genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  104  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28868060--28868089	3	10.0	3	92	0	51	36	0	0	63	0.95
28876990--28877040	20	2.5	22	75	18	56	52	1	0	45	1.12
28883111--28883353	45	5.4	45	84	2	281	17	22	17	42	1.89
28891000--28891198	40	4.7	41	69	14	127	25	20	23	31	1.98
28890949--28891287	129	2.6	128	88	2	511	24	19	23	32	1.98
28891169--28891376	89	2.3	89	94	0	353	23	19	24	33	1.97
28891040--28891505	218	2.1	218	95	0	824	23	19	23	33	1.97
28891258--28892108	129	6.6	129	93	0	1405	23	20	22	32	1.98
28891347--28892061	40	16.7	41	66	16	265	23	20	22	32	1.98
28891129--28892108	258	3.8	251	86	6	1001	23	20	23	32	1.98
28891129--28892108	387	2.5	383	86	5	1163	23	20	23	32	1.98
28890941--28891634	347	2.0	345	92	1	1138	23	19	23	33	1.97
28892142--28892950	50	16.3	50	71	4	508	26	22	21	30	1.98
28892142--28892968	100	8.3	100	82	3	936	26	22	20	30	1.98
28892192--28892968	199	3.9	198	84	4	949	26	21	20	31	1.98
28902889--28902938	26	1.9	26	88	8	75	44	0	2	54	1.11
28902694--28903030	105	3.3	101	90	4	516	42	1	3	51	1.30
28902958--28903010	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
28903169--28903261	46	2.1	44	89	4	141	35	27	6	30	1.82
28913219--28913324	41	2.6	41	95	0	185	21	21	25	31	1.98
28932727--28932779	23	2.4	22	76	20	56	69	1	18	9	1.25
28951712--28951750	19	2.1	19	100	0	78	41	5	5	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952012--28952139	42	3.0	43	84	6	172	13	21	16	48	1.80
28952036--28952136	21	4.8	21	70	4	87	13	20	15	49	1.79
28953675--28953724	25	2.1	23	81	7	55	56	6	12	26	1.58
28959000--28959150	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
28959070--28959292	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
28959621--28959684	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
28959628--28959684	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
28964854--28965041	103	1.8	104	89	3	299	31	31	17	18	1.94
28965373--28965428	29	1.9	30	85	7	80	30	23	7	39	1.81
28972083--28972233	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
28972153--28972373	103	2.2	102	90	4	347	31	31	18	18	1.95
28972247--28972298	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
28972702--28972765	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
28972709--28972765	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
28978391--28978434	22	2.0	22	82	4	54	45	25	22	6	1.77
28982866--28982898	17	1.9	17	88	11	50	45	9	9	36	1.68
28991355--28991480	43	2.9	42	80	12	139	31	30	18	19	1.96
28993629--28993673	21	2.1	21	95	0	81	33	15	6	44	1.73
28995396--28995491	31	3.1	31	93	3	165	45	12	9	32	1.74
28998636--28998736	9	11.7	9	75	16	81	0	11	12	74	1.13
28998624--28998683	31	1.9	31	90	6	95	1	11	10	76	1.09
28998626--28998736	10	11.4	10	73	12	81	0	11	12	74	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28999284--28999379	31	3.1	31	93	3	165	45	12	9	32	1.74
29001309--29001338	15	2.0	15	93	0	51	26	13	16	43	1.85
29001439--29001671	90	2.6	90	80	4	231	34	15	21	27	1.94
29003919--29003972	21	2.6	21	87	0	72	25	35	22	16	1.95
29018688--29018720	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
29018768--29018803	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
29018767--29018843	31	2.5	30	76	19	86	49	0	2	48	1.15
29018913--29018946	17	1.9	18	88	5	52	50	0	2	47	1.16
29025591--29025640	23	2.2	23	82	7	57	22	2	10	66	1.32
29029797--29029936	40	3.5	40	76	6	142	27	15	25	32	1.96
29056662--29056708	23	2.0	23	84	8	60	51	0	6	42	1.27
29060208--29060242	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
29063965--29064461	44	11.4	43	68	15	238	27	23	20	27	1.99
29063960--29064461	217	2.3	217	93	0	853	27	24	20	27	1.99
