genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18946512--18946557	17	2.8	16	81	12	56	58	0	4	36	1.18
18946539--18946577	20	2.0	20	94	0	69	53	0	0	46	1.00
18946546--18946637	37	2.4	36	79	12	96	54	2	1	42	1.19
18956861--18956909	24	2.1	23	81	11	55	51	16	10	22	1.74
18959529--18959602	36	2.1	36	87	5	105	43	16	16	24	1.87
18964421--18964459	17	2.3	17	95	0	69	46	7	5	41	1.55
18972127--18972160	16	2.1	16	88	0	50	8	0	14	76	1.01
18972644--18973109	89	5.2	89	87	1	603	25	23	19	30	1.98
18972490--18973109	178	3.5	179	81	5	643	26	22	19	31	1.98
18972490--18973107	44	13.8	44	72	7	449	27	22	19	31	1.98
18987352--18987410	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
18992491--18992549	22	2.7	21	80	12	73	32	3	20	44	1.68
19000341--19000371	12	2.6	12	94	0	53	35	35	19	9	1.85
19001512--19001554	15	3.1	14	83	9	52	62	4	0	32	1.15
19004900--19004935	10	3.5	10	88	3	54	58	0	38	2	1.13
19012067--19012259	50	3.7	50	86	6	208	27	21	29	22	1.99
19012120--19012266	50	2.9	50	92	0	222	25	23	31	19	1.98
19012067--19012266	100	1.9	102	83	6	251	27	22	29	21	1.99
19012120--19012306	100	1.9	100	81	0	230	27	20	28	22	1.99
19018426--19018479	22	2.4	23	84	9	76	40	18	27	12	1.87
19020260--19020330	19	3.6	20	88	9	110	39	15	9	35	1.81
19020615--19020866	128	2.0	129	81	3	303	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19021257--19021893	44	14.5	45	76	5	572	27	16	25	30	1.96
19021257--19021802	220	2.5	219	86	3	735	27	15	26	30	1.96
19021336--19021877	131	4.1	132	89	3	736	28	15	26	30	1.96
19022015--19022184	44	3.8	46	78	9	192	27	15	26	31	1.96
19073070--19073255	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
19075781--19075929	71	2.1	71	94	0	262	28	18	19	33	1.95
19077406--19077638	116	2.0	116	94	0	403	39	12	27	20	1.89
19078121--19078231	9	12.2	9	69	9	64	68	6	3	21	1.28
19078165--19078224	23	2.6	24	81	5	79	71	5	0	23	1.05
19078165--19078230	26	2.5	28	85	9	86	71	6	0	22	1.08
19078622--19078664	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
19081428--19081562	40	3.3	40	85	1	171	24	17	27	31	1.97
19081428--19081602	40	4.3	41	76	7	151	23	16	29	31	1.96
19084122--19084159	20	1.9	20	88	0	58	71	5	0	23	1.07
19087278--19087317	17	2.4	16	91	4	62	45	10	2	42	1.51
19090560--19090753	41	4.7	40	81	7	203	21	21	25	31	1.98
19090558--19090753	82	2.4	80	82	9	243	21	20	25	31	1.98
19091012--19091048	14	2.6	14	95	0	65	24	0	29	45	1.53
19091106--19091172	14	4.8	14	78	7	55	22	0	38	38	1.54
19091209--19091351	74	1.9	76	89	2	227	27	0	25	46	1.53
19091489--19091543	7	7.7	7	83	2	65	20	1	50	27	1.58
19096479--19096509	15	2.1	15	93	0	53	48	0	32	19	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19096752--19097024	43	6.3	43	84	5	331	20	16	32	30	1.95
19096752--19097024	129	2.1	129	86	4	372	20	16	32	30	1.95
19097528--19097556	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
19098403--19098447	23	2.0	23	81	0	54	57	0	6	35	1.25
19098688--19098760	30	2.5	29	78	10	78	32	4	6	56	1.45
19104970--19105187	107	2.0	107	94	0	382	36	18	19	25	1.94
19110669--19110862	61	3.2	61	68	16	186	43	1	6	48	1.37
19110730--19110776	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
19110636--19110893	120	2.1	120	96	0	471	43	1	5	48	1.38
19110850--19110891	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
19110841--19110882	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
19111021--19111125	44	2.5	40	76	18	115	32	28	4	34	1.78
19111018--19111128	45	2.6	43	80	10	124	33	27	5	33	1.80
19111107--19111160	16	3.4	16	94	0	99	25	35	1	37	1.67
19113004--19113039	9	4.0	9	88	0	54	38	0	0	61	0.96
19117197--19117280	3	28.3	3	70	11	57	29	5	3	60	1.37
19121829--19121864	15	2.4	15	95	0	63	77	5	0	16	0.94
