genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  183  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54279704--54279766	23	2.6	24	85	10	83	19	22	19	39	1.92
54279704--54279766	25	2.5	24	87	10	83	19	22	19	39	1.92
54295423--54295476	19	3.1	18	78	10	67	62	0	0	37	0.95
54297266--54297313	20	2.4	21	80	16	57	43	0	0	56	0.99
54298805--54298968	88	1.9	88	89	0	256	17	25	25	31	1.97
54299880--54300076	105	1.9	101	85	6	270	26	25	16	31	1.97
54306320--54306443	42	3.0	42	84	2	133	45	17	20	16	1.85
54306356--54306490	21	6.5	21	73	5	103	44	15	20	20	1.87
54315488--54315615	40	3.3	40	68	16	124	32	21	18	28	1.97
54315448--54315663	76	2.8	76	87	0	306	33	20	18	27	1.96
54331042--54331083	21	2.0	21	86	9	59	73	2	0	23	0.94
54331057--54331108	15	3.3	15	84	15	61	71	0	0	28	0.87
54331229--54331269	21	2.0	21	100	0	82	36	19	34	9	1.85
54331871--54331918	21	2.3	21	75	7	53	60	8	0	31	1.26
54332722--54332768	15	3.1	16	85	8	55	65	2	0	31	1.04
54334627--54334654	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
54335172--54335239	33	2.1	33	94	0	118	13	27	33	25	1.93
54338173--54338312	57	2.5	57	78	4	147	37	10	14	37	1.81
54338403--54339046	69	9.3	69	78	3	551	22	18	23	36	1.95
54338403--54339077	138	4.9	138	79	2	631	22	18	22	36	1.95
54338403--54339064	207	3.2	205	77	4	610	22	18	22	36	1.95
54338403--54339077	277	2.4	276	80	1	715	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54346250--54346364	38	3.0	38	93	0	194	26	13	4	55	1.56
54351194--54351228	18	1.9	18	88	11	54	54	2	0	42	1.15
54354314--54354426	25	4.5	25	78	8	122	35	20	26	17	1.95
54354302--54354410	50	2.2	50	86	0	146	35	19	25	19	1.95
54354302--54354432	50	2.6	49	81	4	138	37	18	26	17	1.93
54354864--54354908	21	2.1	22	87	4	65	28	2	0	68	1.01
54354914--54354956	22	2.0	22	86	9	61	37	6	20	34	1.80
54355153--54355299	34	4.3	34	75	11	138	19	23	12	43	1.86
54355153--54355284	69	1.9	69	84	6	178	18	24	13	43	1.87
54358078--54358122	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
54358154--54358196	21	2.0	23	81	9	54	32	11	11	44	1.77
54369496--54369550	12	4.5	12	84	10	67	23	21	9	45	1.80
54369661--54369772	54	2.1	54	98	0	215	25	34	2	36	1.71
54384391--54384423	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
54384662--54384696	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
54384782--54384816	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
54384642--54384937	59	5.0	57	67	15	206	48	5	2	43	1.36
54384690--54384877	61	3.1	61	68	14	181	48	7	2	41	1.43
54384900--54384936	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
54384642--54384937	120	2.5	120	97	1	549	48	5	2	43	1.36
54384919--54385159	47	5.3	46	70	20	175	47	3	2	46	1.32
54384876--54385159	91	3.0	98	88	7	321	48	2	2	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54384978--54385120	44	3.2	44	71	20	150	49	2	1	46	1.22
54384944--54385159	91	2.4	91	94	0	378	47	3	2	46	1.33
54385071--54385119	17	3.1	16	83	13	57	55	0	0	44	0.99
54385076--54385125	18	3.0	17	85	8	59	56	2	0	42	1.11
54389197--54389271	23	3.3	23	76	12	75	56	22	5	16	1.60
54389226--54389271	22	2.1	22	88	8	67	60	19	2	17	1.46
54389170--54389629	107	4.3	107	93	1	796	45	24	6	24	1.76
54389304--54389366	23	2.8	21	76	21	65	52	22	7	17	1.70
54389333--54389378	22	2.1	22	84	8	58	58	19	4	17	1.55
54389411--54389473	23	2.7	24	74	16	69	52	20	9	17	1.72
54389691--54389735	18	2.5	18	92	0	72	55	20	11	13	1.68
54392138--54392201	25	2.6	25	100	0	128	12	26	23	37	1.90
54394008--54394271	132	2.0	132	99	0	519	25	17	19	37	1.94
54397277--54397452	93	1.9	93	96	0	325	33	20	15	30	1.93
54398522--54398588	29	2.2	31	86	13	111	32	11	19	35	1.88
