genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27127835--27128281	126	3.5	131	88	6	659	28	16	24	30	1.97
27128033--27128460	177	2.4	177	83	2	520	30	15	23	30	1.95
27127835--27128459	133	4.8	133	83	5	683	29	15	23	30	1.96
27128231--27128513	89	3.2	87	85	6	302	30	14	22	32	1.94
27128594--27128748	44	3.5	44	73	7	127	28	20	22	28	1.99
27130264--27130340	40	1.9	41	83	2	102	33	6	1	58	1.32
27133988--27134258	43	6.4	43	80	5	264	33	29	16	20	1.94
27133996--27134226	126	1.8	126	87	3	349	33	29	15	21	1.94
27134157--27134310	43	3.6	43	82	6	154	31	29	14	24	1.95
27140688--27140970	41	6.9	41	90	0	395	30	26	20	22	1.98
27141030--27141144	40	3.0	39	82	9	155	23	19	20	37	1.94
27141016--27141146	40	3.3	40	82	5	151	21	19	22	37	1.94
27143699--27143757	30	2.0	30	83	12	77	33	20	3	42	1.69
27155866--27155925	25	2.4	25	78	15	70	30	23	23	23	1.99
27163272--27163299	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
27166707--27167498	95	8.4	95	84	4	911	30	19	12	37	1.88
27166707--27167498	285	2.8	285	85	3	1015	30	19	12	37	1.88
27169367--27169397	6	5.2	6	92	0	53	64	0	19	16	1.29
27169544--27169615	26	2.8	26	85	2	92	44	8	16	30	1.77
27170770--27170803	8	4.2	8	84	0	50	38	0	11	50	1.39
27171074--27171214	75	1.9	75	80	5	169	34	5	16	43	1.71
27171296--27171375	41	2.0	41	89	0	124	26	17	22	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27171559--27171663	31	3.4	31	67	17	90	32	11	14	41	1.81
27171519--27171738	63	3.2	67	80	9	250	31	10	16	40	1.83
27174247--27174298	27	1.9	27	88	0	77	23	23	13	40	1.89
27177621--27177707	45	1.9	45	95	0	156	33	16	8	42	1.77
27184105--27184133	13	2.1	14	93	6	51	48	6	0	44	1.29
27186200--27186244	21	2.1	21	83	4	54	35	6	4	53	1.47
27186633--27186684	18	3.0	17	75	11	52	59	3	5	30	1.39
27190807--27190882	37	2.1	37	100	0	152	21	21	15	42	1.89
27196193--27196235	21	2.0	21	100	0	86	39	4	18	37	1.72
27199452--27199505	25	2.2	25	93	0	90	27	20	24	27	1.99
27199452--27199515	25	2.6	25	87	5	76	26	23	21	28	1.99
27201105--27201159	23	2.3	24	84	9	69	70	1	1	25	1.06
27203088--27203156	29	2.4	28	79	9	77	59	7	10	23	1.54
27204510--27204586	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
27204514--27204580	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
27205227--27205251	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27214360--27214415	22	2.5	23	82	5	71	30	3	1	64	1.21
27215088--27215130	19	2.4	18	85	11	61	69	0	2	27	1.00
27215088--27215130	17	2.4	18	82	17	54	69	0	2	27	1.00
27221577--27221611	6	5.5	6	90	10	52	77	2	2	17	1.02
27221577--27221617	12	3.1	13	86	13	57	75	2	7	14	1.12
27226857--27226929	12	6.0	12	78	7	58	76	8	5	9	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27226870--27226947	36	2.1	36	83	9	95	78	5	7	8	1.09
27226941--27226965	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
27227318--27227368	7	7.0	7	79	20	52	70	0	15	13	1.17
27227323--27227349	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
27227326--27227368	22	1.9	22	90	4	68	72	0	13	13	1.13
27227316--27227359	16	2.9	16	77	22	58	75	0	13	11	1.06
27228568--27228671	44	2.4	44	77	6	104	30	20	20	28	1.97
27228773--27229127	50	7.1	50	69	8	256	32	24	20	22	1.98
27228744--27229251	100	5.1	100	87	0	615	31	24	20	23	1.98
27228773--27229236	50	9.3	50	69	3	200	33	24	19	22	1.97
27232854--27232895	21	2.0	21	81	9	50	9	28	0	61	1.27
27233095--27233121	14	1.9	14	100	0	54	48	7	14	29	1.71
27236910--27236964	29	1.9	28	85	10	76	60	1	0	38	1.08
27239783--27239813	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
27254668--27254724	21	2.7	21	80	0	60	14	21	19	45	1.85
27257166--27257219	25	2.2	25	96	0	99	35	18	22	24	1.96
