genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  202  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59568413--59568540	35	3.7	34	78	11	116	32	16	8	42	1.78
59568342--59568573	18	13.0	17	67	18	73	32	15	10	40	1.82
59568582--59568641	20	3.4	16	75	20	50	40	6	8	45	1.61
59568584--59568624	20	2.1	19	90	4	64	46	2	7	43	1.44
59568597--59568679	19	4.4	19	72	13	64	38	10	10	39	1.75
59568603--59568758	57	2.8	55	77	13	160	38	8	12	41	1.73
59568597--59568679	39	2.2	36	85	6	103	38	10	10	39	1.75
59568603--59568696	16	5.3	18	70	18	65	38	9	10	41	1.72
59568603--59568758	55	2.8	56	78	13	144	38	8	12	41	1.73
59569278--59569330	28	1.9	27	88	3	79	33	0	3	62	1.13
59575416--59575490	37	2.0	37	100	0	150	29	13	10	46	1.76
59576631--59576662	15	2.0	17	88	11	50	9	6	18	65	1.42
59581578--59582315	183	4.0	183	94	0	1280	18	19	26	34	1.95
59589010--59589357	173	2.0	173	100	0	696	27	17	6	48	1.71
59590566--59590793	74	3.1	74	61	19	177	39	10	12	38	1.77
59590556--59590859	147	2.1	147	98	0	592	38	9	12	39	1.76
59594812--59594868	22	2.6	22	80	0	69	22	24	28	24	2.00
59597311--59597355	22	2.0	22	91	0	72	17	26	31	24	1.97
59597319--59597368	22	2.3	22	78	0	55	26	26	24	24	2.00
59599810--59599867	22	2.6	22	88	0	89	18	24	31	25	1.98
59600873--59600930	22	2.6	22	88	0	89	20	22	31	25	1.98
59603363--59603412	22	2.3	22	89	0	73	18	22	32	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59603372--59603419	22	2.2	22	88	0	69	25	22	22	29	1.99
59609925--59609982	22	2.6	22	86	0	80	18	22	31	27	1.97
59614128--59614174	22	2.1	23	84	4	60	6	17	19	57	1.60
59617133--59617193	26	2.3	27	94	5	106	40	4	0	54	1.22
59617597--59617662	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
59617889--59617947	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
59618522--59618580	27	2.2	27	96	0	109	18	32	23	25	1.97
59618634--59618697	28	2.4	27	92	5	103	46	0	10	42	1.39
59620740--59620917	51	3.5	51	94	0	295	29	27	19	23	1.98
59620726--59620972	101	2.5	102	80	8	283	30	27	17	24	1.97
59625039--59625097	24	2.3	27	82	11	79	27	22	3	47	1.67
59627541--59627569	13	2.2	13	100	0	58	51	0	17	31	1.45
59633347--59633575	67	3.4	67	88	2	327	31	20	24	23	1.98
59637717--59638023	52	6.1	51	82	10	382	34	13	22	29	1.92
59637703--59638023	98	3.3	98	85	7	438	34	13	22	29	1.92
59637901--59637934	7	4.7	7	88	3	50	44	2	26	26	1.69
59637717--59638012	150	2.0	150	93	0	502	34	13	21	29	1.92
59637909--59638023	46	2.5	46	91	2	189	36	11	22	29	1.89
59637987--59638132	37	4.0	37	92	1	233	36	16	21	25	1.94
59640851--59640876	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
59642026--59642164	42	3.3	42	80	2	145	42	18	22	16	1.89
59642298--59642346	23	2.1	23	100	0	98	24	36	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59651226--59651292	3	22.3	3	73	11	57	58	5	1	34	1.32
59651226--59651349	15	7.8	16	69	18	73	56	6	3	33	1.41
59651222--59651339	26	4.9	23	68	23	73	55	7	3	33	1.45
59651322--59651370	20	2.6	19	84	12	57	53	4	6	36	1.45
59653407--59653440	10	3.4	10	83	0	50	52	0	0	47	1.00
59664939--59664964	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
59667092--59667173	41	2.0	41	92	0	137	37	2	15	43	1.60
59669468--59669506	21	1.9	20	84	5	51	43	7	17	30	1.77
59669755--59669817	20	3.2	19	78	13	65	41	0	4	53	1.22
59674855--59674890	10	3.8	9	92	7	54	66	0	2	30	1.06
59685358--59685398	13	3.2	13	89	0	64	53	0	2	43	1.13
59685699--59685745	17	2.8	17	78	15	53	34	6	0	59	1.23
59694065--59694766	46	16.6	45	75	20	573	36	14	20	28	1.92
59694101--59694491	36	10.0	36	77	16	379	37	13	19	28	1.91
59694065--59694520	82	5.7	82	82	12	556	36	13	20	29	1.91
59694512--59694536	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
