genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  204  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60108234--60108346	59	1.9	60	80	8	133	62	5	9	22	1.45
60110044--60110383	44	7.8	44	74	10	164	29	17	17	35	1.93
60110162--60110372	44	4.7	45	81	5	241	29	18	16	35	1.93
60110162--60110372	89	2.4	89	89	0	305	29	18	16	35	1.93
60110215--60110384	44	3.8	44	85	4	243	29	17	17	35	1.93
60122090--60122121	14	2.3	14	100	0	64	46	12	0	40	1.42
60122090--60122160	17	4.2	17	81	15	58	45	8	2	43	1.49
60122111--60122160	17	2.7	19	90	9	77	44	4	4	48	1.40
60122119--60122160	17	2.5	17	100	0	84	45	4	4	45	1.45
60123866--60123990	62	2.0	62	100	0	250	24	4	14	56	1.58
60128274--60128785	94	5.5	94	81	7	546	32	20	20	27	1.97
60128428--60128673	44	5.3	44	70	20	146	32	19	21	26	1.97
60129123--60129156	16	2.1	16	88	5	50	82	8	0	8	0.85
60130552--60130609	15	3.8	14	76	14	53	17	3	1	77	0.99
60130565--60130608	20	2.2	20	88	8	63	15	4	2	77	1.04
60130706--60130755	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
60134551--60134594	16	2.8	16	89	0	70	54	0	6	38	1.27
60134527--60134593	16	3.9	17	80	16	68	56	0	8	34	1.31
60134651--60134736	14	5.9	14	72	8	55	53	2	9	34	1.46
60142933--60142972	21	1.9	21	85	10	55	30	27	7	35	1.84
60143414--60143451	12	3.2	12	82	17	53	28	23	7	39	1.83
60143602--60143633	16	2.0	17	88	11	50	34	34	6	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60151386--60151423	12	3.2	12	82	17	53	28	23	7	39	1.83
60158558--60158779	85	2.6	85	77	13	231	27	20	19	32	1.97
60158656--60158907	128	2.0	128	91	0	414	25	20	21	33	1.97
60158793--60158956	85	1.9	85	91	0	265	26	19	21	31	1.97
60158996--60159748	50	15.0	50	61	5	185	25	20	21	32	1.98
60158962--60159732	100	7.7	100	86	0	1022	25	20	21	32	1.98
60160028--60160081	24	2.2	24	83	0	63	27	18	16	37	1.93
60160979--60161028	18	2.9	16	83	16	64	0	12	2	86	0.67
60160988--60161024	15	2.5	15	90	0	56	0	10	2	86	0.67
60164106--60164151	19	2.4	19	85	7	58	47	10	19	21	1.80
60170451--60170529	38	2.1	38	83	4	97	17	13	43	25	1.86
60171152--60171191	13	3.1	13	77	0	53	32	0	0	67	0.91
60172065--60172097	14	2.4	14	80	19	50	48	0	3	48	1.17
60172406--60172471	30	2.1	33	86	8	93	54	1	3	40	1.25
60174749--60174785	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
60183082--60183131	3	16.7	3	87	8	66	40	0	0	60	0.97
60185041--60185091	26	2.0	26	92	0	84	37	3	0	58	1.16
60197792--60198425	44	14.5	41	67	12	133	33	18	18	29	1.95
60197703--60198474	175	4.4	175	91	0	1240	33	18	19	29	1.95
60198368--60198533	90	1.8	90	79	5	192	36	17	21	25	1.95
60198511--60199138	50	12.6	50	70	0	439	33	22	19	24	1.97
60198496--60199138	100	6.4	100	93	0	1079	32	23	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60199933--60199969	15	2.3	17	86	9	51	72	13	5	8	1.24
60202872--60202912	21	2.0	22	85	9	59	9	7	4	78	1.10
60208633--60208663	15	2.1	15	100	0	62	29	12	0	58	1.35
60210656--60210960	50	5.8	50	79	10	245	20	28	22	28	1.98
60210656--60210960	56	5.8	52	81	10	277	20	28	22	28	1.98
60210656--60210960	106	2.9	105	81	6	309	20	28	22	28	1.98
60227790--60227824	18	1.9	18	88	0	52	45	0	48	5	1.26
60228786--60228837	20	2.8	20	74	8	56	69	0	28	1	0.99
60229137--60229196	25	2.5	24	86	7	86	21	41	30	6	1.79
60243303--60243376	23	3.2	23	90	0	121	29	27	21	21	1.99
60250383--60250460	35	2.2	35	93	0	138	35	32	12	19	1.89
60251856--60251900	3	15.0	3	90	0	63	33	6	0	60	1.23
60252010--60252044	14	2.5	14	95	0	61	37	5	0	57	1.23
60264161--60264222	24	2.6	24	86	0	79	40	8	22	29	1.82
60264536--60264981	45	9.9	45	86	0	597	28	16	23	30	1.97
60264919--60265123	88	2.3	88	86	1	286	29	20	24	24	1.99