19121869--19121913	17	2.6	17	89	6	65	75	0	17	6	1.01
19121852--19121908	17	3.3	18	80	11	57	75	0	14	10	1.05
19124177--19124451	45	6.1	45	82	0	325	31	16	22	29	1.96
19124194--19124451	135	1.9	135	86	0	363	31	16	22	29	1.96
19124432--19124575	44	3.2	44	69	9	130	28	26	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19124401--19124650	89	2.8	89	86	0	338	30	24	21	24	1.99
19124639--19125067	132	3.2	132	87	2	603	30	20	23	25	1.98
19125220--19125415	89	2.2	89	80	5	218	25	19	27	27	1.99
19126607--19126690	3	27.3	3	72	13	64	29	7	2	60	1.36
19128456--19128496	21	1.9	22	90	5	66	51	4	21	21	1.67
19133080--19133146	31	2.1	31	83	8	82	61	4	1	32	1.25
19137149--19137189	21	2.0	21	85	0	55	41	2	17	39	1.62
19137532--19137579	25	2.0	25	83	4	62	16	27	18	37	1.92
19140237--19140264	9	3.1	9	100	0	56	64	10	10	14	1.50
19158281--19158355	18	4.2	18	72	5	62	45	22	4	28	1.70
19158599--19158746	65	2.3	64	81	9	160	47	14	3	34	1.61
19158634--19158736	34	3.2	34	79	8	108	47	16	1	33	1.58
19180664--19180716	26	2.0	26	96	0	97	60	1	0	37	1.08
19181451--19181497	20	2.2	21	85	7	60	38	2	0	59	1.09
19181630--19181678	23	2.1	23	96	0	89	42	28	14	14	1.84
19182135--19182192	30	2.0	29	86	10	82	36	0	25	37	1.57
19182470--19182598	49	2.6	49	92	1	213	23	3	11	62	1.43
19182519--19182591	16	4.5	16	67	16	51	26	1	8	64	1.30
19182653--19182724	27	2.7	27	95	0	126	31	8	26	33	1.86
19184187--19184214	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
19184836--19184879	18	2.4	18	80	0	52	25	36	31	6	1.82
19190526--19190579	21	2.6	21	90	0	90	48	22	9	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19191954--19191982	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
19201035--19201373	169	2.0	169	93	0	579	28	21	29	21	1.98
19206595--19206642	24	2.0	24	91	0	78	54	4	8	33	1.50
19207192--19207233	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19207201--19207242	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19207195--19207607	120	3.4	120	94	0	693	50	5	2	42	1.38
19207311--19207362	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
19207431--19207495	15	4.3	15	77	15	64	53	1	0	44	1.09
19207288--19207618	59	5.6	57	66	18	180	51	4	2	41	1.36
19207648--19207708	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
19207655--19207798	47	3.1	45	67	15	116	49	4	1	45	1.30
19207623--19207830	91	2.3	91	89	2	319	46	4	2	46	1.37
19207648--19207790	44	3.2	43	69	9	124	48	3	1	46	1.28
19207673--19207811	47	3.0	46	70	10	140	49	4	1	44	1.30
19211107--19211132	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19211566--19211590	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
19211555--19211659	51	2.1	51	88	0	156	33	12	5	48	1.64
19212116--19212144	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
19214633--19214693	31	2.0	31	83	0	77	47	9	9	32	1.70
19215061--19215088	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
19221039--19221192	51	3.0	51	100	0	308	45	17	7	29	1.76
19221143--19221248	33	3.2	34	83	10	105	42	16	8	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19224437--19224478	18	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
19224437--19224471	18	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
19224384--19224607	120	1.9	119	94	1	396	44	1	6	48	1.36
19224557--19224604	15	2.9	18	79	17	59	47	0	0	52	1.00
19224570--19224610	15	2.7	15	82	17	50	48	0	2	48	1.14
19224354--19224607	120	2.2	117	87	7	338	44	1	5	48	1.33
19224545--19225011	154	3.0	154	97	2	866	48	5	3	43	1.42
19224711--19224758	15	2.9	18	79	17	59	47	0	0	52	1.00
19224724--19224764	15	2.7	15	82	17	50	48	0	2	48	1.14
19224864--19224898	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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