genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  100  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27827857--27827928	23	3.2	23	75	11	78	40	1	2	55	1.23
27827867--27827945	25	3.3	24	78	16	76	39	1	1	58	1.14
27827901--27827970	32	2.2	33	86	2	106	38	0	2	58	1.13
27827924--27828000	22	3.6	21	81	10	66	42	0	2	54	1.14
27827950--27828000	23	2.3	22	83	12	68	49	0	1	49	1.12
27828044--27828092	21	2.4	21	81	15	59	36	0	0	63	0.95
27828042--27828085	9	4.4	9	81	18	52	31	0	0	68	0.90
27828049--27828092	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
27828394--27828435	16	2.5	17	82	14	52	57	0	2	40	1.12
27828646--27828677	9	3.7	9	91	8	57	81	0	0	18	0.70
27828645--27828677	17	1.9	17	88	11	50	81	0	0	18	0.68
27828695--27828749	20	2.7	21	77	11	60	76	0	5	18	0.97
27828703--27828748	19	2.3	19	85	7	56	76	0	6	17	1.00
27828712--27828760	13	3.7	13	78	10	55	79	0	8	12	0.93
27829658--27829682	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
27836330--27836411	6	12.0	7	79	15	75	74	0	3	21	0.97
27836337--27836408	13	5.5	13	76	18	69	76	0	2	20	0.91
27836336--27836407	20	3.5	19	78	17	74	75	0	2	22	0.94
27836336--27836401	10	6.3	10	81	16	64	74	0	3	22	0.96
27842266--27842338	32	2.3	32	95	0	128	17	23	21	36	1.94
27845593--27845632	20	2.0	19	85	9	53	40	0	0	60	0.97
27846031--27846073	18	2.4	18	77	14	54	51	13	13	20	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27846513--27846575	13	4.8	13	78	7	65	38	22	4	34	1.75
27848099--27848205	25	4.3	25	79	1	108	31	19	28	20	1.97
27853245--27853413	86	2.0	86	95	0	302	33	7	24	35	1.83
27860002--27860077	29	2.6	29	77	8	82	38	14	19	27	1.91
27870771--27870815	19	2.3	19	88	3	63	33	20	4	42	1.72
27873121--27873157	9	4.1	9	92	0	65	35	13	10	40	1.80
27878540--27878788	44	5.7	44	77	7	238	32	18	20	27	1.96
27878540--27878977	88	4.8	88	74	13	350	33	19	19	28	1.96
27878540--27878788	132	1.9	132	82	5	315	32	18	20	27	1.96
27878855--27878951	44	2.2	44	85	3	133	36	19	17	26	1.94
27880852--27880918	31	2.2	31	88	0	107	31	17	7	43	1.77
27882404--27882463	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
27882675--27882711	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27895019--27895548	266	2.0	266	84	1	704	29	11	21	38	1.88
27896857--27896911	22	2.5	22	76	5	58	41	16	23	18	1.89
27896927--27897117	32	6.0	32	85	0	229	39	18	19	22	1.93
27896926--27897116	96	2.0	96	86	0	265	39	17	19	22	1.92
27897118--27897171	26	2.1	26	85	0	72	35	24	20	20	1.96
27897287--27897339	24	2.2	24	89	0	79	47	20	7	24	1.76
27897301--27897349	24	2.0	24	92	0	80	46	20	6	26	1.73
27897367--27897432	27	2.5	26	85	2	69	24	22	15	37	1.92
27897381--27897446	27	2.4	27	87	5	89	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27898502--27898557	3	18.7	3	78	7	60	33	5	0	60	1.19
27898581--27898623	22	2.0	22	86	9	61	32	4	6	55	1.47
27898804--27898847	24	1.9	23	90	9	72	36	0	0	63	0.95
27898944--27898971	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27898914--27899123	68	3.1	68	97	1	388	45	9	4	40	1.57
27899012--27899039	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27899112--27899153	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27901765--27901790	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
27905755--27905897	44	3.2	44	68	7	137	25	30	23	20	1.99
27905657--27905963	88	3.5	88	90	1	463	28	26	23	22	1.99
27905657--27906004	88	4.0	88	86	3	252	27	26	23	22	1.99
27905974--27906095	44	2.8	44	90	5	176	26	17	27	29	1.97
27906160--27906261	50	2.0	50	82	0	123	30	23	21	24	1.99
27906461--27906787	44	7.5	44	71	8	114	28	19	22	29	1.98
27906446--27906961	217	2.4	218	88	2	716	29	20	22	26	1.99
27906587--27906961	45	8.5	45	74	10	258	29	21	22	26	1.99
