genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  89  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24204723--24204831	54	2.0	54	96	0	200	29	19	15	35	1.93
24207858--24208060	81	2.4	84	81	8	229	28	18	24	28	1.98
24207880--24208060	42	4.4	42	80	9	201	25	17	25	30	1.97
24209122--24209186	31	2.2	31	89	8	100	58	3	6	32	1.38
24219758--24219847	40	2.3	40	84	1	110	13	15	27	43	1.84
24225031--24225089	29	2.0	29	100	0	118	30	16	13	38	1.88
24239379--24239448	30	2.3	31	90	4	108	41	2	4	51	1.36
24239387--24239432	13	3.0	16	70	23	53	45	2	4	47	1.34
24240142--24240192	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
24241883--24242000	41	2.9	41	85	2	139	20	16	30	33	1.94
24242650--24242684	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
24242873--24242930	27	2.1	28	84	9	75	39	1	10	48	1.48
24243175--24243324	40	3.7	39	83	3	174	29	18	22	29	1.98
24247597--24247775	43	4.2	43	81	0	214	24	18	27	29	1.98
24248281--24248322	22	2.0	21	85	4	57	30	2	4	61	1.29
24248318--24248350	6	5.7	6	85	7	50	27	0	3	69	1.03
24249671--24249695	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24249969--24249998	14	2.1	14	93	0	51	46	3	13	36	1.60
24255612--24255859	50	4.9	50	80	6	243	22	27	20	28	1.99
24256198--24256254	30	1.9	30	85	0	78	33	21	8	36	1.84
24260043--24260089	23	2.0	23	91	0	76	34	17	23	25	1.96
24260512--24260653	29	4.9	29	73	5	110	37	21	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24260625--24260673	25	2.0	25	91	0	80	40	18	20	20	1.91
24260730--24260795	29	2.3	29	80	15	82	30	18	15	36	1.91
24269029--24269067	20	2.0	20	85	5	53	66	2	2	28	1.18
24272353--24272406	24	2.3	24	75	15	58	61	16	0	22	1.35
24272789--24272819	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
24273271--24273318	23	2.0	24	84	8	62	18	6	0	75	1.01
24276117--24276160	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
24276118--24276162	20	2.3	19	88	7	72	75	0	0	24	0.80
24277907--24277981	19	3.9	19	73	3	60	29	6	16	48	1.71
24297293--24297325	7	4.7	7	100	0	66	57	0	0	42	0.98
24299164--24299200	17	2.1	19	90	10	60	51	5	0	43	1.24
24299518--24299550	16	2.1	16	100	0	66	24	18	21	36	1.95
24301233--24301261	4	7.5	4	92	7	51	75	0	24	0	0.80
24305066--24305095	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
24305287--24305343	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
24306246--24306348	43	2.4	43	85	9	147	25	22	26	26	2.00
24306250--24306361	43	2.6	42	78	13	120	26	20	26	25	1.99
24309923--24309973	26	2.0	26	96	0	93	17	11	23	47	1.81
24314277--24314843	120	4.7	120	98	0	1100	44	2	5	46	1.42
24314673--24314706	17	2.0	17	88	11	52	44	0	0	55	0.99
24315062--24315130	16	4.2	16	88	3	102	36	36	2	24	1.71
24315062--24315124	33	1.9	33	93	0	108	34	38	1	25	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24316370--24316438	32	2.2	32	89	0	111	21	21	17	39	1.93
24318286--24318685	101	3.8	101	79	13	439	57	13	1	27	1.43
24318196--24318632	112	4.0	109	77	15	443	58	13	0	27	1.42
24318197--24318685	218	2.3	214	86	6	670	57	13	0	27	1.42
24318418--24318685	117	2.4	112	81	12	324	57	13	0	28	1.42
24318767--24318804	17	2.2	17	95	0	67	44	18	0	36	1.50
24319209--24319247	16	2.4	17	91	4	62	64	0	0	35	0.94
24319421--24319451	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24323705--24323799	24	3.9	25	75	4	86	33	22	27	16	1.95
24323743--24323881	24	5.7	24	67	13	70	34	19	28	17	1.94
24323965--24324027	25	2.6	25	84	2	83	34	19	26	19	1.95
24326103--24326205	53	1.9	53	86	0	143	31	23	10	34	1.89
24336359--24336649	141	2.0	143	95	1	523	35	14	23	27	1.93
24340362--24340404	19	2.3	19	100	0	86	30	18	23	27	1.98
24341996--24342047	18	2.9	17	73	18	52	36	5	1	55	1.35
24341975--24342034	18	3.1	19	79	18	61	43	1	3	51	1.28
