genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16143200--16143259	22	2.7	22	76	0	57	33	13	20	33	1.91
16145137--16145199	30	2.2	30	86	11	87	15	28	4	50	1.64
16148087--16148291	63	3.2	65	73	18	189	38	5	16	39	1.72
16148511--16148600	41	2.2	41	88	4	128	30	16	17	35	1.93
16151680--16151732	22	2.5	21	78	3	52	13	7	3	75	1.15
16152292--16152334	22	2.0	22	85	0	59	39	18	0	41	1.51
16157187--16157228	5	8.6	5	89	5	68	19	0	2	78	0.86
16159846--16159918	17	4.2	18	68	6	62	68	0	0	31	0.90
16161010--16161084	38	1.9	40	83	5	100	36	1	6	56	1.34
16161013--16161105	20	4.8	19	68	13	64	35	1	7	55	1.35
16162091--16162158	19	3.6	19	75	18	70	57	2	0	39	1.14
16167706--16167764	24	2.5	22	80	17	66	27	5	0	67	1.11
16168598--16168655	18	3.0	20	69	19	59	56	1	3	37	1.26
16168727--16168793	34	1.9	35	84	3	91	50	8	4	35	1.54
16168727--16168793	35	1.9	35	84	6	91	50	8	4	35	1.54
16168966--16169000	2	18.0	2	91	5	54	54	0	0	45	0.99
16170438--16170462	10	2.5	10	100	0	50	12	40	20	28	1.87
16174466--16174499	9	3.8	9	88	0	50	47	0	0	52	1.00
16175893--16175934	3	14.0	3	80	9	50	61	2	4	30	1.29
16177575--16177838	44	6.0	44	94	0	447	21	29	21	27	1.99
16177578--16177838	133	2.0	132	95	0	468	21	29	21	27	1.99
16177575--16177834	89	2.9	88	94	1	439	21	29	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16179154--16179218	21	3.2	21	79	12	73	18	3	3	75	1.07
16179153--16179219	22	3.2	22	69	22	56	17	2	2	76	1.05
16179144--16179210	25	2.7	25	75	20	70	20	1	4	73	1.09
16180238--16180297	25	2.4	25	82	2	75	56	6	16	20	1.62
16188971--16189009	17	2.5	15	84	15	60	61	0	0	38	0.96
16188976--16189009	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
16189067--16189130	28	2.4	28	86	5	87	56	0	0	43	0.99
16188969--16189217	110	2.2	113	88	9	357	51	3	1	43	1.25
16190587--16190690	49	2.1	49	87	0	145	50	9	8	30	1.65
16192570--16192622	2	26.5	2	100	0	106	50	49	0	0	1.00
16194786--16194918	62	2.1	63	80	6	146	37	12	9	40	1.75
16198822--16198875	26	2.1	26	82	0	63	40	0	1	57	1.09
16202517--16202557	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
16222378--16222439	31	2.0	31	100	0	124	32	19	6	41	1.77
16226831--16226885	28	2.0	28	89	7	85	56	1	9	32	1.41
16226896--16226957	21	3.0	21	76	7	63	69	0	16	14	1.19
16227732--16227782	11	4.5	11	80	11	59	23	29	0	47	1.52
16227732--16227782	22	2.3	23	86	10	70	23	29	0	47	1.52
16227849--16227888	14	2.8	15	88	11	66	35	0	0	65	0.93
16229651--16229708	18	3.2	18	95	0	98	25	25	8	39	1.84
16230160--16230288	64	2.0	64	98	0	249	33	5	12	48	1.63
16233300--16233646	124	2.8	125	91	0	554	33	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16247161--16247185	12	2.1	12	100	0	50	8	0	8	84	0.79
16249981--16250020	21	2.0	20	90	9	64	55	0	5	40	1.22
16257842--16257898	26	2.1	27	81	9	64	47	17	19	15	1.83
16261032--16261085	28	2.0	27	85	10	74	16	22	27	33	1.95
16272944--16272989	19	2.3	20	89	10	69	63	0	2	34	1.07
16275952--16275984	12	2.8	12	90	9	50	75	0	15	9	1.03
16275959--16276047	13	6.9	13	72	18	53	71	3	19	5	1.20
16279567--16279615	19	3.1	16	80	19	50	67	0	8	24	1.18
16279584--16279621	19	2.0	19	85	10	51	73	2	7	15	1.17
16279591--16279616	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
16279608--16279686	27	2.9	27	70	18	67	69	6	18	5	1.29
16279662--16279696	17	1.9	18	88	11	54	71	0	28	0	0.86
16280554--16280692	40	3.5	40	75	14	135	26	16	24	32	1.96
16284677--16284707	14	2.3	13	94	5	53	77	0	22	0	0.77
16284802--16284835	16	2.1	16	94	0	59	11	8	29	50	1.69
16293507--16293546	6	6.7	6	100	0	80	0	17	35	47	1.48
16294050--16294114	29	2.2	29	86	2	85	30	10	10	47	1.73
