genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   

This is table  92  of  211  ( 25234 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25218114--25218198	33	2.8	29	77	12	89	49	11	4	34	1.60
25222607--25222637	15	2.1	15	100	0	62	48	0	19	32	1.49
25223900--25224060	80	2.0	80	92	0	268	30	13	13	42	1.82
25228265--25228487	47	4.7	47	96	1	401	30	8	30	30	1.88
25228605--25228683	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25234468--25234536	34	2.0	34	97	0	129	20	4	20	55	1.60
25248351--25248416	21	3.0	22	73	8	55	51	10	4	33	1.57
25257040--25257064	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
25258043--25258283	114	2.1	112	91	3	383	40	2	14	41	1.61
25258751--25258854	41	2.5	41	89	3	147	30	19	25	24	1.98
25264710--25264915	41	5.0	41	87	1	297	33	17	29	19	1.95
25267357--25267552	45	4.2	44	76	20	173	35	28	16	19	1.94
25267418--25267533	56	2.1	56	91	3	189	37	31	13	16	1.88
25288209--25288269	20	3.1	20	81	9	72	42	1	4	50	1.33
25288212--25288276	20	3.3	19	80	8	69	36	1	4	56	1.29
25294480--25294514	13	2.7	13	100	0	70	28	8	11	51	1.67
25294619--25294655	11	3.5	11	78	14	51	51	2	0	45	1.15
25294621--25294703	17	4.6	17	69	25	55	51	4	2	40	1.36
25294623--25294719	20	4.8	20	67	20	67	51	4	2	42	1.32
25295008--25295046	20	2.0	20	84	0	51	17	15	17	48	1.81
25297483--25297667	101	1.8	102	89	3	293	24	17	27	30	1.97
25297479--25297665	51	3.7	51	80	4	218	24	17	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25310353--25310515	46	3.5	46	80	5	177	32	22	17	27	1.96
25313539--25313608	25	2.8	25	77	0	77	27	21	21	30	1.98
25313696--25313873	80	2.2	80	85	4	234	44	4	16	34	1.68
25313673--25313866	40	4.8	40	77	7	169	43	4	16	35	1.69
25313835--25313885	27	1.9	26	84	11	68	45	3	15	35	1.65
25314487--25314520	14	2.4	14	90	0	50	20	2	32	44	1.67
25320985--25321030	21	2.2	21	96	0	83	17	30	13	39	1.87
25331935--25332002	8	8.5	8	75	12	59	16	0	29	54	1.42
25331916--25331990	31	2.4	31	84	6	107	18	0	25	56	1.42
25331941--25332019	39	2.0	41	82	5	99	17	0	27	54	1.43
25336194--25336247	17	3.2	17	69	27	51	24	5	11	59	1.53
25344089--25344128	15	2.6	17	77	22	52	52	0	2	45	1.14
25344386--25344426	15	2.9	14	85	14	57	51	7	0	41	1.30
25344386--25344423	14	2.6	14	88	12	51	52	5	0	42	1.24
25347348--25347394	18	2.6	18	83	12	53	27	21	19	31	1.97
25351623--25351677	20	2.7	19	81	13	56	45	1	7	45	1.41
25368008--25368032	10	2.5	10	100	0	50	16	12	16	56	1.68
25368297--25368338	22	1.9	22	85	0	57	23	33	14	28	1.94
25372311--25372371	12	4.9	12	78	13	52	62	0	4	32	1.17
25372313--25372363	26	2.0	26	84	0	66	62	0	5	31	1.19
25372393--25372433	14	2.9	14	88	3	64	58	0	0	41	0.98
25396845--25396976	66	2.0	66	83	5	169	42	17	25	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25397246--25397387	43	3.3	42	78	4	142	30	21	16	32	1.95
25397251--25397436	86	2.2	85	79	4	203	29	21	17	31	1.96
25401739--25401781	19	2.3	19	84	8	52	46	16	16	20	1.84
25402099--25402125	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
25402160--25402216	16	3.7	16	69	6	55	36	1	5	56	1.32
25402150--25402225	31	2.4	31	91	2	116	40	1	3	53	1.27
25402177--25402225	16	3.1	16	73	26	59	38	2	2	57	1.22
25410645--25410704	3	20.0	3	89	0	75	26	40	1	31	1.66
25412105--25412188	39	2.2	39	97	2	161	52	2	20	25	1.58
25417341--25417370	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
25417111--25417561	197	2.3	197	85	7	579	42	15	17	24	1.88
25420237--25420289	24	2.2	24	89	0	79	37	5	1	54	1.35
25432751--25432782	14	2.3	14	100	0	64	37	6	12	43	1.68
25433511--25433695	51	3.7	50	77	6	203	30	28	18	22	1.97
25433509--25433693	101	1.8	102	89	3	293	31	27	18	22	1.97
25436408--25436521	42	2.6	42	80	9	113	29	26	14	29	1.95
