genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   

This is table  9  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2847248--2847298	15	3.4	15	68	10	50	49	7	19	23	1.74
2847249--2847323	30	2.5	30	93	0	123	45	6	21	26	1.76
2851916--2851966	15	3.4	15	68	10	50	49	7	19	23	1.74
2851912--2851991	30	2.7	30	94	0	133	48	6	20	25	1.72
2855264--2855419	63	2.5	63	98	0	303	22	19	14	42	1.88
2862613--2862676	31	2.2	30	86	8	87	28	3	0	68	1.04
2862627--2862681	19	2.9	18	78	7	65	21	3	0	74	0.97
2863876--2863924	19	2.4	21	86	10	75	28	14	12	44	1.81
2863838--2864059	35	6.2	34	74	14	173	41	12	13	32	1.82
2863852--2864067	18	11.9	19	72	15	113	40	13	13	32	1.84
2863803--2864046	17	13.7	18	75	9	189	43	12	13	30	1.81
2864038--2864078	16	2.4	16	84	8	55	31	12	7	48	1.68
2864183--2864230	20	2.5	20	86	10	64	31	8	10	50	1.66
2864183--2864229	18	2.5	20	83	13	55	31	8	10	48	1.68
2864413--2864483	5	13.6	5	82	8	79	59	1	2	36	1.21
2864418--2864480	16	3.9	16	81	8	74	55	1	3	39	1.25
2864416--2864484	21	3.2	21	85	2	93	57	1	2	37	1.22
2864461--2864508	15	3.2	15	85	11	55	70	2	0	27	0.98
2864889--2865007	46	3.0	37	77	21	134	26	21	15	36	1.93
2864924--2865192	46	5.6	46	88	6	340	28	21	14	35	1.92
2864967--2865186	52	4.3	52	85	8	299	28	21	13	36	1.92
2864924--2865192	98	2.7	97	81	13	325	28	21	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865540--2865574	16	2.2	16	100	0	70	40	17	5	37	1.73
2866115--2866266	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
2866226--2866647	52	8.3	52	88	6	634	28	22	13	34	1.92
2866183--2866647	150	3.1	150	95	0	804	28	22	13	34	1.93
2866183--2866653	98	4.7	98	88	6	648	29	22	13	34	1.93
2867569--2867597	14	2.1	14	100	0	58	6	20	44	27	1.77
2867760--2867789	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
2868290--2868424	30	4.6	29	79	3	135	40	4	18	36	1.71
2868603--2869506	74	11.5	75	72	13	599	33	20	17	28	1.95
2868603--2869506	240	3.8	240	90	4	1316	33	20	17	28	1.95
2868603--2869506	149	5.7	148	79	12	812	33	20	17	28	1.95
2870379--2870427	14	3.6	13	82	15	55	0	8	4	87	0.65
2870373--2870419	9	4.9	9	85	12	58	2	10	2	85	0.78
2874356--2874396	4	10.2	4	89	0	64	46	2	26	24	1.65
2876340--2876657	106	3.0	106	86	0	438	32	18	19	29	1.96
2876346--2876667	107	3.0	107	86	0	448	33	18	18	29	1.95
2876965--2877015	19	2.7	18	84	6	57	60	0	3	35	1.15
2879080--2879132	14	3.6	14	82	5	52	67	1	11	18	1.30
2879851--2879877	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2880030--2880075	24	2.0	24	87	12	69	45	0	26	28	1.54
2880213--2880280	34	2.0	34	100	0	136	23	11	26	38	1.89
2881714--2882005	18	16.2	18	72	15	194	44	11	13	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2881719--2881969	53	4.6	53	69	15	167	45	12	13	29	1.80
2881909--2882006	17	5.6	18	82	11	114	42	10	12	34	1.76
2881985--2882022	18	2.2	18	90	4	60	36	13	2	47	1.56
2882130--2882195	20	3.3	20	77	8	71	34	9	13	42	1.76
2882133--2882175	18	2.3	19	84	11	54	32	9	13	44	1.76
2882174--2882211	16	2.3	17	81	4	51	34	10	18	36	1.85
2882132--2882236	38	2.7	38	82	2	129	34	8	15	41	1.77
2882360--2882405	21	2.2	21	88	0	65	63	0	2	34	1.07
2882364--2882404	16	2.6	16	88	3	57	58	0	2	39	1.11
2882361--2882404	5	8.6	5	82	5	52	61	0	2	36	1.09
2882544--2882609	8	7.9	8	74	15	62	0	19	0	80	0.72
2882544--2882611	25	2.8	24	84	8	75	0	19	0	80	0.70
2882547--2882609	21	3.0	21	84	13	76	0	20	0	79	0.73
2882544--2882609	19	3.4	19	80	14	64	0	19	0	80	0.72
2882871--2882916	15	3.1	14	87	9	65	0	26	0	73	0.83
2882871--2882915	8	5.9	8	82	10	58	0	26	0	73	0.84
