genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8775014--8775057	21	2.1	21	91	0	70	36	4	13	45	1.64
8788056--8788131	5	15.6	5	71	17	54	56	1	1	40	1.16
8789573--8789657	24	3.8	21	75	16	64	54	2	4	38	1.34
8789826--8789914	41	2.2	41	84	11	112	49	1	12	37	1.48
8791660--8791770	45	2.6	44	79	9	113	30	20	18	30	1.96
8791880--8791994	43	2.6	44	76	2	115	26	25	18	29	1.98
8792017--8792199	44	4.1	43	75	10	163	30	20	16	31	1.95
8792429--8792610	89	2.0	89	82	7	217	24	21	20	32	1.97
8794104--8794146	19	2.3	19	84	8	52	4	9	2	83	0.87
8799086--8799118	17	2.0	17	88	5	50	72	0	3	24	0.98
8799159--8799207	24	2.1	24	82	14	59	55	2	0	42	1.11
8799164--8799248	24	3.8	21	75	16	64	54	2	4	38	1.34
8799292--8799345	10	5.8	10	77	14	53	62	0	1	35	1.06
8805010--8805034	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
8807285--8807334	13	3.8	13	78	17	50	8	18	0	74	1.06
8807339--8807412	34	2.1	35	85	14	100	6	10	9	72	1.26
8811599--8811691	29	3.3	27	72	11	80	54	1	12	31	1.45
8811959--8812006	22	2.2	22	85	3	62	60	6	4	29	1.40
8825554--8825599	24	1.9	24	86	0	65	34	17	15	32	1.91
8826879--8826912	17	1.9	17	88	5	50	14	38	29	17	1.90
8842138--8842185	21	2.3	21	82	7	53	35	0	14	50	1.44
8847283--8847609	27	12.1	27	85	5	367	43	20	17	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8852526--8852657	27	4.9	27	78	3	115	40	21	6	31	1.79
8852522--8852646	54	2.3	54	80	0	133	40	18	8	32	1.80
8852584--8852737	27	5.6	28	74	13	133	40	24	9	26	1.85
8853039--8853094	27	2.1	27	89	0	85	19	23	23	33	1.97
8857150--8857220	28	2.6	27	84	10	90	29	28	12	29	1.93
8860431--8860460	12	2.4	13	94	5	53	13	6	0	80	0.91
8860557--8860657	24	4.3	23	72	19	75	38	4	3	52	1.42
8861280--8861313	18	1.9	17	88	5	50	29	8	5	55	1.54
8862443--8862467	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
8870459--8870528	1	70.0	1	71	0	50	85	7	2	4	0.80
8870461--8870528	18	3.8	17	78	21	68	85	7	2	4	0.82
8870460--8870528	27	2.5	26	84	9	84	85	7	2	4	0.81
8870459--8870528	28	2.6	26	84	8	86	85	7	2	4	0.80
8872297--8872570	51	5.4	50	85	4	361	31	15	24	28	1.96
8872283--8872570	103	2.8	103	87	1	429	29	15	23	30	1.96
8874650--8874678	13	2.1	14	93	6	51	17	13	6	62	1.52
8875068--8875154	33	2.7	33	77	12	90	44	19	9	26	1.80
8875129--8875205	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
8875145--8875184	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8875133--8875199	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
8875168--8875207	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
8875226--8875717	51	10.1	51	74	11	406	29	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8875375--8875464	46	2.0	46	86	0	126	31	18	20	30	1.96
8875493--8875658	41	3.8	41	71	14	134	27	16	24	30	1.97
8875344--8875709	92	3.9	92	85	1	426	28	16	24	30	1.96
8882989--8883041	24	2.2	24	93	0	88	39	1	7	50	1.41
8885973--8886004	8	4.0	8	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8886788--8886834	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
8886812--8886864	13	3.5	15	72	27	58	35	0	15	49	1.45
8893630--8893668	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8899240--8899296	28	2.0	28	96	0	105	38	7	33	21	1.80
8908836--8909284	44	10.2	44	90	1	623	27	26	19	27	1.99
8929015--8929059	23	2.0	22	83	16	56	15	11	2	71	1.24
8931279--8931317	16	2.3	18	82	13	55	74	7	17	0	1.05
8931281--8931335	14	3.6	14	77	15	56	74	5	20	0	1.01
8932357--8932406	23	2.2	23	85	0	64	20	26	20	34	1.96
8940411--8940512	50	2.0	50	86	3	143	37	4	13	44	1.66
8942151--8942230	32	2.6	30	84	11	92	32	17	16	33	1.92