29077949--29077974	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
29086701--29086739	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
29087310--29087352	21	2.0	22	81	4	52	39	0	2	58	1.11
29090716--29090925	94	2.2	94	83	1	251	30	18	13	37	1.89
29090945--29091048	27	3.5	27	69	20	82	33	21	10	34	1.88
29090946--29091088	63	2.3	63	85	4	164	34	20	11	33	1.89
29098656--29098689	16	2.1	16	94	0	59	44	2	17	35	1.64
29102802--29102969	85	2.0	85	91	2	277	34	12	30	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29113922--29114034	62	1.9	57	82	12	138	36	11	0	51	1.44
29114168--29114212	21	2.2	20	88	4	63	44	4	2	48	1.35
29117689--29117713	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
29118822--29118922	41	2.5	41	88	3	141	28	19	23	27	1.99
29125157--29125200	15	3.1	15	87	12	58	68	0	20	11	1.20
29126460--29126771	88	3.5	88	92	0	482	28	21	25	24	1.99
29126800--29127274	50	9.5	50	70	3	355	29	22	26	21	1.99
29126784--29127323	100	5.4	100	92	1	902	31	22	25	20	1.98
29129083--29129214	64	2.1	64	80	13	148	36	12	1	49	1.51
29129304--29129340	9	4.0	9	86	6	56	40	0	2	56	1.13
29129325--29129380	21	2.6	22	75	13	62	46	3	1	48	1.30
29131681--29131720	19	2.0	21	85	9	57	57	0	0	42	0.98
29133499--29133770	125	2.2	124	88	7	408	29	16	21	31	1.96
29136899--29137597	28	23.9	28	81	11	796	30	0	22	46	1.56
29136896--29137602	62	12.1	57	82	10	829	31	0	22	45	1.57
29136899--29137602	57	11.9	61	78	15	698	31	0	22	45	1.57
29139743--29139776	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
29139874--29139930	28	2.0	28	86	6	80	56	1	1	40	1.20
29139964--29140012	22	2.2	21	80	16	55	30	0	32	36	1.58
29140019--29140065	22	2.1	22	88	0	67	40	0	27	31	1.57
29139967--29140065	52	1.9	52	82	0	126	36	0	29	34	1.58
29144810--29144877	25	2.7	25	86	4	93	27	22	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29147057--29147086	7	4.3	7	91	0	51	33	0	23	43	1.54
29147060--29147089	14	2.1	14	100	0	60	33	0	23	43	1.54
29151416--29151536	58	2.1	58	98	0	233	42	11	12	33	1.78
29152116--29152168	16	3.5	16	73	16	51	64	0	1	33	1.05
29152145--29152179	14	2.4	15	90	4	54	68	5	0	25	1.11
29154690--29154762	29	2.6	29	84	6	87	47	0	2	49	1.15
29155314--29155347	12	2.8	12	81	0	50	67	11	0	20	1.21
29156712--29156802	27	3.4	27	95	3	157	40	9	0	49	1.36
29157120--29157186	19	3.6	19	77	4	82	35	11	1	50	1.48
29157270--29157434	82	2.0	82	100	0	330	45	9	6	38	1.62
29157503--29157561	19	3.2	19	82	4	84	49	0	13	37	1.43
29158242--29158305	27	2.4	27	97	0	119	46	0	10	42	1.39
29159742--29159865	54	2.3	54	84	0	158	25	25	29	19	1.99
29163491--29163530	16	2.5	16	91	0	62	35	35	7	22	1.82
29164665--29164745	9	8.6	9	80	10	90	23	6	28	41	1.78
29164665--29164746	20	4.3	18	80	10	101	23	6	28	42	1.77
29164671--29164746	29	2.6	29	97	0	143	22	6	30	40	1.79
29164774--29164800	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
29169225--29169431	21	9.9	21	71	6	132	42	17	22	16	1.88
29169225--29169452	84	2.7	84	83	4	255	42	17	23	16	1.89
29169225--29169434	42	5.0	42	83	4	219	42	18	22	16	1.89
29171558--29171614	24	2.4	25	79	8	64	50	3	1	43	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29176607--29176697	41	2.2	41	88	0	128	21	16	32	28	1.95
29176670--29176724	27	2.0	27	92	0	92	27	20	30	21	1.98
29177407--29177455	14	3.4	14	82	2	62	24	0	38	36	1.56
29177471--29177500	15	2.0	15	93	0	51	20	0	43	36	1.52
29177262--29177917	289	2.3	289	87	5	903	31	2	23	42	1.67
29177696--29177744	14	3.4	14	83	5	62	26	0	34	38	1.57
29177691--29177774	21	4.0	22	71	10	68	26	1	35	36	1.64
29182021--29182111	43	2.1	43	83	2	112	32	10	12	43	1.77
29182476--29182766	43	6.8	43	85	2	291	25	17	28	27	1.98
29190962--29190999	20	1.9	20	94	0	67	55	0	10	34	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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