24346468--24346547	17	4.6	18	70	14	60	30	22	26	21	1.99
24347294--24347340	24	2.0	24	86	0	67	31	29	14	23	1.95
24347981--24348043	31	2.0	31	96	0	117	31	19	6	42	1.76
24349249--24349295	24	1.9	24	83	12	60	55	2	0	42	1.12
24351137--24351165	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
24356530--24356581	20	2.6	20	84	0	77	36	5	0	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24356826--24356867	12	3.4	12	75	18	50	28	0	0	71	0.86
24369198--24369318	44	2.8	43	87	3	163	32	19	19	28	1.97
24369200--24369431	44	5.3	44	74	10	140	30	21	21	27	1.98
24371111--24371167	26	2.5	22	75	24	64	26	1	1	70	1.07
24371111--24371194	35	2.3	36	80	15	93	25	1	4	69	1.15
24374577--24374631	21	2.7	21	94	5	96	40	9	12	38	1.75
24374622--24374664	22	1.9	23	85	4	61	34	4	13	46	1.65
24375268--24375332	23	3.0	21	79	16	71	21	0	4	73	1.00
24380909--24380973	32	2.0	32	96	0	121	38	18	16	26	1.92
24381643--24382206	132	4.1	132	83	8	716	30	20	24	25	1.98
24381864--24381902	19	2.1	19	95	0	69	33	17	5	43	1.72
24381732--24382034	151	2.0	151	96	0	561	32	18	22	27	1.97
24381643--24382166	283	1.9	283	91	0	870	30	19	24	25	1.98
24382237--24382609	44	8.6	44	71	11	191	30	20	21	27	1.98
24382917--24383000	19	4.4	18	81	11	73	36	8	19	35	1.82
24382919--24382993	19	3.8	19	89	6	114	36	9	17	37	1.82
24382982--24383026	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
24383198--24383236	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
24383624--24383690	4	17.0	4	78	9	57	23	0	4	71	1.04
24387771--24387810	16	2.6	15	88	7	62	27	15	10	47	1.77
24390224--24390263	21	1.9	21	85	10	55	25	30	0	45	1.54
24394833--24394976	50	2.9	50	83	1	191	21	29	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24397451--24397481	15	2.0	16	93	6	55	45	3	0	51	1.17
24405114--24405161	18	2.6	18	80	6	51	47	2	4	45	1.33
24405176--24405223	22	2.3	21	85	7	62	29	2	8	60	1.37
24414809--24414886	24	3.2	24	66	20	72	39	5	38	16	1.71
24422122--24422254	43	3.1	43	79	2	160	48	17	15	18	1.82
24422125--24422291	86	1.9	86	83	4	212	47	18	16	17	1.83
24432471--24433216	371	2.0	371	98	0	1456	32	10	16	41	1.82
24444082--24444116	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
24447301--24447349	21	2.3	21	86	6	64	57	16	18	8	1.63
24450372--24450629	43	6.2	42	75	9	176	36	18	18	25	1.95
24450418--24450540	46	2.7	45	80	6	124	40	14	17	27	1.88
24450529--24450629	38	2.6	40	84	7	136	35	19	17	26	1.95
24458190--24458436	27	9.1	27	81	6	268	17	21	19	42	1.90
24461043--24461080	18	2.1	18	100	0	76	50	39	0	10	1.37
24466156--24466238	9	9.2	9	81	5	96	28	9	20	40	1.84
24466156--24466231	27	2.8	27	89	0	116	28	10	19	40	1.85
24492688--24492844	43	3.7	43	81	7	194	33	27	15	24	1.95
24492688--24492845	86	1.8	85	86	6	230	32	27	15	24	1.95
24494600--24494634	15	2.3	15	100	0	70	22	14	11	51	1.74
24497410--24497439	12	2.5	12	94	0	51	26	13	33	26	1.93
24499450--24499532	27	3.0	27	81	8	96	43	19	12	25	1.85
24499469--24499532	28	2.3	27	81	7	76	39	23	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24502211--24502247	20	1.9	18	89	10	56	54	8	2	35	1.44
24503088--24503135	22	2.2	22	81	3	62	58	4	2	35	1.29
24506007--24506065	24	2.4	26	78	13	72	59	1	1	37	1.18
24509510--24510176	328	2.0	328	96	0	1217	30	19	16	32	1.95
24513334--24513515	41	4.4	41	80	1	195	23	28	14	34	1.93
24513327--24513515	82	2.3	82	88	1	272	22	29	14	33	1.93
24514727--24514871	74	2.0	74	94	0	254	24	7	17	50	1.72
24515670--24515711	22	1.9	22	85	9	59	30	7	16	45	1.74
24515810--24515839	15	1.9	16	93	6	53	53	0	6	40	1.27
24516701--24516754	26	2.1	26	92	0	90	57	16	12	12	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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