8944572--8944628	22	2.6	22	78	10	53	43	8	14	33	1.76
8954857--8954900	10	4.7	9	81	10	52	31	2	0	65	1.05
8955500--8955563	31	2.1	31	93	0	110	43	12	9	34	1.75
8955500--8955573	31	2.4	31	88	2	96	43	12	10	33	1.77
8965102--8965137	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
8970235--8970274	21	1.9	21	94	0	71	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8978564--8978645	33	2.5	32	77	13	85	35	17	20	26	1.95
8979921--8979970	21	2.4	21	96	0	91	24	10	8	58	1.57
8986276--8986389	48	2.4	46	81	10	131	26	15	22	35	1.94
8986286--8986386	48	2.1	48	83	5	134	26	15	20	36	1.93
8989476--8989500	11	2.3	11	100	0	50	24	8	16	52	1.70
8998011--8998058	25	1.9	25	86	0	69	16	22	22	37	1.94
9000432--9000479	22	2.2	22	96	0	87	25	12	37	25	1.91
9000438--9000486	22	2.2	22	85	0	71	30	18	32	18	1.95
9004002--9004101	29	3.3	29	90	4	146	31	6	19	44	1.74
9004383--9004453	18	3.9	18	77	0	79	28	7	22	42	1.79
9005121--9005186	17	3.9	17	91	0	105	37	4	13	43	1.65
9005814--9005857	23	2.0	23	86	13	65	40	2	20	36	1.65
9021178--9021249	36	2.0	36	94	0	126	25	0	45	29	1.53
9026700--9026748	25	2.0	25	91	0	80	48	0	4	46	1.20
9027770--9027809	21	2.1	19	86	13	55	27	0	7	65	1.20
9027975--9028074	48	2.1	48	100	0	200	30	10	4	56	1.51
9028088--9028159	21	3.3	21	71	9	56	36	6	26	30	1.83
9028370--9028402	13	2.5	14	90	9	52	27	3	15	54	1.55
9032882--9033547	44	15.1	43	79	5	661	31	23	13	31	1.93
9032883--9033544	133	5.0	133	88	2	920	31	23	13	31	1.93
9034832--9034877	14	3.3	15	82	14	62	8	19	0	71	1.11
9037953--9037988	17	2.1	17	94	0	63	44	19	16	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9046562--9046604	21	2.0	21	82	8	52	58	6	0	34	1.25
9048282--9048329	8	5.4	8	81	18	51	79	2	12	6	1.01
9051941--9052041	26	4.0	24	77	13	96	67	1	2	27	1.16
9051944--9052031	23	3.8	21	77	20	79	68	1	3	27	1.13
9053946--9054009	30	2.1	30	82	5	76	25	9	10	54	1.65
9054226--9054577	126	2.8	126	89	2	564	29	15	21	33	1.94
9057695--9057719	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
9057711--9058039	56	5.9	55	84	6	450	46	6	12	34	1.68
9057702--9058038	110	3.0	110	94	1	584	46	6	12	34	1.67
9058048--9058091	6	7.5	6	85	10	56	18	0	43	38	1.50
9058037--9058619	29	19.7	28	84	9	600	23	0	30	45	1.55
9058067--9058596	87	5.8	92	85	8	714	23	0	30	46	1.53
9058205--9058263	18	3.3	18	65	13	50	25	0	28	45	1.54
9058550--9058634	23	3.6	23	91	3	125	27	1	25	45	1.61
9058683--9058731	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
9059128--9059173	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
9059818--9059842	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
9060801--9060831	15	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
9060924--9060988	29	2.2	30	94	2	114	63	0	0	36	0.95
9060972--9061117	51	3.0	50	76	10	160	44	0	26	29	1.54
9061043--9061115	22	3.3	22	92	0	128	42	0	30	27	1.56
9067951--9067990	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9068019--9068092	11	6.9	11	73	22	68	54	0	2	43	1.14
9067973--9068112	51	2.7	51	82	7	169	58	0	2	38	1.13
9067958--9068102	42	3.5	41	79	11	152	56	0	2	40	1.14
9081522--9081573	25	2.1	24	85	3	68	32	3	13	50	1.60
9083662--9083735	5	14.8	5	81	13	82	44	0	1	54	1.08
9083777--9083821	20	2.3	19	88	11	65	71	2	26	0	0.98
9097132--9097183	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
9097164--9097258	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
9097420--9097454	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
9097378--9097450	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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