genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26656492--26656535	19	2.3	19	81	11	54	77	2	6	13	1.07
26656768--26656816	14	3.4	14	85	2	62	16	10	53	20	1.72
26657553--26657636	21	3.9	22	81	9	102	16	21	23	38	1.93
26664050--26664099	20	2.5	20	86	3	64	52	0	4	44	1.20
26664540--26664574	15	2.2	16	90	5	54	51	0	0	48	1.00
26672006--26672054	19	2.6	19	83	0	62	14	14	34	36	1.86
26673037--26673138	53	1.9	53	93	0	177	37	22	23	16	1.94
26673798--26673827	15	2.1	14	93	6	51	50	16	0	33	1.46
26673797--26673834	11	3.6	11	82	13	53	47	15	0	36	1.46
26674529--26674564	18	2.0	18	94	0	63	30	25	5	38	1.78
26674530--26674571	18	2.3	18	87	0	57	30	23	2	42	1.67
26674927--26675051	62	2.0	60	84	6	162	37	5	9	47	1.60
26678065--26678585	126	4.1	126	88	2	706	29	16	15	38	1.90
26678680--26678769	34	2.6	34	91	0	144	41	13	1	44	1.51
26688197--26688435	51	4.7	51	82	4	261	25	16	26	30	1.97
26688194--26688436	101	2.4	101	85	1	326	25	16	26	31	1.96
26688194--26688472	101	2.8	100	78	8	287	26	15	26	31	1.96
26690926--26691045	64	1.9	64	89	0	186	18	20	25	36	1.94
26691030--26691082	25	2.2	24	82	3	61	16	24	22	35	1.95
26696364--26696435	21	3.5	21	81	5	76	18	0	37	44	1.50
26696364--26696480	7	16.6	7	73	8	67	20	0	35	43	1.52
26696582--26696630	22	2.2	22	78	7	55	28	2	24	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26696606--26696647	14	2.9	14	77	19	50	28	0	28	42	1.56
26696646--26696685	21	1.9	21	84	0	53	15	0	45	40	1.46
26697108--26697156	19	2.5	19	90	3	71	69	6	8	16	1.33
26699763--26699816	19	2.8	19	88	0	81	38	9	14	37	1.79
26700295--26700348	25	2.2	25	90	6	83	25	14	12	46	1.81
26701169--26701365	98	2.0	98	95	0	358	28	10	24	37	1.88
26702711--26702934	86	2.6	86	85	4	265	25	12	25	36	1.92
26702711--26702886	43	4.1	43	84	0	235	26	12	24	36	1.91
26703136--26703198	32	2.0	32	83	0	81	41	6	9	42	1.63
26705491--26705520	14	2.2	13	94	5	51	43	10	6	40	1.64
26710513--26710585	29	2.5	29	84	4	94	38	9	23	28	1.86
26710618--26710707	29	3.1	28	83	3	108	38	15	24	21	1.92
26713602--26713828	87	2.6	87	87	4	314	37	11	26	23	1.90
26713602--26713846	29	8.4	29	80	4	242	36	12	27	23	1.91
26714858--26714888	13	2.4	13	94	0	53	0	16	48	35	1.46
26737768--26737831	26	2.4	27	86	2	94	26	15	31	26	1.96
26744587--26744685	43	2.3	42	84	6	126	19	26	28	26	1.99
26747875--26747938	30	2.2	29	85	2	83	48	6	9	35	1.61
26747884--26747942	29	2.0	29	87	9	84	50	10	6	32	1.62
26752463--26752531	36	1.9	36	93	0	120	46	11	13	28	1.78
26752478--26752531	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
26752460--26752523	17	3.6	17	72	15	58	46	10	12	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26757579--26757642	17	3.6	17	74	15	67	46	12	12	28	1.78
26757597--26757650	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
26757582--26757650	36	1.9	36	96	0	129	46	13	13	27	1.79
26764021--26764122	52	1.9	53	88	2	152	27	30	12	29	1.93
26765334--26765398	17	4.0	16	72	11	53	61	0	1	36	1.05
26765749--26765784	19	1.9	18	88	5	54	38	0	5	55	1.23
26766000--26766092	20	4.8	19	71	18	68	60	4	1	34	1.24
26765999--26766116	37	3.1	37	74	19	91	59	4	0	35	1.23
26770341--26770378	20	1.9	20	94	0	67	23	2	28	44	1.67
26770990--26771023	13	2.4	15	90	9	54	17	5	2	73	1.16
26788644--26788681	20	1.9	20	84	10	51	52	5	5	36	1.47
26791415--26791441	6	4.5	6	100	0	54	51	33	0	14	1.43
26796196--26796250	26	2.3	23	74	17	56	27	14	29	29	1.95
26803157--26803187	13	2.4	13	94	0	53	74	3	0	22	0.96
26803437--26803467	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
26804229--26804257	14	2.1	14	100	0	58	27	6	37	27	1.82
