genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
439599--439667	32	2.2	32	97	0	129	21	11	20	46	1.82
444178--444236	31	1.9	31	96	0	109	37	11	8	42	1.72
450248--450272	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
451443--451497	9	5.5	10	77	14	51	27	1	5	65	1.25
451433--451501	29	2.3	31	82	9	90	27	2	4	65	1.26
451446--451518	29	2.5	28	82	8	83	31	2	4	61	1.29
453549--453618	30	2.3	30	80	9	72	34	18	7	40	1.78
455944--455968	9	2.8	9	100	0	50	36	12	12	40	1.79
462887--462945	31	1.9	31	89	0	91	50	10	13	25	1.72
463580--463618	19	2.1	19	100	0	78	30	23	5	41	1.76
464041--464075	16	2.2	16	90	10	54	11	0	0	88	0.51
464039--464069	11	2.8	11	95	0	53	12	0	0	87	0.55
468921--469064	72	2.0	72	89	2	218	27	11	18	43	1.83
471200--471246	25	2.0	24	83	8	60	27	12	2	57	1.47
479545--479626	37	2.2	37	88	0	119	32	6	23	37	1.79
490218--491725	146	10.8	137	77	10	1249	28	7	17	46	1.76
490452--490822	120	2.9	122	85	10	464	28	6	19	45	1.75
490344--491104	257	2.8	268	82	11	868	28	6	18	45	1.75
490884--491567	144	4.9	133	73	13	385	28	8	16	46	1.76
490601--491589	424	2.3	423	82	6	1178	27	8	17	46	1.76
490601--491000	137	2.8	144	84	7	444	29	7	17	45	1.76
491041--491756	144	5.0	141	74	12	471	26	8	17	46	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
496415--496446	13	2.5	13	95	5	57	31	0	0	68	0.90
497748--497788	15	2.7	15	88	3	55	46	19	0	34	1.50
498055--498087	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
498352--498410	29	2.0	29	87	6	84	25	16	37	20	1.93
502166--502228	31	2.0	31	96	0	117	46	15	23	14	1.83
507945--508042	31	3.2	31	67	17	78	32	11	8	47	1.68
507945--508078	61	2.2	59	83	7	162	31	10	5	52	1.60
508026--508114	31	2.9	30	70	15	76	26	11	3	58	1.48
508423--508467	23	2.0	23	82	8	56	37	13	8	40	1.76
511140--511182	22	2.0	22	85	0	59	20	6	11	60	1.54
511191--511225	17	1.9	17	88	11	52	20	2	11	65	1.37
518038--518097	28	2.1	28	100	0	120	35	20	11	33	1.88
522672--522720	26	1.9	25	91	4	80	57	0	20	22	1.41
522751--522810	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
537698--537739	16	2.6	17	78	21	54	30	23	14	30	1.94
538015--538176	80	2.0	80	98	0	315	29	8	24	37	1.85
542818--542892	31	2.5	30	81	10	84	46	0	12	41	1.41
543746--543790	8	5.0	9	85	15	58	44	0	0	55	0.99
546285--546838	239	2.3	239	86	2	776	35	17	18	28	1.94
547637--547708	30	2.4	29	79	9	81	44	9	11	34	1.73
548018--548060	8	5.4	8	85	0	50	27	34	9	27	1.88
550003--550028	12	2.2	12	100	0	52	46	0	15	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
556010--556065	17	3.4	16	83	11	60	55	0	0	44	0.99
561349--561555	96	2.2	95	85	3	272	29	20	21	28	1.98
562295--562345	20	2.5	20	81	9	59	45	0	0	54	0.99
562295--562362	19	3.3	20	80	10	57	44	1	0	54	1.09
562300--562357	21	2.7	22	84	10	75	46	0	0	53	1.00
562401--562480	43	1.9	41	94	0	124	32	11	17	38	1.85
565148--565236	6	14.8	6	89	4	54	3	0	47	49	1.18
565148--565199	12	4.3	12	95	0	86	1	0	36	61	1.07
565148--565199	18	2.9	18	94	0	86	1	0	36	61	1.07
565196--565237	3	14.0	3	89	0	66	4	0	61	33	1.17
568895--568959	26	2.4	27	94	5	114	43	7	0	49	1.31
569013--569079	27	2.5	27	90	0	98	26	28	28	16	1.97
569215--569253	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
569326--569351	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
569540--569592	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
570149--570193	18	2.5	18	81	0	63	28	8	48	13	1.72
