genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62811768

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1111524--1111702	41	4.5	41	68	12	120	42	11	7	38	1.69
1118119--1118189	32	2.2	32	97	0	133	59	26	0	14	1.36
1118979--1119022	18	2.4	18	88	0	61	63	2	0	34	1.07
1118979--1119022	9	4.9	9	78	10	54	63	2	0	34	1.07
1123464--1123529	29	2.4	27	80	9	87	39	1	9	50	1.44
1123472--1123571	29	3.4	29	76	4	85	44	2	10	44	1.49
1125747--1125845	51	1.9	52	82	10	123	49	15	12	23	1.77
1126566--1126598	16	2.0	17	94	5	59	39	0	0	60	0.97
1126590--1126645	22	2.5	21	80	11	58	37	1	3	57	1.27
1130619--1130697	36	2.2	36	95	2	142	24	43	29	3	1.72
1130702--1130743	20	2.0	21	90	9	68	61	0	0	38	0.96
1130709--1130767	30	2.0	30	93	0	100	67	0	1	30	1.00
1130719--1130824	38	2.7	38	85	5	122	65	0	3	31	1.11
1148763--1148793	14	2.2	14	100	0	62	16	6	19	58	1.59
1161468--1161513	23	2.0	23	95	0	83	36	13	17	32	1.88
1170398--1170443	21	2.2	21	84	0	56	67	2	4	26	1.21
1173750--1173786	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
1177104--1177131	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1180476--1180528	26	2.0	28	85	7	74	52	3	0	43	1.19
1183808--1183832	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
1185213--1185275	31	2.1	31	93	3	110	38	9	6	46	1.62
1186992--1187021	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1187507--1187573	25	2.6	25	79	6	73	41	5	5	46	1.53
1191647--1191691	21	2.1	21	76	8	56	33	4	0	62	1.15
1201153--1201187	12	3.0	11	84	15	52	28	0	2	68	1.04
1204682--1204735	27	1.9	28	88	7	83	48	1	5	44	1.37
1204683--1204744	29	2.2	27	82	5	70	48	3	6	41	1.45
1218830--1218867	20	1.9	20	84	10	51	44	5	0	50	1.24
1221038--1221073	17	2.0	18	89	10	56	25	8	5	61	1.46
1221809--1221906	47	2.1	47	100	0	196	16	13	28	41	1.86
1222589--1222619	15	2.0	16	93	6	55	25	0	12	61	1.32
1222781--1222805	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
1233505--1233785	142	2.0	141	90	2	438	35	21	12	30	1.90
1234537--1234614	24	3.2	24	71	20	65	34	2	0	62	1.09
1234555--1234604	26	1.9	26	84	8	66	36	4	0	60	1.16
1237313--1237389	6	12.8	6	94	0	136	46	16	2	33	1.61
1241667--1241718	26	2.0	26	85	7	70	55	11	9	23	1.64
1243708--1243745	15	2.6	16	84	16	55	65	5	0	28	1.14
1259599--1259860	122	2.1	123	80	3	314	38	14	11	35	1.82
1260763--1260802	16	2.5	16	84	12	55	60	0	0	40	0.97
1264553--1264583	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
1264552--1264590	16	2.4	16	82	0	51	28	10	10	51	1.68
1265571--1265631	31	2.0	31	90	0	95	42	4	11	40	1.62
1269237--1269287	25	2.0	25	100	0	102	41	7	11	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1274207--1274247	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
1274471--1274591	23	5.3	23	86	4	174	23	20	24	30	1.99
1274471--1274591	46	2.7	46	93	1	199	23	20	24	30	1.99
1278579--1278663	25	3.4	25	77	7	75	44	1	1	52	1.16
1278575--1278632	29	2.0	28	83	12	73	44	0	1	53	1.10
1278863--1278907	13	3.5	13	81	6	65	64	0	4	31	1.13
1278859--1278907	25	2.0	25	100	0	98	65	0	4	30	1.11
1280574--1280706	31	4.4	31	73	11	112	44	14	19	21	1.86
1280972--1281083	51	2.2	51	82	7	131	41	5	15	38	1.70
1288660--1288868	107	2.0	107	86	1	294	42	14	10	32	1.80
1306305--1306329	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
1311327--1311421	47	2.0	47	100	0	190	35	10	6	47	1.63
1317798--1318191	137	2.9	135	84	4	483	45	21	13	19	1.85
1323603--1323720	60	2.0	60	84	0	155	37	5	22	34	1.77
1331927--1331965	20	1.9	20	84	5	51	35	2	2	58	1.25
1331957--1331998	22	2.0	21	85	4	57	52	0	2	45	1.13
1342368--1342394	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
