genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  86  of  211  ( 25234 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23402520--23402620	34	3.0	34	88	0	148	18	7	10	62	1.52
23406087--23406126	20	2.0	21	90	5	64	37	0	2	60	1.11
23409223--23409288	33	2.0	34	84	3	89	42	0	3	54	1.15
23416715--23416759	24	1.9	23	81	4	54	33	15	15	35	1.89
23417965--23418019	27	2.0	27	82	6	67	23	21	10	43	1.84
23417984--23418061	27	2.9	27	86	3	95	19	26	12	41	1.87
23418168--23418240	27	2.7	27	89	0	101	31	26	10	31	1.90
23420565--23421162	134	4.5	133	82	3	648	33	17	11	37	1.85
23422623--23422670	24	2.0	24	84	8	62	18	22	22	35	1.96
23422657--23422769	25	4.6	24	71	7	84	23	25	19	31	1.98
23430326--23430391	25	2.7	23	70	9	60	16	27	15	40	1.88
23446007--23446054	16	3.0	16	80	14	55	64	0	2	33	1.05
23447044--23447265	110	2.0	110	97	0	417	23	29	17	30	1.97
23447568--23447724	40	3.9	40	81	0	143	31	18	22	28	1.97
23447680--23447913	114	2.0	115	85	0	317	35	16	20	27	1.94
23447776--23447858	40	2.0	41	83	2	105	38	18	19	24	1.93
23447720--23447938	115	1.9	114	87	0	321	36	16	21	26	1.94
23447892--23447986	41	2.3	40	82	8	104	34	17	21	26	1.95
23447777--23448219	157	2.8	154	85	5	545	33	16	22	27	1.95
23448339--23448378	14	2.9	14	88	0	62	22	0	22	55	1.44
23448347--23448378	7	4.6	7	96	0	55	21	0	18	59	1.38
23448551--23448768	7	31.1	7	72	3	107	22	1	29	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23448553--23448609	20	2.8	21	86	5	89	21	0	35	43	1.52
23448551--23448616	27	2.4	28	87	2	89	21	0	31	46	1.51
23449419--23449461	22	1.9	23	85	4	61	41	2	23	32	1.67
23450384--23450424	20	2.1	20	86	4	57	14	14	7	63	1.50
23452550--23452825	43	6.4	43	78	3	241	26	15	23	34	1.95
23452518--23452718	86	2.4	86	79	8	207	27	16	23	32	1.96
23452574--23452823	86	2.9	84	82	4	286	26	15	24	34	1.95
23452552--23452828	129	2.1	129	80	1	313	26	15	22	35	1.94
23456720--23456855	70	1.9	70	100	0	272	23	14	9	52	1.71
23459094--23459163	10	7.1	9	72	15	50	60	1	4	34	1.25
23472764--23472796	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
23472776--23472872	44	2.2	44	88	5	142	32	5	29	31	1.80
23473003--23473035	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
23472736--23473219	239	2.0	239	95	1	889	35	6	23	33	1.81
23473268--23473302	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23473388--23473422	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23473506--23473542	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23473626--23473662	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23473746--23473782	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23473246--23473783	120	4.5	121	97	0	949	47	5	2	44	1.39
23473720--23473859	25	5.6	25	64	19	76	47	1	3	47	1.28
23473848--23473956	18	5.8	18	68	23	64	50	2	1	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23473807--23473958	77	2.0	77	93	1	261	47	2	2	47	1.30
23473898--23474042	44	3.2	44	72	16	161	48	2	2	46	1.28
23473915--23474066	47	3.3	47	72	15	172	48	3	2	45	1.32
23473807--23473975	77	2.2	76	89	5	243	46	2	2	47	1.32
23473876--23474081	91	2.3	91	96	1	380	48	3	2	45	1.34
23473807--23474029	77	3.0	77	82	7	228	47	2	2	47	1.30
23478055--23478117	23	2.7	23	79	16	76	52	22	6	19	1.68
23478084--23478129	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
23478027--23478256	107	2.1	107	97	0	433	45	23	5	25	1.75
23478162--23478224	23	2.8	21	78	21	74	53	22	6	17	1.65
23480795--23480875	37	2.1	39	84	4	103	43	6	8	41	1.60
23489756--23489848	45	2.1	45	95	0	168	48	16	16	19	1.81
23497074--23497290	25	8.8	25	66	13	101	31	20	26	21	1.98
23500179--23500215	18	2.0	19	85	15	51	32	16	2	48	1.60
23501419--23501497	21	4.0	21	80	16	62	53	0	0	46	1.00