576346--576528	4	45.8	4	72	17	98	0	31	0	68	0.90
576335--576527	44	4.5	42	77	13	173	0	31	0	68	0.90
576315--576527	62	3.4	59	75	20	161	0	32	0	67	0.91
576388--576534	70	2.0	73	82	10	178	0	33	0	66	0.92
576625--576692	25	2.6	26	95	4	120	48	0	10	41	1.37
577905--577954	18	2.8	18	87	0	82	22	8	26	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
577905--577953	9	5.4	9	80	0	62	22	8	26	42	1.81
578014--578094	29	2.8	29	78	0	108	27	6	17	49	1.70
580567--580752	100	1.9	100	82	2	239	34	10	16	38	1.82
580307--580779	237	2.0	239	87	2	691	32	9	17	39	1.83
581405--581435	15	2.1	15	100	0	62	22	19	6	51	1.69
589958--590094	69	2.0	69	88	0	202	37	11	18	32	1.87
591086--591165	21	3.8	21	86	0	106	15	52	7	25	1.68
602991--603043	17	3.0	17	84	13	63	64	7	0	28	1.21
604667--604726	21	3.0	20	81	11	61	61	3	1	33	1.22
604666--604713	18	2.3	20	80	20	55	60	2	0	37	1.09
616668--616851	46	4.0	46	89	0	278	36	8	26	29	1.85
618869--618929	30	2.1	30	87	3	88	40	0	39	19	1.52
623197--623238	20	2.1	20	90	0	66	33	9	23	33	1.87
623592--623637	20	2.5	18	82	10	58	26	13	13	47	1.78
631873--631906	13	2.7	12	90	9	50	67	11	11	8	1.42
632187--632486	159	1.9	158	80	6	356	38	20	9	31	1.85
634136--634191	29	1.9	29	85	0	76	62	0	0	37	0.95
637091--637135	22	2.0	22	86	0	63	28	2	0	68	1.01
637253--637311	27	2.2	28	81	6	68	28	5	3	62	1.32
641967--641997	16	1.9	16	93	0	53	48	12	6	32	1.67
642119--642175	17	3.3	17	78	4	60	35	1	0	63	1.05
642112--642176	9	7.3	9	78	3	60	33	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655854--656031	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
655875--656030	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
666159--666359	41	4.9	41	88	1	251	23	26	19	30	1.98
667885--667910	13	2.0	13	100	0	52	61	23	7	7	1.49
668150--668207	29	2.0	29	82	0	71	58	0	8	32	1.28
668197--668244	14	3.4	14	73	0	51	66	2	2	29	1.14
668186--668223	16	2.3	17	81	4	51	73	0	0	26	0.83
668377--668464	19	4.9	19	75	19	68	32	3	2	61	1.25
673525--673573	18	2.6	19	83	9	64	28	0	2	69	1.00
673528--673580	27	2.0	27	85	7	72	28	0	1	69	0.99
674001--674030	16	1.9	16	93	6	53	13	10	0	76	1.01
678180--678701	132	4.0	133	87	2	698	23	20	16	40	1.91
685233--685860	318	2.0	317	89	1	954	35	19	14	30	1.91
686716--686744	6	5.0	6	91	8	51	17	0	34	48	1.47
688973--689009	5	7.6	5	85	14	51	37	2	0	59	1.12
691446--691764	171	1.9	171	94	1	568	39	17	16	26	1.90
695681--695728	24	2.0	24	100	0	96	50	8	8	33	1.63
695676--695722	14	3.7	14	71	23	50	48	6	8	36	1.59
697432--697466	14	2.5	14	90	0	52	14	2	57	25	1.51
698772--698797	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
700902--700942	18	2.4	17	84	8	55	70	4	0	24	1.06
700915--700942	14	2.0	14	100	0	56	71	7	0	21	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701184--701221	20	1.9	19	94	5	67	52	0	7	39	1.31
701922--701976	21	2.7	21	88	5	87	36	14	9	40	1.78
703841--703876	8	4.5	8	85	0	54	38	38	11	11	1.76
726444--726494	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
727959--728025	32	2.1	32	100	0	134	52	0	7	40	1.30
728816--728843	11	2.5	11	100	0	56	25	7	0	67	1.15
728966--729068	42	2.5	42	88	3	145	27	28	29	15	1.96
729214--729559	123	2.8	123	88	0	512	30	16	20	32	1.94
732686--732762	37	2.1	36	80	7	84	45	2	9	42	1.49
732844--732925	21	3.9	21	84	6	112	31	1	28	39	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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