2882897--2882954	10	6.0	10	73	15	50	0	43	0	56	0.99
2883393--2883561	59	2.8	59	80	1	167	40	5	21	32	1.76
2883436--2883561	29	4.3	30	82	3	139	41	2	19	36	1.65
2883826--2883911	43	2.0	43	81	4	102	37	9	15	38	1.79
2885009--2885034	7	3.7	7	100	0	52	46	42	0	11	1.40
2897201--2897234	16	2.1	16	89	10	52	35	2	2	58	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2903699--2903752	26	2.0	29	85	10	78	62	1	3	31	1.23
2905919--2905957	21	1.9	20	84	5	51	41	10	23	25	1.86
2906166--2906277	19	5.7	19	73	11	77	36	0	3	58	1.21
2930699--2930741	22	2.0	22	85	0	59	13	11	6	67	1.41
2931398--2931452	26	2.1	27	86	6	78	40	0	5	54	1.23
2933099--2933131	9	3.6	9	95	4	57	54	0	0	45	0.99
2933193--2933225	9	3.9	9	84	15	52	51	0	0	48	1.00
2933233--2933270	19	2.0	19	85	10	51	44	0	0	55	0.99
2933744--2933782	19	1.9	19	85	10	51	61	7	0	30	1.24
2935792--2935845	28	1.9	28	85	7	74	40	0	1	57	1.09
2935828--2935877	19	2.5	20	84	12	68	36	2	6	56	1.36
2935837--2935879	19	2.3	19	88	4	70	37	2	4	55	1.33
2936507--2936531	5	5.0	5	100	0	50	0	80	0	20	0.72
2936631--2936690	30	2.0	31	83	9	79	20	38	0	41	1.52
2939566--2939633	27	2.6	27	80	17	65	69	5	4	20	1.28
2940682--2940736	20	2.8	19	77	20	60	0	18	14	67	1.24
2941180--2941265	46	1.9	44	83	9	111	31	23	16	29	1.96
2941290--2941402	44	2.6	44	80	2	129	30	21	19	28	1.97
2941423--2941540	44	2.7	44	81	1	119	28	24	21	25	1.99
2941338--2941954	143	4.3	142	87	2	842	27	22	20	29	1.98
2941311--2941951	285	2.2	286	85	3	880	27	22	20	29	1.98
2941906--2942059	44	3.5	44	64	11	98	29	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2941715--2942188	232	2.0	232	83	2	603	27	21	21	29	1.99
2941869--2942040	89	1.9	89	87	4	249	24	22	25	27	2.00
2941573--2942331	375	2.0	375	87	1	1099	27	22	21	29	1.99
2942139--2942345	44	4.5	44	67	17	132	27	23	22	27	1.99
2941947--2942357	143	2.9	143	90	0	624	27	22	20	28	1.99
2943229--2943261	9	3.7	9	84	15	50	0	12	0	87	0.53
2953180--2953221	16	2.6	17	85	10	54	47	4	4	42	1.45
2955489--2955525	14	2.6	15	87	8	51	10	0	35	54	1.36
2955576--2955701	34	3.7	32	79	11	119	38	1	14	45	1.54
2959870--2959925	19	2.8	19	89	5	85	41	10	12	35	1.78
2962402--2962682	140	2.0	140	100	0	562	38	11	18	31	1.86
2966467--2966499	16	2.0	17	94	5	59	36	15	6	42	1.71
2967280--2967428	46	3.9	37	84	12	178	26	21	15	36	1.93
2967394--2967806	52	8.2	50	86	10	549	29	22	13	34	1.92
2967351--2967814	150	3.1	150	95	0	795	28	22	13	34	1.93
2967351--2967820	98	4.7	98	88	7	639	29	22	13	34	1.93
2968622--2968684	17	3.8	16	76	18	58	1	19	0	79	0.82
2968734--2968762	14	2.1	14	100	0	58	6	20	44	27	1.77
2968917--2968946	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
2969453--2969577	29	4.2	28	78	8	124	39	3	19	38	1.68
2969453--2969576	30	4.2	28	78	8	95	39	3	19	37	1.68
2969444--2969577	59	2.3	59	77	5	137	40	4	18	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969778--2969956	92	1.9	93	89	4	283	32	17	17	31	1.94
2969873--2970676	166	5.1	155	80	13	829	33	20	17	28	1.95
2969870--2970666	74	10.1	75	71	13	489	33	20	17	28	1.95
2969754--2970666	240	3.8	240	90	3	1372	33	20	17	29	1.95
2970380--2970669	150	1.9	154	90	3	471	32	22	16	28	1.96
2971534--2971593	1	60.0	1	76	0	57	0	6	5	88	0.63
2971528--2971577	10	5.0	10	85	9	66	2	10	2	86	0.75
2971534--2971593	17	3.3	18	88	6	77	0	6	5	88	0.63
2971528--2971593	9	7.0	9	85	14	64	1	7	4	86	0.76
2971534--2971593	19	3.1	19	87	2	75	0	6	5	88	0.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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