54398530--54398588	29	2.0	29	100	0	118	32	13	16	37	1.88
54406595--54406783	51	3.7	50	84	4	227	33	26	14	25	1.95
54406579--54406781	102	2.0	102	86	1	282	33	26	14	26	1.95
54418088--54418123	18	2.0	18	100	0	72	16	5	33	44	1.71
54425742--54425780	18	2.2	18	86	9	53	33	0	10	56	1.33
54427249--54427302	3	18.0	3	84	0	72	61	3	3	31	1.31
54429294--54429331	18	2.3	16	86	13	51	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54431295--54431328	16	2.1	17	94	5	61	41	5	17	35	1.74
54435304--54435361	12	4.8	12	73	0	62	18	36	32	12	1.88
54435304--54435361	24	2.4	24	97	0	107	18	36	32	12	1.88
54436241--54436992	375	2.0	372	97	0	1423	36	17	11	34	1.86
54437566--54437628	25	2.5	25	84	0	90	34	23	19	22	1.96
54438277--54438567	151	1.9	152	95	0	521	30	23	9	35	1.88
54442938--54443000	24	2.7	23	82	5	72	17	41	4	36	1.71
54444475--54444503	8	3.8	8	90	9	51	89	0	0	10	0.48
54444474--54444503	15	2.0	15	100	0	60	86	0	0	13	0.57
54445139--54445193	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
54450226--54450286	32	1.9	31	84	15	81	50	3	21	24	1.63
54452219--54452255	18	2.1	18	90	10	58	40	10	45	2	1.53
54459854--54459883	5	6.0	5	92	0	51	23	20	36	20	1.95
54461659--54461704	16	3.1	15	76	11	51	67	2	0	30	1.03
54467553--54467607	25	2.2	25	83	0	65	34	23	23	18	1.96
54467568--54467616	25	2.0	25	83	0	62	38	18	26	16	1.91
54470015--54470087	12	6.6	11	75	18	64	65	2	1	30	1.15
54470018--54470095	20	3.7	22	74	24	62	65	3	1	29	1.18
54480568--54480600	15	2.2	15	89	10	50	45	0	6	48	1.27
54482237--54482264	7	4.0	7	100	0	56	14	57	0	28	1.38
54486872--54487002	60	2.2	61	90	1	201	45	13	29	12	1.80
54487176--54487320	60	2.4	60	83	4	168	40	9	33	16	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54487219--54487405	60	3.4	59	76	17	179	44	13	29	12	1.81
54487307--54487418	50	2.2	49	87	9	156	44	15	29	10	1.80
54490933--54491101	58	2.9	58	83	1	187	30	13	18	37	1.89
54490996--54491114	58	2.1	58	88	0	175	27	15	21	35	1.94
54491128--54491600	70	6.8	70	76	5	284	27	17	22	31	1.97
54491148--54491600	207	2.2	209	78	5	479	27	17	22	32	1.96
54496541--54496687	43	3.4	43	77	9	165	22	17	25	34	1.96
54496540--54496733	85	2.3	84	89	0	280	23	18	24	34	1.96
54499768--54499954	51	3.7	49	82	4	214	24	17	27	31	1.97
54499772--54499955	101	1.8	102	90	3	300	23	17	27	31	1.97
54499965--54500051	45	1.9	45	90	0	138	27	13	21	36	1.92
54504794--54504872	32	2.4	33	80	2	88	63	24	6	6	1.42
54508152--54508210	30	2.0	30	100	0	118	57	8	16	16	1.63
54508318--54508466	3	49.7	3	89	0	226	67	0	32	0	0.91
54511945--54511984	21	1.9	21	89	0	62	57	0	2	40	1.12
54512131--54512172	12	3.5	12	80	0	57	42	0	9	47	1.36
54512126--54512172	24	2.0	24	100	0	94	42	0	8	48	1.33
54512077--54512201	65	2.0	63	90	3	196	42	3	15	39	1.63
54513902--54514037	43	3.2	43	63	12	107	25	23	22	28	1.99
54513898--54514532	88	7.3	88	88	2	675	24	23	23	28	2.00
54514160--54514532	44	8.5	44	66	12	160	25	24	23	26	2.00
54515784--54515828	6	7.8	6	83	11	51	0	15	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54515786--54515827	5	8.8	5	87	12	54	0	14	0	85	0.59
54520605--54520643	20	1.9	20	89	5	60	58	0	2	38	1.12
54520786--54520827	12	3.5	12	80	0	57	42	0	9	47	1.36
54520781--54520827	24	2.0	24	100	0	94	42	0	8	48	1.33
54522410--54522477	25	2.7	24	82	11	66	26	16	29	27	1.97
54522469--54522527	25	2.4	25	85	2	75	33	23	25	16	1.96
54522493--54522561	25	2.8	25	82	6	70	37	21	26	14	1.92
54523707--54523738	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
54527752--54528335	114	5.1	114	76	10	500	32	18	21	27	1.97
54527938--54528373	228	1.9	229	91	1	723	32	18	20	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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