genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  70  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18579174--18579392	120	1.8	120	97	0	420	42	1	6	48	1.39
18579174--18579360	61	3.1	60	71	14	195	42	2	6	48	1.42
18579354--18579395	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18579345--18579386	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
18579609--18579678	16	4.4	16	88	0	104	30	35	1	32	1.67
18579609--18579678	32	2.2	32	94	0	122	30	35	1	32	1.67
18581794--18581836	19	2.2	20	83	8	52	53	2	4	39	1.34
18583634--18583681	3	16.0	3	82	0	60	33	4	2	60	1.27
18586895--18586959	31	2.1	31	82	5	78	44	3	6	46	1.44
18592707--18592751	22	2.0	21	87	8	63	42	0	0	57	0.98
18592915--18592995	21	4.0	20	80	12	76	39	1	0	59	1.05
18605336--18605418	20	4.1	20	76	7	78	40	21	26	10	1.86
18606781--18606965	50	3.6	50	82	4	199	23	28	20	27	1.99
18611140--18611702	278	2.0	278	95	0	1009	35	23	12	28	1.91
18614694--18614940	50	4.8	51	78	4	214	23	27	20	28	1.99
18616150--18616188	20	2.0	20	100	0	78	35	20	33	10	1.86
18626673--18626748	18	4.4	18	90	4	113	36	25	7	30	1.84
18626673--18626735	9	7.0	9	72	0	54	34	26	7	30	1.85
18629119--18629169	21	2.4	21	96	0	93	56	11	21	9	1.63
18645756--18645826	18	4.1	18	67	18	51	32	5	1	60	1.29
18650387--18650420	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
18659332--18659388	30	1.9	30	85	3	80	42	1	24	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18659600--18659631	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
18659726--18659966	50	4.7	52	81	7	262	26	23	29	20	1.99
18659726--18659974	99	2.4	103	86	7	337	25	23	29	21	1.99
18666168--18666219	27	1.9	27	88	7	79	71	9	13	5	1.30
18666168--18666216	13	3.7	14	78	10	59	71	10	12	6	1.30
18666884--18666939	19	3.0	19	71	10	53	62	0	3	33	1.12
18671913--18671955	20	2.2	20	88	8	63	46	2	0	51	1.13
18672265--18672326	28	2.1	29	85	11	83	59	0	3	37	1.13
18672272--18672334	28	2.2	29	83	11	76	55	3	3	38	1.32
18681473--18681505	14	2.4	14	94	0	57	81	0	3	15	0.80
18681534--18681609	30	2.6	31	84	12	90	23	21	7	47	1.77
18682275--18682305	11	2.9	11	95	4	55	83	0	16	0	0.64
18688806--18689681	292	3.0	292	96	0	1565	33	16	22	27	1.95
18696424--18696448	13	1.9	13	100	0	50	68	16	0	16	1.22
18697118--18697264	41	3.6	41	89	0	231	27	23	21	28	1.99
18699829--18700356	76	6.9	76	88	0	754	26	19	21	32	1.97
18700914--18701001	30	3.0	29	82	9	92	26	22	5	45	1.74
18701659--18701702	20	2.2	20	88	4	63	81	0	15	2	0.78
18701674--18701717	10	4.5	10	80	5	54	84	0	11	4	0.77
18709602--18709633	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
18709879--18709931	21	2.4	21	84	6	61	15	1	7	75	1.11
18715276--18715348	37	2.0	36	81	7	85	23	5	1	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18716999--18717036	6	6.5	6	90	3	60	15	0	2	81	0.80
18716999--18717036	18	2.2	17	95	4	67	15	0	2	81	0.80
18719757--18719788	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
18738025--18738053	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18742289--18742330	22	1.9	22	85	0	57	69	9	7	14	1.37
18760009--18760049	4	10.0	4	85	15	57	0	24	2	73	0.96
18760018--18760060	21	2.1	20	86	4	59	0	25	4	69	1.07
18763694--18763820	67	1.9	67	85	0	173	21	24	33	21	1.97
18763699--18763839	67	2.2	63	81	7	160	21	23	33	21	1.97
18774384--18774498	44	2.6	44	80	14	139	23	20	29	26	1.99
18783713--18783738	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
18784840--18784901	20	3.4	18	83	12	74	58	1	8	32	1.37
18786868--18787165	44	6.8	43	68	11	149	27	24	18	29	1.98
18786868--18787164	88	3.4	87	74	7	276	27	24	18	29	1.98
18787253--18787697	129	3.4	129	87	1	620	24	24	20	30	1.99
18787633--18788817	131	9.1	131	89	1	1736	23	23	21	31	1.98
18787633--18788817	652	1.8	653	89	0	1872	23	23	21	31	1.98
