363--13720660	148	2.0	150	95	1	537	35	17	16	30	1.92
13724685--13724722	18	2.1	18	100	0	76	44	23	10	21	1.83
13725891--13725938	14	3.4	14	77	5	51	50	29	2	18	1.59
13725963--13726007	14	3.2	14	87	0	63	46	33	0	20	1.51
13726632--13726874	41	5.9	41	80	1	254	29	26	18	25	1.98
13726645--13726854	81	2.6	81	84	2	276	28	27	17	26	1.98
13736554--13736619	20	3.5	20	72	19	70	33	16	7	42	1.77
13742433--13742484	16	3.2	16	91	0	77	30	0	34	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13742466--13742574	45	2.6	43	80	10	118	34	5	28	31	1.80
13742697--13742751	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
13742899--13743246	90	3.8	91	97	0	637	46	3	3	47	1.34
13742899--13743246	181	1.9	181	95	1	635	46	3	3	47	1.34
13749734--13749773	22	1.9	19	85	14	53	47	2	0	50	1.14
13749962--13749992	16	1.9	16	100	0	62	19	6	35	38	1.77
13751649--13751717	34	2.0	34	97	0	129	36	13	17	33	1.88
13763809--13763878	35	2.0	35	97	0	131	25	27	11	35	1.90
13769364--13769416	22	2.3	23	78	12	56	52	0	0	47	1.00
13769421--13769476	16	3.7	14	83	9	58	41	1	1	55	1.21
13770876--13770951	37	2.1	37	87	0	107	44	21	10	23	1.83
13773735--13773761	13	2.1	13	100	0	54	14	14	14	55	1.70
13781765--13781926	46	3.6	46	92	2	258	28	24	14	32	1.95
13786275--13786369	27	3.5	27	84	2	111	33	23	15	27	1.95
13790405--13790445	19	2.1	20	86	13	59	31	19	12	36	1.89
13796880--13797303	210	2.0	210	99	0	830	35	16	16	32	1.91
13798326--13798365	19	2.0	20	85	4	55	65	5	2	27	1.27
13798473--13798515	21	2.0	22	86	4	61	46	2	2	48	1.27
13798474--13798517	10	4.2	10	80	8	52	43	2	2	52	1.26
13805941--13805976	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
13811925--13811966	11	3.8	11	81	12	59	23	2	21	52	1.59
13811914--13812034	22	5.4	22	74	13	102	22	8	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13811867--13812060	69	2.8	69	88	1	291	22	11	21	44	1.84
13811983--13812022	11	3.6	11	79	0	53	22	10	25	42	1.84
13813131--13813155	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
13816324--13816377	23	2.4	22	78	3	54	25	12	24	37	1.91
13816464--13816561	38	2.6	38	93	0	160	33	20	16	29	1.94
13817826--13817856	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
13822169--13822268	52	1.9	52	85	4	139	41	19	5	35	1.73
13824080--13824120	21	2.0	20	90	4	64	41	0	2	56	1.13
13824462--13824495	17	2.0	17	88	0	50	29	0	11	58	1.33
13829115--13829157	18	2.2	20	84	8	63	62	4	0	32	1.15
13829093--13829139	21	2.2	21	84	0	58	68	6	0	25	1.13
13829116--13829165	19	2.7	19	90	3	75	58	6	0	36	1.23
13829116--13829173	19	3.1	19	87	5	64	56	5	0	37	1.21
13850376--13850424	10	4.6	11	80	9	50	71	0	8	20	1.11
13854795--13854866	36	2.0	37	84	13	96	37	0	1	61	1.05
13858073--13858141	34	2.0	34	100	0	138	56	5	17	20	1.61
13858304--13858344	18	2.3	18	95	0	73	51	7	9	31	1.62
13858304--13858351	18	2.7	18	90	0	60	50	12	8	29	1.69
13867703--13868086	205	1.9	205	87	1	563	33	9	14	42	1.78
13868389--13868522	40	3.3	40	90	0	214	17	8	25	48	1.75
13870545--13870584	4	9.8	4	89	5	62	77	0	0	22	0.77
13870927--13870997	17	4.3	17	75	10	67	47	1	12	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13871121--13871209	3	30.0	3	78	10	85	64	2	3	30	1.22
13871481--13871549	22	3.2	22	78	15	72	37	15	5	40	1.72
13871499--13871554	21	2.9	19	87	10	71	35	16	7	41	1.75
13871541--13871566	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
13872354--13872561	44	4.7	44	78	4	208	28	25	18	28	1.98
13872377--13872545	88	1.9	89	85	3	234	29	23	17	28	1.97
13872551--13872968	88	4.8	88	94	0	665	19	24	29	26	1.98
13872640--13872871	44	5.3	44	69	6	191	16	24	33	25	1.96
13872949--13873236	44	6.5	44	76	5	242	29	25	16	28	1.97
13872949--13873151	87	2.3	87	81	5	230	30	25	16	28	1.97
13872962--13873236	131	2.1	133	92	1	455	29	26	15	29	1.96
13874836--13874876	16	2.6	16	92	0	73	7	19	9	63	1.48
13878403--13878509	28	4.0	25	72	10	81	58	5	2	32	1.35
13878403--13878480	30	2.8	28	82	9	79	57	5	3	33	1.39
13878454--13878510	27	2.3	24	76	21	64	59	5	1	33	1.30
13878713--13878755	3	14.3	3	95	0	77	62	0	2	34	1.08
13884235--13884276	21	2.0	21	86	9	59	71	0	14	14	1.15
13885618--13886376	100	7.6	100	93	1	1245	29	21	23	25	1.99
13885642--13886402	50	15.2	50	68	4	397	30	20	23	25	1.99
13886384--13886705	44	7.3	44	69	12	167	30	18	23	27	1.97
13886407--13886779	88	4.2	89	70	9	226	29	19	23	28	1.98
13886396--13886904	132	3.9	132	92	0	822	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13889964--13890013	24	2.2	22	85	7	64	38	16	6	40	1.73
13890005--13890030	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
13902028--13902057	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
13902016--13902106	39	2.4	38	89	7	139	28	2	2	67	1.15
13907912--13908005	12	7.8	12	69	16	52	59	3	6	30	1.38
13908271--13908329	3	19.7	3	92	0	91	61	0	3	35	1.13
13910282--13910324	16	2.6	17	82	10	54	44	0	9	46	1.35
13910492--13910537	3	15.0	3	86	4	65	60	0	2	36	1.09
13911617--13911658	20	2.0	21	82	13	52	7	4	35	52	1.50
13912952--13913017	21	3.2	21	62	12	55	36	18	24	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211