16294493--16294532	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
16298312--16298370	22	2.7	22	73	7	66	44	16	22	16	1.87
16300457--16300487	12	2.7	11	90	9	53	64	0	0	35	0.94
16300524--16300565	22	1.9	22	90	0	66	50	2	7	40	1.43
16303030--16303065	18	2.1	18	89	5	56	44	8	0	47	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16303005--16303082	38	2.1	37	81	13	88	46	3	1	48	1.28
16313905--16313956	11	4.6	11	85	2	68	23	30	1	44	1.64
16313905--16313957	22	2.3	23	84	15	83	24	30	1	43	1.65
16316164--16316206	21	2.0	21	86	8	61	51	18	4	25	1.66
16318321--16318368	22	2.2	22	100	0	96	18	31	25	25	1.98
16321363--16321430	33	2.0	35	91	5	113	48	29	5	16	1.69
16323473--16323511	15	2.4	16	83	16	53	61	0	0	38	0.96
16323479--16323510	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
16335212--16335259	23	2.1	22	84	3	60	47	4	18	29	1.67
16335389--16335459	37	1.9	37	85	5	99	49	2	1	46	1.25
16336174--16336229	22	2.5	22	85	2	76	26	28	0	44	1.54
16336164--16336211	10	4.5	10	77	12	51	20	31	0	47	1.50
16336196--16336314	51	2.3	50	87	7	168	29	23	0	47	1.52
16337456--16337487	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
16338139--16338173	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
16338569--16338686	25	4.9	25	72	15	113	42	1	12	43	1.53
16338694--16338834	13	10.4	13	68	14	70	48	25	0	26	1.52
16338692--16338934	55	4.4	55	83	12	291	47	27	0	25	1.55
16338819--16338963	41	3.4	41	79	13	148	46	28	0	24	1.58
16338833--16339030	54	4.2	47	82	13	237	45	29	0	24	1.57
16338892--16338978	41	2.3	37	84	13	106	47	28	0	24	1.52
16338969--16338995	6	4.5	6	100	0	54	37	48	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16339042--16339243	23	7.5	25	70	20	92	47	24	0	28	1.56
16338806--16339105	142	2.1	135	82	9	341	46	27	0	25	1.56
16339042--16339211	33	5.8	32	68	25	119	45	25	0	27	1.58
16339070--16339153	23	3.5	23	82	7	96	47	25	0	27	1.52
16339048--16339224	81	2.2	81	85	6	216	46	24	0	28	1.57
16339245--16339469	116	1.9	116	88	1	335	39	10	9	41	1.71
16342496--16342858	126	2.9	125	87	1	530	32	22	15	30	1.94
16342496--16342870	125	3.0	123	87	3	500	32	22	15	30	1.94
16352267--16352317	25	2.0	25	82	14	61	29	0	3	66	1.09
16355484--16355542	21	2.8	21	76	2	64	1	18	8	71	1.20
16355946--16356059	59	1.9	60	83	7	151	21	18	14	45	1.84
16356540--16356625	28	2.9	29	75	5	84	41	10	17	30	1.83
16357995--16358055	26	2.3	26	91	0	95	60	3	4	31	1.34
16358163--16358205	16	2.6	16	79	13	52	53	2	6	37	1.41
16359433--16359472	20	2.0	20	85	14	55	12	10	42	35	1.76
16363546--16363957	61	6.9	60	66	20	213	42	2	5	49	1.38
16363672--16363723	15	3.6	15	80	12	56	46	0	1	51	1.12
16363487--16363957	120	3.9	120	93	1	797	42	2	5	49	1.37
16363561--16363866	59	5.1	59	66	17	200	42	2	5	49	1.40
16363895--16363960	15	4.2	16	75	21	52	43	0	3	53	1.16
16364174--16364238	16	4.1	16	89	0	85	24	36	3	35	1.71
16368131--16368198	29	2.3	30	82	12	79	48	7	11	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16369801--16369850	24	2.1	23	85	10	66	72	6	0	22	1.07
16369801--16369850	23	2.1	24	85	10	68	72	6	0	22	1.07
16370132--16370204	26	3.0	24	71	26	71	30	5	0	64	1.16
16370135--16370241	50	2.1	52	86	6	148	30	4	2	61	1.30
16382318--16382348	13	2.5	13	94	5	55	35	0	19	45	1.51
16388153--16388963	44	18.6	44	69	13	302	27	22	19	29	1.98
16388153--16389051	217	4.1	217	93	0	1474	27	21	20	30	1.98
16388148--16388746	89	6.9	87	68	15	328	27	23	19	29	1.98
16406087--16406458	46	8.6	46	82	13	459	28	22	14	34	1.93
16406222--16406376	36	4.0	36	79	15	175	28	21	13	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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