59694469--59694578	58	1.9	58	100	0	220	36	15	21	26	1.93
59694137--59694723	118	4.6	128	86	10	757	36	14	20	28	1.92
59694559--59694631	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
59694306--59694766	82	5.4	82	76	15	436	36	14	21	28	1.93
59695533--59695563	12	2.6	12	94	0	53	3	16	3	77	1.03
59698173--59698301	23	5.4	23	65	14	73	40	17	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59698149--59698301	48	3.2	47	81	3	189	41	15	15	27	1.88
59698196--59698279	25	3.4	25	71	12	84	42	15	14	27	1.85
59698848--59698962	42	2.7	42	80	1	122	32	23	15	28	1.95
59706778--59706820	22	1.9	23	90	4	70	23	6	6	62	1.45
59706787--59706836	22	2.2	23	86	10	68	22	8	6	64	1.43
59714568--59714592	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
59718280--59718308	10	3.0	10	95	5	51	51	0	6	41	1.28
59729150--59729415	106	2.5	104	82	3	327	30	17	18	34	1.94
59729721--59729787	29	2.2	31	81	5	75	26	2	1	68	1.12
59730821--59731457	106	6.1	105	80	5	635	35	18	17	27	1.94
59730821--59731457	209	3.0	207	80	6	705	35	18	17	27	1.94
59732691--59732870	86	2.1	86	82	4	209	36	10	16	37	1.83
59749007--59749033	8	3.4	8	100	0	54	59	0	0	40	0.98
59749853--59749933	41	2.0	41	82	0	99	46	4	11	37	1.61
59750000--59750081	20	4.1	20	73	4	67	43	4	13	37	1.65
59750026--59750160	20	6.8	20	70	11	71	37	8	16	37	1.80
59750007--59750123	40	2.9	39	80	7	103	42	7	13	35	1.73
59750025--59750160	40	3.4	40	77	8	100	37	8	16	37	1.80
59749967--59750309	187	1.8	186	87	1	508	38	5	17	38	1.73
59750192--59750316	20	6.2	21	73	9	84	42	4	16	36	1.69
59750192--59750327	40	3.4	40	79	8	134	41	4	15	38	1.67
59750414--59750501	20	4.4	20	72	14	65	42	6	11	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59750396--59750505	40	2.8	40	77	0	112	42	5	11	40	1.65
59750180--59750485	158	1.9	158	82	6	379	41	4	15	38	1.69
59750551--59750594	20	2.2	20	83	0	52	45	9	11	34	1.72
59752244--59752291	25	1.9	25	91	0	78	29	18	14	37	1.91
59755959--59755998	21	2.0	20	85	5	53	50	0	0	50	1.00
59773083--59773220	23	5.7	23	69	15	64	60	5	2	31	1.33
59773129--59773200	25	2.8	24	77	12	72	63	9	1	25	1.33
59773135--59773200	28	2.5	26	79	11	73	63	9	1	25	1.33
59777942--59778079	68	2.0	69	83	9	176	45	23	8	22	1.80
59782356--59782400	22	2.1	21	92	8	74	57	4	0	37	1.19
59783324--59783381	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
59783706--59783947	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
59783706--59783955	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
59789376--59789489	57	2.0	55	81	10	131	17	18	12	51	1.75
59792351--59792406	29	2.0	29	85	3	78	44	3	5	46	1.43
59792351--59792407	28	2.0	28	83	6	71	45	3	5	45	1.43
59793845--59793899	21	2.6	22	88	8	87	23	10	36	29	1.89
59794110--59794171	33	1.9	32	83	3	79	43	0	6	50	1.28
59812218--59812255	18	2.1	18	90	0	58	55	5	2	36	1.37
59815001--59815041	20	2.2	20	86	8	59	21	7	4	65	1.37
59815459--59815539	31	2.6	33	83	11	93	40	3	8	46	1.52
59818064--59818096	14	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59820077--59820110	17	2.0	17	100	0	68	52	23	11	11	1.70
59822142--59822179	18	2.0	20	90	10	62	63	2	0	34	1.09
59822184--59822210	11	2.5	11	100	0	54	51	0	7	40	1.30
59822206--59822244	12	3.2	12	85	7	51	74	0	0	25	0.82
59822823--59823063	17	13.5	17	72	12	101	48	12	11	27	1.75
59822816--59823129	18	17.5	18	74	10	232	45	11	12	31	1.77
59822816--59823149	35	9.3	35	73	10	221	44	11	12	31	1.78
59822884--59823051	91	1.9	90	82	3	212	47	10	10	32	1.72
59822857--59823089	17	12.9	17	69	13	74	46	12	10	31	1.74
59822865--59823111	108	2.3	107	82	10	290	45	11	11	31	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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