25439226--25439410	51	3.7	50	76	6	194	29	27	20	23	1.99
25441935--25442204	131	2.1	132	86	2	373	30	21	23	25	1.99
25443921--25444001	24	3.4	24	81	6	94	34	7	2	55	1.41
25444154--25444189	18	1.9	19	88	5	56	41	8	2	47	1.48
25444229--25444277	24	2.0	24	84	8	62	34	4	0	61	1.15
25446058--25446088	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25460838--25460882	14	3.2	14	83	0	54	64	2	31	2	1.18
25466038--25466334	50	5.8	50	78	7	251	22	27	20	28	1.99
25476045--25476227	50	3.7	50	78	5	138	22	27	21	27	1.99
25476571--25476629	30	2.0	30	83	6	75	28	25	5	40	1.77
25482813--25483047	50	4.6	51	80	8	230	22	27	22	27	1.99
25487151--25487352	42	4.8	42	87	2	262	35	21	18	24	1.95
25487164--25487352	85	2.2	84	87	4	265	34	22	18	24	1.96
25487164--25487402	85	2.8	84	83	6	261	32	23	18	25	1.97
25487808--25487876	21	3.3	21	91	0	111	4	39	18	37	1.71
25492336--25492681	9	39.8	9	70	16	248	33	1	20	45	1.59
25492325--25492677	34	10.2	35	71	16	213	33	1	20	45	1.58
25492363--25492670	88	3.5	88	83	8	362	33	1	20	45	1.60
25492325--25492681	25	13.7	25	73	12	242	33	1	20	45	1.58
25494447--25494478	6	5.3	6	96	0	55	21	15	46	15	1.83
25495818--25495921	7	14.7	7	74	6	66	46	37	0	16	1.47
25495820--25495916	43	2.3	42	82	5	106	47	37	0	15	1.46
25496033--25496144	49	2.3	47	77	13	118	51	26	1	19	1.57
25496151--25496185	17	2.1	17	89	5	54	60	11	0	28	1.32
25496318--25496980	114	5.8	114	87	0	821	26	22	17	33	1.96
25498648--25498678	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
25502997--25503027	15	2.1	15	93	0	53	22	35	6	35	1.80
25503882--25503924	14	3.2	13	83	3	50	11	2	6	79	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25513842--25514035	50	3.9	50	86	0	271	21	30	21	26	1.98
25517000--25517031	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25517259--25517449	51	3.8	51	78	10	221	30	28	16	24	1.96
25517252--25517441	102	1.9	102	87	5	278	31	27	16	24	1.97
25519055--25519122	24	2.8	23	81	18	77	35	23	17	23	1.95
25521422--25521475	28	2.0	28	85	3	74	40	11	1	46	1.50
25533872--25533990	28	4.3	28	89	1	168	28	21	25	24	1.99
25534095--25534149	26	2.1	26	86	0	74	32	21	21	23	1.98
25534342--25534714	27	13.9	27	82	0	408	18	17	21	42	1.89
25534342--25534714	81	4.6	81	85	0	462	18	17	21	42	1.89
25537761--25537857	40	2.4	41	86	6	135	35	9	17	38	1.82
25537760--25537831	19	3.7	19	90	7	117	34	11	16	37	1.84
25540056--25541090	88	11.8	88	87	1	1198	27	25	24	22	2.00
25540870--25541011	43	3.3	43	65	3	113	27	30	26	16	1.96
25541454--25541549	40	2.3	41	87	7	142	33	9	17	39	1.82
25541453--25541523	19	3.6	19	90	7	115	33	11	15	39	1.83
25542312--25542349	19	2.0	19	85	10	51	44	7	0	47	1.32
25564655--25564681	12	2.2	12	100	0	54	92	0	7	0	0.38
25565098--25565142	21	2.1	22	84	12	58	28	11	11	48	1.73
25569966--25569993	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
25571587--25571647	29	2.1	29	87	3	86	50	11	4	32	1.60
25580344--25580405	27	2.3	27	86	5	81	45	22	19	12	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25591582--25591611	10	3.0	10	95	0	51	66	0	0	33	0.92
25591582--25591613	14	2.3	14	94	0	55	68	0	0	31	0.90
25592029--25592178	41	3.7	41	85	0	201	19	20	26	34	1.96
25592029--25592202	82	2.1	83	79	3	199	20	18	25	35	1.96
25593035--25593134	22	4.4	22	69	16	78	22	13	20	45	1.85
25592991--25593252	70	3.8	70	87	4	352	27	9	19	43	1.83
25593192--25593269	23	3.3	23	73	7	68	33	7	17	41	1.79
25596105--25596302	109	1.8	110	96	1	371	32	12	11	44	1.77
25601811--25601882	23	3.0	25	70	22	73	69	0	23	6	1.12
25617013--25617299	140	2.1	140	91	0	459	28	22	13	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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