27908091--27908124	17	1.9	17	88	5	50	23	2	11	61	1.43
27908126--27908181	3	18.7	3	74	7	51	32	7	0	60	1.24
27908205--27908285	27	3.0	27	78	1	101	28	6	7	58	1.50
27908205--27908285	26	3.1	26	80	3	108	28	6	7	58	1.50
27918515--27918561	22	2.1	22	96	0	85	25	34	0	40	1.56
27918515--27918613	52	1.9	52	93	0	171	29	31	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27918566--27918616	22	2.3	22	86	6	68	31	31	0	37	1.58
27918650--27918714	30	2.2	30	91	5	105	35	1	0	63	1.04
27921512--27921539	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27921482--27921691	68	3.1	68	97	1	388	45	9	4	40	1.57
27921580--27921607	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27921670--27921732	23	2.7	23	78	7	65	44	3	3	49	1.34
27924826--27924870	19	2.4	19	85	3	65	42	8	15	33	1.78
27924925--27924973	21	2.4	21	81	18	59	46	0	0	53	1.00
27928361--27928408	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
27928909--27928945	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
27928998--27929028	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
27930424--27930461	4	9.5	4	94	0	67	26	0	23	50	1.50
27932100--27932144	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
27932724--27932902	42	4.3	42	89	0	252	31	19	21	27	1.97
27940172--27940398	42	5.5	42	85	4	282	29	20	22	27	1.98
27941635--27941846	25	8.5	25	76	8	162	26	13	21	38	1.91
27941706--27941844	75	1.9	75	84	6	192	27	10	23	38	1.88
27944254--27944311	27	2.1	28	87	3	82	29	27	20	22	1.99
27944915--27944973	29	2.0	29	100	0	118	33	13	16	35	1.88
27944995--27945529	268	2.0	266	89	2	824	35	12	19	33	1.89
27946084--27946135	18	2.9	18	77	8	61	61	3	0	34	1.14
27946095--27946135	19	2.2	19	86	4	57	60	2	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27946158--27946198	18	2.3	18	87	8	57	73	2	2	21	1.07
27947041--27947100	11	5.5	11	78	7	59	33	0	5	61	1.17
27947078--27947103	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
27953322--27953359	19	2.0	20	89	5	60	31	0	5	63	1.17
27953705--27953744	13	2.9	14	85	11	55	85	2	12	0	0.71
27953705--27953744	19	2.0	20	90	4	64	85	2	12	0	0.71
27954354--27954406	22	2.4	22	90	0	88	41	9	20	28	1.83
27957667--27957753	43	2.0	43	100	0	174	56	6	16	20	1.63
27957884--27957929	24	2.0	24	82	4	58	36	0	4	58	1.18
27958505--27958575	34	2.1	34	94	0	124	46	9	9	33	1.70
27962957--27962988	15	2.0	17	88	11	50	43	3	6	46	1.44
27977220--27977274	17	3.2	17	78	14	60	72	1	5	20	1.13
27977218--27977274	30	1.9	30	85	7	80	73	1	5	19	1.11
27980563--27980620	13	4.7	13	72	12	59	77	5	0	17	0.94
27980561--27980621	19	3.3	19	86	9	99	77	4	0	18	0.95
27980565--27980620	17	3.2	17	90	9	94	76	5	0	17	0.96
27982647--27982705	30	2.0	30	86	0	82	23	35	22	18	1.96
27983915--27984588	46	14.8	46	76	4	460	33	4	22	39	1.75
27984031--27984196	91	1.8	91	84	0	224	35	4	19	40	1.71
27983851--27984320	252	1.9	252	89	1	728	34	4	21	38	1.75
27983882--27984570	23	30.1	23	72	10	385	33	4	22	39	1.74
27984509--27984588	23	3.5	23	72	1	72	36	7	20	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27985137--27985169	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
27991323--27991666	45	7.6	45	77	9	263	43	15	19	21	1.87
27991323--27991690	91	4.1	91	74	8	306	44	15	18	21	1.86
27993337--27993994	23	28.7	23	72	12	390	32	3	23	40	1.73
27993410--27993882	184	2.6	183	87	2	673	33	4	22	39	1.73
27999034--27999076	20	2.2	20	83	8	52	23	4	20	51	1.66
28006917--28006947	16	2.0	15	93	6	53	35	0	25	38	1.56
28010313--28010378	29	2.3	29	79	7	71	34	16	6	42	1.73
28010608--28010651	20	2.3	19	88	11	63	54	0	40	4	1.21
28010734--28010758	13	1.9	13	100	0	50	64	0	36	0	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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