60265267--60265409	51	2.8	51	77	4	162	30	18	23	27	1.97
60265468--60265727	45	5.9	44	69	12	174	33	19	21	26	1.97
60267279--60267377	3	32.7	3	78	9	58	33	9	2	55	1.43
60267667--60267756	18	5.0	19	67	15	57	36	8	0	54	1.32
60270306--60270349	14	2.8	16	86	10	56	63	4	2	29	1.26
60271621--60271677	27	2.1	28	84	12	75	38	7	3	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60271974--60272032	28	2.2	25	82	8	64	32	10	1	55	1.43
60279463--60279516	27	2.0	28	85	3	74	51	1	0	46	1.11
60283319--60283345	11	2.5	11	100	0	54	66	0	0	33	0.92
60293257--60293306	26	1.9	26	83	0	64	36	8	20	36	1.82
60303903--60303963	20	3.0	20	72	15	63	37	3	1	57	1.25
60318485--60318561	38	1.9	38	87	7	109	35	2	6	55	1.39
60325607--60325668	31	2.0	31	81	6	72	30	14	16	38	1.88
60332897--60332962	34	1.9	34	87	0	96	37	15	18	28	1.91
60334855--60334900	20	2.3	20	84	0	56	45	6	2	45	1.41
60336616--60336672	30	1.9	30	82	10	73	28	8	14	49	1.72
60336796--60336857	31	1.9	33	87	9	92	43	4	9	41	1.59
60336952--60337065	54	2.1	55	93	1	194	57	16	7	17	1.62
60341120--60341181	31	1.9	33	83	9	83	43	3	9	43	1.53
60341276--60341388	54	2.1	54	100	0	226	56	16	8	17	1.65
60342565--60342626	31	2.0	31	81	3	72	50	6	3	40	1.44
60368435--60368467	12	2.8	12	95	0	57	27	0	15	57	1.38
60368531--60368610	41	2.0	41	94	0	142	32	5	13	48	1.64
60372282--60372335	24	2.3	24	90	3	83	24	20	3	51	1.63
60372291--60372342	24	2.2	24	100	0	104	26	15	3	53	1.59
60386792--60386819	6	4.7	6	100	0	56	0	14	50	35	1.43
60386985--60387017	16	2.1	16	88	5	50	66	0	3	30	1.06
60387022--60387071	17	3.0	17	72	13	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60395979--60396025	21	2.2	22	84	3	60	23	8	8	59	1.54
60396425--60396482	20	3.0	19	85	9	73	51	1	1	44	1.21
60396916--60396947	9	3.6	9	91	0	55	40	0	0	59	0.97
60399286--60399328	4	10.5	4	85	5	50	18	0	27	53	1.45
60399451--60399513	4	15.8	4	83	0	81	26	4	22	46	1.72
60404239--60404268	14	2.1	14	100	0	60	40	13	23	23	1.90
60406083--60406390	43	7.3	42	68	12	146	41	18	16	22	1.90
60406162--60406389	42	5.4	42	71	8	185	42	18	16	23	1.89
60406161--60406405	85	2.9	84	76	8	253	42	18	16	22	1.89
60412350--60412412	30	2.3	25	75	21	63	26	14	3	55	1.54
60414254--60414304	20	2.5	21	78	6	61	58	11	0	29	1.33
60415523--60415569	23	2.0	23	87	0	67	65	4	6	23	1.33
60416854--60416977	59	2.1	57	85	5	160	38	8	14	38	1.76
60417249--60417299	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
60418136--60418187	15	3.5	15	78	0	59	42	0	46	11	1.40
60418127--60418173	24	2.0	24	87	8	69	40	0	48	10	1.38
60418126--60418200	30	2.5	30	86	0	105	46	0	45	8	1.32
60427926--60427961	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
60428955--60428987	17	2.0	17	88	5	50	42	0	3	54	1.15
60432406--60432447	17	2.4	17	88	4	57	40	38	0	21	1.53
60432437--60432533	39	2.5	39	91	1	160	46	30	3	19	1.65
60432544--60432606	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60432541--60432615	37	2.0	37	92	0	123	36	4	13	46	1.62
60434021--60434055	17	2.1	18	89	10	56	57	0	0	42	0.99
60434426--60434456	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
60448748--60448872	30	4.1	29	70	15	94	43	12	1	43	1.51
60454168--60454230	30	2.1	30	84	0	81	23	4	14	57	1.56
60458182--60458212	9	3.6	9	91	8	55	35	9	22	32	1.87
60458856--60459099	46	5.6	46	83	10	316	29	22	13	34	1.93
60458988--60459058	36	2.0	36	91	0	115	33	18	8	39	1.81
60458945--60459099	82	1.9	82	90	0	247	30	21	11	36	1.89
60464019--60464152	19	6.7	21	78	10	77	40	14	6	38	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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