18790474--18790529	26	2.1	27	80	12	62	5	10	8	75	1.19
18790495--18790553	19	3.1	19	78	7	66	10	3	8	77	1.08
18794524--18794570	20	2.3	20	89	7	69	59	2	6	31	1.34
18794524--18794577	20	3.0	18	86	10	67	59	1	7	31	1.36
18794773--18794797	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18796549--18796645	49	2.0	49	97	0	185	46	23	1	28	1.59
18796684--18796732	22	2.2	22	85	0	62	48	2	2	46	1.25
18804776--18804872	28	3.4	28	75	10	97	43	9	17	29	1.80
18813236--18813297	26	2.4	26	88	0	88	40	12	12	33	1.82
18820880--18820967	45	1.9	46	84	6	117	31	18	6	43	1.76
18820905--18821027	57	2.1	58	84	3	167	27	17	6	48	1.71
18826464--18826499	17	2.1	17	94	0	63	13	25	25	36	1.93
18826471--18826523	17	3.1	17	88	2	70	18	20	26	33	1.96
18826473--18826541	18	3.9	17	81	7	75	17	21	28	31	1.96
18832084--18832131	25	2.0	24	83	4	60	47	0	16	35	1.47
18832324--18832356	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
18832570--18832611	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
18832590--18832624	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18832727--18832894	47	3.7	46	69	20	136	46	4	2	46	1.37
18832686--18832968	91	3.0	98	84	7	263	47	3	3	45	1.37
18832786--18832846	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18832761--18832968	91	2.3	91	93	0	344	46	4	3	46	1.39
18832786--18832928	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
18832811--18832949	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
18836704--18836728	13	1.9	13	100	0	50	16	16	8	60	1.58
18837205--18837284	29	2.8	29	85	11	110	41	21	10	27	1.85
18838371--18838399	15	1.9	15	100	0	58	62	24	6	6	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18839804--18839839	16	2.3	15	90	4	54	41	2	5	50	1.40
18840740--18840765	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
18844424--18844473	22	2.3	22	86	6	66	20	26	18	36	1.95
18844877--18844911	4	8.8	4	100	0	70	77	0	22	0	0.78
18845746--18845847	25	4.1	25	92	0	168	22	30	14	32	1.94
18847781--18847819	20	2.0	20	85	10	53	20	2	17	58	1.50
18853956--18854006	15	3.4	15	80	20	54	52	7	1	37	1.42
18860376--18860410	2	17.5	2	87	0	52	48	2	0	48	1.16
18868422--18868488	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
18868416--18868492	14	5.0	15	71	20	52	33	7	14	44	1.74
18868575--18868613	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
18870988--18871013	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
18871355--18871399	18	2.4	19	92	3	74	42	2	55	0	1.12
18871355--18871405	6	8.2	6	82	4	57	41	1	56	0	1.10
18871355--18871410	7	8.6	7	83	15	59	41	1	57	0	1.09
18878560--18878629	36	1.9	36	88	0	104	30	5	11	52	1.60
18880222--18880254	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
18880262--18880300	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
18881762--18881788	5	5.4	5	100	0	54	18	0	18	62	1.32
18882319--18882872	44	12.7	42	71	14	261	28	24	19	28	1.98
18882191--18882957	217	3.5	217	92	2	1153	28	22	19	28	1.98
18894485--18894523	13	3.2	12	86	13	53	74	7	2	15	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18906243--18906286	5	8.6	5	85	5	61	40	20	0	38	1.53
18913407--18913537	25	5.3	24	74	10	95	32	21	26	19	1.97
18913960--18914096	68	2.0	68	94	0	238	33	13	11	40	1.81
18919029--18919208	90	2.0	90	83	2	227	42	13	17	26	1.86
18922478--18922503	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
18922607--18922654	16	3.2	16	70	24	50	33	6	10	50	1.62
18926879--18926916	20	1.9	19	94	5	67	7	26	21	44	1.79
18929499--18929559	30	2.0	30	96	0	113	27	13	14	44	1.83
18938936--18938975	17	2.3	17	86	4	53	35	2	15	47	1.58
18939492--18939596	53	2.0	53	96	0	192	34	10	12	42	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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