26813762--26813796	17	2.1	17	89	10	54	40	0	2	57	1.14
26814389--26814450	22	2.9	21	74	9	63	54	0	0	45	0.99
26814326--26814445	31	3.9	31	73	17	108	55	1	0	42	1.16
26814444--26814488	20	2.2	21	88	4	65	42	4	2	51	1.34
26814438--26814487	21	2.4	22	83	10	68	42	4	2	52	1.31
26816005--26816093	44	2.0	44	84	4	117	43	1	8	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26816182--26816221	19	2.2	19	86	4	55	50	5	0	45	1.23
26830993--26831215	41	5.4	41	96	0	401	23	27	19	28	1.98
26831003--26831269	123	2.2	123	82	4	297	25	26	18	28	1.98
26831903--26831965	25	2.5	25	94	0	117	42	11	7	38	1.70
26834475--26834506	15	2.1	15	94	0	55	15	6	6	71	1.26
26836097--26836256	37	4.4	36	74	19	127	38	2	4	54	1.34
26836097--26836192	48	1.9	51	85	6	135	39	2	4	54	1.32
26836097--26836236	11	12.8	11	66	25	57	39	2	4	54	1.32
26842184--26842214	8	3.8	8	95	4	53	22	12	0	64	1.27
26845078--26845218	24	5.8	25	72	5	85	21	24	20	34	1.97
26846622--26846918	50	5.8	50	85	3	346	22	27	22	26	1.99
26849278--26849316	15	2.6	16	84	12	55	56	2	10	30	1.46
26850942--26850982	16	2.5	17	76	15	50	19	0	7	73	1.07
26852769--26852806	3	12.7	3	88	0	58	26	0	5	68	1.11
26852769--26852806	12	3.2	12	96	0	67	26	0	5	68	1.11
26854243--26854287	18	2.5	18	88	0	63	15	20	20	44	1.87
26856097--26856252	32	4.6	34	85	7	167	19	23	17	39	1.92
26856093--26856252	35	4.8	33	84	7	189	19	23	16	40	1.91
26856093--26856252	67	2.4	67	92	0	257	19	23	16	40	1.91
26859063--26859106	20	2.1	22	84	16	58	13	9	9	68	1.40
26862083--26862108	11	2.4	11	100	0	52	34	15	15	34	1.89
26863342--26863399	14	4.0	14	91	8	98	29	13	13	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26866357--26866415	25	2.3	27	85	5	77	28	16	25	28	1.97
26866428--26866514	24	3.6	23	73	13	77	36	21	24	17	1.94
26866549--26866614	26	2.6	26	79	11	73	33	22	25	18	1.97
26866566--26866621	26	2.2	25	87	9	78	37	21	23	17	1.94
26867061--26867099	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
26871125--26871163	21	1.9	21	89	5	62	41	0	7	51	1.31
26872228--26872267	16	2.5	16	87	0	62	40	2	32	25	1.69
26872437--26872480	21	2.1	21	83	8	54	56	0	2	40	1.11
26872448--26872513	28	2.4	28	80	7	73	57	0	0	42	0.98
26872493--26872693	61	3.3	60	69	12	185	49	5	2	42	1.41
26872462--26872727	120	2.2	120	96	0	487	50	4	2	42	1.35
26872496--26872679	59	3.1	59	67	20	155	48	5	3	42	1.42
26874904--26875008	51	2.1	50	90	1	165	42	19	11	26	1.85
26875264--26875717	227	2.0	227	98	0	881	32	19	24	23	1.97
26883264--26883314	26	2.0	26	88	7	77	45	3	27	23	1.70
26884399--26884446	25	1.9	25	83	8	62	45	2	6	45	1.40
26884816--26884897	3	27.7	3	75	11	71	63	1	3	31	1.19
26885782--26885821	18	2.2	18	95	0	71	5	17	52	25	1.64
26886239--26886659	128	3.3	128	83	3	507	28	20	17	33	1.96
26886362--26886557	44	4.6	43	70	6	119	28	19	17	34	1.95
26886651--26887016	100	3.7	98	86	5	495	26	23	19	29	1.99
26886651--26887008	50	7.2	50	70	3	220	27	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26888225--26888345	42	2.9	42	86	2	145	24	28	12	34	1.92
26888451--26888542	47	2.0	47	82	4	114	15	7	3	73	1.18
26888510--26888546	13	3.0	13	80	15	51	13	5	2	78	1.03
26888466--26888543	41	1.9	41	84	10	106	15	5	3	75	1.12
26888466--26888554	41	2.2	41	80	8	101	16	6	3	73	1.19
26907154--26907403	135	1.8	136	86	4	358	52	6	8	32	1.57
26908007--26908076	34	2.1	34	89	5	106	22	0	25	51	1.48
26908608--26908712	40	2.6	41	79	5	126	32	21	26	19	1.97
26908769--26908908	41	3.4	41	87	3	210	15	25	22	37	1.92
26908770--26908925	82	1.9	82	90	0	249	16	25	23	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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