27259503--27259872	125	3.0	124	94	0	623	28	15	23	32	1.95
27262666--27262773	25	4.3	25	96	0	189	41	14	0	43	1.46
27262741--27262834	44	2.1	44	84	0	116	55	11	0	32	1.36
27264991--27265033	11	3.9	11	81	0	59	65	0	0	34	0.93
27264991--27265033	22	2.0	22	90	0	68	65	0	0	34	0.93
27267768--27267802	11	3.2	11	87	0	52	51	8	8	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27274796--27274954	35	4.5	35	83	5	178	14	11	32	42	1.81
27280972--27281128	43	3.7	43	68	10	115	23	17	28	30	1.97
27288650--27288807	43	3.7	43	69	10	135	23	18	27	30	1.98
27290737--27290783	24	2.0	24	83	8	60	36	25	4	34	1.76
27291730--27291759	16	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
27301252--27301284	15	2.1	17	88	11	52	57	3	0	39	1.14
27311416--27311444	4	7.2	4	100	0	58	72	0	0	27	0.85
27317087--27317124	17	2.2	17	86	9	51	65	0	2	31	1.06
27317265--27317301	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
27318795--27319300	44	11.6	44	69	14	223	27	24	18	30	1.98
27318861--27319175	173	1.8	173	80	8	381	26	24	19	29	1.98
27318781--27319322	217	2.5	217	92	1	890	27	23	18	30	1.98
27320821--27320871	15	3.6	14	79	7	59	13	11	0	74	1.07
27320821--27320871	7	7.3	7	82	12	61	13	11	0	74	1.07
27320821--27320870	13	3.6	13	82	12	55	14	12	0	74	1.09
27320821--27320871	21	2.4	22	90	6	79	13	11	0	74	1.07
27321792--27321833	12	3.4	12	93	6	75	14	0	9	76	1.02
27321798--27321833	7	5.6	7	81	18	51	13	0	11	75	1.06
27321790--27321834	13	3.5	13	87	6	74	15	0	8	75	1.03
27326654--27326692	17	2.3	16	83	12	51	61	0	7	30	1.24
27326830--27326866	18	2.1	18	90	10	58	62	5	0	32	1.18
27328430--27328553	27	4.7	27	78	4	135	35	18	16	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27329488--27329536	25	2.0	25	87	0	71	55	16	22	6	1.63
27329502--27329551	25	2.0	25	84	0	64	58	18	18	6	1.59
27329521--27329576	20	2.8	20	86	0	67	58	12	16	12	1.62
27330424--27330520	42	2.3	42	79	13	110	16	39	21	22	1.92
27338907--27338956	16	3.1	16	94	2	82	28	0	36	36	1.58
27339172--27339213	15	2.7	16	82	14	52	47	2	0	50	1.14
27339312--27339346	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27342835--27342879	7	6.1	7	87	5	63	40	0	42	17	1.50
27343549--27343615	33	2.1	33	94	2	118	19	20	13	46	1.83
27349491--27349534	21	2.2	21	84	11	58	43	0	2	54	1.12
27374486--27374517	16	2.0	16	100	0	64	43	18	0	37	1.51
27374449--27374611	52	3.1	52	66	17	145	47	15	9	27	1.75
27376618--27376815	50	3.8	50	79	4	207	22	28	21	27	1.99
27376618--27376803	100	1.8	103	83	6	252	23	28	20	27	1.99
27377657--27377842	87	2.1	87	86	4	252	25	33	19	20	1.96
27377657--27377842	43	4.3	44	89	4	254	25	33	19	20	1.96
27381376--27381516	70	2.0	70	97	0	264	45	21	2	30	1.66
27382351--27382405	2	27.5	2	100	0	110	49	0	50	0	1.00
27395430--27395490	29	2.1	29	81	9	70	47	11	9	31	1.72
27402194--27402220	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27407410--27407523	28	4.1	28	82	8	126	29	19	23	27	1.98
27407407--27407515	56	1.9	56	85	7	150	28	19	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27407625--27407679	26	2.1	26	89	0	83	38	23	18	20	1.93
27407911--27408105	27	7.3	27	85	4	229	21	19	20	38	1.93
27414807--27414868	27	2.3	28	81	10	76	30	19	9	40	1.84
27424206--27424230	9	2.8	9	100	0	50	20	20	24	36	1.95
27428398--27428489	27	3.4	26	81	12	105	38	9	21	30	1.86
27435002--27435108	27	4.0	26	68	15	74	28	17	27	26	1.98
27434986--27435163	81	2.2	80	84	6	225	30	16	26	26	1.97
27436400--27436441	18	2.3	18	100	0	84	38	19	7	35	1.79
27437330--27437367	19	2.0	20	85	15	53	36	0	5	57	1.21
27441764--27441819	26	2.2	25	81	6	67	67	1	1	28	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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