1342604--1342631	8	3.5	8	100	0	56	53	0	0	46	1.00
1347665--1347732	11	6.2	11	81	5	75	25	27	2	44	1.68
1347658--1347735	22	3.5	22	78	15	88	24	26	2	46	1.66
1347665--1347732	33	2.1	33	88	5	102	25	27	2	44	1.68
1347658--1347735	11	7.0	11	74	21	65	24	26	2	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1347694--1347793	51	2.0	51	86	4	139	26	26	3	45	1.68
1349568--1349602	18	1.9	18	88	0	52	20	34	8	37	1.83
1350149--1350197	14	3.6	14	71	17	50	42	34	0	22	1.54
1350177--1350303	21	6.0	21	80	1	155	44	27	3	24	1.68
1350156--1350209	27	2.0	27	88	0	81	40	35	1	22	1.65
1350177--1350303	43	3.0	42	84	2	173	44	27	3	24	1.68
1353218--1353282	28	2.3	28	84	10	87	63	1	0	35	1.04
1353232--1353310	29	2.8	28	86	5	104	59	1	6	32	1.31
1353640--1353695	3	18.7	3	78	7	51	58	0	7	33	1.25
1359657--1359717	31	1.9	32	93	3	106	22	18	16	42	1.89
1362017--1362084	11	6.2	11	81	5	75	25	27	2	44	1.68
1362010--1362087	22	3.5	22	78	15	88	24	26	2	46	1.66
1362017--1362084	33	2.1	33	88	5	102	25	27	2	44	1.68
1362010--1362087	11	7.0	11	74	21	65	24	26	2	46	1.66
1362046--1362145	51	2.0	51	86	4	139	26	26	3	45	1.68
1363957--1363995	18	2.2	18	85	0	51	17	30	7	43	1.77
1364514--1364682	83	2.0	83	94	3	297	40	26	4	28	1.76
1364618--1364657	22	1.9	20	90	10	62	42	35	0	22	1.54
1364626--1364679	27	2.0	27	81	0	63	38	31	3	25	1.74
1364647--1364773	21	6.0	21	78	1	137	44	25	3	25	1.69
1367661--1367753	29	3.2	28	81	13	84	59	1	4	35	1.24
1367675--1367753	29	2.8	28	86	5	104	59	1	5	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368056--1368090	9	3.9	9	96	0	52	57	5	8	28	1.52
1368066--1368121	3	18.7	3	78	7	51	58	0	8	32	1.29
1368801--1368834	14	2.4	14	90	9	52	0	14	0	85	0.60
1378704--1378728	13	1.9	13	100	0	50	48	8	20	24	1.76
1403179--1403221	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
1403221--1403406	73	2.5	73	98	0	354	28	6	24	40	1.80
1407622--1407659	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
1407660--1407845	73	2.5	73	98	0	354	28	6	24	40	1.80
1410007--1410067	32	1.9	32	96	0	113	21	16	16	45	1.85
1410266--1410296	15	2.1	15	93	0	53	41	6	29	22	1.78
1410452--1410490	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
1411231--1411260	15	1.9	16	93	6	53	26	6	43	23	1.78
1414619--1414649	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
1414806--1414844	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
1423231--1423304	35	2.1	35	100	0	148	62	17	2	17	1.45
1429327--1429373	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
1439019--1439065	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
1445767--1445821	23	2.4	23	87	6	76	43	14	12	29	1.82
1445762--1445877	59	2.0	59	92	0	196	45	11	12	30	1.77
1445829--1445877	23	2.1	23	88	7	73	42	10	12	34	1.76
1447835--1448029	37	5.0	37	85	10	264	34	15	22	27	1.94
1447799--1448029	74	2.9	78	84	11	290	34	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1447946--1448069	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
1453157--1453208	23	2.3	23	90	6	79	42	9	13	34	1.77
1453093--1453208	59	2.0	59	92	0	196	45	10	13	30	1.77
1457328--1457401	25	3.0	23	75	18	69	59	5	9	25	1.50
1457711--1457765	25	2.2	27	75	18	64	58	7	3	30	1.43
1457719--1457764	25	1.9	25	86	8	69	58	8	4	28	1.47
1464270--1464552	141	2.0	141	98	0	548	26	14	16	42	1.86
1471018--1471072	17	3.2	17	76	19	69	45	16	0	38	1.47
1471000--1471073	34	2.2	34	95	0	130	47	17	0	35	1.48
1471350--1471418	34	2.0	36	83	11	90	43	4	2	49	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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