23501379--23501478	33	3.1	32	73	17	91	50	0	1	49	1.07
23511618--23511842	9	24.6	9	69	16	106	31	0	20	47	1.57
23511618--23511833	38	5.6	39	67	19	141	31	0	19	47	1.56
23511528--23511775	135	1.8	136	94	0	444	32	0	19	46	1.56
23511567--23511771	43	4.6	44	71	13	159	33	0	19	46	1.56
23511653--23511911	52	4.8	51	71	11	155	32	1	18	47	1.57
23511618--23511842	17	12.3	18	66	17	106	31	0	20	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23511664--23511886	117	2.0	113	82	11	278	30	0	20	47	1.56
23511664--23511894	119	2.0	116	85	10	317	31	0	20	47	1.56
23511959--23512079	9	13.3	9	70	8	75	37	0	14	47	1.45
23511963--23512036	27	2.7	27	87	10	98	37	0	16	45	1.47
23514569--23514816	115	2.2	115	77	3	250	35	21	14	27	1.93
23515195--23515240	16	2.9	17	84	15	64	36	39	0	23	1.55
23515195--23515422	7	31.9	7	73	7	109	43	33	1	21	1.61
23515277--23515325	15	3.4	15	83	8	66	46	34	0	18	1.49
23515696--23515956	115	2.3	116	83	4	332	26	21	20	31	1.98
23515858--23516103	74	3.3	73	87	2	332	28	20	18	32	1.96
23516076--23516165	40	2.2	40	86	3	119	20	22	24	33	1.97
23517777--23517888	54	2.1	54	89	0	170	17	12	32	37	1.88
23530717--23530757	13	2.9	14	77	22	50	41	0	0	58	0.98
23530717--23530753	15	2.3	17	86	13	60	37	0	0	62	0.96
23530905--23530929	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
23531386--23531469	26	3.4	25	78	17	93	48	1	3	46	1.27
23533069--23533209	63	2.3	63	86	1	185	26	29	21	21	1.99
23540239--23540274	12	3.0	12	95	0	63	38	0	8	52	1.32
23542097--23542125	15	1.9	15	100	0	58	34	6	27	31	1.83
23545191--23545341	45	3.4	44	82	5	180	42	11	19	26	1.86
23553016--23553202	50	3.6	51	78	5	162	26	19	28	24	1.99
23553122--23553244	49	2.5	49	84	6	160	29	21	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23556913--23556946	10	3.2	10	88	12	50	64	2	0	32	1.08
23557715--23557812	28	3.3	28	70	18	81	27	21	25	25	1.99
23558154--23558294	26	5.4	26	86	4	167	28	17	19	34	1.94
23565748--23565946	26	7.7	26	86	2	238	28	16	18	36	1.93
23576657--23576708	26	2.0	26	96	0	95	46	21	11	21	1.82
23586409--23586464	26	2.2	26	83	3	69	28	16	10	44	1.80
23586422--23586480	26	2.3	26	84	0	73	33	15	11	38	1.84
23591559--23591626	35	2.0	34	82	5	84	57	5	2	33	1.38
23591663--23591716	26	2.0	28	85	7	76	42	0	3	53	1.18
23592084--23592117	10	3.5	10	92	4	52	32	0	0	67	0.91
23592131--23592163	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
23593947--23593988	14	2.9	14	85	3	57	57	7	0	35	1.26
23594524--23594590	18	3.6	19	75	13	59	44	0	2	52	1.16
23594543--23594604	17	3.3	19	84	8	74	38	1	3	56	1.25
23595374--23595415	20	2.0	21	86	4	59	33	0	4	61	1.17
23599496--23599544	20	2.4	21	79	3	55	53	6	4	36	1.45
23602658--23602833	88	2.0	88	92	0	289	30	18	23	28	1.97
23605866--23605898	12	2.8	12	90	9	50	69	0	30	0	0.88
23607588--23607626	19	2.0	20	85	5	53	64	7	0	28	1.21
23613922--23614049	29	4.4	29	88	0	184	25	25	12	36	1.91
23616000--23616162	43	3.9	41	77	7	148	29	25	17	27	1.97
23619366--23619396	16	1.9	16	100	0	62	58	12	6	22	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23619482--23619525	20	2.2	20	88	4	63	63	9	22	4	1.42
23619869--23619912	19	2.3	19	96	0	79	56	9	20	13	1.64
23621464--23621545	43	1.9	43	94	0	146	23	25	2	48	1.63
23631686--23632220	104	5.2	103	80	4	556	28	18	21	31	1.97
23631685--23632228	207	2.6	207	85	2	709	29	18	21	31	1.97
23641603--23641654	24	2.2	24	92	0	86	51	7	3	36	1.49
23646061--23646094	10	3.3	10	87	4	50	44	8	8	38	1.67
23646625--23646664	17	2.4	17	86	0	53	47	17	5	30	1.69
23649716--23649862	20	7.3	20	72	3	125	35	18	32	13	1.90
23655316--23656034	362	2.0	356	96	2	1334	34	18	5	41	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211